genome.fa.s8560.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008560.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111467_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  753118

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572--2608	19	1.9	19	94	0	65	24	18	8	48	1.75
5436--5483	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
5487--5601	21	5.5	21	83	8	144	18	33	25	23	1.97
5493--5601	42	2.6	42	89	0	173	18	32	24	24	1.97
6116--6219	34	3.1	34	88	0	154	56	5	2	34	1.38
6616--7349	128	5.7	128	97	0	1362	32	21	24	20	1.98
6616--7349	255	2.9	255	97	0	1360	32	21	24	20	1.98
6616--7349	383	1.9	384	96	0	1362	32	21	24	20	1.98
12327--12384	6	9.7	6	86	0	80	65	27	0	6	1.18
12327--12384	18	3.2	18	90	0	89	65	27	0	6	1.18
13958--14008	24	2.1	25	85	10	70	37	3	0	58	1.16
15201--15280	32	2.5	32	87	0	124	40	13	11	35	1.81
15224--15279	17	3.4	17	73	9	53	39	12	10	37	1.78
15201--15297	32	3.0	31	82	5	113	39	14	11	35	1.82
17888--17929	14	2.9	14	83	16	59	26	0	4	69	1.08
18242--18274	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
19458--20081	108	5.6	108	69	11	380	39	13	16	31	1.87
19369--20199	226	3.7	225	88	0	1151	38	13	15	31	1.87
20267--20305	19	2.1	18	90	4	60	35	12	12	38	1.82
20527--20557	14	2.2	14	100	0	62	41	16	6	35	1.74
22178--22302	54	2.4	54	84	2	155	32	17	22	28	1.96
22864--22962	44	2.2	44	87	0	135	25	19	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22902--22969	21	3.1	22	77	14	77	25	16	25	33	1.95
37575--37612	20	1.9	20	88	0	58	36	13	26	23	1.91
47365--47408	21	2.1	21	83	8	54	22	13	20	43	1.87
48922--48956	14	2.5	14	95	0	61	42	17	25	14	1.86
55271--55325	21	2.6	21	97	0	101	32	25	20	21	1.97
67285--67646	199	1.8	199	84	0	490	33	13	13	39	1.83
67695--67816	61	2.0	60	92	4	201	32	11	15	40	1.83
68063--68088	6	4.3	6	100	0	52	53	0	15	30	1.42
70003--70111	57	1.9	57	84	3	148	42	2	15	39	1.62
71718--71842	47	2.8	45	87	9	175	30	22	8	39	1.83
71718--71856	47	3.2	41	80	14	131	30	23	7	38	1.83
75781--75837	6	9.7	6	78	17	50	8	17	0	73	1.07
75764--75847	34	2.5	35	83	14	97	7	19	0	73	1.05
75752--75846	35	2.7	35	75	16	90	8	18	0	72	1.09
75779--75829	22	2.3	23	86	13	79	7	19	0	72	1.08
75799--75861	19	3.4	19	84	2	92	6	14	0	79	0.92
75799--75867	18	3.8	18	81	9	86	7	14	0	78	0.96
77493--77577	17	5.1	17	77	17	97	36	17	9	36	1.82
78801--78925	47	2.8	45	85	9	166	30	21	8	40	1.82
85085--85194	57	1.9	57	90	3	177	38	4	18	39	1.71
85308--85369	24	2.6	24	94	0	106	20	20	22	35	1.96
88314--88383	31	2.2	32	82	7	90	44	11	7	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93533--93633	10	10.6	9	69	21	55	70	3	6	18	1.26
93539--93632	21	4.2	21	76	17	84	69	3	7	20	1.27
95279--95379	34	2.9	35	82	7	125	31	8	19	39	1.83
95398--95492	36	2.6	36	86	1	127	43	10	18	27	1.83
95855--96091	99	2.3	99	86	6	323	20	18	25	35	1.95
97143--97216	25	2.6	30	75	16	86	37	1	1	59	1.14
97128--97197	34	2.0	35	83	10	90	37	1	1	60	1.15
97462--97523	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
97570--97628	12	5.1	12	74	15	52	64	1	0	33	1.04
98015--98335	43	7.3	44	76	11	250	49	5	18	26	1.68
98015--98358	90	3.9	84	75	13	275	49	5	18	26	1.69
98051--98332	133	2.1	133	94	0	501	48	6	18	26	1.71
98051--98373	43	7.3	42	74	12	179	48	6	18	26	1.72
98123--98373	43	5.6	45	77	12	184	49	6	17	26	1.72
98051--98380	133	2.5	132	88	2	410	49	6	17	26	1.70
101013--101045	14	2.3	15	89	5	50	18	21	18	42	1.89
