genome.fa.s8448.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008448.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111253_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  805563

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3411--3461	22	2.3	22	86	0	75	11	11	13	62	1.54
7395--7439	17	2.8	15	83	12	54	4	13	8	73	1.23
7684--7721	19	2.0	20	90	10	62	65	0	10	23	1.23
8545--8583	15	2.6	15	83	0	51	71	0	15	12	1.14
8799--8840	6	6.8	6	86	13	59	0	19	0	80	0.70
8799--8840	13	3.4	12	87	12	59	0	19	0	80	0.70
11382--11425	12	3.8	11	83	16	54	84	2	13	0	0.73
19312--19373	24	2.6	25	79	7	74	8	16	11	64	1.48
22845--22883	15	2.6	15	84	8	53	12	25	0	61	1.31
23179--23271	2	46.5	2	100	0	186	49	0	0	50	1.00
28859--28913	24	2.3	25	81	6	60	32	16	21	29	1.95
31039--31087	19	2.5	20	90	3	73	44	6	12	36	1.67
33712--33754	23	1.9	21	81	13	50	34	13	18	32	1.90
37162--37186	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
40322--40361	14	3.0	14	85	7	57	2	20	0	77	0.88
41353--41392	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
43909--44066	73	2.1	72	82	9	185	41	19	17	22	1.91
54680--54736	19	3.1	18	85	14	64	1	15	5	77	1.03
54674--54736	20	3.2	19	78	17	67	3	15	4	76	1.09
54953--54992	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
63966--63995	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
64267--64385	21	5.5	21	71	17	75	61	1	5	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64844--64948	37	2.8	37	86	0	147	31	14	14	40	1.86
65988--66022	15	2.3	15	90	0	52	22	8	14	54	1.67
97352--97390	12	3.2	12	85	0	51	10	25	30	33	1.89
97743--97943	102	2.0	102	95	2	359	49	13	8	27	1.71
100194--100237	23	1.9	24	81	9	56	38	2	0	59	1.10
105436--105614	58	3.1	58	78	9	204	42	15	6	35	1.72
105786--105934	45	3.4	43	85	6	167	42	14	9	32	1.78
111101--111137	19	1.9	19	88	0	56	67	5	5	21	1.31
112667--112721	21	2.6	21	88	0	83	21	18	41	18	1.90
118362--118396	11	3.1	11	87	4	52	62	8	20	8	1.49
138893--138939	16	3.0	16	78	12	53	17	21	0	61	1.34
142024--142073	24	2.1	24	92	7	84	32	14	12	42	1.82
147637--147674	20	1.9	20	100	0	76	52	2	10	34	1.50
149152--149200	24	2.0	24	96	0	89	32	14	12	40	1.83
150418--150467	24	2.1	24	88	0	73	22	10	18	50	1.76
151311--151349	17	2.3	17	86	0	51	66	2	2	28	1.18
151912--152230	174	1.8	175	91	2	525	46	9	6	37	1.61
155271--155311	18	2.3	18	87	4	57	29	7	2	60	1.36
169671--169717	13	3.6	14	77	11	55	2	65	0	31	1.04
170370--170472	31	3.5	29	85	13	124	39	11	12	35	1.80
170560--170665	29	3.6	28	77	9	79	39	13	10	36	1.78
171215--171325	57	1.9	57	85	3	152	37	15	17	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172035--172138	3	34.7	3	94	0	181	34	1	0	63	1.06
174176--174200	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
184846--184895	10	5.2	9	83	11	55	82	0	18	0	0.68
185207--185251	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
185927--186319	83	4.7	83	94	0	671	27	12	22	37	1.91
186757--187252	114	4.3	115	89	3	736	36	12	19	30	1.90
187160--187325	72	2.3	72	90	1	260	34	15	16	34	1.90
187044--187440	185	2.1	185	88	2	589	35	14	18	31	1.92
187232--187598	113	3.3	113	94	0	619	37	14	19	28	1.90
186927--187550	298	2.1	303	90	3	983	35	14	19	31	1.91
187924--188022	3	32.7	3	93	2	171	34	1	0	64	1.00
190782--190827	3	14.7	3	82	17	58	34	0	0	65	0.93
190782--190827	10	4.5	10	91	8	67	34	0	0	65	0.93
190941--191069	60	2.2	60	95	0	231	28	45	10	14	1.79
