genome.fa.s8430.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008430.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111220_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1186098

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711649--711701	21	2.5	21	84	0	70	22	24	18	33	1.97
711691--711763	20	3.7	20	86	0	110	38	20	19	21	1.94
712354--712400	20	2.3	20	92	0	76	36	21	19	23	1.95
712447--712504	20	2.9	20	84	0	62	18	17	20	43	1.89
712476--712515	20	2.0	20	100	0	80	10	15	20	55	1.68
712480--712523	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
714394--714559	20	8.6	20	85	7	227	39	19	19	20	1.92
714397--714578	54	3.3	54	85	8	247	41	19	20	19	1.91
714604--714703	20	5.3	20	73	20	81	17	18	23	42	1.89
715187--715291	21	5.0	21	74	3	95	21	36	18	23	1.95
716643--716678	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
716815--716910	33	2.9	34	82	3	122	13	21	20	43	1.86
716882--716989	20	5.7	20	77	16	131	17	22	25	35	1.95
719399--719452	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
720312--720459	20	7.4	20	93	1	244	16	20	25	37	1.93
720456--720501	21	2.2	21	84	0	56	36	19	28	15	1.92
726971--727013	16	2.8	15	83	13	52	69	0	0	30	0.88
729712--729759	22	2.2	22	100	0	96	25	22	27	25	2.00
734408--734476	23	3.0	23	78	0	84	33	26	23	17	1.96
734485--734809	103	3.2	103	94	1	566	38	24	11	25	1.89
741562--741885	103	3.2	103	95	2	584	36	25	12	25	1.91
756097--756156	32	1.9	31	83	10	77	41	0	5	53	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762763--763741	4	248.2	4	96	3	1817	25	0	25	49	1.51
764621--764660	16	2.6	15	84	7	62	7	22	7	62	1.47
767360--767393	16	2.1	16	100	0	68	29	11	17	41	1.85
773101--773136	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
774230--774287	22	2.6	22	83	0	71	22	12	46	18	1.82
774430--774473	18	2.5	18	88	3	63	6	18	36	38	1.77
774577--774610	14	2.4	14	90	9	52	64	2	0	32	1.08
774566--774607	11	3.7	12	81	9	52	59	2	0	38	1.10
774773--775213	137	3.2	137	89	0	659	25	15	24	35	1.94
774971--775370	220	1.8	220	88	1	613	23	13	26	36	1.92
775103--775294	83	2.3	83	88	1	269	20	13	29	36	1.91
780069--780159	45	2.0	46	91	2	148	27	20	26	25	1.99
782911--783015	24	4.5	24	77	12	112	32	21	22	22	1.98
788667--788757	45	2.0	46	89	2	139	26	18	26	28	1.98
794410--794740	163	2.0	165	95	1	594	21	15	16	47	1.83
799666--799693	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
803266--803387	59	2.1	60	83	4	151	36	13	13	36	1.84
805942--805966	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
831141--831303	87	1.9	87	96	0	299	41	11	14	33	1.82
832146--832218	23	3.2	23	98	0	137	35	21	8	34	1.84
835209--835696	184	2.7	184	94	0	854	33	16	13	36	1.87
838522--839880	392	3.5	391	91	4	2136	31	17	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838522--839880	197	6.9	198	91	4	2120	31	17	14	35	1.91
840105--840154	20	2.6	19	90	6	82	56	10	2	32	1.44
841870--841927	18	3.4	18	68	22	52	1	41	3	53	1.28
841857--841926	30	2.2	32	87	7	99	2	41	2	52	1.31
842206--842248	21	2.0	21	90	0	68	16	30	11	41	1.83
844307--844353	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
844274--844739	177	2.6	175	85	6	632	26	16	14	42	1.87
847151--847237	43	2.0	43	100	0	174	44	16	16	22	1.85
851004--851583	193	3.0	193	80	4	573	34	9	8	47	1.66
855661--855686	8	3.2	8	100	0	52	76	0	11	11	1.01
855705--855734	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
855806--855873	29	2.3	30	77	5	77	72	7	0	20	1.09
855975--856021	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
856061--856086	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
