genome.fa.s8660.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008660.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111657_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1057077

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832743--832852	37	2.9	38	86	6	163	27	23	11	37	1.90
832931--832980	21	2.4	22	76	10	59	28	16	22	34	1.95
832938--833003	29	2.3	29	97	0	123	30	15	18	36	1.91
835196--835352	65	2.4	65	80	5	167	29	17	20	31	1.96
836058--836086	14	2.0	15	93	6	51	62	27	3	6	1.37
843639--843763	64	1.9	65	88	4	191	27	20	23	28	1.99
843640--843777	64	2.2	64	83	7	165	28	20	22	28	1.98
852561--852672	31	3.6	31	92	2	181	19	20	24	35	1.96
856942--857053	31	3.6	31	91	2	181	17	19	25	37	1.94
861317--861428	31	3.6	31	86	2	154	20	17	24	37	1.94
866385--866445	25	2.5	26	81	7	74	73	1	6	18	1.12
867180--867267	45	2.0	44	88	6	133	62	3	10	23	1.42
867379--867415	19	1.9	20	88	5	58	75	0	2	21	0.92
867512--867540	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
867315--867611	124	2.4	124	87	6	415	45	14	16	23	1.84
867653--867709	29	2.0	29	85	0	78	49	7	17	26	1.72
868039--868083	16	2.8	16	96	0	81	42	4	24	28	1.74
868216--868740	200	2.6	199	84	4	623	31	15	13	40	1.85
871241--871290	11	4.5	11	82	0	55	32	30	8	30	1.86
871237--871289	22	2.4	22	96	0	97	32	30	7	30	1.85
871601--871634	17	1.9	18	88	5	52	35	17	8	38	1.81
871796--871907	59	1.9	59	87	3	163	35	16	10	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871898--872160	58	4.5	58	79	5	251	28	21	11	38	1.88
871837--872100	118	2.3	118	81	2	318	29	19	11	39	1.87
882384--882542	67	2.4	67	85	5	200	30	15	22	32	1.95
887760--887793	17	1.9	18	88	5	52	35	20	8	35	1.84
887911--888257	59	5.9	58	73	9	213	29	21	11	36	1.89
888010--888257	117	2.1	117	87	3	347	30	22	10	37	1.88
889755--889802	19	2.5	19	96	0	87	52	10	6	31	1.60
890103--890799	346	2.0	344	98	0	1331	34	16	16	31	1.92
891717--892906	199	6.0	200	87	2	1546	30	15	13	40	1.86
891719--892906	395	3.0	395	87	3	1590	30	15	13	40	1.87
896545--896581	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
897893--897926	6	5.7	6	89	0	50	20	32	2	44	1.67
899088--899116	15	1.9	15	100	0	58	27	6	37	27	1.82
899418--900173	201	3.8	201	87	6	1110	33	15	14	36	1.88
899417--900173	391	1.9	398	89	4	1181	33	15	14	36	1.88
900622--900670	19	2.6	19	90	0	80	53	10	2	34	1.47
902224--902263	18	2.2	19	90	4	64	7	35	0	57	1.27
902447--902513	33	2.0	33	94	0	116	25	44	0	29	1.54
902970--903026	24	2.5	23	81	10	73	49	7	0	43	1.29
904673--905055	181	2.1	180	79	6	400	41	9	9	39	1.71
905235--905363	63	2.0	64	80	5	145	41	13	5	39	1.67
905437--905481	19	2.4	19	80	0	54	42	4	13	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905900--905941	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
906633--906676	22	2.0	22	86	4	61	72	4	0	22	1.02
907649--907693	24	1.9	23	86	4	63	31	0	4	64	1.13
911483--911537	23	2.5	21	75	18	58	49	9	5	36	1.58
913157--913816	182	3.6	183	88	3	917	27	16	12	43	1.84
915937--915983	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
915725--916197	181	2.6	182	91	0	723	42	14	16	26	1.87
918384--918448	21	3.1	21	90	0	94	41	9	30	18	1.82
918482--918547	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
920343--920391	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
920542--921734	200	6.0	200	94	1	2056	36	14	18	30	1.91
920542--921734	399	3.0	399	93	2	2045	36	14	18	30	1.91
921817--921889	23	3.2	23	86	0	101	35	5	20	38	1.76
921824--921915	46	2.0	45	81	8	105	35	6	17	40	1.75
