genome.fa.s8449.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008449.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111254_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1344907

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586625--586690	19	3.7	19	71	19	61	48	22	19	9	1.77
586657--586696	19	2.1	19	85	0	53	52	25	15	7	1.68
586692--586717	12	2.2	12	100	0	52	73	19	7	0	1.07
586789--587166	94	4.1	93	93	4	595	47	18	12	21	1.81
586789--587166	190	2.0	184	90	5	591	47	18	12	21	1.81
588853--588965	33	3.1	38	78	15	128	43	19	23	14	1.87
588853--588965	19	6.1	19	75	13	101	43	19	23	14	1.87
588961--589031	19	3.7	19	84	1	88	11	19	22	46	1.81
589576--589669	20	4.7	20	80	2	116	21	20	17	41	1.90
589576--589669	41	2.3	40	85	1	116	21	20	17	41	1.90
589666--589721	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
589659--589731	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
589782--589834	21	2.5	22	75	6	65	35	18	24	20	1.95
590968--591005	12	3.5	11	86	10	51	21	0	0	78	0.74
590968--591000	12	2.9	12	91	8	52	18	0	0	81	0.68
591374--591518	54	2.7	54	96	0	263	33	19	12	35	1.89
592382--592463	23	3.7	21	77	19	71	19	7	4	68	1.32
592414--592463	22	2.3	21	83	16	66	20	4	6	70	1.25
592702--592728	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
593867--593980	20	5.7	20	84	0	147	28	25	20	25	1.99
594155--594197	22	2.0	22	95	0	77	23	41	16	18	1.89
594577--594626	19	2.6	19	78	6	57	16	18	22	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594583--594689	20	5.4	20	80	5	76	14	14	21	48	1.80
594653--594696	20	2.2	20	87	0	61	11	13	18	56	1.66
596273--596322	20	2.5	20	93	0	82	38	28	22	12	1.89
596382--596437	20	2.8	20	88	0	85	19	17	25	37	1.94
598438--598496	14	4.1	14	78	4	64	40	0	15	44	1.46
598598--598651	20	2.7	20	82	0	63	46	25	16	11	1.80
598694--598971	20	14.9	20	71	16	193	28	18	20	32	1.96
598662--598836	94	1.9	94	90	0	278	27	20	18	33	1.96
598736--598890	54	2.9	54	94	0	256	27	19	20	32	1.96
598790--598971	73	2.5	74	81	6	201	29	16	20	33	1.95
598942--599211	140	1.9	140	96	0	495	42	14	13	29	1.84
599271--599305	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
601342--601378	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
601370--601408	3	13.0	3	86	0	51	2	25	0	71	0.98
601369--601408	15	2.7	15	96	0	71	2	25	0	72	0.97
601583--601636	24	2.2	24	86	0	72	38	20	18	22	1.93
602458--602548	20	4.6	20	86	5	121	26	20	21	30	1.98
604827--604864	10	3.9	10	86	6	60	7	10	13	68	1.39
606666--606713	21	2.3	19	77	19	51	4	18	2	75	1.07
609137--609329	37	5.6	36	66	19	133	47	13	13	25	1.80
609184--609360	31	5.3	31	68	17	122	49	13	12	24	1.76
609041--609378	68	5.0	68	86	5	490	47	12	12	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
611024--611093	29	2.4	29	80	0	86	20	15	8	55	1.66
613347--613380	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
615524--615548	12	2.1	12	100	0	50	32	16	16	36	1.90
616909--617332	54	7.9	54	89	1	618	33	14	16	36	1.89
616909--617332	107	3.9	108	88	1	627	33	14	16	36	1.89
616909--617332	161	2.6	160	90	2	641	33	14	16	36	1.89
623432--623748	54	5.9	54	92	0	508	32	14	16	36	1.89
624439--624489	20	2.5	20	87	0	75	47	21	11	19	1.81
624483--624525	20	2.2	20	87	4	61	27	16	13	41	1.86
624637--624687	22	2.3	22	89	0	75	21	43	17	17	1.88
625072--625116	20	2.2	20	96	0	81	15	20	20	44	1.87
626791--626831	21	2.0	21	95	0	73	12	14	39	34	1.84
626871--626951	21	3.9	21	68	18	60	22	12	29	35	1.91
626857--626949	42	2.2	43	79	12	120	22	10	31	35	1.89
