genome.fa.s8655.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008655.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111649_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  378222

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56--122	19	3.8	19	86	13	99	13	20	17	47	1.81
37--151	52	2.2	52	80	0	122	19	20	21	38	1.94
240--276	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2101--2166	19	3.5	19	87	0	96	37	24	22	15	1.92
2155--2212	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
2098--2217	32	3.5	32	81	15	143	44	24	20	11	1.84
2240--2303	14	4.4	14	80	16	76	10	15	23	50	1.76
2229--2319	32	2.8	33	93	3	157	12	17	21	48	1.80
2306--2366	20	3.0	20	95	0	104	16	22	22	37	1.93
4490--4533	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
4699--4796	41	2.4	41	82	0	133	22	15	22	39	1.91
4782--4874	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
4782--4874	41	2.3	41	100	0	150	17	24	18	39	1.91
5560--5694	67	2.0	68	98	1	263	34	10	10	45	1.73
8310--8345	17	2.1	17	100	0	72	33	0	5	61	1.19
12095--12159	2	33.0	2	96	3	123	50	0	0	49	1.00
15373--15470	21	4.7	21	80	10	103	22	19	34	23	1.96
15372--15470	42	2.4	41	81	13	114	22	19	35	23	1.96
18931--19070	21	6.7	21	83	7	142	22	20	34	23	1.97
18931--19070	63	2.2	62	82	9	169	22	20	34	23	1.97
19558--19596	16	2.4	16	100	0	78	38	20	10	30	1.86
19558--19596	8	4.8	9	79	20	50	38	20	10	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19810--19854	3	15.0	3	85	0	63	28	2	2	66	1.15
20585--20667	23	3.8	22	80	13	91	31	27	21	19	1.97
20653--20710	21	2.8	21	89	5	82	37	27	13	20	1.91
25002--25043	21	2.0	21	100	0	84	33	23	19	23	1.97
27525--27633	22	5.0	22	78	14	118	31	25	22	21	1.98
30203--30264	32	2.0	31	81	9	72	22	1	4	70	1.14
34832--42813	4	2023.8	4	96	3	15034	24	0	25	49	1.50
44242--44541	66	4.7	64	80	11	318	29	23	11	36	1.89
44471--44518	21	2.3	21	100	0	96	25	31	4	39	1.74
44437--44555	56	2.1	55	86	7	161	26	26	10	37	1.88
44492--44574	36	2.3	36	87	6	125	27	26	10	34	1.90
44869--44913	3	15.0	3	95	0	72	37	0	0	62	0.96
45265--45295	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
48055--48112	26	2.3	26	84	3	73	36	5	22	36	1.77
53477--53563	29	3.1	28	73	9	79	47	2	3	47	1.32
54397--54449	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
54439--54532	20	4.7	20	84	2	134	39	20	20	20	1.93
54439--54532	41	2.3	40	85	3	134	39	20	20	20	1.93
55085--55184	21	4.9	21	90	3	136	52	17	20	11	1.74
55209--55308	33	2.8	35	78	13	105	13	22	19	46	1.83
55209--55316	20	5.8	19	73	14	109	12	22	17	47	1.82
57006--57379	94	4.1	93	94	2	605	21	12	19	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57470--57565	19	5.3	19	79	14	103	50	23	17	8	1.73
57470--57544	33	2.1	33	88	11	105	49	22	20	8	1.74
57575--57711	19	7.6	19	72	18	114	10	21	18	48	1.79
57593--57649	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
57575--57709	33	3.8	33	80	12	162	11	22	19	47	1.80
57640--57711	21	3.6	20	79	3	74	12	20	16	50	1.78
58164--58230	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
58112--58230	42	2.8	42	79	9	109	22	35	18	23	1.96
59582--59617	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
59716--59808	19	5.2	18	75	15	59	45	19	22	12	1.84
59732--59808	19	4.3	19	73	15	74	45	20	24	9	1.80
59814--59944	19	7.7	19	69	23	103	12	24	18	45	1.83
59818--59944	33	3.8	33	95	0	227	12	24	18	44	1.84
59870--59926	14	3.7	14	72	20	51	14	24	17	43	1.86
