genome.fa.s8528.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008528.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111403_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1199389

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614099--614132	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
614255--614297	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
614266--614349	35	2.4	35	83	2	96	38	1	20	40	1.60
623895--624020	63	2.0	61	87	7	182	21	5	17	55	1.62
625752--625788	19	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
657068--657664	297	2.0	295	87	1	845	43	16	22	18	1.88
661901--662075	23	7.8	23	68	12	114	37	12	18	30	1.88
661864--662152	110	2.7	110	95	3	518	39	12	16	30	1.86
662148--662869	199	3.6	197	83	6	786	31	14	14	40	1.86
665343--665391	19	2.6	19	83	0	71	53	8	4	34	1.50
666974--667738	200	3.9	197	84	2	883	31	16	13	38	1.87
666974--667738	397	1.9	397	84	3	1011	31	16	13	38	1.87
672571--673095	185	2.7	185	82	7	599	32	15	13	38	1.86
673463--673507	19	2.4	19	96	0	81	55	8	2	33	1.43
675054--675092	18	2.2	18	95	0	69	7	35	0	56	1.28
675275--675374	33	3.0	33	95	0	182	25	46	0	29	1.53
675407--675451	21	2.1	21	87	0	63	15	33	8	42	1.78
678077--678128	20	2.6	20	96	0	95	15	21	23	40	1.91
677895--678494	202	3.1	201	82	10	812	26	17	15	41	1.88
678102--678547	182	2.5	181	91	2	700	27	16	15	41	1.88
681816--681848	15	2.2	15	89	10	50	48	3	0	48	1.17
688158--688218	31	2.0	31	86	0	86	16	14	13	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688856--688905	24	2.1	24	100	0	100	40	0	8	52	1.31
695112--695136	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
695136--695168	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
697662--697754	37	2.5	37	94	1	168	35	35	13	15	1.87
697752--697842	38	2.5	37	89	7	134	59	0	1	39	1.05
697827--697856	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
706436--706522	35	2.5	34	78	12	88	56	10	6	26	1.58
707052--707089	18	2.1	18	90	0	58	23	13	31	31	1.93
708943--709062	50	2.4	50	85	5	152	24	25	29	21	1.99
709548--709615	28	2.4	29	80	14	79	38	4	0	57	1.19
714128--714160	12	2.8	12	86	13	50	21	0	33	45	1.52
721109--721530	215	2.0	206	95	4	754	27	18	24	29	1.98
725393--725455	29	2.1	31	82	8	78	49	1	1	47	1.20
729737--729764	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
730977--731007	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
741208--741263	28	2.0	28	100	0	112	39	3	17	39	1.67
744736--744860	39	3.2	39	84	3	137	21	20	26	32	1.98
750151--750185	16	2.1	17	94	5	63	31	8	25	34	1.86
761231--761266	18	1.9	18	88	5	54	0	2	13	83	0.76
762540--762589	24	2.1	24	88	7	75	26	2	14	58	1.47
765817--765846	13	2.2	14	94	5	53	13	6	0	80	0.91
771587--771726	36	3.9	35	84	2	181	37	20	23	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779236--779268	15	2.2	15	100	0	66	45	6	6	42	1.53
779644--779713	20	3.5	20	90	0	104	30	35	11	22	1.90
779893--779938	22	2.1	22	83	0	56	23	45	8	21	1.80
780310--780351	20	2.1	20	95	0	75	11	16	21	50	1.77
780319--780362	20	2.2	20	83	0	52	13	15	20	50	1.78
782316--782361	4	11.5	4	80	0	56	26	2	4	67	1.21
783944--784119	66	2.6	65	87	8	239	28	2	16	52	1.58
784213--784303	20	4.6	20	90	2	130	40	21	17	19	1.91
786130--786289	65	2.5	65	90	1	259	31	22	16	29	1.96
788995--789864	435	2.0	435	99	0	1704	32	11	20	34	1.89
792527--792606	24	3.5	24	69	20	73	22	25	22	30	1.99
797833--798225	51	7.6	54	89	6	319	28	26	16	29	1.97
797883--798241	51	7.0	51	92	3	526	28	26	16	29	1.97
799378--799502	9	14.9	9	70	22	62	9	13	0	76	1.01
799384--799477	14	6.3	14	69	24	50	6	15	0	77	0.96
