genome.fa.s8639.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111614_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1076872

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769121--769155	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
769464--769640	64	2.8	64	81	5	196	25	20	22	31	1.98
769527--769688	64	2.5	63	85	5	193	26	22	19	30	1.98
773324--773418	30	3.2	30	84	1	129	31	2	2	64	1.17
773677--773908	122	1.9	123	89	4	362	45	4	2	47	1.35
778631--778689	23	2.5	24	78	10	68	40	3	1	54	1.27
781240--781269	10	3.0	10	100	0	60	90	0	10	0	0.47
782691--782721	16	1.9	16	93	0	53	54	19	9	16	1.68
785343--785397	27	2.0	28	85	3	76	10	5	23	60	1.51
786897--786935	20	2.0	20	94	0	69	30	20	7	41	1.80
790407--790447	10	4.3	10	78	12	50	70	0	2	26	0.99
790457--790701	125	2.0	124	92	0	409	51	7	4	37	1.49
794890--794952	10	6.0	10	71	10	54	61	30	1	6	1.30
795819--796272	235	1.9	232	91	2	730	32	18	13	35	1.89
796632--796858	114	1.9	119	89	5	356	34	21	15	28	1.94
797430--797489	18	3.2	18	76	19	59	78	0	20	1	0.84
801060--801115	21	2.6	21	76	23	71	57	0	0	42	0.99
801046--801103	25	2.3	25	82	8	73	58	0	0	41	0.98
801067--801106	10	3.6	11	90	10	64	57	0	0	42	0.98
801044--801168	43	2.8	44	73	17	107	57	0	0	41	1.04
801064--801170	51	2.1	50	83	8	128	57	0	0	41	1.05
801065--801183	51	2.3	52	81	8	127	57	0	0	42	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806473--806639	7	23.9	7	75	0	100	20	3	31	44	1.68
806601--806652	14	3.7	14	84	0	59	23	1	32	42	1.65
806473--806657	35	5.3	35	77	5	151	21	3	30	44	1.68
812293--812350	18	3.2	19	76	13	59	34	0	6	58	1.25
818079--818117	20	1.9	21	84	5	53	30	10	0	58	1.31
820367--820420	22	2.5	21	85	8	65	33	16	20	29	1.95
821079--821120	21	2.0	21	100	0	84	19	19	33	28	1.96
825470--825497	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
830861--830907	19	2.5	18	77	16	51	46	0	6	46	1.28
832635--832707	2	36.5	2	100	0	146	49	0	0	50	1.00
842425--842454	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
850391--850429	17	2.3	17	90	0	60	30	41	17	10	1.83
854677--854743	34	2.0	34	87	0	98	26	13	17	41	1.87
855656--855688	13	2.4	14	90	5	50	33	54	9	3	1.47
856046--856074	14	2.1	14	100	0	58	48	24	6	20	1.74
856860--856890	16	1.9	16	93	0	53	58	3	0	38	1.15
860866--860915	21	2.3	21	79	3	55	46	2	0	52	1.12
861277--861319	20	2.2	20	91	0	68	34	11	2	51	1.51
864231--864324	29	3.2	29	95	0	170	14	30	36	18	1.91
864384--864456	20	3.3	20	67	26	58	17	9	47	24	1.77
864384--864476	46	2.0	46	97	0	177	18	10	46	24	1.81
865022--865065	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865042--865104	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
865064--865177	50	2.4	48	80	12	130	42	0	7	49	1.38
865915--865973	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
868850--869152	26	12.2	26	77	14	239	42	2	10	44	1.51
868795--869188	124	3.2	124	95	1	686	42	2	9	45	1.48
868853--869204	14	26.1	14	69	18	128	42	2	9	45	1.49
869157--869230	38	1.9	38	83	5	96	47	4	4	44	1.41
869412--869444	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
869358--869437	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
871598--871628	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
871603--871649	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
871690--871771	34	2.5	34	83	13	93	48	13	0	37	1.42
871812--871903	46	2.0	48	87	8	136	46	11	0	41	1.41
871812--871916	47	2.2	48	85	10	135	47	12	0	40	1.41
