genome.fa.s8661.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008661.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111659_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1762280

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759376--759428	23	2.3	23	83	3	63	24	15	26	33	1.95
766169--766325	46	3.4	46	93	0	251	22	10	40	26	1.86
766506--766544	3	13.3	3	89	5	62	61	0	0	38	0.96
767046--767454	60	6.7	61	80	7	438	26	15	20	36	1.93
767046--767454	121	3.3	120	83	5	518	26	15	20	36	1.93
769106--769144	16	2.5	16	87	4	53	33	15	5	46	1.68
769115--769145	16	1.9	16	100	0	62	25	16	6	51	1.68
771733--771829	46	2.1	46	98	0	185	30	22	13	32	1.93
772284--772324	21	2.0	21	100	0	82	48	26	4	19	1.69
775262--775303	12	3.5	12	90	0	57	69	0	14	16	1.20
775950--775974	13	1.9	13	100	0	50	48	8	12	32	1.69
777430--777471	21	1.9	21	85	9	57	42	2	4	50	1.36
777896--777946	26	2.0	26	84	0	66	54	3	11	29	1.54
779350--779385	17	2.1	17	89	0	54	66	0	2	30	1.06
779970--780029	19	3.0	21	68	22	65	23	21	8	46	1.78
779765--780169	123	3.3	123	90	2	611	25	19	15	40	1.90
779954--780294	123	2.9	112	87	6	434	25	18	16	38	1.92
780648--780727	22	3.6	22	87	0	115	35	13	12	38	1.83
785905--785968	20	3.2	20	95	0	110	28	25	15	31	1.96
786076--786329	126	2.0	126	99	0	499	33	12	14	40	1.83
786350--786387	18	2.1	18	90	0	58	55	5	5	34	1.45
786739--786803	9	7.8	9	85	11	70	12	9	0	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786734--786835	9	13.4	8	76	20	53	10	10	0	78	0.97
786756--786834	13	5.8	13	75	20	72	10	12	0	77	1.00
786734--786838	42	2.5	41	80	18	126	10	11	0	78	0.98
797421--797488	28	2.7	26	82	15	72	66	1	2	29	1.15
797442--797498	28	2.1	26	87	6	78	61	0	5	33	1.18
798789--798861	2	36.5	2	100	0	146	50	0	0	49	1.00
799961--800001	3	14.0	3	89	5	57	63	0	4	31	1.15
799962--800009	20	2.4	20	89	0	69	64	0	4	31	1.12
800858--800883	10	2.6	10	100	0	52	0	11	0	88	0.52
800889--800992	33	3.1	33	90	2	172	28	20	9	41	1.84
801212--801297	30	3.0	28	79	6	91	23	16	13	46	1.83
801218--801297	29	2.7	30	80	7	92	22	17	13	46	1.83
801480--801532	13	4.2	12	75	15	54	77	1	3	16	1.01
801480--801557	6	12.2	6	71	14	50	74	2	5	17	1.12
801901--801946	12	3.8	12	88	0	65	67	0	13	19	1.23
807621--807871	42	6.1	42	69	13	137	28	15	20	36	1.93
807682--807790	40	2.7	41	83	5	132	28	15	21	34	1.94
807661--807870	81	2.6	82	76	6	203	28	15	20	35	1.93
807942--808040	42	2.4	42	91	3	155	19	19	23	38	1.93
808287--808333	10	4.7	10	83	0	58	53	0	12	34	1.39
808287--808336	20	2.5	20	83	0	64	52	0	12	36	1.39
808435--808482	10	4.8	10	89	0	78	52	0	10	37	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808435--808482	20	2.4	20	96	0	87	52	0	10	37	1.36
808278--808609	147	2.3	147	91	0	529	52	4	8	34	1.52
810801--810843	12	3.8	12	76	17	56	48	11	39	0	1.40
810798--810838	21	2.0	21	95	0	73	46	12	41	0	1.41
811117--811144	11	2.5	11	100	0	56	50	0	17	32	1.47
812325--812510	65	2.9	65	80	5	200	26	19	23	30	1.98
812351--812560	65	3.3	63	79	12	187	26	18	23	31	1.98
813586--813629	21	2.1	21	82	0	52	31	15	43	9	1.79
821033--821081	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
821027--821212	65	2.9	65	79	8	202	26	18	23	31	1.97
821053--821253	65	3.1	63	79	13	187	25	17	22	33	1.96
829683--829742	6	10.2	6	94	1	86	5	16	48	30	1.67
837053--837098	21	2.2	21	88	11	69	71	4	0	23	1.03
837053--837098	20	2.2	20	88	11	67	71	4	0	23	1.03
838384--838446	26	2.4	26	100	0	126	15	12	31	39	1.85