101392--101438	22	2.1	22	92	0	76	51	14	12	21	1.76
101397--101440	11	4.0	11	77	11	54	52	11	11	25	1.70
101424--101576	80	1.9	79	90	1	243	50	15	11	22	1.75
102148--102292	76	1.9	76	88	0	218	34	22	15	27	1.94
102832--102889	25	2.3	25	78	3	62	46	8	1	43	1.44
110751--110885	59	2.3	60	78	12	136	40	11	11	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111071--111157	31	2.8	31	84	5	106	50	10	5	33	1.60
114620--114658	19	2.0	20	85	5	53	35	5	17	41	1.72
119410--119468	31	1.9	31	86	6	84	38	6	10	44	1.65
119492--119534	22	2.0	22	95	0	77	48	16	0	34	1.46
119494--119542	22	2.2	22	85	3	62	53	16	0	30	1.43
119514--119979	32	17.4	31	65	33	198	52	12	0	34	1.42
119548--119622	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
119626--119670	22	2.0	22	91	0	72	51	8	0	40	1.33
119577--119856	54	5.3	54	89	6	457	52	12	0	34	1.40
119624--119676	22	2.4	22	84	6	63	54	7	0	37	1.29
119680--119722	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
119546--119856	102	3.0	102	89	7	498	52	13	0	34	1.41
119682--119730	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
119734--119820	22	3.8	22	79	11	111	51	16	0	32	1.44
119631--119931	80	3.8	80	80	7	357	52	13	0	33	1.43
119838--119912	22	3.2	22	76	14	69	53	17	1	28	1.52
119867--120029	52	3.1	52	82	12	194	52	8	0	38	1.37
119739--119979	132	1.9	128	89	8	380	52	13	0	33	1.44
119959--120104	15	9.5	15	84	8	195	52	2	0	45	1.12
121923--121980	28	2.1	27	93	3	98	48	6	18	25	1.73
122959--123133	49	3.6	49	91	0	278	36	16	21	25	1.94
123997--124101	37	2.8	37	86	0	147	40	14	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124964--125049	4	21.2	4	70	13	52	18	10	0	70	1.14
126099--126127	15	1.9	15	100	0	58	13	3	6	75	1.13
129449--129517	7	9.1	8	76	19	51	81	2	15	0	0.81
129448--129525	26	3.0	27	78	17	94	79	5	15	0	0.90
129453--129539	27	3.3	27	76	15	83	80	4	13	1	0.92
129449--129517	19	3.8	16	77	21	57	81	2	15	0	0.81
129449--129526	31	2.7	30	83	13	92	80	3	15	0	0.85
129454--129517	18	3.7	16	82	12	65	81	3	15	0	0.82
129445--129539	40	2.4	39	74	8	93	78	5	13	2	1.00
129452--129540	26	3.4	25	77	10	81	79	4	14	1	0.94
130144--130220	22	3.5	22	92	0	127	38	27	12	20	1.89
131026--132327	106	12.3	106	91	1	2001	33	25	18	22	1.96
132923--133027	37	2.8	37	85	0	138	40	16	14	28	1.87
133879--133911	4	8.0	4	93	6	57	24	3	0	72	0.98
136230--136606	55	6.9	55	93	0	619	33	16	19	30	1.94
139671--139716	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
149191--149293	36	2.9	36	95	0	179	45	16	13	24	1.83
151597--151635	21	1.9	20	89	5	60	28	10	20	41	1.85
151689--151723	18	1.9	18	94	0	61	17	20	34	28	1.95
154632--154692	29	2.1	30	84	3	79	34	19	4	40	1.73
154759--154794	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
155007--155044	17	2.2	17	95	0	67	44	13	13	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170164--170224	29	2.1	30	84	9	81	50	14	18	16	1.78
172369--172476	57	1.9	57	86	7	157	37	5	9	48	1.59
172674--172711	20	1.9	20	84	10	51	39	5	13	42	1.66
179061--179120	23	2.6	23	83	0	75	40	8	15	36	1.77
179061--179316	109	2.3	110	86	4	372	41	10	14	33	1.79
179257--179305	23	2.1	23	88	0	71	36	10	18	34	1.85
179727--180285	111	5.1	111	88	2	763	44	11	11	32	1.77
179730--180272	221	2.5	221	86	2	754	45	11	11	32	1.76
180750--181639	111	8.0	111	91	1	1340	45	11	11	31	1.76
181491--181531	21	2.0	21	85	4	57	46	7	12	34	1.69

Tables:   1   2   3   4   5