genome.fa.s8439.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008439.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111238_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2703160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680929--680977	20	2.5	20	86	0	71	24	18	26	30	1.98
680681--681034	134	2.6	133	69	19	327	26	14	22	35	1.93
681007--681054	20	2.4	20	82	0	60	29	16	20	33	1.95
681083--681128	20	2.3	20	88	0	74	23	15	26	34	1.94
681160--681220	21	3.0	21	90	2	88	34	13	22	29	1.92
681161--681227	21	3.2	20	85	6	82	32	13	23	29	1.93
681223--681260	20	1.9	20	94	0	67	23	13	15	47	1.81
681223--681268	20	2.3	20	88	0	65	19	17	19	43	1.88
682842--682934	33	2.8	33	86	0	132	26	35	22	15	1.94
684339--684469	48	2.8	47	73	14	135	23	3	47	25	1.68
684441--684562	48	2.5	48	77	2	120	22	4	44	29	1.71
684540--684643	48	2.2	48	80	3	120	26	4	45	23	1.73
684495--685036	141	3.8	144	91	2	819	23	3	50	23	1.65
684618--685021	48	8.5	48	77	9	384	22	3	51	22	1.63
684495--684835	189	1.8	189	82	5	438	23	3	49	23	1.66
684591--685036	141	3.1	144	97	1	823	23	3	50	22	1.63
684909--685141	120	1.9	120	85	1	324	21	3	49	24	1.66
685029--685204	48	3.7	47	81	6	140	22	4	49	23	1.68
684957--685094	72	1.9	72	86	5	190	21	4	48	25	1.68
684899--685219	168	1.9	167	82	6	398	23	3	48	24	1.67
685005--685231	96	2.4	94	76	5	231	24	3	47	24	1.69
687215--687387	86	2.0	87	98	1	339	31	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694966--695020	22	2.6	21	74	25	53	47	1	0	50	1.11
707719--707753	16	2.1	17	89	5	54	40	2	0	57	1.14
707728--707766	21	1.9	21	89	5	62	33	5	0	61	1.18
708433--708745	158	2.0	158	100	0	626	26	8	16	47	1.76
720269--720325	30	1.9	30	92	0	96	24	14	8	52	1.69
721123--721215	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
721204--721318	20	5.7	20	78	6	88	32	24	17	26	1.97
721123--721215	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
721800--721857	19	3.0	20	82	5	64	17	18	22	41	1.90
723661--723706	20	2.3	20	92	0	74	39	26	19	15	1.91
723716--723771	14	3.7	14	78	17	67	50	23	16	10	1.76
723700--723776	32	2.4	33	97	2	147	45	22	19	12	1.84
723788--723845	14	3.9	14	75	16	62	10	15	24	50	1.75
723783--723861	32	2.4	33	93	2	133	11	17	22	48	1.79
723810--723903	19	5.2	19	75	13	72	13	21	21	43	1.87
723846--723900	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
723964--724052	32	2.8	31	83	6	115	11	16	24	47	1.80
723975--724052	33	2.4	32	91	4	122	11	17	23	47	1.80
724037--724092	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
723764--724144	191	2.0	193	97	2	721	17	17	22	42	1.88
725905--725940	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
726038--726091	14	3.5	14	75	22	54	50	20	18	11	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726019--726096	33	2.4	33	88	0	111	43	21	21	12	1.86
726047--726096	19	2.9	18	75	24	63	50	18	20	12	1.78
726096--726133	20	1.9	20	94	0	67	15	21	23	39	1.92
727069--727122	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
727296--727320	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
729603--729727	19	7.4	19	66	24	100	44	18	21	16	1.87
729603--729728	33	3.8	32	86	8	182	43	19	21	15	1.88
729604--729728	66	1.9	66	95	3	225	43	19	21	16	1.88
729745--729800	14	3.6	14	74	21	58	8	23	23	44	1.81
729758--729818	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
729738--729818	33	2.5	33	95	0	144	11	22	20	45	1.82
729925--729960	14	2.6	14	86	4	56	47	25	0	27	1.52
731318--731523	42	4.9	41	72	9	155	22	17	36	22	1.94
731318--731384	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
