genome.fa.s8530.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008530.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111408_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  724678

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 397 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217--265	18	2.8	18	75	3	55	12	40	8	38	1.72
1271--1326	27	2.1	27	93	3	96	21	7	10	60	1.53
2152--2346	49	4.0	49	93	1	320	26	18	11	43	1.85
2152--2334	97	1.9	97	94	0	321	26	19	12	42	1.86
4882--4915	2	17.0	2	87	0	50	0	47	2	50	1.16
7946--8018	19	3.8	19	100	0	146	26	16	35	21	1.94
7838--7976	64	2.2	64	84	1	170	30	13	23	32	1.93
8046--8083	20	1.9	20	88	0	58	18	13	34	34	1.89
10684--10726	21	2.0	21	81	9	50	25	23	23	27	2.00
16141--16265	64	2.0	64	83	0	160	28	13	24	33	1.93
16293--16330	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
16899--16962	24	2.7	24	80	0	65	46	12	10	29	1.76
21483--21543	3	20.3	3	93	0	59	45	0	54	0	1.00
22764--22808	23	2.0	23	86	0	63	22	11	24	42	1.86
29776--29825	22	2.4	21	78	18	52	64	4	0	32	1.12
29809--29879	37	1.9	37	83	11	92	67	4	2	25	1.22
29836--29881	21	2.1	21	84	11	58	67	6	2	23	1.25
31479--31533	9	6.6	9	76	14	55	58	0	1	40	1.09
31479--31527	3	16.3	3	81	8	55	59	0	2	38	1.09
31479--31522	13	3.4	14	82	17	51	61	0	0	38	0.96
32628--32656	14	2.1	14	100	0	58	62	0	20	17	1.33
45743--45789	14	3.4	14	87	0	67	21	36	34	8	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45842--45935	29	3.2	29	87	0	125	22	23	36	18	1.95
46325--46370	14	3.3	14	84	9	58	21	30	36	10	1.88
46419--46493	28	2.6	29	82	4	98	25	25	36	13	1.92
45552--46653	581	1.9	560	90	5	1745	25	22	28	23	1.99
58672--58795	66	1.9	66	91	0	203	37	8	12	40	1.75
69075--69174	22	4.4	22	68	12	76	38	0	10	52	1.35
69060--69132	15	4.5	15	74	22	67	42	0	4	53	1.20
69060--69535	54	9.2	48	69	24	208	35	0	12	52	1.39
69112--69653	80	6.8	80	81	13	629	33	0	13	52	1.41
69206--69253	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
69262--69369	32	3.7	32	75	23	137	35	0	12	51	1.40
69295--69337	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
69183--69653	134	3.5	133	80	12	540	33	0	13	52	1.41
69112--69525	214	2.0	210	93	1	702	34	0	13	52	1.40
69433--69493	22	2.8	22	97	0	113	37	0	11	50	1.39
69529--69602	22	3.2	22	73	16	69	27	0	16	56	1.40
69477--69556	32	2.5	31	94	4	142	33	0	10	56	1.33
69317--69658	187	1.8	188	94	0	614	33	0	13	52	1.40
69139--69636	111	4.7	108	77	12	503	33	0	13	52	1.41
69616--69658	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
69683--69741	31	1.9	31	96	0	109	42	8	6	42	1.61
74842--74942	49	2.1	49	100	0	202	33	14	17	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75535--75591	25	2.3	25	90	3	89	43	17	12	26	1.84
82070--82108	18	2.2	18	95	0	69	38	0	0	61	0.96
82596--82640	23	2.0	23	86	4	65	33	11	2	53	1.49
82909--83002	45	2.1	44	96	2	170	21	28	6	43	1.77
83519--83547	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
86577--86625	3	15.7	3	79	8	53	36	0	0	63	0.95
86577--86621	15	2.9	15	86	3	63	35	0	0	64	0.94
86649--86686	19	2.0	19	100	0	76	47	26	0	26	1.52
89747--89777	12	2.6	12	100	0	62	51	16	9	22	1.73
90455--90545	31	3.0	31	81	1	94	31	19	17	30	1.95
90897--90947	26	2.0	26	88	0	75	49	19	3	27	1.66
92741--92780	20	1.9	22	85	10	57	45	2	2	50	1.28
102809--102867	18	3.3	18	92	0	91	37	28	30	3	1.74
103623--103647	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
