genome.fa.s8425.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008425.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111208_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2340112

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640049--641122	205	5.1	209	92	2	1618	33	26	18	21	1.96
642103--642145	15	2.9	15	82	3	52	23	4	6	65	1.37
643518--643568	26	2.0	24	88	7	75	23	7	19	49	1.74
650839--650913	30	2.4	32	74	21	77	56	0	0	44	0.99
652194--652231	18	2.1	18	100	0	76	47	0	5	47	1.24
657635--657715	30	2.7	30	88	0	117	56	12	7	23	1.60
659335--659364	15	2.1	14	93	6	51	56	3	26	13	1.52
663752--663860	31	3.4	32	81	12	109	24	14	6	54	1.64
671212--671272	24	2.5	24	75	17	56	37	4	1	55	1.31
671220--671272	23	2.2	24	83	10	63	35	5	1	56	1.34
684790--684842	20	2.7	20	74	11	54	35	7	24	32	1.84
702828--702878	25	2.2	22	89	10	75	35	31	5	27	1.81
703843--703969	59	2.1	60	86	1	175	35	18	15	29	1.93
703946--703992	23	2.0	23	100	0	94	29	21	17	31	1.96
717295--717338	2	22.0	2	85	0	61	45	2	4	47	1.35
720071--720123	27	1.9	28	85	11	74	37	15	3	43	1.64
719992--720169	58	3.0	56	75	13	153	32	19	5	43	1.73
722684--722723	20	2.0	20	85	0	53	32	17	25	25	1.97
722804--722866	31	2.2	28	84	15	85	30	26	22	20	1.98
726119--726185	28	2.3	29	82	7	75	23	25	11	38	1.89
726440--726470	15	2.1	15	93	0	53	38	3	19	38	1.68
731479--731503	13	1.9	13	100	0	50	24	20	0	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738228--738308	42	1.9	42	92	0	135	20	18	23	37	1.94
738237--738330	23	4.3	23	75	15	99	20	18	22	39	1.92
738235--738339	23	4.8	22	73	11	83	19	18	22	40	1.92
739070--739183	20	5.6	20	76	15	126	24	21	19	34	1.96
739089--739224	21	6.6	20	77	14	109	23	22	22	31	1.98
739070--739204	41	3.3	41	89	4	218	24	22	20	33	1.97
740590--740641	19	2.5	20	82	14	54	34	7	9	48	1.65
762932--763066	59	2.3	59	82	11	161	32	22	5	39	1.77
763233--763349	60	2.0	60	84	6	157	47	4	13	34	1.63
763229--763367	60	2.3	60	77	9	149	43	3	19	33	1.68
765898--765955	29	1.9	31	89	6	93	48	0	3	48	1.18
766042--766080	17	2.3	17	86	0	51	30	2	0	66	1.05
766497--766529	13	2.5	13	95	0	57	42	18	0	39	1.50
766790--766908	21	5.8	20	76	12	98	38	20	19	21	1.93
766789--766908	42	2.9	40	76	13	127	38	20	19	21	1.94
766790--766927	21	6.7	20	75	12	84	39	21	18	20	1.93
766876--767085	20	10.5	20	81	5	219	36	26	18	19	1.94
767998--768022	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
770283--770531	33	7.2	33	79	16	242	46	17	22	13	1.82
770297--770546	19	14.2	19	78	18	292	47	17	21	14	1.82
770283--770546	52	5.1	52	90	8	414	46	17	21	13	1.82
770548--770654	33	3.3	33	94	5	200	12	24	17	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770564--770662	19	5.8	19	69	26	96	12	23	16	48	1.79
770750--770828	32	2.5	32	89	6	124	8	22	22	45	1.80
770761--770807	18	2.9	17	75	18	55	8	23	23	44	1.80
770766--770820	14	3.7	14	76	19	58	9	25	23	41	1.83
770806--770881	21	3.7	21	81	8	93	14	22	17	46	1.84
770960--771028	31	2.2	32	89	5	104	47	17	23	11	1.80
771408--771580	20	8.6	20	83	6	197	19	19	26	35	1.95
774350--774405	22	2.8	20	84	12	78	51	0	1	46	1.11
774716--774855	41	3.3	41	65	18	104	22	20	19	37	1.95
774663--774863	88	2.3	88	90	0	305	23	19	18	37	1.94
775004--775201	40	4.9	40	83	4	139	34	22	18	23	1.96
775033--775201	20	8.4	20	87	0	239	33	23	19	23	1.97
781522--781551	8	3.8	8	95	0	51	70	0	0	30	0.88
783334--783377	23	1.9	23	90	0	70	13	18	27	40	1.88
784583--784675	31	3.0	31	80	9	116	31	18	17	33	1.94
784579--784676	32	3.1	32	80	10	112	32	17	17	32	1.93