731348--731523	84	2.1	84	100	0	352	23	16	38	22	1.93
731731--731917	91	2.0	90	89	6	286	47	18	11	21	1.81
732053--732202	63	2.4	63	85	4	160	27	36	18	18	1.94
732084--732214	63	2.1	63	100	0	262	23	37	18	20	1.94
733667--733773	19	5.8	19	76	12	107	45	18	22	13	1.84
733667--733778	33	3.1	38	78	11	108	44	18	23	13	1.85
733774--733818	19	2.4	19	84	0	63	6	15	26	51	1.68
734360--734453	20	4.7	20	80	7	91	23	19	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734380--734474	41	2.3	41	81	3	111	20	21	23	35	1.96
735353--735417	29	2.2	29	83	0	76	21	23	20	35	1.96
744310--744349	21	1.9	21	85	10	55	40	5	0	55	1.22
748056--748158	51	2.0	51	81	3	118	19	32	26	22	1.97
751603--751645	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
751625--751778	68	2.2	69	87	5	215	27	27	27	18	1.98
752145--752203	30	2.0	30	93	0	100	38	3	23	33	1.72
752417--752484	22	3.0	22	97	2	127	19	26	27	26	1.99
763088--763130	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
763110--763262	68	2.2	68	88	4	220	27	27	26	18	1.98
763629--763687	30	2.0	30	93	0	100	38	3	23	33	1.72
763901--763968	22	3.0	22	97	2	127	19	26	27	26	1.99
765227--765283	24	2.4	24	85	5	71	75	5	0	19	0.99
765760--765794	18	1.9	18	88	0	52	28	20	22	28	1.98
767303--767521	111	2.0	111	96	0	402	44	11	7	36	1.69
767816--767947	51	2.6	51	80	1	149	21	26	32	19	1.97
771022--771174	76	2.0	75	93	1	261	24	11	8	54	1.64
774849--774989	32	4.5	32	85	6	193	40	11	2	45	1.55
779183--779215	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
784671--785225	277	2.0	277	100	0	1110	37	13	15	32	1.87
786853--786895	12	3.5	13	81	12	63	44	0	0	55	0.99
791846--791924	34	2.3	34	86	4	106	13	34	20	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807374--807446	31	2.4	30	80	13	78	39	0	1	58	1.06
807363--807447	32	2.7	32	75	10	84	38	0	2	58	1.11
809166--809213	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
809217--809310	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
809832--809928	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
809830--809935	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
810317--810603	126	2.3	126	98	0	547	33	19	26	21	1.97
810599--810624	9	2.9	9	100	0	52	46	11	19	23	1.82
811053--811107	27	2.1	28	83	16	73	40	1	0	58	1.09
811094--811150	23	2.6	22	91	8	98	43	12	3	40	1.59
812322--812347	9	2.9	9	100	0	52	0	46	11	42	1.40
815306--815354	24	2.1	24	88	3	73	38	16	6	38	1.73
820671--820716	24	2.0	24	82	4	58	56	2	4	36	1.31
828138--828231	20	4.6	19	78	13	80	21	29	3	45	1.67
828162--828255	23	4.3	23	85	6	99	19	32	2	45	1.62
828242--828338	48	2.0	48	93	0	167	37	15	16	30	1.90
829739--829773	14	2.6	13	91	8	61	42	5	0	51	1.25
830524--830618	42	2.3	42	96	0	172	15	17	20	46	1.84
830785--830833	14	3.4	14	82	2	62	48	0	0	51	1.00
830787--830858	28	2.5	29	82	6	76	52	0	0	47	1.00
830786--830905	59	2.0	59	81	12	140	50	0	0	47	1.12
831081--831175	42	2.3	42	94	0	163	46	18	18	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837652--837707	27	2.1	27	100	0	112	44	8	17	28	1.79
839307--839367	29	2.1	28	85	11	79	44	3	4	47	1.41
843638--843694	29	1.9	30	89	3	89	19	10	14	56	1.67
845495--845537	20	2.2	20	88	12	63	44	0	0	55	0.99
845495--845540	21	2.3	20	82	13	60	45	0	0	54	0.99
848482--848761	141	2.0	139	98	1	542	36	13	20	30	1.90
850374--854080	745	5.0	745	97	1	6903	38	18	16	25	1.92
855220--855267	21	2.3	21	100	0	96	50	10	10	29	1.70
866374--866593	106	2.1	105	81	5	248	30	23	13	32	1.93
869287--869354	29	2.2	30	82	7	84	33	0	1	64	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9