genome.fa.s8660.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008660.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111657_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1057077

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826--888	21	3.0	21	70	9	65	22	36	20	20	1.95
2224--2259	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
2442--2534	33	2.8	33	95	1	161	13	24	18	43	1.87
4822--4846	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6690--6740	20	2.5	20	93	0	84	33	23	23	19	1.97
6770--6842	14	4.5	15	74	22	60	13	20	19	46	1.83
6766--6832	18	3.8	19	83	16	92	13	22	17	46	1.83
6948--6984	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
8881--8938	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
8865--8943	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
8950--9014	18	3.8	18	76	17	75	10	20	23	46	1.81
8972--9026	14	3.6	14	77	17	65	9	18	27	45	1.79
8955--9045	32	2.8	32	91	5	137	10	17	25	46	1.81
9517--9561	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
10881--10918	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
11182--11225	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
11413--11506	20	4.7	20	80	2	89	23	17	24	35	1.95
11433--11510	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
11393--11507	20	5.7	20	78	5	88	23	16	23	36	1.94
11433--11528	41	2.3	41	80	3	104	20	19	21	37	1.94
12108--12140	6	5.5	6	96	0	57	3	15	51	30	1.58
13659--13958	5	60.0	5	67	21	125	38	2	4	55	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13723--13921	31	7.0	29	72	20	129	39	1	4	54	1.28
13704--13921	2	118.0	2	66	27	74	39	1	4	54	1.30
16764--16815	21	2.5	21	81	6	61	50	1	30	17	1.57
22690--22737	19	2.5	19	96	0	87	35	8	0	56	1.30
31798--31856	28	2.1	29	90	3	93	45	10	15	28	1.78
34047--34077	12	2.7	12	95	5	55	58	16	9	16	1.63
38175--38568	59	6.7	59	89	0	565	36	11	20	30	1.88
39051--39171	45	2.7	45	80	8	131	47	7	21	23	1.76
43052--43104	22	2.5	20	80	16	63	32	15	28	24	1.95
43436--43824	59	6.6	59	90	0	611	37	11	20	30	1.88
44305--44397	45	2.0	46	85	6	127	46	6	24	22	1.75
50457--50606	34	4.1	34	71	17	122	27	23	11	38	1.89
50407--50595	79	2.4	79	90	1	281	25	24	13	36	1.92
52140--52306	57	2.9	59	79	3	196	29	25	20	24	1.99
56191--56254	23	2.7	24	80	4	76	31	18	20	29	1.96
56192--56263	23	3.0	23	77	4	72	29	19	22	29	1.98
63294--63335	3	14.0	3	85	9	59	33	0	0	66	0.92
63298--63348	22	2.4	21	83	3	57	35	0	1	62	1.06
63390--63418	14	2.1	14	100	0	58	34	37	13	13	1.85
76207--76253	18	2.6	17	80	12	58	78	0	14	6	0.93
76205--76239	14	2.3	15	90	9	54	74	0	17	8	1.06
76572--76609	18	2.1	18	95	0	67	34	5	2	57	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77761--78319	112	4.9	112	79	7	506	37	14	18	28	1.90
78662--78694	17	1.9	17	93	0	57	30	0	0	69	0.88
78662--78696	3	12.0	3	87	6	54	31	0	0	68	0.90
80071--80097	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
86855--86880	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
86989--87067	30	2.7	30	78	5	81	39	1	25	34	1.64
87172--87257	29	3.0	28	89	3	127	45	3	17	33	1.65
88724--88977	128	2.0	128	84	0	328	23	16	24	35	1.95
96321--96377	29	2.0	29	85	0	78	47	7	15	29	1.72
96324--96385	29	2.1	29	81	0	70	50	4	14	30	1.64
99454--99495	5	8.8	5	82	10	52	2	23	54	19	1.55
99461--99511	23	2.2	24	89	3	77	7	25	47	19	1.76
108066--108110	19	2.2	21	88	7	67	0	17	2	80	0.82
129328--129398	21	3.5	20	92	5	117	36	11	5	46	1.63
