genome.fa.s8493.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008493.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111336_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  691020

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1342--1396	19	2.9	19	81	10	76	34	23	25	16	1.95
1400--1451	14	3.6	14	72	27	54	42	28	19	9	1.82
1380--1455	30	2.4	32	91	6	120	43	25	19	11	1.85
1484--1540	14	3.9	14	75	20	62	10	17	22	49	1.77
1468--1556	31	2.8	33	89	8	148	12	19	21	47	1.82
1541--1584	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
2063--2106	18	2.5	18	85	3	63	13	15	43	27	1.85
3378--3415	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
3646--3689	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
3877--3970	20	4.7	20	78	2	80	24	18	23	34	1.96
3915--4015	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
3857--3971	20	5.7	20	76	5	79	24	17	22	35	1.95
3899--4033	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
3960--4052	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
3960--4052	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
4310--4469	65	2.4	66	84	6	200	43	14	2	39	1.59
4528--4660	52	2.6	50	77	11	144	36	13	3	46	1.61
4551--4633	26	3.2	26	86	3	114	34	14	0	50	1.43
4551--4644	26	3.6	25	84	5	91	36	14	1	47	1.52
5326--5389	26	2.5	26	89	0	92	37	17	1	43	1.58
5344--5414	26	3.0	23	80	14	65	39	14	4	42	1.65
7494--7549	20	2.8	21	89	5	80	28	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10211--10270	24	2.5	24	94	2	104	46	1	21	30	1.61
10712--10799	23	3.9	23	78	10	92	53	1	0	45	1.07
12365--12407	13	3.3	13	90	0	68	18	44	20	16	1.87
14937--14975	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
14921--15036	24	4.8	24	84	10	157	25	15	18	40	1.90
16712--16738	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
19773--19850	38	2.1	38	97	0	147	35	7	16	39	1.78
32025--32069	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
32326--32363	19	2.0	19	100	0	76	31	5	26	36	1.79
55744--55791	21	2.2	23	85	14	66	22	6	22	47	1.73
60665--60821	83	1.9	83	86	2	226	38	21	14	25	1.91
61135--61233	3	31.7	3	71	11	65	35	5	2	57	1.32
61135--61231	30	3.4	29	82	10	96	36	5	2	56	1.33
61135--61233	13	7.2	13	70	20	67	35	5	2	57	1.32
62632--62729	45	2.2	45	85	7	128	30	2	2	65	1.15
62650--62733	43	1.9	43	85	4	114	33	1	3	61	1.20
62704--62745	14	2.8	16	79	20	54	28	0	4	66	1.12
65424--65500	38	2.0	39	89	2	120	38	3	23	33	1.73
65724--65990	145	1.8	145	87	4	396	41	11	21	24	1.87
65813--65948	55	2.5	54	85	3	177	42	11	21	24	1.86
65868--66072	90	2.3	90	83	3	261	40	11	20	27	1.86
66026--66183	37	4.2	36	74	10	120	39	11	19	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66011--66211	75	2.7	75	79	0	206	40	10	19	28	1.86
66048--66223	37	4.7	37	78	5	140	40	11	22	25	1.87
66164--66194	15	2.1	15	93	0	53	51	16	19	12	1.76
66679--66710	13	2.3	15	89	10	50	34	18	9	37	1.83
68794--69055	131	2.0	131	100	0	524	25	18	18	37	1.93
70689--70721	16	2.0	17	94	5	59	78	0	3	18	0.87
89344--89380	17	2.2	17	95	0	65	35	21	5	37	1.77
91275--91355	42	1.9	43	89	2	128	34	17	14	33	1.90
91280--91368	43	2.1	42	85	2	115	33	15	14	35	1.88
91384--91513	44	2.9	44	81	1	152	30	15	21	33	1.94
91384--91532	44	3.4	43	79	4	147	30	15	20	32	1.94
91852--91900	21	2.3	21	86	6	64	2	38	20	38	1.64
92476--92553	40	1.9	40	84	2	102	33	17	11	37	1.86
112082--112119	20	1.9	20	94	0	67	28	21	13	36	1.91
113038--113065	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
