genome.fa.s8449.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008449.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111254_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1344907

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1307--1350	22	2.1	20	87	8	61	22	6	2	68	1.25
2810--3204	199	2.0	200	86	2	562	35	12	16	35	1.86
19149--19231	40	2.1	40	88	2	123	24	15	26	33	1.95
24690--24746	15	3.7	15	88	2	69	56	8	22	12	1.63
28581--28672	26	3.6	26	68	16	75	52	7	38	2	1.42
28575--28670	51	1.9	50	89	10	151	53	7	37	2	1.41
31053--31082	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
31136--31349	85	2.5	85	84	4	263	32	17	20	29	1.96
31328--31385	13	4.5	13	84	0	62	31	15	20	32	1.94
47444--47520	40	1.9	39	84	7	102	19	20	27	32	1.97
60199--60276	40	2.0	40	92	2	131	20	20	29	29	1.98
65969--66004	18	2.0	18	94	0	63	11	25	38	25	1.88
97320--97381	19	3.1	20	77	11	65	61	0	33	4	1.17
97337--97405	37	1.9	35	88	5	102	56	0	37	5	1.23
100109--100351	42	5.8	42	78	7	233	31	18	25	24	1.98
100100--100351	85	3.0	84	79	4	267	31	18	25	24	1.97
100109--100351	127	1.9	125	81	3	290	31	18	25	24	1.98
104154--104326	38	4.4	40	76	11	144	33	15	19	31	1.93
107441--107613	90	2.0	87	93	3	292	38	10	6	44	1.65
113509--113564	2	27.5	2	96	3	103	50	1	0	48	1.11
114202--114374	89	1.9	88	94	2	301	36	10	6	45	1.67
119532--119578	24	2.0	24	91	0	76	14	10	4	70	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124761--124804	23	2.0	23	86	4	63	61	6	15	15	1.54
124750--124805	23	2.4	23	79	8	60	64	8	14	12	1.50
124791--124820	11	2.7	11	94	0	51	86	0	13	0	0.57
125856--125903	25	1.9	25	91	8	80	14	12	4	68	1.34
127244--127362	23	5.3	22	76	9	91	32	23	19	24	1.97
127257--127362	23	4.7	23	77	4	101	32	23	20	23	1.98
127273--127362	46	2.0	46	88	0	135	32	22	21	24	1.98
150337--150395	30	2.0	30	89	0	91	30	25	27	16	1.97
154745--154834	23	3.9	23	77	0	90	28	23	22	25	1.99
157862--157931	34	2.1	33	94	2	122	35	10	7	47	1.65
159809--160029	94	2.4	94	89	1	327	39	19	10	30	1.86
160033--160075	18	2.4	18	96	0	77	34	13	11	39	1.82
161752--161827	31	2.5	31	80	0	89	40	15	9	34	1.79
163559--163592	15	2.5	13	82	17	50	41	0	20	38	1.53
163564--163592	15	1.9	15	100	0	58	41	0	17	41	1.49
166623--166665	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
169450--169490	21	1.9	22	90	5	66	26	19	17	36	1.94
170385--170429	23	2.0	23	86	8	65	31	6	8	53	1.58
175138--175391	55	4.6	55	84	5	291	36	12	18	32	1.89
175134--175391	110	2.3	109	84	3	331	36	13	18	32	1.89
175517--175883	68	5.4	68	89	0	536	31	13	23	30	1.94
175846--176450	81	7.5	81	89	1	863	36	11	23	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193645--193701	26	2.2	26	100	0	114	33	21	21	24	1.97
194044--194496	49	9.4	49	74	12	266	26	26	14	32	1.94
194044--194489	98	4.6	96	76	13	346	26	26	14	32	1.94
199054--199165	47	2.5	44	88	5	154	38	6	20	34	1.78
199633--199682	20	2.5	20	93	0	82	20	22	18	40	1.92
204645--204707	29	2.2	29	85	5	83	39	4	23	31	1.76
206124--206237	47	2.5	44	88	5	158	39	8	19	32	1.82
207872--207940	29	2.4	29	95	0	120	40	18	8	31	1.81
216685--216737	17	3.1	17	86	0	70	39	15	5	39	1.70
224274--224324	22	2.4	22	80	9	61	17	3	15	62	1.47
224783--224824	3	14.3	3	80	5	50	66	0	2	30	1.04
224909--224966	22	2.6	22	79	17	66	48	1	1	48	1.22
224996--225029	12	2.9	12	86	4	52	55	2	0	41	1.15
225369--225457	43	2.1	43	87	8	128	25	23	19	31	1.98
227383--227538	82	1.9	83	88	5	235	28	25	12	33	1.92