799383--799517	15	8.8	15	70	24	70	8	13	1	77	1.06
799378--799478	42	2.4	45	80	15	126	6	15	0	77	0.98
799381--799478	33	2.8	35	83	10	114	6	15	0	78	0.93
799391--799468	19	4.2	19	71	15	65	5	15	0	79	0.90
799383--799524	75	1.9	75	82	10	182	8	12	1	77	1.05
799381--799554	8	21.2	8	71	14	79	9	11	1	77	1.04
809197--809294	44	2.1	46	88	7	146	39	21	11	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812299--812425	64	2.0	65	92	1	211	32	22	16	28	1.96
812740--812828	40	2.2	40	97	0	169	26	16	10	46	1.79
812739--812801	21	3.1	21	65	17	60	30	15	9	44	1.79
812750--812814	21	3.2	21	66	16	64	26	18	12	43	1.85
814292--814345	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
814292--814359	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
815089--815127	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
815360--815413	20	2.7	19	75	8	63	24	14	33	27	1.94
831294--831318	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
839159--839215	21	2.7	21	80	0	69	21	31	12	35	1.90
839168--839273	54	2.0	54	92	0	176	20	29	12	37	1.89
845128--845165	19	2.0	19	94	0	67	23	15	23	36	1.94
846404--846435	16	2.0	16	93	0	55	34	0	3	62	1.11
846676--846706	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
852242--852279	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
853392--853419	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
858521--858593	37	1.9	38	91	2	121	45	13	20	20	1.85
859107--859158	27	1.9	27	88	7	79	71	3	1	23	1.13
861159--861194	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
864014--864058	17	2.6	17	75	0	54	42	0	0	57	0.98
865132--865211	35	2.3	35	88	0	115	40	21	1	37	1.61
868209--868245	18	2.1	18	94	0	65	45	5	18	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868233--868276	17	2.6	17	92	0	70	38	11	20	29	1.87
868715--868751	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
872552--872595	21	2.1	21	86	0	61	50	2	9	38	1.47
874829--874874	24	1.9	23	83	16	58	56	6	8	28	1.54
875547--875718	84	2.0	84	98	0	335	23	19	13	43	1.86
881798--881839	22	2.0	21	90	4	66	21	16	26	35	1.94
881926--882312	183	2.1	183	92	3	638	46	7	3	42	1.48
882826--882873	23	2.1	23	84	0	60	25	16	22	35	1.95
888776--888827	24	2.1	25	92	3	88	50	9	7	32	1.64
892082--892111	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
897910--897973	23	2.9	22	83	4	92	62	7	20	9	1.50
909466--909505	10	4.0	10	90	0	62	30	32	0	37	1.58
911796--911842	13	3.6	13	82	0	58	17	2	12	68	1.31
914616--914661	24	1.9	24	100	0	92	47	21	0	30	1.51
917238--917264	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
919439--919495	29	2.0	29	86	6	80	14	35	28	22	1.93
919554--919609	29	1.9	29	88	0	85	16	35	28	19	1.93
919627--919680	23	2.3	23	83	0	72	12	35	25	25	1.92
919917--919974	29	2.0	29	82	0	71	15	34	25	24	1.95
920013--920088	34	2.3	33	88	2	107	22	32	34	10	1.88
920052--920103	23	2.3	23	93	0	86	21	26	42	9	1.83
920059--920111	23	2.3	23	90	0	88	24	24	39	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920129--920183	28	1.9	29	88	3	85	20	30	34	14	1.92
920242--920328	29	3.0	29	79	3	113	19	27	35	17	1.94
925932--925962	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
942595--942659	22	3.0	22	97	0	121	50	12	0	36	1.40
942640--942927	22	10.6	29	67	27	122	53	11	0	35	1.36
942702--942927	54	4.2	54	77	13	259	53	10	0	35	1.36
942619--942931	138	2.3	133	84	6	362	53	11	0	35	1.37
943140--943312	42	4.2	40	80	8	172	21	19	22	35	1.96
943142--943291	42	3.7	41	85	7	191	22	18	21	37	1.94
943121--943340	103	2.1	102	84	5	282	22	19	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4