856062--856106	14	3.2	14	87	6	56	57	0	2	40	1.11
855987--856157	73	2.4	73	79	7	172	56	1	4	38	1.29
856627--856731	37	2.8	37	86	0	147	29	14	15	40	1.86
857404--858658	106	11.9	106	89	1	1828	23	17	25	33	1.96
858909--859114	74	2.7	75	84	3	254	24	31	23	20	1.98
869012--869088	22	3.5	22	94	0	136	20	14	27	37	1.91
869717--869780	8	7.4	8	77	16	65	0	15	3	81	0.82
869717--869781	26	2.4	27	85	12	82	0	15	3	81	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869708--869781	30	2.5	29	82	10	87	0	14	4	81	0.84
869695--869784	9	9.9	9	70	15	69	1	14	4	80	0.93
869708--869784	26	3.0	25	75	17	79	0	15	3	80	0.85
870096--870128	14	2.4	14	94	0	57	33	6	18	42	1.75
872790--872836	24	1.9	25	91	4	78	76	0	6	17	0.98
872882--872935	21	2.8	18	81	15	56	62	3	3	29	1.29
872886--872936	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
873140--873177	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
873703--873807	37	2.8	37	88	0	156	29	15	15	40	1.88
874434--874521	33	2.8	31	75	8	88	23	22	25	28	1.99
888329--888379	22	2.2	21	80	16	57	58	3	0	37	1.16
889187--889257	37	1.9	37	85	5	99	47	4	0	47	1.21
899262--899319	26	2.3	24	80	13	64	41	1	3	53	1.28
906136--906392	132	2.0	131	81	2	309	35	21	15	27	1.94
907611--907659	25	2.0	25	84	4	64	24	4	2	69	1.17
915272--915382	57	1.9	57	92	0	186	40	9	17	32	1.82
920171--920203	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
920272--920316	16	2.8	16	93	0	81	55	22	13	8	1.65
921239--921286	10	4.4	10	78	19	51	56	25	10	8	1.61
921239--921287	24	2.0	24	96	0	89	55	24	12	8	1.64
927245--927281	17	2.2	17	100	0	74	27	32	16	24	1.96
927233--927290	29	2.0	29	83	6	73	31	27	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929567--929619	22	2.4	22	96	0	97	33	18	9	37	1.83
929667--929703	15	2.5	15	91	8	58	45	0	8	45	1.32
929811--929851	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
933066--933133	29	2.3	29	80	12	75	36	1	1	60	1.15
946228--946304	34	2.2	34	79	9	84	24	22	22	31	1.98
946703--946747	23	2.0	23	86	0	63	20	17	11	51	1.75
950223--950250	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
959948--960001	12	4.7	11	86	10	65	22	18	25	33	1.97
959948--959993	12	3.9	12	89	10	69	19	17	26	36	1.94
959948--960019	35	2.1	35	83	0	90	25	19	23	31	1.98
960284--960387	7	14.9	7	68	11	52	45	31	0	23	1.53
960326--960398	35	2.1	35	85	10	96	43	27	0	28	1.55
960284--960371	21	4.2	21	81	5	106	46	30	0	22	1.52
960284--960390	42	2.5	42	80	5	110	44	30	0	24	1.54
963066--963138	24	3.0	24	81	0	92	21	9	16	52	1.72
965307--965469	4	40.8	4	100	0	326	25	0	24	50	1.50
979875--979925	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
980249--980305	26	2.2	26	85	11	82	33	5	5	56	1.44
984119--984190	32	2.2	32	82	4	92	40	4	9	45	1.56
988916--988956	21	2.0	21	90	0	64	36	12	4	46	1.63
992539--992594	22	2.6	21	80	5	76	16	30	19	33	1.94
995381--995444	18	3.3	20	77	18	57	62	0	1	35	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995438--995526	12	6.6	13	75	20	69	58	1	0	40	1.05
996185--996213	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
1001683--1001970	30	9.7	31	68	14	126	55	10	14	19	1.67
1001807--1001973	88	1.9	88	80	7	196	56	9	15	17	1.65
1013596--1013671	33	2.5	32	79	12	88	43	0	0	56	0.99
1013827--1013887	27	2.3	26	80	5	70	37	1	3	57	1.25
1014097--1014841	372	2.0	372	98	0	1445	26	14	26	32	1.94
1015847--1015913	21	3.2	19	75	23	55	19	26	23	29	1.98
1016434--1016540	34	3.1	34	83	2	144	53	4	3	38	1.40
1024768--1024802	14	2.5	14	85	0	52	37	11	8	42	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6