genome.fa.s8639.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111614_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1076872

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158764--158827	17	3.4	17	70	25	56	54	0	3	42	1.16
158764--158835	21	3.5	21	81	11	103	55	0	2	41	1.14
158748--158841	41	2.3	41	94	1	161	58	1	2	38	1.17
159861--159920	20	3.0	20	90	2	95	3	18	18	60	1.50
160386--160485	3	32.7	3	89	2	146	61	0	0	39	0.96
163061--163101	10	4.1	10	83	0	55	31	29	0	39	1.57
163142--163183	18	2.4	18	84	4	59	28	4	4	61	1.36
165483--165567	35	2.5	33	76	14	82	27	7	9	56	1.57
169577--169620	22	2.0	23	86	4	63	40	4	0	54	1.21
169571--169649	32	2.5	32	77	12	81	45	3	1	49	1.28
169889--169952	32	2.0	32	82	11	78	48	4	0	46	1.23
170115--170165	14	3.5	14	89	10	84	37	5	13	43	1.69
171654--171809	65	2.4	64	83	9	176	32	17	19	30	1.96
175778--175865	20	4.3	20	72	20	58	43	2	3	51	1.31
175803--175870	31	2.2	31	84	7	84	41	2	2	52	1.31
176591--176675	31	2.7	31	80	10	93	55	3	1	40	1.25
177054--177107	18	3.1	18	89	2	74	38	7	24	29	1.82
177060--177108	17	2.8	18	90	3	73	38	8	24	28	1.84
177673--177765	15	5.8	15	71	15	62	74	2	8	15	1.15
177673--177758	24	3.5	23	77	16	75	74	2	8	15	1.15
177741--178049	18	17.4	17	66	19	75	71	3	6	18	1.23
177741--177781	19	2.3	17	87	8	55	78	2	2	17	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177817--177884	12	5.8	12	74	5	59	76	4	2	16	1.07
177912--178056	4	34.0	4	70	20	64	71	2	6	20	1.21
177979--178048	19	3.7	19	76	12	65	75	1	4	18	1.04
180619--180683	28	2.3	28	89	0	103	38	20	10	30	1.86
181112--181156	22	2.0	22	82	0	54	20	24	31	24	1.98
181224--181282	22	2.7	22	78	0	73	25	15	40	18	1.90
181395--181433	19	2.1	19	95	0	69	10	17	38	33	1.84
181480--181522	17	2.5	18	92	7	72	9	16	27	46	1.77
181577--181640	20	3.1	20	80	10	58	54	0	0	45	0.99
181789--182165	137	2.8	137	87	1	515	25	14	24	35	1.93
185291--185872	40	15.4	36	81	9	261	40	12	18	29	1.87
185383--185588	36	5.5	37	90	5	254	36	14	20	28	1.92
185572--185640	23	3.3	23	61	23	60	39	15	14	30	1.88
185501--186007	120	4.2	120	85	2	621	40	12	17	30	1.85
185812--185920	23	5.3	23	62	31	66	42	13	12	31	1.82
185859--185961	21	5.1	21	61	25	60	41	11	15	31	1.83
185526--185964	40	11.0	40	91	0	621	41	11	16	30	1.84
187372--187512	52	2.7	52	88	2	203	22	24	14	38	1.92
190863--190895	17	1.9	17	88	11	50	18	24	12	45	1.83
190836--190943	55	2.0	55	81	7	130	25	21	10	43	1.83
192128--192166	16	2.4	16	87	8	53	56	7	5	30	1.49
192458--192520	33	1.9	33	86	0	90	58	3	0	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192509--192553	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
203440--203734	120	2.5	117	87	4	389	41	18	8	31	1.81
205475--205531	22	2.6	22	88	0	78	26	14	42	17	1.87
205756--205796	15	2.9	15	79	20	52	53	0	0	46	1.00
205785--205831	14	3.5	13	88	11	69	65	2	0	31	1.04
205774--205831	26	2.2	26	87	6	82	62	1	0	36	1.06
206585--206914	165	2.0	165	100	0	660	19	11	28	40	1.86
211345--211401	28	2.1	27	83	9	71	38	10	12	38	1.77
211345--211449	31	3.6	28	80	11	88	40	11	10	37	1.76
211379--211449	31	2.4	31	81	13	94	40	12	9	36	1.77
211609--212037	213	2.0	210	95	3	765	42	6	11	40	1.66
213195--213224	6	5.0	6	91	0	51	46	0	3	50	1.18
218204--218263	26	2.3	26	86	11	79	70	1	15	13	1.26
220615--220662	20	2.4	20	92	0	78	35	25	18	20	1.95
220615--220699	20	4.3	20	77	12	70	35	20	16	28	1.94
221445--221478	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
