genome.fa.s8492.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008492.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111334_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1113585

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650911--651027	12	10.2	11	69	21	62	70	10	15	3	1.27
650935--650979	21	2.2	22	88	11	69	68	8	20	2	1.27
652212--652281	12	6.0	12	85	3	81	47	20	2	30	1.64
652212--652272	4	15.2	4	85	0	86	47	21	3	27	1.66
652590--652615	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
652650--652747	36	2.7	36	98	0	187	33	17	11	37	1.85
652789--652917	36	3.7	36	80	11	101	35	20	11	32	1.88
652823--652951	33	3.8	34	78	10	129	34	20	11	33	1.89
652641--653019	206	1.8	205	79	12	434	32	18	11	37	1.86
653200--653327	29	4.6	27	82	12	145	29	10	17	41	1.84
653194--653327	56	2.4	56	82	13	161	28	11	17	42	1.84
653288--653342	26	2.1	26	83	10	67	32	9	16	41	1.80
653288--653506	92	2.3	95	83	9	258	31	10	15	42	1.81
653376--653506	30	4.1	30	74	12	127	33	10	13	41	1.79
653423--653543	37	3.5	37	69	17	123	33	13	10	42	1.78
653393--653551	67	2.4	67	97	0	300	32	12	11	43	1.79
653662--653887	120	1.9	120	81	13	277	31	14	11	42	1.81
653963--654037	31	2.4	31	82	12	84	29	16	12	42	1.83
653982--654103	32	3.8	32	70	14	79	27	18	13	41	1.87
654278--654331	28	1.9	28	85	7	74	22	16	16	44	1.86
654396--654730	40	8.0	40	72	19	249	23	31	18	25	1.97
654436--654802	88	4.3	87	72	17	291	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654344--654802	128	3.6	128	98	1	884	24	30	18	26	1.98
654966--655029	3	22.0	3	78	12	71	28	3	1	67	1.15
654964--655027	32	2.0	32	90	6	103	26	4	3	65	1.27
655514--655546	12	2.8	12	82	17	50	78	6	15	0	0.93
655512--655546	13	2.7	13	86	13	54	77	5	17	0	0.96
656140--656186	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
659417--659466	19	2.6	19	81	18	59	70	0	8	22	1.13
660139--660347	75	2.8	76	96	2	377	58	13	1	26	1.46
660218--660332	25	4.6	24	66	17	72	56	15	1	26	1.49
661098--661147	21	2.4	21	89	0	82	56	8	14	22	1.64
661492--661577	5	16.8	5	70	13	59	69	1	5	23	1.17
665020--665099	40	2.0	40	85	0	106	22	22	23	31	1.99
668839--668970	6	21.8	6	71	16	85	4	15	1	78	1.00
668833--668988	78	2.0	78	87	6	226	6	16	2	74	1.14
672433--672751	105	3.0	105	98	0	602	39	16	7	36	1.78
675931--676057	24	5.3	23	70	13	87	4	14	2	77	1.03
681279--681328	20	2.6	19	78	15	57	68	0	8	24	1.16
685390--686169	74	10.4	74	72	8	303	32	15	13	38	1.87
685477--685592	38	3.2	35	73	8	99	29	16	13	40	1.87
685412--685676	73	3.6	74	78	7	223	30	16	13	39	1.87
685656--686202	39	14.4	39	76	4	393	33	15	13	36	1.87
685632--685837	113	1.8	113	89	0	322	35	14	14	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685664--686219	152	3.7	149	72	6	411	34	14	13	37	1.86
685666--686202	191	2.8	191	81	2	650	34	14	13	37	1.86
686114--686236	36	3.4	35	77	10	122	34	15	10	39	1.82
686235--686346	59	1.9	59	88	3	172	31	25	12	31	1.92
686227--686368	59	2.4	58	81	6	162	28	26	13	30	1.94
687199--687250	22	2.4	22	86	0	68	17	19	36	26	1.94
687963--688011	25	2.0	24	84	11	64	14	2	4	79	0.97
690877--691108	74	3.2	70	80	9	218	31	15	12	41	1.83
690901--691523	74	8.3	73	70	12	289	32	15	13	39	1.86
690918--691190	71	3.7	75	78	10	240	31	16	12	40	1.84
691147--691469	113	2.9	114	86	4	422	32	15	13	38	1.87
691175--691625	39	11.9	39	74	7	306	31	15	14	37	1.88
691175--691625	152	3.0	151	76	4	442	31	15	14	37	1.88
691223--691647	73	5.6	74	73	8	205	31	16	14	37	1.89
