genome.fa.s8492.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008492.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111334_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1113585

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330--1374	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
1846--1891	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
1857--1912	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
1901--1958	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
1885--1975	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
1865--1980	19	6.6	19	70	21	83	43	23	21	12	1.86
1987--2108	19	6.7	19	77	9	103	13	19	23	42	1.87
4088--4135	19	2.6	19	96	3	89	50	16	20	12	1.78
4179--4229	20	2.5	20	96	0	93	21	23	21	33	1.97
4568--4603	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
4708--4762	14	3.5	14	74	25	56	49	20	20	10	1.78
4718--4757	20	2.0	20	90	0	62	52	15	20	12	1.74
4793--4845	20	2.7	20	91	2	81	22	22	20	33	1.97
3692--4989	614	2.1	621	93	5	2223	31	12	19	35	1.90
5037--5133	40	2.4	41	82	8	117	22	15	21	40	1.91
5119--5210	20	4.6	20	77	1	94	18	25	18	38	1.93
5119--5213	40	2.3	40	96	1	172	18	24	17	38	1.92
9584--9621	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
10681--10738	3	19.0	3	96	3	107	65	1	0	32	1.03
13700--13778	9	8.6	9	84	5	104	31	30	25	12	1.93
13700--13780	37	2.2	37	89	6	128	32	29	25	12	1.92
13700--13780	19	4.4	18	79	11	92	32	29	25	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13700--13778	28	2.9	27	83	5	104	31	30	25	12	1.93
20863--20922	22	2.7	22	92	0	93	13	23	45	18	1.84
20863--20930	12	5.9	12	70	15	54	14	23	44	17	1.86
20921--20972	18	2.8	18	85	8	61	30	28	23	17	1.97
20944--20985	19	2.2	19	87	8	59	30	30	23	14	1.94
35753--35786	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
40149--40183	17	2.1	17	94	5	63	31	11	0	57	1.34
40786--40845	26	2.3	25	78	13	68	30	26	3	40	1.72
51724--51768	20	2.2	20	92	0	72	22	22	11	44	1.84
61293--61368	40	1.9	38	92	5	125	64	7	5	22	1.40
62884--62915	15	2.1	15	94	0	55	37	9	6	46	1.61
63417--63456	14	2.9	14	80	0	53	50	10	10	30	1.69
63684--63949	138	1.9	138	87	1	390	39	7	8	44	1.64
64148--64182	2	17.5	2	87	0	52	45	0	2	51	1.16
65391--65463	31	2.4	31	77	4	78	52	1	0	46	1.09
67840--67873	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
70318--70355	20	1.9	20	88	0	58	31	0	2	65	1.06
71650--71698	20	2.5	20	96	0	89	36	20	24	18	1.94
72866--72910	22	2.0	22	83	8	56	37	6	6	48	1.56
74542--74724	45	4.1	45	90	0	276	40	7	21	30	1.81
77600--77633	18	1.9	18	88	5	52	67	0	8	23	1.18
79560--79620	31	2.0	30	83	3	77	52	1	1	44	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80675--80717	2	21.5	2	95	0	77	48	0	0	51	1.00
80903--80936	11	3.0	11	87	8	50	67	0	2	29	1.05
80903--80937	12	3.0	12	91	4	54	65	0	2	31	1.07
81264--81358	21	4.6	21	82	2	129	23	17	26	32	1.97
81306--81377	20	3.5	20	77	3	81	15	22	26	36	1.93
81285--81377	41	2.3	41	98	0	177	18	20	26	34	1.96
81413--81457	22	2.0	22	95	0	81	17	15	26	40	1.90
81371--81486	57	2.0	57	86	3	162	19	16	25	38	1.92
81570--81606	6	6.5	6	96	3	60	29	54	16	0	1.43
82221--82357	22	6.5	21	73	15	122	37	26	18	17	1.93
82243--82376	42	3.2	41	88	8	175	39	24	19	16	1.91
82278--82379	20	4.9	20	70	19	75	39	24	21	14	1.91
82243--82401	83	1.9	82	83	10	207	38	25	18	17	1.93
82243--82404	41	3.9	41	86	7	170	38	24	19	17	1.93
83674--83726	3	18.3	3	92	7	92	64	0	0	35	0.94
