genome.fa.s8554.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008554.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3217407

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754751--755131	191	2.0	188	86	6	527	22	22	11	43	1.85
754822--755131	46	6.6	47	80	12	236	22	21	11	44	1.84
767468--767507	21	2.0	21	90	5	64	40	10	0	50	1.36
768995--769019	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
769934--769994	23	2.7	23	80	12	54	60	1	3	34	1.23
770232--770256	13	1.9	13	100	0	50	8	0	12	80	0.92
773529--773560	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
777954--777996	18	2.5	17	85	10	61	48	0	0	51	1.00
778230--778401	27	6.4	27	88	0	218	41	15	12	30	1.84
788467--788517	24	2.1	24	85	0	66	13	23	1	60	1.43
791146--791191	24	1.9	24	95	0	83	19	26	2	52	1.58
795244--795335	48	1.9	48	95	0	166	21	25	6	46	1.75
795904--795955	20	2.6	20	87	6	70	28	23	19	28	1.98
803061--803104	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
803099--803205	48	2.2	48	90	1	162	23	21	10	44	1.82
803596--803817	95	2.3	96	83	0	257	26	23	17	32	1.96
811644--811682	21	1.9	21	85	15	55	38	7	10	43	1.67
812335--812439	37	2.8	37	85	0	129	40	12	12	34	1.80
812994--813058	24	2.7	23	83	13	69	24	7	0	67	1.16
813049--813096	22	2.1	23	85	11	64	27	0	2	70	0.98
813114--813143	12	2.6	11	94	5	51	23	6	6	63	1.43
813346--813393	2	24.5	2	89	4	71	45	2	0	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813642--813757	11	10.1	11	68	19	51	21	4	2	71	1.15
816626--816822	75	2.6	76	89	2	281	19	24	32	22	1.97
817060--818370	106	12.4	106	93	0	2176	34	25	18	22	1.96
817060--818848	212	8.6	212	90	2	2651	33	25	18	22	1.96
817060--818851	318	5.7	317	90	3	2677	34	25	18	22	1.96
817060--818848	106	17.1	102	87	6	2121	33	25	18	22	1.96
819579--819683	37	2.8	37	83	0	138	40	14	13	31	1.84
820237--820340	15	7.3	15	67	21	55	24	4	0	70	1.13
820351--820396	11	4.2	11	86	8	58	21	6	4	67	1.32
820861--820932	34	2.3	31	83	11	85	31	4	1	62	1.23
820929--820987	9	7.2	8	79	9	50	16	1	1	79	0.89
820923--820972	18	2.6	19	75	18	50	18	2	2	78	0.95
820923--820998	24	3.0	25	76	16	77	19	3	1	75	1.04
821859--821887	15	1.9	15	100	0	58	20	6	20	51	1.70
823045--823154	42	2.6	42	94	0	184	40	9	12	38	1.75
823279--823467	54	3.5	54	93	0	315	21	26	17	34	1.96
823756--823914	37	4.3	37	86	0	192	23	18	24	33	1.96
825097--825128	16	1.9	17	93	6	57	21	31	0	46	1.52
825237--825493	125	2.1	123	89	2	390	23	28	17	29	1.97
826775--826828	16	3.5	16	72	10	58	11	14	0	74	1.08
827304--827342	16	2.4	17	86	4	53	10	15	0	74	1.07
827304--827347	17	2.6	17	85	7	54	9	15	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827539--827655	58	2.0	58	98	0	225	41	11	24	21	1.87
833263--833337	38	2.0	38	100	0	150	40	5	12	42	1.65
833483--833527	14	3.2	14	87	0	63	42	22	0	35	1.54
833483--833527	7	6.4	7	78	0	54	42	22	0	35	1.54
837014--837074	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
838109--838148	13	2.9	14	88	7	64	22	27	7	42	1.80
842835--842945	45	2.5	45	86	2	143	27	18	12	42	1.86
843432--843625	94	2.1	95	88	4	286	26	22	18	32	1.97
849716--849847	45	2.9	45	88	0	183	30	20	9	39	1.85
859405--859451	20	2.3	20	96	0	85	21	17	38	23	1.93
867093--867428	161	2.1	162	88	1	496	41	13	16	27	1.87
867416--867458	20	2.3	19	88	11	63	51	13	16	18	1.77
869676--869740	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
869774--869839	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
