genome.fa.s8662.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008662.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111662_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1703488

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802106--802149	22	2.0	22	100	0	88	31	13	27	27	1.94
802843--802887	16	2.8	17	81	18	53	80	0	15	4	0.87
803216--803293	18	3.9	19	80	13	79	29	10	5	55	1.55
804440--804883	113	3.9	113	85	2	617	37	15	18	27	1.92
805221--805259	3	12.7	3	94	5	69	33	0	0	66	0.92
809091--809422	161	2.1	160	95	1	594	38	16	8	36	1.79
809091--809269	93	1.9	93	88	2	268	40	15	7	36	1.76
809240--809799	93	6.0	93	92	1	935	38	17	8	36	1.80
809172--809329	68	2.4	68	92	2	266	38	15	8	37	1.78
810266--810322	30	1.9	30	96	0	105	45	10	8	35	1.70
810387--810458	21	3.3	21	63	30	51	51	4	12	31	1.59
810387--810474	45	1.9	46	95	2	160	53	4	11	30	1.57
812147--812213	33	2.0	33	97	0	125	50	13	0	35	1.42
815222--815391	85	2.0	85	100	0	340	28	7	14	50	1.68
816387--816686	83	3.6	83	81	10	312	30	18	19	31	1.96
818286--818337	23	2.2	24	80	10	63	21	15	26	36	1.93
818318--818369	24	2.2	24	85	0	68	19	19	23	38	1.93
819865--820148	55	5.2	55	83	2	313	28	19	21	30	1.98
819865--820148	110	2.6	110	82	2	354	28	19	21	30	1.98
824160--824455	55	5.4	54	83	6	330	29	19	19	31	1.97
827782--827812	15	2.1	15	93	0	53	25	9	19	45	1.81
830447--830484	19	2.1	19	85	5	51	39	5	0	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
830578--830638	31	1.9	32	90	3	97	11	16	29	42	1.83
830578--830668	32	2.9	32	83	4	105	13	13	28	45	1.81
830580--830681	32	3.2	32	81	4	100	14	10	30	44	1.80
831212--831250	14	3.0	13	85	10	53	48	0	0	51	1.00
831219--831250	13	2.4	14	94	5	57	50	0	0	50	1.00
831228--831292	25	2.7	24	72	13	62	49	0	1	49	1.10
831408--831446	17	2.3	17	86	0	51	51	2	0	46	1.14
831378--831449	23	3.0	23	69	17	58	50	1	0	48	1.09
833530--833567	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
833591--833626	11	3.2	11	88	7	54	8	2	0	88	0.59
833580--833631	19	2.6	21	79	14	65	11	7	0	80	0.89
833591--833643	23	2.2	24	83	3	63	16	3	0	79	0.88
835946--836022	22	3.5	22	89	1	109	38	15	22	23	1.92
836485--836586	45	2.3	45	84	6	127	30	21	9	38	1.86
836691--836772	40	2.0	40	95	0	146	34	25	15	24	1.95
838603--838664	30	2.1	29	85	8	81	29	14	8	48	1.72
838616--838690	30	2.5	30	77	16	75	32	17	9	41	1.81
843129--843173	22	2.0	23	86	4	65	46	4	0	48	1.22
843138--843180	22	2.0	22	85	0	59	48	4	0	46	1.22
843947--843986	21	1.9	21	85	10	55	35	0	7	57	1.27
846343--846381	20	2.0	20	90	10	62	46	15	2	35	1.60
854571--854629	28	2.1	28	81	6	66	37	8	10	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857243--857570	182	1.8	182	91	1	550	38	17	18	25	1.93
863211--863240	16	1.9	16	93	6	53	3	20	13	63	1.43
875263--875325	19	3.3	19	80	6	65	57	6	0	36	1.24
875290--875364	20	3.8	20	76	16	84	46	10	1	41	1.47
875305--875376	22	3.4	22	74	21	82	43	9	2	44	1.51
875290--875359	17	3.6	17	72	22	50	47	11	1	40	1.49
875306--875658	73	4.8	74	88	3	482	42	8	4	44	1.55
875355--875634	37	7.6	37	77	16	246	42	8	5	44	1.56
875473--875499	14	1.9	14	100	0	54	44	7	11	37	1.68
875624--875654	14	2.1	15	94	5	55	45	9	0	45	1.36
875634--875677	20	2.2	20	92	4	72	45	11	0	43	1.40
884831--884894	19	3.3	19	78	18	69	59	4	0	35	1.18
884858--884945	21	4.2	21	76	18	76	50	7	1	40	1.39
884891--884928	17	2.2	17	90	0	58	44	7	2	44	1.47
884969--884995	14	1.9	14	100	0	54	44	7	11	37	1.68
