genome.fa.s8445.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008445.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111250_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  899959

Tables:   1   2   3   4   

This is table  4  of  4  ( 469 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680762--681023	117	2.2	117	90	0	407	30	22	10	37	1.87
681428--681475	19	2.6	18	83	9	62	27	27	18	27	1.98
681582--681618	16	2.2	17	95	4	67	27	35	0	37	1.57
689106--689176	29	2.4	29	83	6	81	26	12	4	56	1.55
694244--694507	44	5.8	45	72	16	156	23	20	8	46	1.78
694338--694613	44	6.4	43	73	9	190	25	20	8	46	1.78
696334--696358	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
696315--696554	38	6.6	37	78	14	234	44	3	5	46	1.44
696401--696543	68	2.1	70	89	7	222	45	2	4	46	1.39
696315--696558	37	6.7	36	78	15	204	44	3	5	46	1.43
696360--696582	37	6.2	37	75	19	124	42	3	4	49	1.40
696562--696606	20	2.5	17	78	21	56	24	0	0	75	0.80
696812--696864	16	3.4	16	68	5	54	11	22	58	7	1.57
696797--696870	31	2.4	31	95	0	139	13	22	56	6	1.60
697219--697276	27	2.0	28	83	9	73	27	5	0	67	1.12
700936--701115	94	1.9	94	86	6	258	32	17	17	32	1.94
702281--703259	83	11.9	83	80	5	1037	30	25	19	24	1.98
702301--703259	164	5.9	163	83	4	1049	30	25	19	24	1.98
702262--703262	327	3.0	325	81	5	1158	30	24	19	24	1.98
703852--703890	2	20.0	2	84	5	53	46	5	0	48	1.24
703913--703964	27	1.9	27	92	0	86	42	3	5	48	1.45
703878--703999	63	1.9	63	86	3	174	40	3	9	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703991--704082	13	6.8	13	67	14	53	48	2	4	44	1.34
703909--704157	102	2.5	100	83	10	285	45	3	6	44	1.44
703926--704172	36	6.9	36	79	13	178	44	3	6	45	1.45
704183--704210	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
706889--706943	28	2.0	28	85	7	76	32	21	21	23	1.98
706917--707005	43	2.1	43	86	0	124	26	19	19	34	1.95
711688--712208	46	11.5	46	89	2	777	24	23	9	43	1.82
711688--712208	20	22.9	25	70	22	291	24	23	9	43	1.82
711688--712208	224	2.3	226	90	3	807	24	23	9	43	1.82
711688--712199	178	2.8	182	89	4	759	24	23	9	43	1.83
712578--712791	95	2.3	93	86	7	287	24	25	14	35	1.94
718941--718979	20	2.0	20	84	0	51	23	28	7	41	1.82
718966--719168	26	8.5	26	68	19	165	24	21	10	43	1.84
718948--719048	45	2.2	46	94	1	177	22	22	9	44	1.82
718968--719122	71	2.2	72	89	1	249	25	20	9	44	1.82
719051--719183	46	2.9	46	90	2	205	24	21	11	42	1.85
726318--726481	53	3.1	53	91	1	258	39	18	17	25	1.92
732756--732784	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
734062--734233	90	1.9	89	95	1	308	46	6	10	36	1.65
746106--746157	20	2.6	20	96	0	95	34	19	15	30	1.93
746407--746437	12	2.5	13	94	5	55	16	16	0	67	1.23
750418--750761	173	2.0	174	97	1	647	40	13	21	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753267--753348	3	27.0	3	75	7	76	65	0	0	34	0.93
753955--754044	22	4.3	22	74	18	102	14	25	11	48	1.76
753937--754022	39	2.2	39	97	0	163	16	24	10	48	1.77
762998--763029	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
766949--766989	21	2.0	21	85	4	57	56	4	0	39	1.21
767267--767321	27	2.0	28	82	10	69	56	7	5	30	1.49
768589--768675	3	29.0	3	75	9	70	60	1	0	37	1.04
771453--771485	17	1.9	17	93	0	57	18	42	27	12	1.85
