genome.fa.s8430.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008430.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111220_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1186098

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1700--1724	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1899--1945	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2618--3006	20	19.5	20	87	4	473	20	18	26	34	1.95
5333--5650	158	2.0	158	85	3	435	39	16	15	27	1.89
10122--10161	14	2.9	14	88	7	55	17	12	7	62	1.52
10114--10168	24	2.3	24	90	0	83	16	12	10	60	1.60
10127--10169	14	3.1	14	86	6	52	16	13	11	58	1.64
10426--10461	14	2.7	13	86	4	54	2	8	27	61	1.39
10448--10487	20	2.0	20	85	0	53	10	12	20	57	1.63
10421--10485	34	1.9	33	87	9	96	6	9	23	61	1.48
10615--10654	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
20739--20780	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
21593--21773	65	2.8	64	81	9	172	27	18	25	29	1.98
21615--21773	65	2.5	65	87	7	218	26	18	24	30	1.98
21613--21813	64	3.1	64	82	9	214	25	18	24	31	1.98
23904--24216	164	1.9	163	94	3	547	46	9	8	35	1.67
24494--24571	22	3.6	22	75	13	81	26	23	24	25	2.00
30347--30546	65	3.1	63	82	12	221	25	18	25	31	1.98
31322--31362	20	2.0	20	86	9	57	39	9	7	43	1.65
41112--41165	25	2.2	25	86	6	74	74	3	3	18	1.12
42994--43097	42	2.4	43	91	1	165	20	19	24	36	1.95
42921--43203	148	1.9	148	89	0	440	22	19	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43037--43827	106	7.5	106	97	0	1440	22	18	26	33	1.96
47714--47768	26	2.2	26	86	3	76	74	3	3	18	1.11
47804--47836	16	2.0	16	94	5	57	72	0	0	27	0.85
49687--49738	15	3.2	17	72	22	58	36	21	0	42	1.53
51679--51730	15	3.2	17	72	22	58	36	21	0	42	1.53
55362--55654	146	2.0	146	100	0	586	42	12	19	24	1.87
58638--58684	22	2.0	24	84	12	62	63	17	19	0	1.30
59168--59223	3	17.0	3	89	10	67	0	32	0	67	0.91
59170--59223	7	8.0	7	86	10	69	0	31	0	68	0.90
59228--59292	26	2.8	22	76	17	69	35	0	7	56	1.28
62711--62755	16	2.8	17	80	12	51	60	4	0	35	1.17
62691--62774	44	1.9	44	83	13	111	60	4	0	34	1.18
67417--67517	50	2.0	50	100	0	202	25	33	13	26	1.94
67770--67870	44	2.3	44	81	3	105	31	10	27	29	1.91
75377--75422	19	2.5	20	86	10	62	47	0	0	52	1.00
75378--75422	18	2.4	19	85	7	65	48	0	0	51	1.00
76596--76635	21	1.9	21	90	10	64	35	10	7	47	1.65
78024--78051	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
80201--80247	16	2.7	18	77	16	62	63	2	8	25	1.34
98050--98101	20	2.5	20	81	6	59	48	9	5	36	1.60
98565--98638	38	2.0	35	82	7	85	48	4	1	45	1.29
99394--99431	14	2.7	14	100	0	76	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100004--100080	35	2.2	35	92	0	127	46	7	2	42	1.46
100059--100099	20	2.0	20	90	0	64	43	4	2	48	1.37
103202--103263	30	2.0	31	84	3	81	38	14	11	35	1.82
105174--105252	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
105419--105454	2	18.5	2	88	5	56	50	2	0	47	1.15
110496--110525	11	2.6	11	94	5	51	40	0	0	60	0.97
111653--111745	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
111653--111745	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
111672--111806	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
111734--111828	20	4.7	20	78	2	82	33	24	17	24	1.96
112015--112058	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
112322--112359	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
113677--113721	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
114208--114252	20	2.3	20	80	3	56	40	20	22	17	1.92
114252--114309	14	3.9	14	79	16	71	50	24	15	10	1.75