838378--838451	26	2.5	31	79	20	113	13	13	35	37	1.84
841453--841566	38	3.0	37	72	17	108	40	7	11	41	1.68
847155--847281	18	6.9	18	91	3	209	25	31	22	19	1.98
848574--848714	64	2.2	63	82	5	167	26	22	18	32	1.97
852819--852858	19	2.2	19	86	13	57	10	15	0	75	1.05
860942--860978	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
862202--862277	21	3.7	21	89	7	111	19	17	26	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862168--862276	20	5.3	20	86	6	114	22	17	27	33	1.96
863675--864003	43	7.7	43	81	3	344	35	18	21	24	1.96
864975--865021	13	3.6	13	100	0	94	40	21	17	21	1.91
866427--866664	83	2.9	82	79	4	212	33	18	17	31	1.94
866598--866750	42	3.7	41	67	15	107	37	20	13	28	1.90
866560--866714	83	1.9	83	87	2	231	40	20	10	29	1.85
876323--876381	3	20.0	3	76	10	59	37	1	0	61	1.07
883110--883179	20	3.7	20	72	16	76	18	64	12	4	1.44
883187--883211	5	5.0	5	100	0	50	40	60	0	0	0.97
887850--887879	13	2.3	13	100	0	60	16	16	10	56	1.66
893759--893912	54	2.9	54	93	0	254	37	12	24	26	1.91
894274--894333	22	2.7	22	89	5	86	35	15	11	38	1.83
895057--895180	26	5.2	26	59	28	69	26	21	17	33	1.96
895002--895465	45	10.2	45	94	0	784	26	20	19	33	1.97
895627--895677	3	17.3	3	95	4	95	35	0	0	64	0.94
897001--897040	11	3.5	11	86	10	53	32	2	0	65	1.06
897055--897083	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
897374--897423	19	2.6	20	87	12	70	26	0	2	72	0.96
898257--898324	16	4.3	16	73	17	70	66	4	7	22	1.35
901615--901839	54	4.2	54	90	1	337	32	19	19	28	1.96
901615--901839	107	2.1	107	91	1	362	32	19	19	28	1.96
912515--912555	19	2.2	19	86	8	57	21	36	9	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915390--915426	19	1.9	19	88	0	56	35	24	8	32	1.85
931159--931416	129	2.0	129	100	0	516	21	19	21	37	1.95
931785--931898	56	2.0	56	98	0	219	38	12	8	40	1.74
931788--931878	29	3.2	29	64	17	82	40	12	7	39	1.71
932282--932332	3	16.7	3	91	4	84	62	1	1	33	1.17
937339--937387	25	2.0	25	87	0	71	46	2	8	42	1.45
937341--937394	25	2.2	25	82	0	63	48	1	9	40	1.46
943504--943624	31	3.9	31	78	9	129	28	19	20	31	1.97
947386--947427	22	1.9	22	85	9	59	57	0	2	40	1.12
947571--947631	32	1.9	32	86	0	86	36	26	27	9	1.88
954599--954668	2	35.0	2	100	0	140	0	50	0	50	1.00
956939--956967	12	2.3	13	94	5	51	55	0	13	31	1.39
956937--956968	13	2.4	14	85	15	50	56	0	15	28	1.40
957027--957071	18	2.4	20	82	17	69	48	0	4	46	1.22
962450--962482	14	2.4	14	90	10	50	54	0	3	42	1.15
971143--971224	23	3.7	22	79	6	87	25	15	26	31	1.96
978944--979010	30	2.2	30	84	10	84	46	5	14	32	1.69
981590--981690	34	3.0	34	88	0	157	41	16	19	21	1.90
985832--985864	15	2.2	15	94	0	57	48	15	15	21	1.81
994282--994313	15	2.1	15	94	0	55	9	68	0	21	1.17
994279--994315	18	2.1	18	100	0	74	10	67	0	21	1.21
999815--999853	11	3.5	11	85	0	60	12	15	61	10	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000874--1000922	11	4.5	11	82	5	64	14	2	20	63	1.40
1000874--1000922	21	2.3	22	89	3	73	14	2	20	63	1.40
1003539--1003615	31	2.5	31	80	2	91	25	19	12	41	1.87
1007210--1007301	31	3.0	31	86	0	130	26	16	21	35	1.94
1007283--1007332	22	2.3	21	83	10	64	26	22	26	26	2.00
1007533--1007605	39	1.9	38	91	8	123	54	0	16	28	1.42
1009113--1009158	10	4.4	11	81	8	60	13	2	21	63	1.40
1009113--1009158	21	2.2	21	92	0	74	13	2	21	63	1.40
1010404--1010435	15	2.1	16	94	5	57	46	6	0	46	1.27
1011328--1011506	85	2.1	85	95	0	322	27	29	6	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7