83674--83726	23	2.3	23	100	0	106	64	0	0	35	0.94
83899--84127	45	5.1	45	91	0	361	34	20	22	23	1.97
84145--84248	45	2.3	45	88	3	147	31	20	20	27	1.97
84017--84445	121	3.6	120	86	4	560	34	20	20	25	1.96
84183--84324	76	1.9	74	83	2	185	32	19	19	28	1.97
84257--84369	45	2.5	45	82	2	118	31	19	19	29	1.96
84311--84521	76	2.8	76	88	0	296	35	20	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85214--85287	22	3.4	22	94	0	121	37	10	18	32	1.86
86843--87013	75	2.3	75	87	2	236	30	21	16	31	1.95
94915--94948	11	3.0	11	87	8	50	67	0	2	29	1.05
94915--94949	12	3.0	12	91	4	54	65	0	2	31	1.07
96293--96346	3	18.3	3	88	3	83	61	1	0	37	1.07
104489--104551	33	1.9	32	83	3	81	22	15	1	60	1.44
110686--110711	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
123034--123067	16	2.1	16	94	0	59	52	11	11	23	1.70
124708--124763	26	2.2	26	80	6	60	58	0	21	19	1.39
132940--132978	20	2.0	20	89	0	60	0	46	5	48	1.24
133618--133651	13	2.6	13	85	0	50	41	20	23	14	1.89
133994--134124	45	2.9	45	90	4	192	32	19	6	41	1.78
134013--134085	24	3.2	24	65	11	71	32	21	8	36	1.83
134229--134390	40	4.1	40	93	0	279	33	26	16	22	1.95
139699--139854	79	2.0	77	94	2	276	32	20	10	36	1.87
141516--141640	45	2.8	45	83	8	164	31	21	8	39	1.82
141745--141826	40	2.0	40	95	0	146	32	28	15	23	1.95
144157--144213	3	18.7	3	76	16	55	63	0	3	33	1.12
144548--144593	20	2.3	20	92	3	76	32	0	30	36	1.58
146422--146455	13	2.6	13	100	0	68	26	5	26	41	1.78
146948--147031	45	1.9	43	85	9	116	41	4	20	33	1.73
149212--149266	22	2.5	22	93	3	92	29	3	3	63	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149467--149675	106	1.9	109	97	2	397	34	15	12	37	1.86
150642--150691	20	2.5	19	90	9	82	42	30	0	28	1.56
151554--151615	27	2.3	27	83	8	72	30	0	22	46	1.52
151947--151997	20	2.5	20	84	9	68	33	15	29	21	1.94
153420--153471	24	2.1	25	85	3	70	48	25	0	26	1.52
154515--154557	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
154813--154869	30	1.9	30	86	13	82	21	3	1	73	1.07
155110--155163	27	2.0	28	82	10	67	20	12	0	66	1.24
156255--156289	5	6.8	5	87	6	52	14	5	0	80	0.89
157676--157714	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
158899--158949	9	5.3	9	83	6	57	84	5	9	0	0.78
158897--158949	20	2.8	17	74	20	52	81	7	11	0	0.88
158899--158947	11	4.5	11	87	12	66	83	6	10	0	0.80
159553--159596	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
160560--160822	36	7.4	36	78	9	263	26	18	13	40	1.88
160586--160786	102	2.0	102	88	3	298	27	17	14	40	1.88
160494--160885	138	2.8	138	84	1	491	29	18	12	39	1.88
160780--160937	65	2.4	67	86	3	203	33	21	8	36	1.83
161558--162007	105	4.3	105	90	2	676	32	26	18	22	1.97
163159--163201	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
166674--166708	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
167544--167608	22	3.0	22	88	4	87	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183480--183527	24	2.0	24	95	0	87	31	12	14	41	1.83
183845--183994	40	3.8	40	83	4	187	24	14	26	34	1.94
183848--183994	80	1.8	79	88	4	224	24	14	26	34	1.94
194290--194385	44	2.2	44	86	1	140	35	15	17	31	1.92
194470--194527	24	2.6	22	84	10	66	34	18	18	27	1.95
194924--195080	54	2.9	54	80	4	172	31	14	20	33	1.93
195282--203531	81	102.2	81	83	1	9213	35	11	23	29	1.90
203857--203890	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
207457--207532	23	3.1	22	72	18	62	68	1	18	11	1.27
213875--213908	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01

Tables:   1   2   3   4   5