884880--885229	75	4.7	73	89	4	481	44	7	3	44	1.48
884880--885229	148	2.4	148	87	5	512	44	7	3	44	1.48
885115--885150	14	2.5	14	90	4	54	44	8	2	44	1.48
885190--885223	14	2.4	14	90	5	50	47	8	2	41	1.50
885203--885249	20	2.4	20	89	3	78	48	10	0	40	1.38
892940--893022	41	2.0	41	97	0	157	36	33	19	10	1.86
893568--893789	111	2.0	111	93	1	383	45	10	8	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893913--893953	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
894074--894169	50	2.0	49	85	4	131	20	31	34	13	1.92
894088--894195	50	2.2	49	85	6	146	21	28	35	14	1.93
894917--894953	15	2.3	17	90	9	60	83	0	10	5	0.79
894932--895002	25	2.9	23	75	19	63	76	0	7	16	1.00
894930--894979	19	2.7	19	84	3	57	78	0	6	16	0.95
894952--894995	9	4.6	10	81	18	58	72	0	6	20	1.07
894952--894995	19	2.3	19	88	7	63	72	0	6	20	1.07
895948--896015	21	3.0	24	76	12	88	19	17	16	47	1.83
895940--896006	21	3.1	21	77	12	73	17	16	14	50	1.78
902095--902144	12	4.1	12	74	23	50	66	10	10	14	1.46
905059--905100	21	2.0	21	85	0	57	28	26	19	26	1.98
905122--905164	21	2.0	21	95	0	77	27	25	18	27	1.98
905712--905786	23	3.2	23	70	14	64	32	25	24	18	1.97
905907--905950	23	1.9	23	95	0	79	31	27	25	15	1.96
912208--912248	21	2.0	21	90	0	64	29	26	19	24	1.98
912843--912917	24	3.2	24	73	17	84	34	22	20	22	1.96
912846--912931	23	3.7	23	76	13	77	32	25	20	20	1.97
912883--912940	23	2.5	23	82	0	62	36	24	17	22	1.95
921639--921699	16	3.9	16	81	14	74	77	9	1	11	1.07
921640--921684	8	5.6	8	79	10	56	75	8	2	13	1.13
921639--921701	24	2.7	22	79	15	65	77	9	1	11	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927275--927464	36	5.3	36	89	0	274	20	25	23	30	1.99
929652--929680	14	2.0	15	93	6	51	44	6	6	41	1.58
929800--929853	28	1.9	28	88	7	83	48	0	0	51	1.00
929832--929878	25	1.9	25	91	4	78	42	0	0	57	0.98
929821--929861	20	2.2	20	87	12	61	41	0	0	58	0.98
929770--929875	49	2.2	47	78	15	110	50	1	0	48	1.12
929817--929883	24	2.5	27	74	18	68	49	0	0	50	1.00
929952--930024	23	3.1	23	76	5	67	42	1	1	54	1.17
929965--930157	8	25.6	8	66	18	67	46	1	1	51	1.14
930022--930070	19	2.5	20	77	16	57	48	0	0	51	1.00
930123--930169	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
930131--930174	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
944759--944783	11	2.3	11	100	0	50	36	0	28	36	1.58
958322--958366	22	2.0	22	100	0	90	17	20	31	31	1.96
960845--960933	24	3.6	24	75	17	67	75	2	14	7	1.13
960845--960910	8	8.4	8	74	15	57	78	1	12	7	1.01
960872--960930	20	3.2	18	82	17	68	74	1	15	8	1.13
961939--962109	95	1.9	89	89	7	261	39	14	22	23	1.91
962167--962447	105	2.6	105	83	4	310	40	16	19	23	1.90
965641--965695	17	3.3	16	78	21	60	69	3	0	27	1.05
965648--965695	15	2.9	16	82	11	62	70	2	0	27	0.98
965641--965680	20	2.0	21	85	14	57	70	2	0	27	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966014--966097	25	3.4	25	81	3	107	40	21	16	21	1.91
966728--966825	48	2.0	48	98	0	187	43	7	4	44	1.50
975694--975728	18	1.9	18	88	0	52	28	34	17	20	1.95
982685--983172	54	8.9	54	87	2	550	21	24	18	34	1.96
983077--983161	27	3.1	27	63	29	63	18	27	20	34	1.96
983174--983254	37	2.2	37	84	8	103	20	18	16	44	1.87
983553--983701	37	4.1	37	82	7	171	25	18	21	34	1.96
983553--983701	73	2.0	73	85	5	203	25	18	21	34	1.96
989103--989194	21	4.4	21	88	2	132	15	20	17	46	1.84
993806--993844	20	2.1	19	90	9	62	41	15	20	23	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8