197407--197520	36	3.2	36	89	2	131	28	17	14	40	1.88
197437--197544	36	3.0	36	91	0	126	27	21	12	38	1.89
197725--198002	131	2.1	131	81	3	317	27	30	16	25	1.96
198271--198320	3	16.7	3	76	15	50	36	0	4	60	1.16
198271--198313	11	4.0	10	85	11	50	34	0	2	62	1.08
198272--198324	16	3.2	16	80	17	56	37	0	3	58	1.16
198283--198320	13	3.2	12	82	10	51	34	0	5	60	1.19
199267--199293	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202315--202344	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
209688--209745	23	2.6	23	86	2	73	18	20	12	48	1.80
212672--212723	22	2.4	21	84	9	61	53	0	9	36	1.34
213575--213611	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
213640--213748	20	5.4	20	83	6	139	30	24	19	25	1.98
213640--213770	61	2.1	61	91	0	208	32	23	18	25	1.97
213918--213959	22	1.9	22	100	0	84	26	45	9	19	1.80
214338--214454	20	6.2	20	73	11	86	17	17	23	40	1.91
214353--214455	53	1.9	54	86	2	145	15	17	24	42	1.88
214338--214476	73	1.9	73	88	2	208	20	15	21	41	1.90
216473--216568	19	5.3	19	74	15	78	15	18	23	41	1.89
216521--216568	20	2.5	19	93	3	78	14	18	27	39	1.90
216561--216598	20	2.0	20	94	5	69	21	10	21	47	1.80
217076--217117	21	2.2	20	87	12	61	21	30	19	28	1.97
217081--217192	42	2.7	42	81	5	111	22	35	18	23	1.96
217123--217192	21	3.3	21	68	5	61	22	35	20	21	1.96
218469--218530	14	4.3	14	77	6	61	38	0	14	46	1.45
218723--218878	20	8.2	20	77	11	166	26	20	21	31	1.98
218714--218858	72	2.0	72	94	0	254	25	20	20	33	1.97
218855--218950	34	2.8	34	85	4	140	20	16	25	37	1.93
218929--219198	140	1.9	140	96	0	504	43	15	12	28	1.83
221321--221357	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222421--222528	20	5.3	20	75	10	103	24	19	25	30	1.98
222422--222528	40	2.6	41	88	4	146	24	19	25	30	1.98
222554--222590	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
223698--223843	72	2.0	72	100	0	292	26	23	13	36	1.92
224934--224974	16	2.9	14	83	16	57	29	0	0	70	0.87
224938--225001	11	5.7	11	70	15	51	25	3	0	71	1.00
230500--230538	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
236932--236970	21	1.9	20	84	5	51	12	2	17	66	1.35
237583--237612	16	1.9	16	93	6	53	33	33	0	33	1.58
247025--247062	20	1.9	20	84	10	51	15	0	18	65	1.27
247025--247063	21	1.9	20	89	5	60	15	0	17	66	1.25
247688--247727	21	1.9	21	89	0	62	27	37	0	35	1.57
250327--250368	19	2.1	21	86	8	61	40	0	0	59	0.97
250599--250628	16	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
251457--251503	22	2.0	23	84	8	60	38	12	31	17	1.87
251506--251552	22	2.2	20	85	7	58	42	2	0	55	1.12
251651--251697	20	2.2	21	85	11	60	57	0	2	40	1.11
252065--252112	20	2.3	20	85	7	60	56	0	2	41	1.11
259423--259475	27	2.0	27	92	0	88	22	18	24	33	1.97
267760--267819	26	2.3	26	94	0	102	31	38	20	10	1.85
267816--267890	2	40.0	2	79	12	79	56	41	0	2	1.13
267816--267890	13	5.6	13	84	6	105	56	41	0	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267824--267890	15	4.7	15	78	10	79	56	40	0	2	1.14
271356--271427	3	24.0	3	100	0	144	33	0	0	66	0.92
273262--273304	16	2.7	16	85	0	59	20	27	23	27	1.99
273862--273932	27	2.6	27	86	4	90	45	11	14	29	1.79
274617--275066	225	2.0	225	98	0	866	35	16	17	31	1.92
275631--275705	31	2.4	31	86	0	105	14	26	28	30	1.95
277803--278138	46	7.4	45	85	7	400	43	13	21	21	1.87
277803--278139	90	3.7	90	82	6	407	43	13	21	21	1.87
277803--278139	136	2.5	137	85	5	454	43	13	21	21	1.87
279992--280051	31	2.0	31	96	3	113	45	10	16	28	1.80

Tables:   1   2   3   4