693798--694098	29	10.5	29	88	5	416	43	21	4	31	1.72
698161--698459	29	10.4	29	90	1	410	41	19	5	34	1.73
701546--701596	18	2.8	18	93	3	84	52	0	1	45	1.12
703004--703066	27	2.3	29	78	10	69	34	3	6	55	1.41
703206--703297	43	2.1	44	89	2	141	22	3	21	52	1.62
719049--719097	6	8.8	6	82	10	52	18	0	8	73	1.07
719049--719097	16	2.9	17	79	11	57	18	0	8	73	1.07
718294--720317	677	3.0	670	96	1	3712	30	10	16	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721429--721471	18	2.4	18	92	7	70	16	9	2	72	1.21
721772--721838	22	3.0	22	65	18	57	43	37	2	16	1.63
723818--723843	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
728415--728452	3	12.7	3	94	0	67	34	2	0	63	1.09
729807--729838	3	10.7	3	93	0	55	34	0	3	62	1.11
730598--730655	27	2.1	26	84	9	71	31	5	1	62	1.27
733970--734001	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
741284--741326	19	2.3	18	88	4	59	76	0	20	2	0.89
741673--741750	18	3.9	19	80	13	79	29	10	5	55	1.55
742889--743338	113	4.0	113	91	2	676	37	14	20	28	1.91
743663--743700	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
747136--747163	9	3.1	9	100	0	56	46	21	10	21	1.81
747408--747463	30	2.0	29	86	10	80	55	8	3	32	1.48
758292--758336	12	3.9	12	80	11	58	46	0	17	35	1.49
758291--758352	22	2.8	22	92	4	99	46	0	17	35	1.49
767108--767140	17	1.9	17	93	0	57	54	9	6	30	1.56
767665--767707	19	2.4	18	81	11	52	39	11	4	44	1.62
775725--775776	14	3.6	14	77	12	52	36	21	17	25	1.94
783090--783135	15	3.0	15	80	3	56	50	8	0	41	1.33
785163--785224	19	3.2	19	74	17	63	20	12	24	41	1.87
785688--785965	141	2.0	138	97	2	520	38	6	11	43	1.67
795798--795823	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802902--803055	77	2.0	79	82	7	190	43	5	7	42	1.57
813753--813929	96	1.8	96	81	4	223	26	13	16	43	1.85
827620--827786	57	2.9	57	80	7	194	34	11	14	39	1.82
828333--828422	42	2.2	41	85	2	117	27	22	17	32	1.97
827865--828421	243	2.3	239	82	5	681	30	16	16	36	1.91
830210--830260	26	2.0	26	84	0	66	43	5	9	41	1.62
835334--835390	21	2.7	20	73	15	53	77	0	21	1	0.86
835334--835377	16	2.8	17	83	10	58	79	0	18	2	0.83
835338--835392	16	3.6	14	81	16	56	78	0	20	1	0.85
837570--837658	42	2.1	41	82	10	101	29	20	15	34	1.93
845271--845322	26	2.0	26	96	0	95	23	13	28	34	1.92
845940--845988	21	2.4	20	75	3	53	28	18	24	28	1.98
885001--885106	50	2.1	50	94	0	194	42	5	9	42	1.61
886100--886159	29	2.0	29	81	15	70	70	3	11	15	1.30
887216--887264	21	2.4	20	83	6	62	12	12	8	67	1.42
891031--891060	15	2.1	15	93	6	53	70	0	3	26	1.03
899344--899466	21	5.7	21	75	11	122	23	9	23	43	1.83
899365--899444	23	3.6	23	78	13	94	25	10	22	42	1.84
899341--899465	44	2.8	44	91	0	196	24	8	24	42	1.83
901100--901177	34	2.3	33	74	10	77	65	5	7	21	1.38
901278--901332	17	3.4	16	76	23	53	74	1	1	21	1.01
901278--901339	20	3.0	20	77	13	56	74	1	1	22	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901537--901577	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
901534--901583	10	4.9	11	92	7	72	52	0	0	48	1.00
902055--902157	36	2.8	37	82	5	111	33	12	13	40	1.82
902901--903463	106	5.4	106	82	7	634	22	18	22	36	1.95
902929--903463	206	2.6	210	85	5	674	23	18	22	35	1.95
903608--904166	106	5.3	105	83	6	661	22	19	22	34	1.96
903608--904182	206	2.8	206	86	4	737	23	19	22	34	1.96
902738--904164	701	2.0	701	97	0	2685	23	19	23	34	1.97
905270--905305	18	2.0	18	88	0	54	38	33	11	16	1.84
905492--905557	24	2.8	23	81	2	78	42	1	13	42	1.53

Tables:   1   2   3   4   5