genome.fa.s8560.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008560.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111467_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  753118

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182092--182560	111	4.2	111	88	2	665	44	11	11	33	1.75
182976--183116	73	1.9	73	94	0	246	47	12	9	29	1.74
183147--183687	223	2.4	222	90	2	845	45	11	11	31	1.75
183147--183687	111	4.9	111	92	2	843	45	11	11	31	1.75
184152--184202	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
187084--187119	17	2.1	18	89	5	56	36	0	2	61	1.11
191741--191952	99	2.2	99	87	5	297	38	15	15	31	1.88
196478--197333	427	2.0	427	94	3	1521	37	12	18	31	1.89
199166--199223	19	3.1	19	76	18	75	25	31	27	15	1.96
203583--203708	37	3.4	37	80	0	144	39	15	19	25	1.91
203760--204292	111	4.8	110	80	5	529	29	20	19	30	1.97
203755--204237	55	8.8	55	77	7	403	30	20	19	30	1.97
203708--204292	110	5.3	111	79	5	560	29	21	20	29	1.98
203821--204292	166	2.8	165	78	9	537	29	21	20	29	1.98
205614--205712	2	50.5	2	93	4	175	50	1	0	48	1.07
206164--206221	23	2.5	23	88	0	80	24	24	31	20	1.98
212159--212193	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
212193--212221	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
212668--212759	23	4.0	23	85	5	132	27	26	27	19	1.99
213357--213394	20	1.9	20	94	0	67	13	31	31	23	1.93
215992--216046	21	2.7	20	83	8	74	29	18	25	27	1.98
222573--222639	15	4.5	15	83	3	82	40	7	17	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222567--222639	30	2.5	30	95	2	130	42	6	19	31	1.77
222807--222836	16	1.9	16	93	6	53	46	6	0	46	1.29
222809--222854	17	2.8	16	83	3	56	47	6	0	45	1.28
222973--223035	23	2.7	23	80	5	63	46	1	1	50	1.20
223011--223122	20	5.6	20	67	16	63	47	1	0	50	1.11
223010--223152	59	2.4	60	78	12	143	46	2	0	51	1.12
223094--223143	23	2.2	22	86	10	66	44	4	0	52	1.20
223107--223160	14	3.4	16	72	20	51	44	1	0	53	1.11
223133--223180	22	2.4	20	81	18	64	50	0	0	50	1.00
223370--223489	42	2.9	42	94	0	213	45	19	18	17	1.86
224017--224069	22	2.4	22	90	3	79	28	18	18	33	1.95
226747--226816	31	2.3	31	84	0	95	45	14	14	25	1.82
227391--227442	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
227431--227544	20	5.7	20	81	6	104	31	24	18	25	1.97
227428--227544	61	1.9	61	83	0	153	33	23	17	24	1.97
228119--228303	19	10.1	19	77	14	174	11	21	22	44	1.85
228119--228303	33	5.1	38	79	12	174	11	21	22	44	1.85
230283--230405	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
230339--230405	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
231762--231797	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
231980--232106	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
231973--232105	66	2.0	66	97	0	248	16	21	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234398--234422	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
234597--234650	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
234610--234664	24	2.3	24	83	0	65	36	18	16	29	1.92
235703--235760	20	2.9	20	89	0	89	37	20	22	18	1.94
235784--235837	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
235766--235836	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
235779--235856	33	2.4	33	88	0	111	12	21	21	43	1.86
235944--235980	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
237846--237912	19	3.5	19	79	4	80	38	23	22	14	1.92
237827--237911	20	4.4	19	77	4	71	41	24	18	15	1.89
237901--237958	14	3.9	14	81	16	71	50	24	17	8	1.74
237885--237963	32	2.4	33	93	2	133	48	22	18	10	1.78
237885--237974	14	5.4	17	72	22	66	47	24	17	10	1.78