59884--59971	19	4.8	19	74	16	60	17	20	19	43	1.88
59931--59971	20	2.0	20	85	0	55	19	17	21	41	1.90
63377--63543	20	8.3	20	82	5	126	29	19	20	29	1.97
63376--63504	20	6.5	21	86	6	146	27	20	18	34	1.96
63385--63544	61	2.6	61	79	3	171	30	20	20	29	1.97
63376--63502	40	3.2	40	82	6	161	26	20	18	33	1.96
63500--63542	21	2.0	21	86	4	59	37	16	25	20	1.93
68575--68622	3	16.0	3	87	8	71	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70039--70076	20	1.9	20	88	0	58	26	0	0	73	0.83
74111--74142	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
82612--82801	93	2.0	93	93	2	328	29	14	20	35	1.93
82496--82916	208	2.0	209	95	1	765	33	14	19	33	1.92
82705--83018	115	2.7	115	95	0	560	33	14	20	31	1.93
83735--84681	113	8.4	112	86	3	1103	37	13	19	30	1.90
83735--84682	452	2.1	453	86	2	1325	37	13	19	30	1.90
84906--84950	3	15.0	3	86	9	65	37	0	0	62	0.96
84952--84978	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
87953--87998	24	1.9	24	81	0	56	36	21	21	19	1.95
88091--88154	21	3.0	21	82	8	85	39	23	12	25	1.90
88060--88154	42	2.3	42	83	3	120	41	23	13	22	1.89
88845--88913	35	2.0	35	86	11	97	27	28	17	26	1.97
93314--93351	20	1.9	20	94	0	67	28	10	28	31	1.90
109204--109236	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
111578--111609	15	2.1	15	100	0	64	28	12	18	40	1.87
112713--112840	59	2.2	60	88	1	195	34	17	14	33	1.90
113101--113231	29	4.6	29	92	2	203	30	9	13	46	1.75
115916--115950	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
117073--117253	30	6.0	30	88	2	245	27	32	5	34	1.80
117073--117253	61	3.0	60	86	3	245	27	32	5	34	1.80
118638--118688	20	2.5	20	83	0	66	21	11	1	64	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130922--131445	97	5.4	97	88	2	757	29	23	16	30	1.96
131377--131500	55	2.3	55	92	0	203	32	20	16	30	1.95
131281--131602	152	2.1	151	88	0	482	31	23	16	28	1.96
131487--131638	42	3.3	42	66	22	117	31	25	19	24	1.98
131425--131786	97	3.8	96	85	2	458	31	22	16	29	1.96
131425--131718	97	3.0	97	89	1	464	31	24	15	27	1.96
131964--132112	30	5.0	30	87	0	199	29	30	3	36	1.74
132144--132210	34	1.9	34	87	3	98	26	40	11	20	1.88
133536--133586	20	2.5	20	87	0	57	19	13	1	64	1.37
135688--136024	131	2.6	131	78	3	365	34	11	15	38	1.84
136375--136421	17	2.7	17	93	3	76	46	2	0	51	1.13
139533--139731	14	13.4	14	69	25	92	77	1	15	5	1.00
139534--139658	23	5.7	21	75	14	110	80	0	16	2	0.87
139533--139721	37	5.1	36	70	17	120	77	0	16	5	0.97
139525--139710	52	3.5	53	79	12	161	76	0	16	6	1.01
139538--139674	53	2.4	58	74	16	101	79	0	16	3	0.91
139534--139716	45	4.2	42	76	17	144	78	0	15	5	0.96
139533--139721	8	22.4	8	73	16	107	77	0	16	5	0.97
140894--141418	134	3.9	132	83	5	567	32	21	15	29	1.95
140924--141418	268	1.8	266	83	5	649	33	21	15	29	1.94
141599--141655	3	18.7	3	83	7	62	36	1	0	61	1.07
143689--144050	131	2.8	130	75	7	340	34	10	14	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146318--146358	21	2.0	20	85	4	55	56	26	2	14	1.51
153743--153797	15	3.7	15	100	0	110	40	5	7	47	1.54
155421--155521	51	2.0	51	94	1	177	38	7	15	37	1.77
155724--155769	18	2.5	19	75	10	51	60	13	0	26	1.32
155946--156002	29	2.0	29	85	0	78	17	19	22	40	1.91
159901--159973	22	3.6	19	73	18	67	34	16	24	24	1.95
159860--160041	95	1.9	96	80	5	217	35	17	22	24	1.95
160014--160066	20	2.5	20	81	6	61	28	15	26	30	1.96
160469--160867	79	5.1	79	90	0	611	36	11	23	29	1.89
166321--166354	15	2.3	15	90	10	52	23	2	17	55	1.55

Tables:   1   2   3