922306--922378	23	3.2	23	94	0	128	35	5	20	38	1.76
922791--922863	23	3.2	23	92	0	119	34	5	21	38	1.77
923282--923354	23	3.2	23	90	0	110	34	5	19	41	1.74
921762--923752	491	4.1	489	95	1	3468	41	7	11	39	1.69
921762--923752	974	2.0	972	94	1	3486	41	7	11	39	1.69
923826--923873	23	2.1	23	84	0	60	37	14	8	39	1.76
927721--927754	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
929362--929546	75	2.5	75	82	3	228	51	9	5	33	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929915--929948	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
930681--930765	10	8.8	9	69	14	53	18	27	25	28	1.98
930690--930758	19	3.5	20	82	11	70	18	27	24	28	1.98
930681--930739	10	5.9	10	76	5	57	20	25	22	32	1.98
930681--930739	20	2.9	21	82	9	70	20	25	22	32	1.98
930712--930766	19	2.8	19	91	2	83	16	29	29	25	1.97
930768--930810	22	2.0	22	100	0	86	18	48	23	9	1.76
930800--930830	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
935210--935245	14	2.6	14	95	0	63	11	30	19	38	1.86
937990--938083	10	9.8	9	70	13	53	18	24	26	30	1.97
937990--938089	29	3.4	30	78	9	91	18	26	26	30	1.98
937990--938087	19	5.1	20	75	13	80	18	24	26	30	1.98
938050--938089	9	4.3	9	84	6	53	15	30	30	25	1.95
938086--938172	5	15.8	5	79	13	66	18	49	22	9	1.76
938103--938186	29	3.0	29	94	3	145	17	46	23	11	1.82
938084--938172	17	5.4	15	71	19	61	17	49	22	10	1.77
938086--938167	22	3.6	22	95	3	137	18	48	23	9	1.77
940128--940180	21	2.5	21	75	0	52	32	35	18	13	1.90
940857--940907	21	2.3	21	84	15	68	39	19	0	41	1.52
943154--943230	31	2.5	31	84	0	100	25	16	23	33	1.96
943847--943916	20	3.5	20	84	1	79	34	18	7	40	1.78
943866--943916	20	2.6	20	93	3	86	37	17	5	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945444--945499	24	2.3	24	84	0	67	25	10	16	48	1.78
952829--952858	15	2.0	15	93	0	51	10	20	23	46	1.80
953163--953755	194	3.0	196	88	3	852	33	13	12	40	1.83
954049--954099	18	2.8	18	87	0	66	43	21	0	35	1.53
956333--956371	20	2.0	20	94	0	69	30	10	17	41	1.83
956199--956757	197	2.8	197	88	1	789	30	16	13	39	1.86
956724--956781	20	2.9	20	86	0	80	24	18	17	39	1.92
961721--961748	12	2.3	12	100	0	56	39	7	10	42	1.67
965699--965761	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
972644--972678	14	2.6	14	90	4	54	42	2	17	37	1.64
973162--973264	44	2.3	44	85	6	138	32	18	20	29	1.96
979016--979180	74	2.2	75	90	2	251	22	20	27	29	1.99
981578--981617	19	2.0	20	85	9	55	35	17	0	47	1.48
988941--989019	10	8.3	10	76	19	80	15	27	29	27	1.96
988922--989019	19	5.1	19	81	14	87	15	27	27	29	1.96
988921--989019	29	3.4	28	87	5	126	16	27	27	29	1.97
989015--989047	17	1.9	17	93	0	57	18	45	27	9	1.79
989016--989058	22	2.0	22	90	0	68	18	44	27	9	1.80
989021--989058	12	3.3	12	82	14	53	18	42	28	10	1.83
995458--995536	10	8.3	9	75	9	68	15	26	29	29	1.96
995457--995534	19	4.1	19	79	14	79	16	24	29	29	1.97
995457--995536	29	2.8	29	81	9	92	16	26	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995533--995575	22	2.0	22	95	0	77	18	46	25	9	1.79
995532--995564	17	1.9	17	100	0	66	18	48	24	9	1.76
997429--997526	32	3.0	32	80	5	108	20	10	28	40	1.85
1011721--1011764	18	2.4	19	80	7	63	61	0	18	20	1.35
1014711--1014743	15	2.2	15	89	10	50	27	3	0	69	1.03
1019503--1019537	12	2.9	12	95	0	61	22	42	0	34	1.54
1024838--1024964	39	3.2	39	81	7	137	49	17	18	14	1.79
1025999--1026868	225	3.9	225	76	3	773	32	21	17	28	1.96
1028187--1028234	21	2.3	21	96	0	87	8	10	37	43	1.69
1028195--1028240	21	2.2	21	88	0	65	13	13	32	41	1.82

Tables:   1   2   3   4   5