221604--221657	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
223906--223941	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
225839--225938	42	2.4	42	80	6	112	23	18	34	25	1.96
226078--226115	4	9.5	4	88	0	58	71	0	0	28	0.87
230864--230920	18	3.4	17	75	20	57	63	7	14	15	1.51
234687--234741	20	2.8	20	91	8	78	47	20	20	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235040--235090	22	2.3	22	96	0	93	21	13	43	21	1.87
235218--235302	20	4.2	20	86	1	107	23	16	21	38	1.92
235273--235323	21	2.5	21	93	3	86	37	13	19	29	1.90
235327--235380	20	2.7	20	77	11	74	25	14	31	27	1.95
236456--236499	21	2.1	21	82	0	52	45	0	43	11	1.40
236474--236512	15	2.6	15	83	0	51	48	0	43	7	1.31
244425--244694	131	2.0	134	97	2	519	41	11	18	28	1.85
253122--253367	122	2.0	122	100	0	492	16	21	11	50	1.76
258569--258644	27	2.9	27	94	2	136	30	19	11	38	1.88
259966--260022	12	4.9	12	80	8	64	12	14	1	71	1.21
259967--260020	22	2.3	23	84	6	65	11	14	1	72	1.21
260597--260632	19	1.9	19	88	5	56	13	8	0	77	0.98
263029--263084	23	2.4	23	84	0	76	32	25	19	23	1.98
269618--269697	23	3.5	22	80	8	88	33	21	16	28	1.95
276042--276105	20	3.2	20	88	4	101	12	28	39	20	1.89
278849--278950	20	5.1	20	83	5	125	16	28	35	19	1.94
279352--279436	3	28.0	3	85	7	118	32	1	3	62	1.20
280597--280649	23	2.5	21	75	9	54	20	11	3	64	1.42
280798--280835	14	2.8	14	85	14	53	21	0	0	78	0.74
280798--280831	17	2.0	17	100	0	68	23	0	0	76	0.79
283104--283158	26	2.1	26	82	0	65	23	20	5	50	1.68
283211--283257	20	2.3	20	85	7	60	21	10	4	63	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285650--285693	19	2.4	19	85	14	65	84	0	13	2	0.73
288833--289022	54	3.7	48	83	11	195	36	11	24	28	1.89
288878--289022	54	2.7	54	92	4	247	37	12	22	27	1.90
289388--289554	22	7.6	23	86	4	170	35	16	10	37	1.83
289388--289554	66	2.5	66	84	7	198	35	16	10	37	1.83
290214--290590	135	2.8	135	88	0	531	26	22	18	32	1.97
290214--290587	45	8.3	45	86	1	471	26	21	18	32	1.97
290588--290917	123	2.7	123	96	0	597	39	16	20	23	1.92
290830--291190	139	2.6	138	89	2	548	39	15	19	25	1.91
291404--291486	3	28.3	3	75	4	80	34	2	2	60	1.23
296233--296265	13	2.4	14	90	5	50	45	21	0	33	1.52
296271--296340	14	4.9	14	72	10	52	28	0	24	47	1.52
296280--296342	21	3.0	20	81	6	63	30	0	22	47	1.51
297603--297675	29	2.5	29	97	0	137	19	16	17	46	1.84
305918--305996	31	2.6	31	73	16	76	39	2	18	39	1.65
308747--308784	14	2.7	14	95	0	67	26	13	23	36	1.91
309261--309565	152	2.0	153	99	0	603	39	8	16	36	1.78
309542--309689	74	2.0	74	100	0	296	24	22	22	29	1.99
313063--313112	23	2.2	23	92	3	84	20	46	22	12	1.83
320305--320353	23	2.2	23	88	3	73	22	46	20	10	1.80
320363--320404	21	2.0	21	85	4	57	28	23	16	30	1.96
322280--322337	29	2.0	29	86	0	80	17	22	15	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323336--323385	21	2.4	21	100	0	100	24	26	20	30	1.98
325518--325582	29	2.2	29	83	0	76	50	13	18	16	1.78
326205--326241	16	2.3	16	95	0	65	37	8	0	54	1.30
331023--331070	23	2.1	24	88	7	73	39	6	4	50	1.47
332662--332716	21	2.5	22	88	5	85	20	5	3	70	1.22
335223--335262	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
342915--342939	13	1.9	13	100	0	50	64	0	32	4	1.12
343876--343921	20	2.1	24	80	19	64	54	6	6	32	1.52
343882--343929	20	2.4	20	100	0	96	54	6	6	33	1.51
344493--344527	18	1.9	18	88	11	54	17	31	31	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6