genome.fa.s8554.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008554.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3217407

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  8  of  10  ( 1197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2004551--2004607	17	3.6	16	84	11	73	73	5	15	5	1.19
2004551--2004632	31	2.6	32	81	14	91	69	6	15	8	1.34
2006743--2006791	23	2.1	23	100	0	98	34	4	38	22	1.73
2026641--2026676	19	1.9	18	88	5	54	11	11	5	72	1.28
2031214--2031253	20	2.0	20	95	0	71	37	25	15	22	1.93
2034972--2035013	19	2.2	20	87	12	61	28	14	11	45	1.80
2035415--2035449	17	2.1	17	94	0	61	37	11	5	45	1.64
2041829--2041935	50	2.1	50	80	10	121	20	18	22	38	1.94
2043313--2043370	16	3.7	16	90	4	91	8	31	13	46	1.74
2043354--2043441	44	2.0	44	97	0	167	26	25	17	31	1.97
2051630--2051676	22	2.1	22	84	7	60	29	29	12	27	1.93
2059025--2059065	21	2.0	21	85	4	57	17	17	2	63	1.42
2064248--2064567	91	3.5	90	85	4	419	22	22	13	41	1.88
2064248--2064574	45	7.2	45	86	3	433	22	22	12	42	1.87
2064248--2064567	136	2.4	136	94	0	541	22	22	13	41	1.88
2065046--2065253	45	4.6	45	81	8	242	26	20	11	40	1.87
2064365--2066796	672	3.6	676	89	2	3674	32	19	9	37	1.85
2065717--2065924	45	4.6	45	78	9	217	27	21	11	39	1.88
2065717--2065924	89	2.3	90	85	3	276	27	21	11	39	1.88
2066394--2066600	44	4.6	45	80	5	258	25	21	12	41	1.88
2066394--2066600	45	4.6	45	80	5	240	25	21	12	41	1.88
2066394--2066609	89	2.4	88	78	9	240	25	21	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068861--2069172	45	6.9	45	84	3	412	23	21	12	41	1.87
2068861--2069172	91	3.4	89	86	5	412	23	21	12	41	1.87
2068861--2069172	136	2.3	136	90	0	489	23	21	12	41	1.87
2069697--2069735	21	1.9	19	90	10	60	33	20	10	35	1.86
2071742--2071793	17	3.1	17	88	0	77	36	15	5	42	1.71
2073668--2073705	17	2.2	18	85	4	51	18	13	15	52	1.74
2077776--2077824	21	2.3	21	96	0	89	40	26	18	14	1.89
2092095--2092163	28	2.6	27	77	22	76	73	4	13	8	1.21
2094710--2094753	20	2.2	20	80	4	54	38	9	6	45	1.63
2095088--2095127	14	2.9	14	85	3	55	25	37	0	37	1.56
2100353--2100395	15	2.8	16	80	16	54	55	4	6	32	1.47
2100756--2100789	13	2.6	13	95	0	59	23	41	0	35	1.55
2102664--2102707	16	2.8	16	89	0	61	13	34	9	43	1.76
2102824--2102875	22	2.4	22	86	0	68	26	26	17	28	1.97
2106759--2106801	16	2.7	15	82	10	50	13	30	9	46	1.75
2110294--2111552	631	2.0	631	97	1	2413	34	14	15	34	1.89
2119319--2119347	14	2.1	14	100	0	58	37	0	34	27	1.57
2125956--2125989	5	6.6	5	86	6	50	76	2	20	0	0.92
2137657--2137682	7	3.7	7	100	0	52	73	0	11	15	1.11
2146662--2146760	35	2.8	35	90	1	153	33	4	37	25	1.75
2147967--2148035	22	3.2	22	62	22	56	42	14	4	39	1.66
2147968--2148059	42	2.2	42	100	0	184	43	14	6	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155772--2155844	32	2.3	30	77	11	74	6	16	4	72	1.22
2163493--2163523	13	2.4	13	94	0	53	35	32	9	22	1.87
2164551--2164599	18	2.7	18	93	0	80	20	2	36	40	1.64
2164945--2165016	36	2.0	36	94	0	126	22	20	9	47	1.79
2166320--2166364	21	2.1	21	100	0	90	20	17	24	37	1.93
2176876--2176914	20	1.9	21	84	5	53	35	0	35	28	1.58
2178130--2178163	2	17.5	2	87	6	52	47	0	2	50	1.16
2178122--2178204	43	1.9	43	83	9	107	50	3	4	40	1.41
2189055--2189146	29	3.1	28	87	7	112	47	19	1	31	1.57
2192634--2192685	23	2.1	26	86	10	74	19	15	0	65	1.27
2192910--2192949	21	1.9	21	84	0	53	82	2	12	2	0.87
2201631--2201672	23	1.9	22	85	9	59	23	30	23	21	1.99
2204336--2204375	21	1.9	21	85	10	55	25	32	25	17	1.97
2210347--2210423	32	2.4	31	80	16	86	71	6	2	19	1.20