227656--228358	54	13.1	54	85	3	832	28	18	20	32	1.96
227656--228358	160	4.4	162	84	4	879	28	18	20	32	1.96
228163--228302	27	5.2	27	62	24	71	30	16	21	32	1.95
231601--231692	48	1.9	48	88	0	139	33	26	13	27	1.93
231649--231878	82	2.8	83	84	4	311	26	22	13	37	1.91
231951--232549	54	11.2	53	83	5	586	28	17	19	34	1.95
231951--232549	108	5.6	108	82	4	660	28	17	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232232--232324	47	2.0	47	93	0	159	23	21	21	33	1.97
232018--232541	263	2.0	263	86	2	730	27	17	20	34	1.95
233324--233486	45	3.6	44	86	8	220	25	23	12	37	1.91
240272--240408	45	3.0	45	85	0	202	27	20	13	38	1.90
242227--242324	44	2.2	45	92	1	162	29	22	7	40	1.80
242398--242477	40	2.0	40	82	0	97	25	26	25	23	2.00
250298--250772	54	8.9	54	91	2	737	30	20	16	32	1.95
254205--254599	54	7.4	54	88	0	560	36	19	18	25	1.94
254205--254599	161	2.4	161	88	2	569	36	19	18	25	1.94
254591--254689	49	2.0	49	98	0	189	43	11	16	29	1.82
255788--256316	264	2.0	263	95	1	943	33	13	22	31	1.92
258344--258709	54	6.8	54	86	5	483	35	20	17	26	1.94
276511--276551	22	1.9	22	85	5	57	19	4	2	73	1.13
279561--280028	179	2.6	178	84	4	597	42	11	16	28	1.84
279951--279995	20	2.3	18	78	14	54	53	8	17	20	1.70
282125--282158	15	2.3	15	94	0	59	17	8	64	8	1.47
282237--282277	21	2.0	21	90	0	64	41	12	26	19	1.87
282547--282601	15	3.5	15	73	22	58	52	0	43	3	1.18
282534--282617	33	2.5	33	94	3	143	51	0	45	3	1.18
284145--284192	19	2.5	20	87	12	75	31	2	10	56	1.45
284776--285226	197	2.3	193	93	3	753	34	13	18	33	1.90
290059--290562	181	2.8	181	95	1	897	41	13	17	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290420--290693	143	1.9	144	93	0	478	43	14	17	24	1.86
290238--290884	323	2.0	321	93	1	1118	42	13	17	26	1.86
290564--291740	533	2.2	529	90	4	1858	42	12	17	27	1.86
290564--291740	351	3.3	359	89	6	1814	42	12	17	27	1.86
291939--291991	23	2.3	23	80	0	61	32	15	7	45	1.74
293578--293622	17	2.6	17	82	10	56	73	2	2	22	1.05
309667--309727	31	2.0	30	84	6	79	44	8	16	31	1.77
318095--318453	130	2.7	131	81	3	400	25	18	30	25	1.98
318576--318819	65	3.7	66	88	2	364	41	16	13	28	1.86
318576--318844	131	2.0	133	87	7	386	41	15	13	29	1.86
318576--318831	66	3.8	66	85	8	349	41	16	13	29	1.86
318942--319059	40	3.1	37	72	8	112	37	10	19	33	1.85
319386--319424	16	2.4	16	95	0	69	15	0	33	51	1.44
323067--323104	18	2.1	18	90	0	58	50	7	18	23	1.73
323993--324035	22	2.0	22	83	16	56	51	4	2	41	1.35
325664--325696	17	2.0	16	94	5	57	39	54	6	0	1.25
326819--326870	3	17.3	3	87	0	68	65	7	0	26	1.20
328725--328766	22	1.9	22	85	0	57	21	4	38	35	1.75
334552--334578	9	3.0	9	100	0	54	44	0	11	44	1.39
335972--336028	30	1.9	30	82	13	73	17	7	1	73	1.14
339814--339874	20	2.9	21	85	7	70	16	26	32	24	1.96
346522--346804	90	3.1	93	84	8	321	28	23	9	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
346522--346804	92	3.1	92	84	6	315	28	23	9	38	1.86
347175--347411	124	1.9	124	85	0	332	33	17	13	35	1.89
347342--347415	31	2.4	31	79	4	78	29	25	9	35	1.88
359407--359456	23	2.1	24	81	3	57	26	12	2	60	1.43
360113--360145	15	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
361712--361766	24	2.3	24	80	0	65	34	16	23	25	1.95
368049--368168	64	1.9	63	87	1	177	34	22	19	24	1.97
377861--377910	17	2.9	17	87	0	73	38	14	6	42	1.70
378715--378759	20	2.2	20	100	0	90	24	17	17	40	1.91
384045--384084	17	2.4	17	95	0	71	35	20	5	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6