771479--771507	7	4.3	7	91	8	51	13	34	27	24	1.93
771483--771507	13	1.9	13	100	0	50	16	32	28	24	1.96
778226--778264	17	2.3	17	95	0	69	17	43	23	15	1.87
778254--778285	7	4.6	7	92	0	55	18	31	25	25	1.98
780907--780939	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
780915--780999	22	4.1	20	74	15	66	51	1	0	47	1.08
781025--781088	28	2.2	29	86	2	85	50	1	3	45	1.27
783315--783357	17	2.5	17	80	0	50	37	18	2	41	1.63
793744--793781	17	2.2	18	90	9	62	7	0	26	65	1.19
798893--798936	18	2.4	19	92	3	72	29	18	4	47	1.68
798948--799007	20	3.0	20	90	0	84	23	18	10	48	1.78
806791--806827	12	3.1	12	96	0	65	24	54	0	21	1.45
816423--816462	12	3.3	12	89	6	55	2	7	0	90	0.55
821935--822353	217	1.9	214	87	6	605	32	9	14	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822798--823087	159	1.8	158	91	4	476	50	5	16	27	1.68
822798--823143	159	2.2	158	86	6	466	50	5	16	27	1.67
830752--830794	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
831426--831649	112	2.0	112	90	1	351	28	18	21	31	1.97
835263--835322	22	2.7	23	84	2	86	36	6	18	38	1.77
843137--843166	15	2.0	15	100	0	60	33	40	20	6	1.78
846210--846238	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
847623--847659	9	4.4	9	80	19	53	24	0	0	75	0.80
847631--847659	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
852713--852777	21	3.0	21	82	12	85	24	26	23	26	2.00
852712--852785	24	3.3	22	81	10	96	25	25	20	28	1.99
856133--856159	8	3.4	8	100	0	54	44	0	0	55	0.99
856446--856486	21	2.0	21	85	0	55	65	0	0	34	0.93
856426--856511	28	2.8	31	84	13	124	59	0	0	40	0.97
857085--857149	21	3.0	21	75	18	55	47	0	0	52	1.00
857729--857784	27	2.2	26	83	6	69	57	0	3	39	1.16
857771--857831	25	2.4	25	81	10	70	50	1	4	42	1.33
857771--857838	25	2.6	25	78	19	68	51	1	5	41	1.35
857910--857935	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
858372--858421	22	2.2	23	82	3	57	34	12	4	50	1.58
858631--858691	31	2.0	31	93	0	104	52	11	8	27	1.66
859699--859757	31	1.9	31	96	0	109	42	6	8	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859781--859824	22	2.0	22	95	0	79	50	6	0	43	1.29
859784--859832	22	2.2	22	85	3	62	55	8	0	36	1.30
859922--859980	31	1.9	31	96	0	109	42	6	8	42	1.61
864220--864250	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
864283--864399	39	3.0	39	78	13	125	37	18	0	42	1.57
865124--865214	31	2.8	32	74	18	96	47	2	2	48	1.26
867101--867153	22	2.4	22	87	0	70	32	13	35	18	1.90
870274--870317	12	3.7	12	84	0	52	22	15	11	50	1.76
872298--872367	34	2.1	32	84	5	86	25	28	14	31	1.95
872582--872621	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
872734--872807	20	3.7	20	80	3	85	29	24	25	20	1.99
872952--873015	29	2.2	30	88	2	94	50	15	6	28	1.68
872963--873022	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
877375--877417	21	2.0	21	100	0	86	39	23	0	37	1.55
877499--877530	15	2.2	14	94	5	55	31	6	3	59	1.38
881650--881696	23	2.0	23	95	0	85	36	6	34	23	1.80
886358--886453	5	18.2	5	76	19	81	79	0	18	2	0.84
886359--886452	6	16.5	6	80	15	103	80	0	17	2	0.80
886359--886453	11	8.9	11	83	13	119	80	0	17	2	0.82
889494--889541	19	2.3	21	79	10	55	62	6	2	29	1.31
891813--891881	19	3.6	19	82	3	77	28	17	8	44	1.78

Tables:   1   2   3   4

The End!