genome.fa.s8449.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008449.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111254_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1344907

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756161--756219	30	1.9	31	86	3	84	45	5	0	49	1.24
758600--758662	18	3.4	18	78	20	67	17	4	1	76	1.04
759167--759208	21	2.0	22	90	4	68	59	7	0	33	1.25
759577--759640	30	2.1	30	88	0	92	34	12	12	40	1.81
760027--760150	50	2.4	52	81	8	146	28	12	14	45	1.81
761969--762017	24	2.0	24	84	8	62	51	0	0	48	1.00
761973--762038	33	2.0	34	85	8	91	51	0	0	48	1.00
763059--763090	15	2.1	15	100	0	64	40	40	0	18	1.51
763151--763199	24	2.1	23	84	3	62	40	4	2	53	1.32
768793--769821	81	12.7	81	85	1	1310	30	22	11	36	1.89
769762--770086	68	4.8	68	88	0	490	29	24	14	31	1.95
769762--770083	135	2.4	136	88	2	486	29	25	14	31	1.95
770055--770118	32	2.0	32	96	0	119	32	21	12	32	1.91
770347--770671	59	5.5	59	88	3	476	34	17	12	36	1.87
770933--770964	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
771558--771590	17	1.9	17	93	0	57	42	15	12	30	1.83
774183--774209	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
774348--774408	29	2.1	29	84	0	77	22	22	6	47	1.74
774292--774489	110	1.8	110	80	2	245	28	21	9	40	1.84
774395--775557	81	14.5	80	86	4	1359	30	23	10	35	1.89
775656--775822	68	2.5	68	86	0	244	29	23	13	32	1.94
776034--776305	59	4.6	58	87	4	352	38	16	9	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776034--776305	118	2.3	118	88	5	399	38	16	9	34	1.82
777727--777763	17	2.2	17	90	9	58	67	2	0	29	1.04
778133--778160	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
789776--789944	81	2.1	81	82	9	202	31	12	21	34	1.90
793799--793888	28	3.2	28	85	3	101	37	38	3	20	1.69
795231--795463	57	4.0	57	75	14	224	31	7	18	42	1.78
795226--795713	131	3.9	122	83	7	450	31	7	18	42	1.79
795333--795722	131	3.0	129	86	3	505	31	8	18	42	1.80
795482--795597	57	2.0	57	89	0	178	31	9	18	41	1.82
795746--795911	44	3.8	44	84	5	203	28	22	17	30	1.97
796369--796524	80	2.0	79	94	1	276	30	13	21	34	1.92
798119--798161	21	2.0	22	82	13	54	18	11	4	65	1.42
807615--807639	11	2.3	11	100	0	50	8	8	48	36	1.62
808235--808551	123	2.6	123	91	1	501	25	19	14	40	1.90
809304--809401	42	2.3	43	78	1	108	30	20	25	23	1.98
809499--809987	241	2.0	246	97	2	925	26	17	15	40	1.89
812341--812505	89	1.8	90	89	3	262	35	12	16	35	1.87
815123--815162	16	2.6	16	84	15	57	60	12	15	12	1.60
815124--815162	14	2.6	14	88	12	51	58	12	15	12	1.62
817840--817872	12	2.5	13	90	9	50	36	6	9	48	1.60
817840--817874	13	2.6	14	86	13	56	37	5	8	48	1.58
818117--818161	20	2.2	20	84	7	56	55	17	0	26	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819921--819959	20	2.0	20	94	0	69	23	10	28	38	1.87
820180--820236	21	2.7	21	100	0	114	33	10	26	29	1.90
832638--832690	20	2.5	20	87	9	70	16	26	37	18	1.93
832638--832717	23	3.7	22	83	6	83	17	26	32	23	1.97
836377--836425	21	2.3	21	96	0	89	26	14	8	51	1.70
836389--836434	21	2.2	21	84	7	58	21	17	10	50	1.77
836548--836589	21	2.0	21	86	13	61	38	0	7	54	1.28
848616--849087	234	2.0	235	94	1	822	38	12	10	38	1.77
856851--857173	160	2.0	160	96	1	594	43	19	13	22	1.86
857418--857508	44	2.1	44	91	0	146	34	15	13	37	1.86
857697--858063	83	4.4	81	76	9	253	33	16	15	34	1.91
857853--858070	83	2.6	83	84	5	271	33	15	16	35	1.90
859725--859750	11	2.4	11	100	0	52	30	42	7	19	1.79
860332--860552	50	4.4	48	71	17	155	38	14	14	33	1.86
862604--862780	90	2.0	89	91	3	284	44	7	12	35	1.70
