genome.fa.s8528.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008528.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111403_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1199389

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6125--6181	27	2.1	27	90	0	87	24	31	14	29	1.94
11581--11641	31	2.0	30	81	12	70	47	1	3	47	1.28
11699--11758	12	4.8	12	76	13	50	38	18	3	40	1.67
12513--12630	7	16.9	7	76	10	107	21	0	36	42	1.53
23567--23646	23	3.4	23	81	3	97	42	11	21	25	1.85
23575--23642	24	2.9	23	80	4	64	45	10	20	23	1.81
34702--34756	20	2.8	20	97	0	101	20	25	32	21	1.97
46778--46876	23	4.3	23	84	3	101	31	23	22	23	1.99
46776--46867	46	2.0	46	84	0	121	28	26	25	20	1.99
46892--47091	103	2.0	101	91	2	328	35	23	14	28	1.93
48424--48479	20	2.7	21	88	5	78	21	23	25	30	1.99
49742--49833	23	4.0	23	80	10	107	27	27	27	18	1.98
49857--50051	99	2.0	100	94	1	347	35	23	13	27	1.92
53119--53192	26	3.1	24	72	11	62	56	0	1	41	1.07
53181--53222	13	3.3	13	80	3	50	45	4	2	47	1.36
53207--53271	18	3.0	23	72	20	61	58	3	1	36	1.23
53248--53304	13	5.0	12	75	20	52	68	1	0	29	1.00
54620--54691	3	23.7	3	80	8	83	59	0	0	40	0.97
62371--62402	16	2.0	16	93	0	55	25	12	9	53	1.68
67112--67137	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
67213--67261	22	2.2	22	85	7	64	59	6	2	32	1.34
69136--69211	29	2.6	29	80	4	89	44	3	18	32	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77993--78023	15	2.1	15	100	0	62	45	12	0	41	1.42
93978--94015	17	2.2	17	95	0	67	28	0	2	68	1.03
96768--96797	11	2.7	11	94	0	51	10	23	0	66	1.21
100141--100516	206	1.8	206	96	0	698	36	14	19	29	1.91
102277--102306	16	1.9	15	93	6	51	56	10	6	26	1.57
107359--107420	21	3.0	20	78	17	56	32	1	1	64	1.13
109617--109679	25	2.5	25	80	15	67	19	3	11	66	1.36
120244--120280	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
122250--122276	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
122702--122736	18	1.9	18	94	0	61	62	14	8	14	1.53
126452--126510	30	2.0	30	90	6	93	25	16	40	16	1.90
128256--128297	17	2.4	19	80	15	54	64	2	0	33	1.07
128542--128638	51	1.9	51	86	0	140	21	28	32	16	1.95
142944--143422	128	3.7	128	94	0	841	21	23	21	33	1.97
143818--143924	34	3.1	34	86	0	151	35	3	4	56	1.38
144445--144496	21	2.5	21	96	0	95	21	28	32	17	1.96
146278--146362	32	2.5	34	83	5	102	58	1	0	40	1.05
146312--146349	15	2.5	15	83	12	51	60	0	0	39	0.97
146274--146360	35	2.5	35	83	14	108	58	1	0	40	1.05
146306--146383	34	2.3	34	80	10	88	64	3	0	32	1.12
152936--153001	20	3.3	20	89	0	105	36	21	18	24	1.95
153198--153235	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153977--154030	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
156315--156348	3	11.0	3	87	6	50	2	29	0	67	1.05
157671--157735	31	2.1	31	85	0	85	24	18	23	33	1.96
157721--157823	30	3.4	30	91	0	170	25	18	24	32	1.97
159276--159418	64	2.2	64	89	0	214	52	16	2	27	1.58
160737--160851	21	5.5	20	75	11	88	24	20	33	20	1.97
160751--160859	42	2.6	42	85	0	155	25	19	35	19	1.95
161200--161247	21	2.3	21	78	7	53	31	33	12	22	1.91
161263--161312	21	2.4	21	86	0	64	32	32	14	22	1.93
162768--162810	20	2.2	20	91	0	68	55	16	16	11	1.68
163173--163236	21	3.0	21	84	4	67	21	17	42	18	1.89
163180--163236	21	2.6	22	86	2	80	19	19	42	19	1.90
163384--163430	20	2.3	20	100	0	94	17	12	25	44	1.84
163384--163446	20	3.2	20	90	4	83	20	12	26	39	1.89
174469--174507	20	2.0	20	84	0	51	41	0	5	53	1.23