114935--114976	22	1.9	22	85	9	59	47	0	0	52	1.00
115228--115267	21	1.9	21	90	10	64	32	0	27	40	1.57
115657--115699	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
116403--116446	23	1.9	23	85	0	61	47	4	18	29	1.68
118947--119014	3	22.7	3	100	0	136	32	0	0	67	0.91
136017--136158	58	2.4	58	80	3	151	32	26	4	36	1.78
136343--136471	60	2.2	60	84	6	165	37	6	24	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136343--136507	60	2.8	60	81	4	156	37	5	21	35	1.77
137088--137219	59	2.2	59	82	9	144	36	13	12	37	1.83
139093--139182	47	1.9	47	93	0	153	43	12	11	33	1.77
144755--144835	23	3.7	22	82	11	96	24	30	20	23	1.99
148975--149249	20	13.6	20	72	7	162	37	24	18	19	1.94
149036--149246	41	5.2	41	88	2	311	36	24	18	19	1.94
149805--149882	20	4.0	20	73	6	70	48	14	21	15	1.80
149819--149923	33	3.0	33	80	8	93	47	17	20	15	1.82
149848--149938	33	2.8	33	81	0	101	47	19	18	14	1.83
149951--150040	19	4.9	19	74	15	91	12	22	20	45	1.83
149943--150040	33	2.8	33	89	9	133	12	22	19	45	1.83
149977--150038	20	3.2	20	81	4	90	12	22	17	46	1.82
151703--151970	94	2.9	94	94	1	457	21	12	17	48	1.80
152174--152281	40	2.6	42	78	8	105	24	35	18	22	1.96
152217--152281	20	3.2	20	70	10	60	24	36	18	20	1.94
153635--153670	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
153777--153842	19	3.7	19	75	19	79	45	19	22	12	1.83
153809--153871	19	3.3	19	84	4	74	47	23	14	14	1.80
153871--154018	33	4.3	33	78	11	152	12	23	20	42	1.87
153906--154005	20	5.4	19	78	15	102	16	21	20	43	1.88
153904--154004	19	5.5	19	74	15	95	15	21	20	41	1.90
153963--153990	14	2.0	14	100	0	56	14	21	21	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153869--154004	73	1.9	72	89	1	209	13	23	21	41	1.88
154011--154084	20	3.7	20	67	16	53	25	17	24	32	1.97
156554--156607	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
157468--157697	20	11.4	20	84	5	241	20	18	20	40	1.92
157463--157738	40	6.8	41	83	7	255	20	18	21	39	1.93
157725--157777	20	2.7	20	82	5	63	16	18	20	43	1.88
157765--157844	21	3.8	21	73	6	72	22	21	22	33	1.97
157745--157838	42	2.3	42	78	9	104	23	21	20	35	1.96
161007--161212	84	2.3	91	72	17	207	51	15	5	26	1.66
165139--165282	63	2.2	64	83	2	173	22	8	18	50	1.73
165791--165841	24	2.1	24	88	0	75	19	11	43	25	1.85
166307--166349	3	14.7	3	90	4	70	37	0	0	62	0.95
167677--167709	15	2.2	16	89	10	52	27	0	3	69	1.03
169918--170005	8	10.5	8	75	14	72	15	38	26	19	1.92
169909--169963	17	3.2	17	97	2	101	18	49	21	10	1.78
169955--169986	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
169952--169995	15	2.8	15	93	6	70	13	34	29	22	1.93
172453--172535	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
172468--172542	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
174734--174829	8	11.5	8	75	12	79	15	37	26	20	1.93
174725--174779	17	3.2	17	97	2	101	18	49	21	10	1.78
174771--174819	15	3.1	15	91	5	71	12	32	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174771--174810	7	5.4	7	88	11	62	12	32	27	27	1.93
177285--177367	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
177300--177374	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
179556--179651	8	11.5	8	75	12	79	15	37	26	20	1.93
179547--179601	17	3.2	17	97	2	101	18	49	21	10	1.78
179593--179641	15	3.1	15	91	5	71	12	32	28	26	1.92
179593--179632	7	5.4	7	88	11	62	12	32	27	27	1.93
182104--182186	23	3.6	23	77	8	78	25	16	18	39	1.91
182119--182193	24	3.2	24	84	1	98	26	17	18	37	1.93
184377--184472	8	11.5	8	72	12	61	17	37	25	19	1.94

Tables:   1   2   3   4