864428--864469	21	1.9	22	90	9	68	45	9	40	4	1.58
864675--864958	142	2.0	142	99	0	559	34	8	22	34	1.84
865167--865283	44	2.6	45	80	9	125	31	23	14	30	1.94
867032--867081	24	2.1	24	92	0	82	30	12	0	58	1.34
871872--871947	23	3.3	23	88	3	109	47	19	21	11	1.81
873001--873365	44	8.4	41	72	14	168	25	18	7	48	1.75
873100--873338	44	5.5	42	74	11	175	25	19	9	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873092--873338	132	1.9	132	85	5	349	25	19	8	46	1.79
873008--873425	43	9.6	44	73	10	254	24	19	8	47	1.76
884830--884864	14	2.5	14	90	0	61	25	0	25	48	1.51
885362--885700	131	2.6	130	78	5	342	33	10	13	41	1.79
890101--890141	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
891666--893842	111	19.5	112	84	2	2564	30	24	16	28	1.96
891666--893842	223	9.8	224	84	4	2490	30	24	16	28	1.96
894048--894105	3	19.3	3	85	7	82	36	0	0	63	0.94
894047--894105	15	3.9	15	91	4	93	37	0	0	62	0.95
895331--895370	17	2.4	17	100	0	80	10	12	5	72	1.26
895464--895495	14	2.3	14	94	0	55	43	3	6	46	1.44
895753--895802	21	2.4	21	80	6	66	22	26	18	34	1.96
895792--895885	21	4.5	21	86	1	118	40	17	22	20	1.91
895876--895988	20	5.6	20	77	8	95	33	28	15	22	1.95
895871--896008	41	3.4	40	75	6	134	36	26	15	22	1.93
896467--896525	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
896660--896714	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
897844--897883	17	2.3	18	91	4	64	27	47	10	15	1.77
898410--898455	20	2.3	20	84	0	56	39	26	19	15	1.91
898449--898537	31	2.8	32	89	3	135	48	21	19	11	1.79
898556--898614	19	3.4	19	73	22	74	13	18	20	47	1.82
898587--898670	19	4.4	19	82	5	107	15	25	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898711--898770	25	2.4	25	89	8	95	28	8	10	53	1.63
898999--899067	21	3.3	20	74	6	66	24	40	15	18	1.90
898989--899079	41	2.2	42	86	2	130	21	40	15	21	1.90
900487--900525	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
900663--900706	19	2.3	19	88	0	70	52	13	15	18	1.75
900748--900843	20	4.8	20	72	12	81	17	21	19	40	1.91
900736--900823	40	2.4	36	83	12	108	14	21	21	42	1.89
900757--900843	40	2.2	40	89	4	131	17	22	20	39	1.92
901137--901184	20	2.3	20	85	3	60	22	20	16	39	1.92
901360--901393	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
901947--902000	24	2.2	24	86	0	72	22	14	20	42	1.88
902175--902228	3	18.0	3	84	0	72	74	0	25	0	0.83
902175--902235	12	5.1	12	97	0	113	73	0	24	1	0.92
904631--904676	19	2.4	19	88	0	65	13	10	26	50	1.74
906205--906389	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
908042--908079	20	1.9	20	88	0	58	42	21	23	13	1.88
908681--908792	20	5.6	20	79	4	118	23	20	18	37	1.94
908699--908795	41	2.4	40	84	3	113	22	20	16	40	1.91
908782--908957	21	8.6	20	68	12	70	32	18	21	27	1.96
908864--908915	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
909764--910131	131	2.8	132	78	5	338	33	10	14	42	1.79
919049--919138	32	2.8	32	78	9	85	35	18	11	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920812--920861	20	2.5	20	80	6	57	28	24	18	30	1.97
920825--920863	20	2.0	19	90	5	60	25	30	12	30	1.93
925085--925174	21	4.1	21	75	13	92	31	28	8	31	1.88
925161--925254	34	2.8	34	93	0	152	30	23	10	35	1.89
938587--938636	20	2.5	20	93	0	82	28	20	16	36	1.93
942324--942374	20	2.5	20	83	0	66	33	15	23	27	1.95
947416--947537	31	3.9	31	78	5	129	31	18	18	31	1.95
951662--951712	20	2.5	20	83	0	57	29	19	15	35	1.93
962084--962124	22	1.9	22	85	5	57	26	17	7	48	1.73
968483--968537	22	2.5	22	82	11	76	41	12	25	20	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6