237970--238051	18	4.6	19	79	14	104	13	20	20	45	1.85
237970--238071	33	2.8	34	76	23	102	13	22	21	42	1.88
238036--238079	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
238572--238616	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
239934--239971	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
240228--240276	22	2.3	21	80	10	55	24	14	40	20	1.89
240235--240278	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
240446--240560	20	5.7	20	76	5	79	24	17	22	35	1.95
240549--240641	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240488--240622	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
240549--240641	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
247982--248010	12	2.3	13	94	5	51	58	0	27	13	1.36
247980--248011	13	2.4	14	85	15	50	59	0	28	12	1.34
248805--248985	95	1.9	95	86	4	258	25	39	13	21	1.90
258212--258241	14	2.1	14	100	0	60	46	16	6	30	1.73
259572--259842	75	3.6	74	88	2	382	37	13	15	32	1.87
262777--262832	3	18.7	3	92	7	96	66	0	0	33	0.92
263025--263423	134	3.0	134	83	3	491	27	16	30	25	1.97
263426--263773	71	5.0	71	87	5	480	38	13	16	31	1.88
263426--263773	140	2.5	140	86	7	471	38	13	16	31	1.88
264046--264270	36	6.1	37	83	3	267	39	10	19	31	1.85
264046--264270	73	3.1	73	81	3	274	39	10	19	31	1.85
264046--264287	37	6.6	35	78	7	162	38	10	19	31	1.86
265518--265548	14	2.1	15	94	5	55	0	19	3	77	0.90
265546--265576	13	2.4	13	94	0	53	9	3	6	80	0.99
265546--265591	12	3.8	12	88	8	58	8	6	6	78	1.10
265521--265591	12	6.1	11	77	12	54	5	11	5	77	1.11
269637--269678	22	1.9	22	90	0	66	23	26	23	26	2.00
273727--273781	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
275715--275751	3	12.0	3	88	5	56	35	2	0	62	1.10
277109--277192	38	2.2	38	91	2	134	39	40	9	10	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277327--277411	38	2.3	38	85	2	118	38	38	10	11	1.77
286979--287850	244	3.5	243	87	3	1174	32	16	16	34	1.92
286725--287828	488	2.2	495	86	5	1521	32	16	17	34	1.92
290354--290404	23	2.2	23	85	0	66	37	15	15	31	1.89
290362--290425	23	2.8	23	82	0	74	37	18	12	31	1.88
290377--290669	98	3.0	96	86	2	406	39	13	13	32	1.84
290572--290620	23	2.1	23	92	0	80	36	18	14	30	1.90
292427--292472	22	2.1	22	83	0	56	54	13	2	30	1.50
301902--302061	65	2.5	63	85	6	205	29	23	19	27	1.98
307843--307902	20	2.8	20	90	7	84	21	33	23	21	1.97
307843--307922	20	3.8	20	79	9	70	25	33	22	18	1.97
313629--313689	20	2.9	21	87	9	88	21	24	32	21	1.98
322996--323037	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
323510--323719	65	3.3	63	78	14	214	30	23	19	26	1.98
329372--329552	75	2.4	74	85	8	240	44	3	6	45	1.46
329373--329552	37	4.8	37	86	5	238	45	3	6	45	1.46
329573--329629	20	2.8	20	82	17	73	10	7	5	77	1.12
329548--329611	29	2.1	31	83	11	80	14	6	3	76	1.10
329573--329635	22	3.0	21	86	13	76	9	7	6	76	1.16
329571--329643	22	3.3	20	78	17	58	13	6	5	73	1.21
333361--333566	99	2.1	99	92	0	340	34	16	17	31	1.92
334658--334870	86	2.5	86	88	0	318	28	25	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334937--335465	85	6.2	85	88	0	752	33	22	19	24	1.97
336076--336100	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
336108--336187	33	2.3	34	79	12	83	46	2	6	45	1.42
336182--336561	37	10.5	37	75	13	267	44	3	6	45	1.47
336252--336555	34	8.5	34	79	13	174	46	3	5	44	1.45
336573--336638	9	7.8	9	79	20	72	27	0	0	72	0.85
336577--336637	5	12.0	5	91	8	81	24	0	0	75	0.80
340934--340958	8	3.1	8	100	0	50	28	0	24	48	1.52
341596--341677	27	3.3	27	66	25	79	31	12	18	37	1.87
341572--341677	48	2.2	48	98	0	203	31	12	18	37	1.88

Tables:   1   2   3   4   5