genome.fa.s8439.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008439.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111238_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2703160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1013 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020273--2020433	64	2.5	63	85	7	191	34	18	21	26	1.96
2021808--2022124	151	2.1	150	95	2	575	28	16	20	34	1.94
2022092--2022136	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
2024063--2024129	28	2.4	28	87	0	98	13	7	32	46	1.71
2025574--2025664	43	2.1	43	97	0	173	37	20	4	37	1.73
2035119--2035162	2	22.5	2	95	4	81	50	0	50	0	1.00
2037305--2037350	22	2.1	22	87	0	65	60	0	2	36	1.09
2053055--2053119	23	2.8	23	88	0	85	10	20	15	53	1.71
2062313--2062337	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
2065547--2065584	18	2.1	18	100	0	76	21	31	5	42	1.75
2069802--2069869	6	11.3	6	100	0	136	33	50	16	0	1.45
2070089--2070179	19	4.4	20	74	17	78	31	28	4	35	1.77
2070368--2070582	107	2.0	107	95	0	385	18	22	27	32	1.97
2071435--2071509	31	2.5	30	84	2	96	45	1	5	48	1.33
2080385--2080429	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
2105468--2105492	9	2.8	9	100	0	50	52	36	0	12	1.39
2105755--2106240	242	2.0	242	91	1	787	39	19	12	28	1.88
2107157--2107619	112	4.1	112	92	1	721	47	13	13	26	1.79
2107604--2107677	20	3.7	20	98	0	139	33	12	10	43	1.77
2107643--2107983	180	1.9	182	92	1	578	43	12	15	28	1.83
2108417--2108464	23	2.1	23	88	0	69	37	12	8	41	1.73
2110753--2110782	15	2.0	15	93	0	51	13	16	40	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117713--2118067	82	4.3	82	92	0	577	35	20	17	26	1.95
2124148--2124192	22	2.0	22	95	0	81	31	4	6	57	1.44
2124277--2124321	16	2.8	16	79	0	54	48	22	11	17	1.78
2148101--2148139	6	6.2	6	82	11	51	17	5	2	74	1.12
2148101--2148139	13	3.1	12	82	10	51	17	5	2	74	1.12
2158263--2158298	19	1.9	19	88	5	56	50	0	2	47	1.15
2158409--2158477	31	2.2	31	78	0	75	52	17	7	23	1.69
2163566--2163617	22	2.4	21	84	9	68	34	0	5	59	1.21
2173125--2173155	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
2173228--2173294	16	4.2	16	84	0	71	58	23	8	8	1.57
2173225--2173289	32	2.0	32	84	0	85	56	24	10	7	1.59
2173526--2173597	11	6.5	11	93	3	126	27	27	16	27	1.97
2174420--2174466	14	3.3	14	82	5	67	53	25	12	8	1.67
2178270--2178310	20	2.1	19	86	13	57	24	2	0	73	0.96
2182883--2182968	45	1.9	45	90	0	136	19	9	12	58	1.62
2185824--2185849	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2193548--2193624	39	2.0	39	84	0	100	27	12	20	38	1.89
2197384--2197423	21	2.0	20	85	5	53	70	0	10	20	1.16
2202869--2202918	22	2.4	20	78	15	57	34	4	24	38	1.74
2212305--2212452	73	2.0	73	94	0	260	35	14	27	22	1.93
2216169--2216244	15	5.3	15	75	9	77	44	0	1	53	1.08
2216154--2216245	42	2.2	42	92	1	150	44	1	3	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216184--2216234	27	2.0	26	84	7	68	41	0	1	56	1.10
2216530--2216586	30	1.9	30	88	0	87	38	10	10	40	1.74
2220138--2220171	14	2.4	14	90	0	50	67	5	0	26	1.13
2220609--2220635	6	4.5	6	100	0	54	14	0	51	33	1.43
2232021--2232047	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2234126--2234232	34	3.1	33	78	14	85	34	0	3	61	1.14
2234159--2234237	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
2234430--2234477	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2234481--2234574	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
2235077--2235173	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
2235075--2235180	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
2235560--2235912	126	2.8	126	99	0	697	31	19	26	22	1.98
2235979--2236019	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2240187--2240273	43	2.0	43	95	0	156	35	14	12	36	1.85
