genome.fa.s8639.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111614_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1076872

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48--72	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2367--2402	14	2.6	14	95	0	63	41	22	27	8	1.82
2423--2465	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
2451--2484	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
2605--2641	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
6140--6238	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
6115--6299	19	10.1	19	74	14	156	43	22	21	12	1.86
6115--6299	33	5.1	38	79	10	129	43	22	21	12	1.86
6295--6339	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
6891--6984	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
6973--7068	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
6973--7065	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
11007--11115	28	3.7	28	78	7	92	43	7	2	46	1.46
11066--11143	28	2.7	29	82	11	90	48	11	3	35	1.58
11226--11316	30	3.0	29	80	7	92	43	7	7	40	1.62
11491--11517	11	2.5	11	100	0	54	55	11	0	33	1.35
13382--13442	16	3.8	16	79	12	63	55	16	9	18	1.67
13399--13448	16	3.1	16	78	18	59	58	18	6	18	1.59
20958--20998	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
23245--23271	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
24163--24225	29	2.1	30	85	5	83	39	6	19	34	1.77
29024--29165	59	2.4	59	84	4	178	32	19	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31812--31870	31	1.9	30	86	3	82	18	13	15	52	1.74
32137--32179	13	3.2	12	84	15	50	53	2	0	44	1.13
34799--34832	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
35389--35421	14	2.2	16	89	10	52	63	0	0	36	0.95
35536--35573	19	2.0	19	100	0	76	26	42	15	15	1.87
43574--43644	33	2.1	33	86	7	97	59	7	9	23	1.54
44448--44488	15	2.6	16	77	14	50	46	0	0	53	1.00
44448--44511	34	1.9	34	84	12	89	46	0	1	51	1.10
44498--44536	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
44536--44659	62	2.0	61	83	9	153	31	8	4	54	1.52
44629--44695	25	2.6	25	73	15	66	53	0	1	44	1.09
44640--44721	40	2.1	39	90	2	128	48	2	1	47	1.22
44563--44812	131	1.9	130	90	4	405	38	5	4	51	1.47
46508--46545	17	2.5	15	87	12	51	76	0	23	0	0.79
47090--47132	21	2.0	23	86	9	63	55	6	6	30	1.53
50139--50185	18	2.6	18	80	10	51	38	2	4	55	1.31
50193--50240	26	1.9	24	83	8	60	45	6	4	43	1.48
51586--51661	40	1.9	40	81	5	91	46	13	6	34	1.69
52406--52431	9	2.9	9	100	0	52	23	11	30	34	1.90
57560--57613	13	4.2	13	85	0	72	27	18	12	40	1.87
64277--64323	21	2.2	21	100	0	94	29	25	29	14	1.95
64310--64349	9	4.2	9	81	12	53	37	32	17	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64311--64349	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
64352--64408	28	2.0	28	96	0	105	24	21	35	19	1.96
64445--64531	29	3.0	29	96	0	156	16	31	31	21	1.95
64842--64892	26	2.0	26	88	3	77	45	11	35	7	1.70
65048--65136	41	2.2	41	78	8	92	42	1	10	46	1.45
65116--65206	44	2.0	46	87	8	134	39	0	12	48	1.40
65247--65323	34	2.3	33	81	14	88	40	0	12	46	1.42
65369--65415	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
65390--65420	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
67557--67589	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
67574--67642	22	3.0	22	71	19	68	47	5	5	40	1.51
67781--67867	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
67797--68148	14	26.1	13	72	19	171	45	9	2	43	1.49