114236--114326	32	2.8	33	91	3	157	48	21	17	12	1.80
114357--114423	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
114369--114423	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
116982--117035	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
117210--117234	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
119524--119621	19	5.7	19	67	22	81	42	20	21	15	1.88
119525--119624	33	3.0	33	91	2	157	41	20	21	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119800--119836	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
121194--121260	21	3.2	21	68	4	55	19	19	35	25	1.95
121194--121316	42	2.9	41	79	7	113	23	17	35	23	1.95
123322--123407	33	2.6	33	90	1	127	38	23	24	13	1.91
123392--123461	19	3.7	19	92	0	113	48	21	18	11	1.79
124084--124179	20	4.7	21	77	5	106	16	23	17	41	1.89
124084--124179	41	2.3	41	100	0	156	16	23	17	41	1.89
130595--130641	19	2.5	19	82	6	51	38	2	0	59	1.09
133406--133444	15	2.4	17	91	8	64	56	0	0	43	0.99
136418--136459	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
138353--138416	25	2.8	24	79	18	82	37	0	7	54	1.29
143330--143720	197	1.9	201	88	5	594	28	26	16	28	1.97
150649--150735	43	2.0	43	100	0	174	40	18	16	25	1.90
150661--150728	21	3.2	21	64	12	57	42	17	19	20	1.89
159853--160043	95	2.0	95	100	0	382	30	26	16	26	1.97
162271--162306	17	2.2	16	90	9	56	69	2	27	0	1.02
162644--162751	20	5.3	20	76	12	87	28	27	13	29	1.95
162623--162761	41	3.4	38	72	10	107	28	25	13	32	1.94
162607--162791	81	2.3	81	80	12	204	30	25	12	31	1.92
162762--162852	40	2.3	40	80	0	110	30	21	10	36	1.88
163007--163044	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
166094--166128	12	2.9	12	86	0	52	57	17	5	20	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166095--166135	18	2.3	18	86	0	55	53	21	4	19	1.63
166378--166520	20	7.1	20	88	4	180	48	21	15	14	1.81
170210--170248	20	2.0	20	89	0	60	17	7	17	56	1.64
170212--170255	20	2.2	20	83	0	52	18	9	18	54	1.69
170878--170927	22	2.4	20	90	6	73	26	10	28	36	1.88
171774--171823	23	2.2	23	82	7	57	58	6	0	36	1.23
177459--177529	36	2.0	36	97	0	133	46	18	16	18	1.84
179802--179863	30	2.1	30	100	0	124	45	17	0	37	1.49
183528--183571	21	2.1	21	83	8	54	36	11	2	50	1.51
202738--202780	23	1.9	22	86	13	61	51	16	2	30	1.57
206785--206838	22	2.5	22	96	0	99	14	16	16	51	1.76
214989--215032	14	3.1	14	80	0	52	52	13	0	34	1.41
215229--215299	31	2.3	31	100	0	142	39	21	19	19	1.93
217374--217426	23	2.3	23	90	0	88	26	26	26	20	1.99
217643--217708	31	2.2	31	89	8	100	34	19	6	39	1.77
224968--225028	23	2.7	23	92	0	104	24	27	27	19	1.99
225247--225310	31	2.1	31	85	8	87	37	21	4	35	1.75
225672--225795	63	2.0	64	81	1	151	28	14	20	36	1.92
229560--229620	23	2.7	23	86	0	86	26	26	26	21	1.99
229836--229900	31	2.1	30	83	8	78	35	18	7	38	1.80
230261--230400	64	2.2	64	82	3	158	27	15	20	35	1.93
230282--230400	64	1.9	63	85	1	166	26	15	21	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234952--235009	25	2.3	25	96	0	107	29	24	27	18	1.98
238322--238364	19	2.3	19	80	8	52	44	4	16	34	1.68
241237--241269	4	8.5	4	86	6	50	69	0	0	30	0.88
243285--243366	31	2.8	29	79	13	89	52	2	6	39	1.39
243267--243342	30	2.4	30	82	6	98	52	1	5	40	1.32
243642--243699	25	2.3	25	82	11	66	22	0	10	67	1.21
245745--245851	54	2.0	54	96	0	196	33	21	17	27	1.96
252555--252584	11	2.7	11	94	0	51	16	10	6	66	1.41
253117--253185	22	3.0	23	75	10	70	36	24	18	20	1.95
253126--253197	25	3.0	25	72	13	62	34	22	22	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6