genome.fa.s8554.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008554.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111458_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3217407

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1197 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406897--2407291	201	2.0	201	95	1	720	31	15	15	37	1.89
2420331--2420370	14	2.9	14	92	3	64	22	45	0	32	1.53
2420528--2420565	15	2.5	15	91	8	60	10	23	0	65	1.23
2421531--2421555	13	1.9	13	100	0	50	8	0	12	80	0.92
2426030--2426077	26	2.0	25	84	15	66	29	27	27	16	1.97
2436784--2436824	22	1.9	21	90	5	64	24	2	36	36	1.69
2443362--2443396	16	2.2	16	100	0	70	20	37	22	20	1.95
2466752--2466786	11	3.3	11	84	8	54	37	8	34	20	1.83
2468199--2468232	11	3.2	11	83	8	52	38	8	32	20	1.84
2472497--2472526	14	2.1	15	93	6	53	36	16	6	40	1.75
2478009--2478149	69	2.0	70	97	2	266	44	11	12	31	1.78
2481362--2481413	22	2.4	22	90	0	77	30	13	26	28	1.94
2483719--2483795	35	2.2	35	85	0	100	36	2	35	25	1.70
2491881--2491929	13	3.8	12	80	17	53	2	20	0	77	0.87
2491884--2491947	19	3.3	20	83	12	73	3	17	3	76	1.04
2495275--2495318	19	2.3	19	84	11	63	2	15	4	77	1.04
2495274--2495318	6	7.2	6	82	7	54	2	15	4	77	1.02
2496698--2496722	10	2.5	10	100	0	50	24	20	20	36	1.95
2498280--2498340	29	2.1	28	82	14	72	72	3	14	9	1.24
2498277--2498342	31	2.2	32	79	17	79	72	3	15	9	1.21
2507536--2507594	6	10.0	6	80	10	52	1	16	1	79	0.89
2515442--2515519	40	2.0	40	97	0	147	30	21	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2516014--2516069	28	2.1	25	83	9	67	8	16	16	58	1.61
2519098--2519148	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
2521454--2521497	21	2.0	22	86	4	63	59	0	20	20	1.39
2523252--2523363	47	2.5	44	82	5	127	32	21	7	39	1.80
2523447--2523530	40	2.1	40	84	0	105	25	23	23	27	2.00
2524780--2524845	29	2.3	29	82	7	80	33	24	4	37	1.76
2528056--2528085	8	3.8	8	100	0	60	40	23	0	36	1.55
2530142--2530253	47	2.5	46	86	5	149	31	19	8	40	1.83
2531651--2531714	29	2.2	30	82	2	76	31	25	4	39	1.76
2532974--2533138	90	1.8	90	94	0	294	47	6	10	35	1.64
2533894--2533926	16	2.1	16	94	0	57	36	21	6	36	1.78
2534750--2534781	16	2.1	16	88	11	50	34	3	0	62	1.11
2536274--2536317	23	1.9	24	90	9	65	81	4	13	0	0.83
2536277--2536317	6	7.0	6	81	13	50	82	2	14	0	0.76
2554538--2554593	26	2.2	26	96	0	103	32	3	12	51	1.56
2556253--2556283	10	3.1	10	95	0	53	61	6	0	32	1.21
2564537--2564908	191	1.9	191	85	3	516	29	16	19	33	1.94
2567819--2567864	18	2.4	19	85	10	67	52	6	6	34	1.53
2567903--2567961	19	3.0	19	90	9	100	30	11	6	50	1.65
2568184--2568224	20	2.0	20	90	0	64	34	12	17	36	1.87
2568209--2568269	30	2.0	30	87	0	86	36	11	24	27	1.90
2570042--2570119	31	2.5	31	76	13	81	32	15	6	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574005--2574029	10	2.5	10	100	0	50	12	28	0	60	1.32
2586209--2586343	62	2.2	62	94	0	234	32	20	16	31	1.94
2593936--2594058	49	2.5	49	91	0	192	28	21	12	37	1.90
2594540--2594587	20	2.5	19	86	6	62	29	22	12	35	1.91
2607094--2607154	27	2.3	27	91	0	95	36	18	13	32	1.89
2610616--2610688	20	3.6	20	94	1	128	16	26	42	15	1.87
2612779--2612818	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2612803--2612861	20	2.8	21	84	7	66	20	27	28	23	1.99
2618158--2618208	20	2.5	20	100	0	102	19	25	35	19	1.95
2620982--2621025	23	1.9	23	95	0	79	29	9	25	36	1.86
2622295--2622338	23	2.0	23	90	4	72	50	0	0	50	1.00
2623333--2623471	36	3.9	36	94	0	242	42	15	15	26	1.87
2625404--2625460	29	2.0	29	89	6	89	35	14	3	47	1.61
2630207--2630288	40	2.0	40	95	0	146	34	24	14	26	1.94