67797--68148	26	14.2	26	73	12	265	45	9	2	43	1.49
67813--68206	124	3.2	124	95	1	695	45	9	2	43	1.48
70733--70793	16	3.6	16	70	22	52	55	11	1	31	1.45
71278--71345	28	2.4	28	85	9	102	55	10	0	33	1.34
71315--71363	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
71916--71988	20	3.3	20	67	26	58	26	47	8	17	1.75
71896--71988	46	2.0	46	97	0	177	26	46	8	18	1.78
76808--76859	26	2.0	25	81	11	59	55	0	1	42	1.10
76823--76872	23	2.0	26	85	11	70	52	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78449--78513	2	35.0	2	85	14	95	52	0	0	47	1.00
78464--78550	33	2.6	33	82	17	92	56	0	0	43	0.99
78510--78558	24	2.0	24	84	7	64	61	0	0	38	0.96
81738--81800	27	2.3	28	78	13	69	47	0	4	47	1.23
81967--81996	15	2.0	15	93	0	51	33	3	6	56	1.42
84062--84131	35	2.0	36	91	2	115	44	22	0	32	1.53
84134--84210	35	2.2	35	81	4	93	44	0	14	41	1.45
85363--85387	13	1.9	13	100	0	50	24	8	8	60	1.52
88958--88989	7	4.7	7	92	7	57	71	0	0	28	0.86
90666--90742	29	2.7	29	79	0	82	45	7	11	35	1.70
90725--90774	26	1.9	26	95	0	91	40	14	12	34	1.82
92316--92361	21	2.3	21	85	10	62	56	2	2	39	1.24
93803--93896	48	2.0	48	100	0	188	30	14	22	31	1.94
97135--97184	9	5.4	9	78	4	55	44	0	2	54	1.11
97137--97195	19	3.0	20	78	12	59	47	1	1	49	1.21
97373--97417	16	2.6	18	77	22	51	26	22	17	33	1.96
98542--98611	37	1.9	36	82	8	88	27	1	8	62	1.32
98598--98642	21	2.0	24	87	12	69	35	0	0	64	0.94
98630--98756	27	4.6	27	74	17	95	36	0	1	62	1.05
98616--98718	54	2.0	53	87	12	151	35	0	1	62	1.07
98633--98738	24	4.1	24	76	22	108	35	0	1	62	1.06
104263--104343	7	11.1	7	82	15	94	85	0	13	1	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104283--104344	1	62.0	1	80	0	70	90	0	9	0	0.46
104263--104344	29	2.8	29	87	7	112	85	0	13	1	0.66
104265--104344	21	3.7	21	85	6	106	86	0	12	1	0.64
104927--104991	32	2.0	32	91	5	105	41	15	23	20	1.89
107817--107955	75	1.9	75	81	3	172	30	16	20	31	1.95
109259--109390	20	6.4	20	76	6	120	31	15	9	43	1.79
109259--109390	42	3.2	40	81	10	158	31	15	9	43	1.79
109259--109389	62	2.1	62	91	0	208	32	15	9	42	1.79
109779--110455	113	5.9	113	87	3	835	38	13	20	27	1.91
110245--110516	123	2.2	124	92	3	460	41	12	20	25	1.88
110409--110596	84	2.2	83	90	4	297	38	13	18	29	1.89
110995--111051	9	6.3	9	79	0	60	43	0	1	54	1.10
111006--111057	27	2.0	26	88	3	77	50	0	1	48	1.12
111250--111287	16	2.4	17	82	13	53	28	31	15	23	1.96
111125--111432	154	2.0	154	100	0	616	30	29	16	22	1.96
112173--112235	23	2.7	23	92	5	99	28	11	9	50	1.69
112577--112657	27	3.1	27	68	20	73	35	0	2	61	1.09
112650--112685	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
115861--115903	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
127704--127746	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
129931--130243	149	2.1	149	97	1	592	32	22	18	27	1.97
131131--131165	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131746--131790	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
136592--136646	23	2.4	24	78	9	69	69	9	0	21	1.16
136664--136792	44	2.9	43	91	5	204	68	4	3	24	1.23
136664--136793	45	2.9	44	93	4	208	68	4	3	23	1.23
136731--136796	19	4.4	15	66	27	50	72	7	1	18	1.15
147493--147539	21	2.2	21	88	0	67	31	17	25	25	1.97
150660--150692	16	2.1	16	100	0	66	42	9	12	36	1.74
156145--156200	29	1.9	30	85	3	78	39	3	1	55	1.28
157517--157570	28	1.9	28	81	7	65	44	5	16	33	1.71
158748--158836	22	4.2	21	76	9	92	58	1	2	38	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6