genome.fa.s8439.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008439.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111238_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2703160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1166--1325	80	2.0	80	100	0	320	28	13	23	33	1.93
6574--6614	21	2.0	21	90	0	64	58	0	7	34	1.26
11007--11033	13	2.1	13	100	0	54	29	7	7	55	1.55
12842--12894	21	2.5	22	81	6	65	26	1	3	67	1.17
13308--13388	39	2.1	39	88	0	117	30	9	1	58	1.39
19197--19226	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
36402--36457	30	1.9	30	82	7	71	53	25	7	14	1.66
46960--47079	30	3.9	31	84	6	154	33	19	18	29	1.95
46960--47079	63	1.9	62	87	1	177	33	19	18	29	1.95
50222--50246	13	1.9	13	100	0	50	64	24	4	8	1.38
51420--51458	19	2.0	21	85	10	55	17	7	7	66	1.40
51736--51806	18	3.9	18	70	7	63	30	12	30	25	1.93
55395--55486	48	1.9	48	90	0	148	22	22	17	36	1.94
57778--57808	15	2.1	15	100	0	62	32	19	0	48	1.49
59071--59095	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
62015--62078	33	1.9	33	93	0	110	46	1	7	43	1.42
63526--63576	17	3.1	17	71	5	59	50	7	1	39	1.42
63518--63588	33	2.1	35	94	5	128	43	8	2	45	1.49
63518--63567	16	3.0	17	70	5	57	42	10	4	44	1.56
64454--64482	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
64690--64714	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
67407--67457	15	3.5	14	79	10	57	58	0	3	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72823--72879	29	2.0	29	89	0	87	15	31	29	22	1.95
73015--73089	33	2.3	33	92	0	123	9	41	25	24	1.84
73086--73137	20	2.6	21	81	9	72	15	26	28	28	1.96
73196--73253	29	2.0	29	86	0	80	22	25	37	13	1.91
76086--76161	34	2.3	33	83	2	98	25	31	30	13	1.93
76126--76183	23	2.5	23	88	0	80	27	24	36	12	1.91
76315--76371	29	2.0	29	89	6	89	21	29	35	14	1.92
79179--79216	18	2.1	19	90	5	60	42	0	2	55	1.14
83162--83223	30	2.1	30	82	11	74	53	0	3	43	1.17
84880--84968	45	2.0	45	90	0	142	25	20	10	43	1.83
97650--97720	36	2.0	36	88	5	108	47	21	19	11	1.80
97753--97798	18	2.3	20	82	14	60	56	2	10	30	1.46
103915--103967	21	2.6	21	74	14	56	24	3	1	69	1.15
103921--103967	10	4.6	10	84	5	58	23	4	2	70	1.16
105429--105475	20	2.3	20	92	0	76	25	27	19	27	1.99
106296--106349	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
108787--108863	20	3.8	20	80	0	91	32	16	19	31	1.94
108787--108863	40	1.9	40	86	0	109	32	16	19	31	1.94
108906--108959	20	2.7	21	85	5	76	11	18	27	42	1.84
110508--110590	21	4.0	21	68	6	69	22	18	36	22	1.95
110493--110586	42	2.2	42	88	3	136	20	18	37	24	1.94
111069--111106	20	1.9	20	94	0	67	50	21	10	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111067--111112	20	2.3	20	84	0	65	50	17	13	19	1.78
114773--114868	31	3.1	32	75	17	119	29	16	18	35	1.93
114774--114901	62	2.1	60	81	11	152	28	19	19	32	1.96
114859--114932	30	2.4	30	95	2	130	22	21	24	31	1.99
114867--114953	30	3.0	29	90	5	115	20	21	26	31	1.98
115937--115973	16	2.3	16	100	0	74	32	18	5	43	1.73
116002--116057	20	2.8	20	80	0	67	51	21	14	12	1.74
116078--116121	19	2.3	19	88	7	63	47	22	18	11	1.80
116045--116109	33	1.9	34	87	3	96	40	21	21	16	1.92
124150--124182	16	2.0	17	88	5	50	42	36	3	18	1.66
138137--138599	239	1.9	237	87	6	670	29	11	17	42	1.84
138745--138770	12	2.2	12	100	0	52	30	0	0	69	0.89
138949--138995	18	2.7	18	93	3	78	27	31	8	31	1.87
140955--141097	68	2.1	68	89	2	216	20	12	19	47	1.81
141513--141892	189	2.0	190	99	0	753	29	13	15	40	1.87
142230--142254	12	2.1	12	100	0	50	56	8	20	16	1.65