2249765--2249798	17	2.1	17	88	5	52	44	5	2	47	1.42
2251938--2251998	32	1.9	32	93	0	104	32	22	21	22	1.98
2268068--2268313	54	4.5	55	76	7	230	26	20	25	26	1.99
2268019--2268313	54	5.4	55	74	7	197	27	20	25	26	1.99
2268100--2268310	112	1.9	113	86	1	307	26	21	26	26	1.99
2268106--2268335	55	4.1	54	74	9	196	26	20	26	27	1.99
2268429--2268587	81	2.0	81	88	0	237	30	21	30	16	1.96
2272002--2272026	6	4.2	6	100	0	50	0	48	16	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275086--2275175	31	2.9	30	86	6	117	34	12	13	40	1.82
2275721--2275778	23	2.4	23	83	13	64	36	5	5	53	1.46
2283202--2283245	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2296599--2296682	40	2.1	41	84	2	107	42	10	5	40	1.64
2309549--2309637	36	2.5	33	81	10	106	32	4	17	44	1.69
2314108--2314212	35	3.0	35	92	2	167	29	4	20	45	1.71
2316353--2316412	31	1.9	31	83	6	77	51	6	1	40	1.38
2319141--2319181	17	2.5	17	88	4	57	21	21	29	26	1.99
2320943--2320977	14	2.4	15	95	4	63	48	0	0	51	1.00
2320964--2321020	29	2.0	29	86	10	82	45	0	1	52	1.11
2321352--2321388	13	2.9	13	92	4	58	75	0	0	24	0.80
2329896--2329949	22	2.4	23	75	3	56	37	3	5	53	1.42
2331078--2331126	25	2.0	25	83	0	62	53	2	2	42	1.24
2332073--2332111	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2342053--2342078	11	2.4	11	100	0	52	34	0	7	57	1.27
2355233--2355272	17	2.4	17	95	0	71	30	27	25	17	1.97
2360637--2360840	102	2.0	102	98	0	390	35	21	11	32	1.89
2397078--2397121	23	1.9	22	82	17	54	52	0	6	40	1.28
2397157--2397185	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2397506--2397553	24	2.0	24	84	8	62	56	4	4	35	1.38
2422824--2422942	36	3.3	35	79	10	141	21	24	21	32	1.98
2424584--2424634	21	2.3	21	80	10	57	35	19	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429106--2429164	21	2.8	21	73	16	59	61	3	8	27	1.41
2429059--2429165	42	2.5	43	77	5	119	57	5	10	27	1.54
2440500--2440544	5	9.2	5	83	11	58	42	0	0	57	0.98
2440506--2440551	9	5.1	9	84	10	51	43	0	0	56	0.99
2440506--2440544	14	2.8	14	96	0	69	43	0	0	56	0.99
2445908--2446011	51	2.0	52	92	1	174	35	10	6	47	1.65
2446203--2446248	14	3.3	15	77	22	55	47	0	0	52	1.00
2446345--2446376	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
2447495--2447784	146	2.0	146	83	5	363	41	5	3	48	1.45
2451248--2451297	26	1.9	26	84	8	66	32	2	6	60	1.32
2451963--2452016	22	2.5	22	100	0	108	16	3	7	72	1.22
2455489--2455516	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
2455764--2455802	10	3.9	10	89	0	60	0	20	20	58	1.39
2455959--2456012	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
2456077--2456128	17	3.1	17	75	13	54	50	1	3	44	1.31
2458624--2458651	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2470479--2470550	34	2.1	35	84	7	94	26	13	6	52	1.66
2471007--2471415	51	8.0	51	88	2	563	36	26	18	18	1.94
2478267--2478301	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2486771--2486920	59	2.5	57	75	14	142	36	17	3	43	1.66
2487111--2487222	29	3.8	29	72	15	86	51	5	9	33	1.57
2487090--2487221	60	2.2	60	82	5	160	50	6	9	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487118--2487233	60	1.9	60	82	3	144	53	6	8	31	1.58
2487540--2487574	13	2.7	13	95	0	61	48	0	0	51	1.00
2496149--2496211	31	2.0	31	81	6	74	46	6	3	44	1.45
2496521--2496546	12	2.2	12	100	0	52	7	0	15	76	0.99
2505667--2505696	15	2.0	15	93	0	51	23	33	16	26	1.96
2515291--2515395	53	2.0	53	90	0	165	21	18	6	53	1.67
2516388--2516438	26	1.9	26	84	4	66	35	11	7	45	1.70
2519740--2519780	6	7.0	6	78	15	50	46	0	0	53	1.00
2519740--2519780	11	3.5	12	83	12	50	46	0	0	53	1.00
2520998--2521158	57	2.7	59	80	5	175	36	18	4	40	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9