176856--176882	14	1.9	14	100	0	54	37	25	14	22	1.93
179338--179368	15	2.1	14	94	5	53	0	38	0	61	0.96
184797--184852	20	2.8	20	75	0	58	33	3	0	62	1.12
184810--184865	9	6.0	9	74	15	51	39	3	1	55	1.28
189414--189492	3	24.3	3	89	5	86	30	2	0	67	1.04
197945--197973	11	2.6	11	100	0	58	20	6	0	72	1.07
198053--198105	23	2.3	23	87	9	72	32	1	1	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198094--198153	26	2.4	25	81	10	68	13	5	5	76	1.11
198176--198208	11	2.8	12	86	9	50	6	6	12	75	1.16
198227--198305	5	14.6	5	71	15	50	17	6	3	72	1.21
198227--198305	11	7.3	10	70	16	50	17	6	3	72	1.21
198243--198306	33	2.0	32	82	14	78	18	7	4	68	1.32
201749--201788	15	2.6	16	88	8	64	32	0	7	60	1.25
203316--203373	20	2.8	20	85	10	73	24	5	3	67	1.27
203316--203376	10	5.9	10	79	12	61	24	4	3	67	1.26
203379--203412	12	2.8	12	90	0	50	52	0	0	47	1.00
209280--209323	21	2.2	20	92	8	72	18	22	25	34	1.96
209895--209925	6	5.2	6	100	0	62	0	16	48	35	1.46
210018--210173	21	7.5	21	89	5	230	33	24	22	19	1.97
210387--210436	17	2.9	17	81	0	55	56	10	2	32	1.44
211268--211332	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
212526--212589	19	3.5	17	78	14	56	70	4	1	23	1.15
213846--213943	33	2.9	33	79	10	101	28	18	17	35	1.93
213860--213960	34	3.0	32	80	7	103	27	19	16	35	1.94
213938--214906	133	7.3	133	89	0	1456	30	20	20	28	1.97
214407--214770	89	4.1	89	66	5	198	32	19	20	28	1.96
215679--215722	21	2.1	21	91	4	72	0	15	0	84	0.63
215681--215721	15	2.5	17	88	11	68	0	17	0	82	0.66
215681--215723	11	4.0	11	80	17	54	0	18	0	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228394--228431	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
228750--228786	13	2.8	13	95	0	65	10	10	8	70	1.35
228838--228900	28	2.2	28	97	0	117	44	7	3	44	1.49
229936--230015	29	2.8	29	90	0	124	56	5	18	20	1.60
231022--231080	22	2.7	22	86	0	82	54	8	20	16	1.68
246662--246709	22	2.2	22	100	0	96	45	4	10	39	1.58
247948--248144	102	1.9	102	100	0	394	32	7	8	51	1.60
257181--257231	24	2.1	24	85	0	66	45	3	17	33	1.67
259507--259616	50	2.2	50	80	0	130	15	31	31	20	1.94
259756--259794	10	3.9	10	83	12	53	33	25	0	41	1.56
259754--259795	20	2.2	19	91	4	66	33	26	0	40	1.56
259921--260142	111	2.0	111	94	0	390	37	7	9	45	1.65
261650--261689	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
261682--261744	27	2.3	27	97	0	117	20	41	14	23	1.89
261682--261752	27	2.6	27	93	0	106	18	42	15	23	1.88
262294--262377	35	2.5	32	75	17	80	27	7	9	55	1.58
262974--263013	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
262966--263018	6	7.9	7	86	12	51	50	0	0	49	1.00
263036--263077	15	2.8	15	75	10	50	52	0	0	47	1.00
272506--272556	19	2.6	19	81	3	57	33	29	13	23	1.93
272662--272883	41	5.4	41	91	2	365	21	22	20	36	1.96
273135--273380	21	11.9	21	71	11	159	35	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273135--273279	64	2.3	62	88	5	211	36	17	22	23	1.95
273127--273394	101	2.6	103	86	4	346	36	17	23	23	1.95
274849--274882	11	3.0	11	86	4	50	38	0	2	58	1.13
277148--277193	23	2.1	21	84	8	56	69	6	0	23	1.11
281335--281369	12	2.9	12	100	0	70	51	17	8	22	1.72
295827--295997	55	3.0	57	78	10	161	29	20	6	43	1.76
296722--296777	27	2.1	27	89	0	85	26	8	25	39	1.85
297064--297088	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
299046--299092	5	9.4	5	95	0	76	4	76	0	19	0.95
304703--304762	29	2.2	27	80	16	70	45	10	3	41	1.54

Tables:   1   2   3   4