2630641--2630695	28	2.0	28	96	0	101	34	25	9	30	1.87
2639667--2639805	36	3.9	36	87	0	197	43	13	15	27	1.84
2639669--2639814	72	2.0	74	89	2	224	44	12	15	27	1.82
2640524--2640565	21	2.0	22	85	4	59	38	21	0	40	1.53
2641744--2641832	29	3.1	29	93	3	153	37	15	3	43	1.64
2644978--2645021	21	2.1	21	86	0	61	40	25	13	20	1.89
2647063--2647193	46	2.9	45	81	2	154	25	21	9	42	1.84
2647659--2647700	20	2.0	21	90	4	68	23	28	11	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647677--2648081	45	9.0	45	86	1	551	27	22	10	39	1.87
2648486--2648558	20	3.7	20	96	0	128	30	31	15	23	1.95
2655432--2655513	40	2.0	40	95	0	146	31	20	14	32	1.93
2658061--2659503	728	2.0	710	97	2	2715	29	16	15	38	1.89
2662665--2662708	21	2.1	21	91	0	70	22	22	25	29	1.99
2663259--2663368	40	2.8	40	94	0	184	32	29	16	21	1.95
2664905--2664963	30	2.0	30	86	6	84	33	18	8	38	1.81
2668690--2668723	14	2.4	14	100	0	68	41	14	14	29	1.86
2669689--2669731	20	2.2	20	86	0	59	20	4	18	55	1.60
2669753--2669881	45	2.8	45	80	2	141	39	6	21	31	1.80
2671741--2672290	273	2.0	274	97	0	1048	34	18	12	34	1.89
2679043--2679111	23	3.2	23	60	19	58	33	5	17	43	1.73
2679026--2679145	41	2.9	41	100	0	240	34	3	17	45	1.65
2679556--2679597	21	2.0	22	90	4	68	71	0	0	28	0.86
2679556--2679594	10	3.8	10	81	18	53	71	0	0	28	0.86
2680948--2681006	31	1.9	31	96	3	111	32	28	1	37	1.67
2681049--2681110	25	2.4	25	81	7	72	40	8	12	38	1.73
2687678--2687737	31	2.0	31	93	3	104	35	28	1	35	1.67
2687780--2687841	25	2.4	25	81	7	72	41	8	12	37	1.73
2688187--2688238	19	2.7	19	100	0	104	21	30	17	30	1.96
2690262--2690329	30	2.3	30	92	0	118	14	13	29	42	1.84
2698923--2698962	18	2.2	18	95	0	71	30	20	22	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2719094--2719136	21	2.0	21	82	8	52	30	13	25	30	1.94
2718997--2719192	70	2.8	69	80	6	189	28	16	22	32	1.96
2726005--2726063	21	2.8	22	82	7	77	16	15	27	40	1.89
2726096--2726153	20	2.8	22	76	12	68	15	18	27	37	1.92
2725933--2726223	91	3.2	91	82	7	326	26	15	22	35	1.94
2728487--2728616	59	2.2	59	88	0	188	26	16	26	30	1.97
2730400--2730476	35	2.2	34	84	6	100	36	1	19	42	1.60
2731312--2731371	31	1.9	31	89	0	93	43	10	3	43	1.54
2731655--2731736	31	2.6	31	76	0	92	43	4	10	40	1.61
2735524--2735562	18	2.2	18	90	0	60	28	20	7	43	1.79
2737578--2737633	7	8.0	7	84	7	62	73	0	1	25	0.93
2737578--2737633	15	4.0	15	82	13	66	73	0	1	25	0.93
2738069--2738206	30	4.7	30	72	12	117	57	10	11	19	1.62
2739218--2739278	25	2.4	25	97	0	113	36	8	3	52	1.48
2739230--2739263	18	1.9	17	88	5	50	38	5	2	52	1.41
2740484--2740532	21	2.3	21	89	0	71	28	18	18	34	1.94
2767606--2767654	20	2.4	21	93	6	84	14	8	20	57	1.63
2771317--2771393	39	2.0	39	94	0	136	29	12	20	36	1.90
2782474--2782665	45	4.3	45	85	0	251	31	18	8	41	1.81
2782508--2782706	89	2.2	90	81	2	213	30	20	10	39	1.86
2783197--2783257	20	3.0	21	83	9	81	24	31	13	31	1.93
2783292--2783351	22	2.8	21	82	12	68	31	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2783198--2783420	95	2.4	94	82	7	247	31	27	12	28	1.93
2789330--2789539	45	4.7	46	83	2	232	31	17	10	40	1.83
2791740--2791962	95	2.4	94	93	0	383	34	15	23	26	1.95
2792296--2792619	59	5.6	58	87	3	409	35	11	18	35	1.87
2796218--2796287	27	2.5	28	81	6	72	34	0	18	47	1.49
2797142--2797601	59	7.8	59	84	0	564	34	10	19	35	1.86
2811055--2811178	59	2.1	59	86	3	169	32	19	16	32	1.94
2830739--2830839	23	4.7	23	82	9	106	27	19	27	24	1.99
2830759--2830839	23	3.6	22	83	8	110	28	18	27	25	1.98
2830739--2830859	44	2.8	44	81	9	142	28	18	27	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10