627060--627096	4	9.5	4	94	5	67	24	0	0	75	0.80
627240--627323	21	4.0	21	89	6	134	19	36	17	26	1.94
627241--627335	21	4.5	21	86	0	127	21	37	16	24	1.93
628735--628768	16	2.3	14	90	10	50	20	0	14	64	1.28
629053--629088	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
631250--631303	24	2.2	24	90	0	81	40	18	20	20	1.91
631428--631461	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
632209--632243	17	2.1	17	94	0	61	42	5	17	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
632208--632395	20	9.5	20	69	15	106	35	11	22	29	1.90
632208--632395	40	4.8	40	77	5	159	35	11	22	29	1.90
632208--632395	60	3.2	60	77	10	165	35	11	22	29	1.90
632338--632480	20	7.0	21	75	9	91	27	11	27	32	1.92
638556--638611	21	2.7	21	100	0	112	25	16	25	33	1.95
640215--640257	22	1.9	23	85	4	61	13	41	18	25	1.88
644995--645050	29	1.9	29	88	0	85	12	17	16	53	1.73
650607--650714	45	2.4	46	86	7	150	32	16	20	30	1.95
650910--650958	20	2.4	21	80	13	57	38	0	18	42	1.50
655867--655905	18	2.2	18	100	0	78	46	10	10	33	1.72
656726--656768	20	2.2	20	83	8	52	37	4	2	55	1.33
658624--658831	65	3.2	63	79	12	208	27	16	22	33	1.96
658805--658844	20	2.0	20	100	0	80	20	15	35	30	1.93
665023--665067	21	2.1	22	83	4	56	44	8	13	33	1.75
665421--665658	119	2.0	119	100	0	476	50	6	21	21	1.71
669917--669973	19	3.0	19	92	0	96	33	5	26	35	1.79
670403--670619	40	5.5	40	79	6	246	35	21	20	22	1.96
670403--670565	21	8.0	21	72	7	131	33	23	20	22	1.97
671940--671977	20	1.9	19	89	5	58	23	5	15	55	1.61
671982--672021	15	2.7	15	84	0	53	35	17	10	37	1.83
686849--686950	44	2.3	43	85	8	143	25	18	24	31	1.98
692694--692848	65	2.4	65	83	4	188	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695455--695556	44	2.3	43	83	5	125	26	19	23	30	1.98
701808--701884	21	3.7	21	75	8	77	24	23	20	31	1.98
707211--707347	20	6.8	20	71	6	105	32	19	18	29	1.96
707211--707347	61	2.2	61	82	0	166	32	19	18	29	1.96
712616--712743	60	2.1	60	84	4	159	35	21	13	30	1.91
716238--716349	55	2.1	55	80	8	122	62	8	21	8	1.48
717777--717806	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
719963--719999	18	2.1	18	94	0	65	35	8	27	29	1.85
724697--725318	188	3.3	188	88	2	912	26	19	16	37	1.93
725359--725401	20	2.2	20	91	0	68	39	23	11	25	1.88
725369--725412	20	2.2	20	83	0	52	34	18	13	34	1.90
729254--729382	6	23.2	6	69	15	80	79	0	17	3	0.88
729258--729376	38	3.1	36	77	14	107	79	0	15	4	0.87
729268--729352	10	8.4	10	77	16	52	78	0	15	5	0.93
729297--729392	50	1.9	51	83	14	128	80	1	13	5	0.94
729257--729392	21	6.1	21	76	15	116	79	0	15	4	0.93
729260--729392	22	5.9	22	76	12	119	78	0	15	4	0.94
730609--730902	134	2.2	134	84	6	389	34	20	15	29	1.94
731261--731299	20	2.0	20	100	0	78	33	35	15	15	1.89
741513--741572	24	2.5	24	78	10	77	15	15	15	55	1.71
741733--741759	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
743672--743713	12	3.4	12	80	6	57	14	40	23	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746192--746255	24	2.7	24	100	0	128	23	15	17	43	1.87
746192--746297	12	8.9	12	68	10	74	18	16	16	47	1.83
746192--746297	24	4.5	24	86	1	115	18	16	16	47	1.83
750525--750575	9	5.2	10	82	17	63	37	0	0	62	0.95
750540--750577	3	13.0	3	94	5	69	34	0	0	65	0.93
751108--751151	18	2.4	19	77	11	56	18	6	0	75	1.02
753801--753895	24	4.0	24	80	0	109	18	15	16	48	1.81
753801--753893	12	7.8	12	70	9	64	18	16	17	48	1.82
753787--753895	48	2.3	49	82	6	118	18	16	16	48	1.81
754791--754829	17	2.2	18	90	4	62	28	30	12	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6