871884--871972	41	2.2	40	78	8	90	46	10	1	42	1.45
872489--872564	29	2.6	30	87	4	102	19	31	31	17	1.95
872583--872639	28	2.0	28	96	0	105	19	35	21	24	1.96
872668--872714	21	2.2	21	100	0	94	14	29	25	29	1.95
873876--873953	30	2.6	31	82	8	90	56	5	15	23	1.59
873990--874054	32	2.0	32	96	0	121	40	9	10	40	1.72
875819--875851	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
876481--876640	66	2.4	66	83	5	178	39	8	11	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876552--876737	94	2.0	95	87	3	270	36	9	15	38	1.79
876483--876860	160	2.3	163	87	6	530	37	8	14	38	1.77
876786--876915	26	4.8	26	73	13	102	38	10	13	36	1.80
876770--876909	26	5.3	26	72	12	81	36	11	13	38	1.81
876768--876938	81	2.1	81	92	2	283	39	9	13	37	1.78
876600--877059	249	1.8	250	91	2	755	37	9	14	39	1.78
877061--877099	17	2.3	17	90	0	60	53	2	2	41	1.28
877263--877330	20	3.2	20	67	25	57	50	0	7	42	1.30
883789--883921	20	6.6	21	75	10	102	37	24	12	26	1.90
883749--883920	40	4.3	40	78	7	129	35	26	12	25	1.91
883753--883921	20	8.4	20	72	13	89	34	26	12	26	1.92
884077--884116	16	2.5	16	83	0	53	27	5	0	67	1.11
884857--884910	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
887222--887282	29	2.1	29	84	0	77	34	26	13	26	1.93
887361--887410	25	2.0	25	84	0	64	22	8	20	50	1.74
887797--887831	18	1.9	18	88	0	52	34	5	14	45	1.68
889016--889055	14	2.9	14	96	0	71	42	27	20	10	1.83
889057--889094	20	1.9	20	100	0	58	21	18	18	42	1.90
889065--889124	30	2.0	30	86	0	84	16	20	23	40	1.91
889097--889225	20	6.4	20	79	0	141	22	20	22	34	1.96
889095--889225	40	3.3	40	86	0	172	22	19	22	35	1.96
889095--889228	60	2.2	59	81	2	169	23	19	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889285--889442	64	2.5	64	96	3	291	51	17	1	29	1.56
890788--890885	42	2.3	42	84	3	117	25	19	33	21	1.97
890803--890889	21	4.1	21	85	5	113	26	20	33	19	1.97
891029--891082	4	13.5	4	84	0	72	68	3	1	25	1.16
891178--891227	21	2.4	21	82	0	64	32	30	18	20	1.96
893044--893095	20	2.6	20	90	6	79	51	21	17	9	1.73
893076--893107	14	2.3	14	94	0	55	50	21	21	6	1.71
893659--893696	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
893703--893774	20	3.5	20	86	5	92	22	11	25	41	1.86
893720--893774	21	2.7	20	91	2	83	20	10	27	41	1.85
893703--893814	41	2.8	41	78	8	104	22	11	28	37	1.89
893963--893996	15	2.3	15	90	10	52	64	0	5	29	1.17
894755--894795	20	2.0	20	95	0	73	24	43	7	24	1.79
895593--895619	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
904142--904223	38	2.2	37	80	10	96	17	14	39	29	1.89
906527--906849	36	8.6	36	73	13	233	46	2	5	44	1.42
906672--906768	45	2.1	45	84	7	124	49	3	3	44	1.33
906635--906802	83	2.0	83	81	13	197	50	2	4	43	1.34
906719--906857	37	3.9	36	73	15	110	46	1	5	46	1.35
908306--908335	13	2.3	13	100	0	60	33	0	0	66	0.92
910988--911136	73	2.1	72	90	1	235	28	18	15	36	1.92
912178--912290	60	1.9	60	85	3	156	37	14	13	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913864--913910	14	3.4	14	82	8	60	23	0	2	74	0.93
915024--915087	21	2.9	22	76	9	76	37	26	20	15	1.92
919438--919516	39	2.0	39	95	0	140	35	20	10	34	1.86
922010--922048	13	2.9	14	88	7	55	56	0	0	43	0.99
922024--922604	145	4.0	145	88	1	806	39	13	9	37	1.77
922024--922586	289	1.9	291	88	1	844	39	13	9	37	1.77
927308--927370	28	2.4	26	84	10	76	38	14	17	30	1.89
936219--936252	2	17.0	2	90	0	50	0	44	2	52	1.16
947136--947185	18	2.8	18	96	0	91	32	6	12	50	1.64
950568--950646	8	9.0	8	73	15	50	77	1	3	17	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6