110736--110768	16	2.0	17	88	5	50	21	21	33	24	1.97
113900--113939	14	2.9	14	100	0	80	22	40	30	7	1.81
113926--113979	20	2.7	20	88	0	81	25	33	27	12	1.93
113981--114039	23	2.6	23	88	0	82	25	25	35	13	1.93
114087--114178	33	2.8	33	85	3	116	8	35	28	27	1.86
114618--114695	30	2.6	30	97	0	147	19	38	21	20	1.94
116969--117025	28	2.0	28	83	6	71	33	15	19	31	1.93
124946--124996	18	2.8	18	90	0	75	17	27	31	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129139--129228	18	5.0	18	84	0	108	20	23	28	27	1.99
131328--131360	11	3.0	11	100	0	66	54	27	0	18	1.44
133546--133570	8	3.1	8	100	0	50	0	0	52	48	1.00
133601--133659	21	2.8	21	82	10	68	13	25	35	25	1.93
137462--137501	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
141885--141957	38	1.9	38	97	0	137	47	6	12	32	1.67
148968--149007	20	2.0	20	85	0	53	22	25	32	20	1.98
159509--159551	22	2.0	20	82	13	50	23	23	4	48	1.69
163107--163210	45	2.3	45	85	3	129	36	19	20	24	1.95
164281--164326	23	2.0	23	82	0	56	21	23	26	28	1.99
167852--167889	20	1.9	20	100	0	76	34	21	21	23	1.97
168860--168909	23	2.2	23	81	0	55	20	32	22	26	1.98
170673--170739	18	3.7	18	95	0	125	29	34	20	14	1.93
173315--173361	24	2.0	24	87	8	69	42	19	8	29	1.80
181430--181462	15	2.2	15	94	0	57	45	0	0	54	0.99
182285--182345	29	2.3	25	76	20	61	50	0	4	44	1.23
182503--182548	18	2.6	18	85	0	56	21	23	10	43	1.84
193771--193858	36	2.5	36	79	13	96	44	5	7	42	1.57
193839--193946	34	3.1	34	76	16	112	48	5	1	44	1.37
193764--194035	32	8.0	32	71	18	106	46	4	5	43	1.47
194018--194069	22	2.4	22	81	18	56	38	3	3	53	1.37
195449--195521	14	5.2	14	71	17	53	28	5	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198976--199044	30	2.3	30	87	5	95	39	4	23	33	1.74
199255--199345	23	4.0	23	94	0	146	19	29	26	24	1.98
204603--204637	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
204798--204822	11	2.3	11	100	0	50	28	8	20	44	1.79
218552--218620	23	3.0	23	80	0	84	23	24	23	28	1.99
225115--225142	13	2.2	13	100	0	56	46	10	14	28	1.78
226189--226256	23	3.0	23	82	0	82	20	25	26	27	1.99
231163--231254	23	4.0	23	91	0	139	21	27	25	26	2.00
232003--232067	29	2.3	29	81	7	80	76	1	10	10	1.08
232101--232166	16	4.3	14	79	14	60	75	1	1	21	0.96
232109--232181	26	2.9	26	82	11	73	75	1	5	17	1.07
232381--232422	13	3.0	14	79	10	50	73	0	4	21	1.01
232379--232434	24	2.3	25	84	9	71	73	0	3	23	0.99
232379--232428	25	2.0	26	84	11	68	72	0	4	24	1.02
233621--233671	23	2.2	24	83	16	63	50	13	0	35	1.42
240506--240575	19	3.5	20	74	14	56	42	1	1	54	1.18
240488--240574	31	2.8	30	81	10	95	41	1	2	55	1.20
240521--240570	20	2.5	20	78	12	59	40	2	2	56	1.22
240490--240573	11	8.1	10	70	20	57	40	1	2	55	1.20
241094--241141	22	2.2	22	81	7	53	58	2	2	37	1.22
243893--243975	41	2.0	41	100	0	166	45	21	18	14	1.84
256330--256435	52	2.0	52	100	0	212	29	15	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258340--258667	109	3.0	109	92	0	541	33	26	18	21	1.96
258669--258792	43	3.0	43	67	21	120	35	25	23	15	1.94
264725--264772	21	2.3	21	88	0	69	12	18	47	20	1.81
264870--265130	84	3.2	82	80	7	278	29	26	17	27	1.97
264871--265117	42	6.0	41	78	6	241	27	26	17	27	1.98
271010--271047	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
271400--271545	60	2.4	60	81	4	170	32	17	7	43	1.77
271719--271849	59	2.2	59	84	2	165	41	5	21	32	1.75
271750--271862	59	1.9	59	89	3	174	43	5	17	33	1.72
271753--271846	29	3.2	29	69	8	73	42	4	19	34	1.70

Tables:   1   2   3   4