785738--785796	29	2.0	29	100	0	118	22	16	13	47	1.82
790592--790646	26	2.0	28	86	13	80	12	10	3	72	1.24
791894--791938	21	2.1	21	91	0	72	48	2	13	35	1.54
800178--800233	24	2.5	22	77	13	60	39	0	8	51	1.33
800521--800550	15	2.0	15	93	0	51	20	13	50	16	1.78
800909--800947	18	2.2	18	95	0	69	56	0	35	7	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801249--801284	17	2.1	17	100	0	72	50	8	11	30	1.67
802796--803407	198	3.1	197	89	3	877	36	16	15	30	1.90
803831--803866	15	2.4	15	95	0	63	16	47	2	33	1.61
806408--807388	201	4.9	198	78	7	1019	38	16	14	30	1.89
807173--807218	21	2.1	22	88	4	67	28	15	10	45	1.79
809969--810426	197	2.3	197	80	6	505	37	14	15	32	1.87
810420--810582	87	1.9	87	89	0	254	31	15	11	41	1.82
810504--810548	23	2.0	23	86	0	63	37	20	8	33	1.83
812700--812731	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
812861--812917	30	1.9	30	96	0	105	29	14	10	45	1.78
813021--813075	29	1.9	28	92	3	92	14	9	14	61	1.55
813196--813437	124	2.0	124	99	0	475	28	24	18	28	1.98
813584--813925	22	15.5	22	91	1	551	38	0	11	48	1.46
816511--816553	23	1.9	22	86	13	61	46	0	4	48	1.22
817667--817708	16	2.6	16	92	0	66	7	35	21	35	1.81
824734--824772	18	2.2	19	86	9	55	61	25	10	2	1.41
825231--825341	48	2.3	48	87	0	159	44	17	21	17	1.87
825689--825947	128	2.0	128	92	1	430	47	14	9	29	1.75
826730--826778	18	2.6	17	81	18	53	28	26	18	26	1.98
831950--831988	18	2.2	18	100	0	78	35	35	10	17	1.84
836652--836734	6	13.8	6	100	0	166	33	0	16	49	1.46
841955--841999	17	2.6	17	83	10	56	60	2	0	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842801--842852	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
842842--842955	20	5.7	20	77	9	115	32	26	17	23	1.97
842839--842975	41	3.4	40	79	8	143	35	24	17	22	1.95
843685--843738	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
843913--843937	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
846260--846324	19	3.7	19	84	13	86	12	21	20	46	1.83
846464--846500	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
848365--848414	19	2.6	19	100	0	100	48	16	20	16	1.82
848445--848501	14	3.7	14	77	20	60	12	14	21	52	1.73
848440--848517	33	2.4	33	95	0	138	14	17	20	47	1.82
848440--848517	19	4.6	19	71	24	68	14	17	20	47	1.82
848490--848556	20	3.4	19	83	6	80	14	20	23	40	1.90
849038--849082	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
850403--850450	20	2.4	20	89	0	69	37	27	14	20	1.92
850684--850727	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
850915--851009	20	4.7	20	78	7	102	22	18	26	32	1.97
850936--851030	41	2.3	41	83	3	120	18	21	24	35	1.95
850998--851053	21	2.7	21	100	0	112	12	26	21	39	1.89
853441--853513	25	3.0	25	82	9	96	35	23	19	21	1.96
853647--853695	15	3.3	15	82	0	62	42	24	6	26	1.78
855055--855228	59	2.9	60	77	10	178	35	18	4	42	1.69
855349--855518	59	2.8	60	85	4	211	38	4	23	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858029--858232	113	1.8	113	82	5	270	31	20	13	34	1.91
862981--863092	38	2.9	38	79	0	116	44	6	16	32	1.73
862979--863074	19	5.1	19	83	0	111	43	7	18	30	1.77
862990--863092	19	5.4	19	79	0	71	45	6	17	30	1.74
867899--867940	21	2.0	21	81	9	50	71	2	9	16	1.23
868422--868471	24	2.1	24	81	7	57	60	14	2	24	1.45
881284--881430	60	2.4	59	83	10	174	34	15	18	31	1.92
885246--885280	18	1.9	18	88	11	54	62	5	5	25	1.40
894068--894097	13	2.3	13	94	0	51	10	6	3	80	1.01
894646--894720	30	2.5	29	78	6	87	28	8	17	46	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12