2210419--2210450	15	2.1	15	94	0	55	78	0	9	12	0.97
2210456--2210518	16	3.9	17	71	21	55	63	1	1	33	1.13
2212078--2212328	110	2.3	108	80	6	287	24	17	22	34	1.96
2212130--2212328	110	1.8	110	86	0	290	23	17	22	36	1.94
2212375--2212456	43	1.9	43	89	0	128	20	17	32	29	1.95
2213427--2213451	10	2.5	10	100	0	50	0	0	8	92	0.40
2223835--2223876	12	3.2	13	86	6	50	76	2	0	21	0.90
2223942--2224004	16	3.9	17	72	27	66	61	1	1	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2223980--2224036	19	2.9	19	71	7	51	61	0	7	31	1.23
2228896--2228933	18	2.1	18	90	0	58	0	28	23	47	1.52
2230494--2230575	23	3.7	22	77	9	87	18	23	31	26	1.97
2235187--2235228	18	2.4	18	76	4	50	54	4	16	23	1.61
2251371--2251421	26	2.0	26	85	14	72	17	15	0	66	1.25
2260255--2260299	21	2.1	20	88	12	63	17	15	0	66	1.25
2260264--2260315	23	2.1	26	86	10	74	19	15	0	65	1.27
2269339--2269396	13	4.5	13	74	23	52	79	8	12	0	0.94
2269341--2269397	15	3.6	15	75	15	53	80	7	12	0	0.89
2269343--2269393	26	2.0	26	85	14	70	80	7	11	0	0.90
2269343--2269407	23	2.7	24	83	7	69	76	7	15	0	0.99
2269956--2269998	22	2.0	22	95	0	77	34	27	13	23	1.93
2270812--2270946	36	3.8	37	73	7	100	25	19	15	39	1.91
2270888--2271009	63	2.0	62	88	1	181	28	18	13	40	1.88
2270969--2271046	36	2.2	36	85	0	102	28	21	16	33	1.95
2271388--2271610	64	3.5	65	90	3	328	35	26	18	20	1.95
2271453--2271788	171	2.0	171	96	0	629	34	25	19	20	1.96
2271296--2271752	235	2.0	231	90	4	731	34	26	18	21	1.96
2271622--2271781	65	2.5	66	87	6	222	34	26	19	19	1.96
2271517--2271718	106	1.9	104	88	6	273	36	26	18	18	1.94
2281415--2281443	13	2.1	14	93	6	51	44	6	17	31	1.75
2281662--2281706	23	1.9	24	90	4	74	17	15	22	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2283636--2283711	35	2.2	35	87	0	107	26	40	2	30	1.69
2284086--2284129	12	3.6	12	81	6	52	77	9	11	2	1.08
2287565--2287640	35	2.2	35	87	0	107	26	40	2	30	1.69
2287775--2287820	15	2.9	15	81	18	58	8	30	0	60	1.26
2288913--2288950	17	2.2	18	90	4	60	39	21	15	23	1.92
2290568--2290610	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
2290954--2291032	35	2.3	35	90	0	122	29	37	5	27	1.78
2293925--2293965	22	1.9	22	90	5	66	60	14	14	9	1.57
2299371--2299418	5	10.0	5	82	13	57	81	0	16	2	0.79
2299371--2299418	19	2.5	19	86	6	62	81	0	16	2	0.79
2299371--2299418	14	3.4	13	83	11	51	81	0	16	2	0.79
2303401--2303440	21	1.9	21	84	0	53	35	22	7	35	1.82
2305576--2305634	24	2.4	23	78	10	64	6	18	13	61	1.54
2309980--2310021	15	2.7	16	79	17	52	33	7	4	54	1.49
2313123--2313164	18	2.4	18	80	11	52	26	16	9	47	1.77
2313158--2313223	18	3.8	17	76	8	53	42	10	6	40	1.64
2313174--2313227	18	3.1	18	83	2	74	44	12	5	37	1.66
2328602--2328644	20	2.2	19	83	4	50	34	11	6	46	1.67
2328975--2329001	14	1.9	14	100	0	54	29	33	0	37	1.58
2341093--2341143	12	4.7	10	81	13	57	25	15	19	39	1.91
2341093--2341143	22	2.3	22	89	0	84	25	15	19	39	1.91
2343519--2343567	19	2.5	20	86	3	64	46	6	10	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351677--2351705	8	3.8	8	90	9	51	79	0	0	20	0.74
2351700--2351747	5	9.2	5	80	8	51	81	2	16	0	0.79
2351700--2351745	22	2.1	22	92	4	76	82	2	15	0	0.76
2351711--2351745	17	2.1	16	89	10	52	82	2	14	0	0.77
2355851--2355899	26	1.9	25	84	12	64	48	12	10	28	1.73
2361637--2361685	23	2.1	23	84	3	62	30	24	20	24	1.98
2372202--2372260	30	2.0	28	87	6	82	77	3	11	6	1.07
2389633--2389677	18	2.6	18	86	10	58	6	11	0	82	0.84
2389639--2389672	12	2.8	12	90	4	50	8	8	0	82	0.85
2394171--2394196	13	2.0	13	100	0	52	30	30	0	38	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10