871633--871681	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
871794--872757	200	4.8	200	96	0	1687	36	15	18	30	1.92
874227--874326	6	16.7	6	81	0	83	38	8	33	21	1.82
874244--874330	6	14.5	6	83	0	84	36	6	33	22	1.81
874227--874326	12	8.3	12	87	0	119	38	8	33	21	1.82
875540--877209	183	9.1	183	96	0	2988	35	14	17	32	1.90
878339--878411	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
878828--878900	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878016--879302	489	2.6	490	97	0	2418	41	7	10	40	1.68
879431--879473	22	1.9	23	85	4	61	41	11	9	37	1.74
879767--879797	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
881651--881766	9	12.6	9	69	16	53	21	7	1	68	1.23
881696--881764	25	2.8	24	76	20	63	17	8	1	72	1.17
881667--881750	35	2.4	34	84	9	100	20	9	1	69	1.23
884311--884355	22	2.0	22	82	4	54	31	11	35	22	1.89
892113--892152	7	5.7	7	82	11	55	82	2	15	0	0.77
892110--892149	21	2.0	20	90	5	62	82	2	15	0	0.77
899364--899409	25	1.9	24	86	8	67	54	4	4	36	1.40
902790--902814	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
905009--905058	23	2.2	23	82	3	57	22	28	24	26	1.99
905021--905080	23	2.7	23	86	2	77	21	23	30	25	1.99
918034--918076	20	2.2	19	87	4	59	67	2	4	25	1.22
918404--918432	10	2.9	10	100	0	58	41	20	10	27	1.85
918732--918788	5	11.4	5	98	0	105	78	0	1	19	0.83
920485--920920	44	9.9	44	88	0	485	30	14	22	32	1.94
920485--920920	132	3.3	132	84	0	539	30	14	22	32	1.94
937255--937300	22	2.1	22	91	0	74	36	2	10	50	1.50
937477--937604	61	2.1	61	82	0	157	28	17	29	25	1.97
938702--938753	23	2.3	22	71	15	52	61	3	1	32	1.25
942629--942657	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957312--957371	30	2.0	30	90	0	93	25	13	25	36	1.92
957760--957791	3	10.7	3	93	0	55	28	0	3	68	1.04
959526--961169	822	2.0	822	97	0	3130	32	14	14	38	1.87
964656--964684	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
966114--966216	38	2.7	37	79	4	116	32	20	11	35	1.89
966114--966266	36	4.1	38	80	7	152	30	21	12	35	1.90
966570--966897	66	4.9	67	85	5	371	30	17	13	38	1.88
966675--966786	31	3.4	31	66	20	75	30	16	14	39	1.88
966570--966897	134	2.5	130	85	4	417	30	17	13	38	1.88
966774--966897	36	3.6	36	68	17	93	29	19	15	36	1.92
966901--967173	138	2.0	138	80	4	309	28	30	15	26	1.96
978529--978562	12	2.9	11	91	8	50	70	0	2	26	1.01
980808--980989	85	2.1	85	83	0	229	34	16	21	27	1.95
981160--981257	2	53.0	2	70	18	52	53	7	1	38	1.35
981157--981230	13	5.6	12	77	22	69	55	4	1	39	1.27
981130--981218	5	18.2	5	70	17	62	59	5	1	33	1.28
981268--981367	38	2.5	41	77	11	107	45	7	4	44	1.49
981242--981342	38	2.6	39	80	9	118	44	5	3	45	1.46
981371--981456	36	2.4	37	82	7	104	41	10	4	43	1.60
981432--981473	15	3.1	14	83	12	52	38	9	7	45	1.64
981902--981991	45	2.0	45	100	0	180	48	8	4	37	1.55
982976--983002	14	1.9	14	100	0	54	51	7	29	11	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
985498--985567	34	2.1	34	91	0	113	37	7	20	35	1.80
986360--986445	31	2.8	29	81	11	100	53	2	1	43	1.21
986355--986421	20	3.5	20	73	16	54	53	1	2	41	1.25
987187--987220	18	1.9	17	88	5	50	32	2	0	64	1.08
987927--988012	43	2.0	43	97	0	163	32	26	6	33	1.83
988559--988668	35	3.2	34	79	14	93	34	0	3	61	1.13
988582--988668	35	2.5	35	81	14	99	39	0	2	58	1.11
988591--988700	52	2.2	50	77	14	118	37	0	1	60	1.14
990919--990966	16	3.0	16	78	6	53	33	0	2	64	1.05
991060--991089	4	7.2	4	96	3	51	30	0	0	70	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10