146985--147023	18	2.2	18	90	0	60	74	0	5	20	1.01
146991--147039	18	2.6	18	90	6	71	69	0	4	26	1.06
147347--147418	35	2.1	35	100	0	144	41	22	13	22	1.89
157702--157794	22	4.4	22	85	6	113	27	30	23	18	1.98
161147--161309	64	2.5	65	81	7	163	28	20	19	31	1.97
164593--164627	18	1.9	18	94	0	61	25	34	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164593--164667	22	3.6	22	82	7	95	28	30	21	20	1.98
165369--165425	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
166044--166206	64	2.5	63	82	9	170	26	20	20	32	1.97
170545--170597	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
170928--170961	16	2.2	16	89	5	52	35	0	20	44	1.52
173735--173765	14	2.2	14	94	0	53	41	0	0	58	0.98
181138--181176	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
182936--182992	19	3.0	19	100	0	114	15	26	36	21	1.93
184243--184505	132	2.0	130	98	1	508	39	16	16	27	1.90
187417--187464	14	3.4	14	85	0	69	16	25	35	22	1.95
189540--189611	35	2.1	35	97	0	135	27	16	11	44	1.82
190014--190113	24	4.2	24	72	10	87	22	13	17	48	1.81
190250--190281	16	2.0	16	100	0	64	12	6	31	50	1.65
198787--198864	38	2.1	38	100	0	156	48	2	25	23	1.63
204288--204326	16	2.4	16	95	4	69	28	12	25	33	1.93
209959--210034	32	2.5	30	80	8	82	43	0	0	56	0.99
213161--213465	149	2.0	149	96	0	565	36	13	15	35	1.87
214922--214973	16	3.2	16	75	5	50	57	0	0	42	0.98
216048--216084	15	2.5	15	91	8	58	56	2	40	0	1.13
220594--220774	29	6.4	28	84	7	186	45	16	4	33	1.68
220614--220774	29	5.7	29	86	5	195	44	16	5	34	1.71
220614--220775	57	2.8	57	86	3	211	43	16	5	33	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220614--220774	86	1.9	84	85	10	220	44	16	5	34	1.71
222070--222313	121	2.0	121	95	0	434	30	25	13	30	1.94
228015--228196	57	3.2	57	78	12	194	44	15	5	34	1.70
228015--228196	29	6.4	28	81	5	195	44	15	5	34	1.70
229785--229841	30	1.9	30	85	0	78	7	40	1	50	1.40
231565--231622	29	2.0	29	100	0	116	34	6	20	37	1.80
240573--240607	15	2.3	15	95	0	61	45	5	8	40	1.58
240617--240672	26	2.2	25	84	9	69	51	5	1	41	1.35
243518--243555	20	1.9	20	88	0	58	26	26	5	42	1.76
261448--261504	24	2.4	24	96	0	105	22	36	7	33	1.81
267709--267744	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
267492--267973	255	1.9	255	94	1	860	45	6	7	40	1.58
268065--268538	181	2.6	182	89	2	688	41	13	16	27	1.86
268468--268510	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
270716--270759	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
272654--272702	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
272821--274188	199	6.9	198	97	0	2547	36	14	17	31	1.90
272821--274188	397	3.4	397	97	0	2560	36	14	17	31	1.90
275576--275609	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
294004--294039	15	2.4	15	95	0	63	27	13	22	36	1.92
297996--298020	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
299924--300238	169	1.9	171	98	1	616	34	10	9	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302475--302503	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
303814--303857	21	2.1	21	83	8	54	15	15	0	68	1.22
304105--304152	19	2.5	19	76	6	53	20	4	4	70	1.21
307954--308131	89	2.0	89	97	2	340	30	21	25	22	1.99
315287--315846	105	5.4	105	93	2	902	33	25	17	23	1.97
316121--316183	17	3.7	17	70	18	51	38	0	1	60	1.07
317205--317249	21	2.1	21	84	8	56	17	15	0	66	1.25
317240--317293	24	2.3	23	87	12	74	25	5	1	66	1.23
318288--318325	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
319072--319101	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9