131602--133025	714	2.0	716	84	2	1880	34	18	19	27	1.95
136816--136860	17	2.6	17	78	0	54	42	13	4	40	1.64
139932--139983	20	2.5	22	79	20	67	40	11	19	28	1.86
139949--139987	20	2.0	20	85	10	53	41	10	17	30	1.83
141909--142375	234	2.0	233	99	0	925	35	17	14	31	1.91
143207--143265	21	2.8	21	85	10	68	23	11	22	42	1.86
143645--143906	130	2.0	131	99	0	517	28	21	16	34	1.94
144902--144956	24	2.3	24	96	0	101	27	18	9	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147379--148042	93	7.1	92	78	6	579	36	15	11	36	1.84
147379--148015	279	2.3	279	80	6	689	35	15	11	37	1.84
147831--148005	94	1.9	94	84	8	239	36	15	11	37	1.83
148084--148335	93	2.7	92	82	5	285	34	10	19	34	1.86
167069--167121	19	2.7	20	94	2	90	33	11	5	49	1.62
170228--170274	13	3.7	13	76	23	55	8	6	21	63	1.44
178929--179017	44	2.0	44	93	0	151	38	26	11	23	1.89
178940--179012	21	3.4	21	83	14	103	41	26	10	21	1.86
182531--182674	45	3.1	46	78	10	150	27	18	5	48	1.70
182529--182674	46	3.2	46	80	8	154	26	19	5	47	1.71
182696--183373	68	10.0	67	85	2	876	30	24	15	29	1.95
182697--183372	337	2.0	339	87	2	982	30	24	15	29	1.95
183725--184223	59	8.5	59	89	2	772	36	19	10	33	1.86
188374--188490	45	2.6	46	91	5	193	23	23	5	47	1.71
188515--188942	68	6.3	68	81	1	401	31	23	14	30	1.95
188515--189247	136	5.5	135	77	5	711	29	23	15	30	1.95
188888--188997	55	2.0	55	85	0	148	25	22	16	35	1.95
188820--189201	123	3.0	123	75	8	332	28	23	17	31	1.97
188943--189247	68	4.5	68	87	0	385	27	23	16	32	1.96
188755--189247	191	2.5	191	79	5	484	28	23	16	31	1.96
189592--189978	59	6.6	59	88	2	559	36	19	11	33	1.87
201526--201565	20	2.0	20	100	0	80	20	15	20	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212846--212896	24	2.2	23	92	3	84	19	37	23	19	1.94
212835--212897	24	2.7	23	83	7	83	22	31	25	20	1.98
212881--212915	18	1.9	18	88	0	52	22	37	22	17	1.94
216093--216148	28	2.0	28	100	0	112	25	3	32	39	1.73
219995--220058	2	32.0	2	87	6	94	46	0	3	50	1.17
220307--220387	29	2.8	29	83	5	101	56	1	14	27	1.46
235251--235392	36	3.9	36	90	0	221	28	5	37	28	1.80
240974--241099	36	3.5	36	88	0	189	28	3	38	29	1.75
241321--241800	240	2.0	240	100	0	960	32	15	21	30	1.95
244561--244643	41	2.0	42	86	6	116	44	13	10	31	1.78
244755--244845	44	2.1	44	81	4	103	30	19	16	32	1.94
246832--246875	19	2.5	17	81	7	52	4	29	0	65	1.12
246863--246916	22	2.5	21	80	16	65	7	20	0	72	1.08
246870--246918	14	3.5	13	83	8	53	8	20	0	71	1.11
250564--251377	215	3.8	215	82	4	957	30	17	17	34	1.93
250564--251364	54	14.9	54	84	2	880	30	17	17	34	1.93
250619--251470	430	2.0	429	81	3	1005	31	16	18	33	1.93
256406--256432	4	6.8	4	100	0	54	74	25	0	0	0.83
256501--256542	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
256901--256973	29	2.6	28	84	6	85	60	4	13	21	1.50
260237--260468	79	3.0	78	83	5	306	28	25	9	36	1.88
267055--267150	46	2.1	46	82	3	113	29	19	8	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267244--267472	34	6.1	34	70	21	172	29	25	10	34	1.89
267130--267299	79	2.2	79	84	0	232	28	25	12	34	1.92
267164--267420	113	2.3	113	85	2	338	29	24	11	35	1.90
267277--267475	79	2.5	79	93	0	326	29	25	10	35	1.88
269426--269460	13	2.6	14	90	4	54	62	0	5	31	1.18
273106--273160	25	2.2	25	93	0	92	36	27	20	16	1.93
276006--276051	23	2.0	21	84	12	56	32	13	17	36	1.88
277340--277368	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
284006--284032	9	3.0	9	100	0	54	0	11	22	66	1.22
284407--284517	35	3.2	35	84	2	116	31	3	36	28	1.75

Tables:   1   2   3   4   5