genome.fa.s8670.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008670.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  969061

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11095--11740	105	6.2	105	93	2	1029	34	26	17	21	1.96
11095--11740	208	3.1	208	92	2	1023	34	26	17	21	1.96
12114--12147	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
12109--12155	21	2.2	22	92	3	78	42	0	2	55	1.12
13385--13476	37	2.5	36	77	11	91	26	5	3	65	1.30
15462--15907	226	2.0	227	93	2	763	45	8	7	39	1.61
15972--16021	20	2.5	20	81	12	75	52	10	16	22	1.73
16136--16182	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
18486--18546	32	1.9	32	86	0	86	29	1	44	24	1.63
20335--20390	19	2.9	19	97	0	103	32	3	10	53	1.53
20479--21495	200	5.1	199	96	1	1789	36	14	15	33	1.88
22958--23016	18	3.4	18	79	13	70	38	6	33	20	1.79
22973--23020	15	3.2	15	90	0	69	37	4	33	25	1.75
22961--23020	12	5.2	12	82	11	63	36	6	33	23	1.81
24387--25054	184	3.7	184	97	1	1263	35	14	15	34	1.89
27600--27662	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
28024--28086	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
28024--28096	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
30120--30247	21	6.0	21	71	16	84	20	20	24	35	1.96
30170--30247	42	1.9	40	94	5	138	21	20	21	35	1.96
30337--30367	6	5.2	6	100	0	62	35	48	16	0	1.46
31109--31350	21	11.7	19	75	16	162	35	22	20	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31109--31350	42	5.8	42	88	4	366	35	22	20	21	1.96
31346--31397	21	2.5	21	87	0	77	15	21	30	32	1.94
33950--33993	2	22.5	2	95	4	81	0	50	0	50	1.00
36691--36730	21	1.9	21	84	0	53	12	45	0	42	1.42
37517--37639	4	30.8	4	73	19	62	74	4	3	17	1.12
37525--37642	31	3.3	36	80	13	120	76	5	2	16	1.08
37524--37642	10	11.0	11	73	14	79	75	5	2	16	1.09
37843--37874	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
37929--37956	10	2.8	10	100	0	56	92	0	7	0	0.37
39165--39216	3	18.3	3	84	11	74	71	0	0	28	0.87
39153--39214	30	2.1	30	90	6	99	72	1	0	25	0.94
39229--39406	39	4.9	35	74	15	148	46	6	2	44	1.43
39229--39406	75	2.4	72	84	10	211	46	6	2	44	1.43
39378--39469	25	3.5	27	89	7	129	46	6	3	43	1.45
39248--39537	39	8.4	36	72	22	164	44	6	3	44	1.47
39309--39539	128	1.8	126	82	13	303	45	6	3	45	1.46
39441--39541	37	2.6	38	83	12	109	44	6	5	42	1.55
40137--40225	36	2.6	34	89	5	135	31	8	16	42	1.79
40278--40888	36	17.1	36	82	9	702	39	14	20	26	1.90
40472--40536	21	3.4	21	68	24	70	41	12	21	24	1.87
40616--40679	22	3.2	21	67	28	59	39	17	18	25	1.92
40622--40682	20	3.2	20	66	29	60	40	14	19	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40278--40880	322	1.9	319	91	1	983	39	14	20	25	1.90
41670--41710	21	1.9	22	90	5	66	21	12	17	48	1.79
41991--42031	21	1.9	22	90	5	66	24	12	14	48	1.78
41314--42200	321	2.8	320	93	0	1497	26	20	14	37	1.92
42939--46395	4	878.0	4	94	4	6166	49	25	0	24	1.52
46759--46815	20	3.0	20	76	7	73	28	29	21	21	1.98
46762--46821	18	3.2	18	76	4	66	26	33	18	21	1.96
49260--49513	94	2.7	94	87	4	372	29	20	18	32	1.96
53607--53634	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
53660--53737	14	5.5	14	75	15	54	73	7	0	19	1.07
53673--53737	14	4.6	14	79	11	71	75	7	0	16	1.03
53659--53737	21	3.6	21	75	16	72	72	7	0	20	1.09
53673--53738	34	1.9	34	87	6	98	74	7	0	18	1.05
53784--53859	40	1.9	40	86	0	107	75	2	5	17	1.11
55034--55088	11	5.1	11	78	22	55	74	0	0	25	0.82
55034--55073	15	2.9	15	79	20	52	75	0	0	25	0.81
55029--55088	25	2.6	23	80	17	70	75	1	0	23	0.90
55111--55579	35	13.7	33	76	16	311	45	7	3	43	1.49
55111--55579	37	13.7	33	79	17	396	45	7	3	43	1.49
55245--55291	24	1.9	24	91	4	76	46	6	4	42	1.48
55245--55308	25	2.6	25	85	9	78	48	6	3	42	1.44
55220--55345	60	2.1	60	86	8	175	47	7	2	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55192--55382	100	1.9	98	85	9	262	47	6	3	42	1.46
66311--66396	41	2.1	41	88	0	127	20	5	24	48	1.71
84549--84632	23	3.7	23	90	0	132	29	25	26	19	1.98
85059--85097	19	2.0	20	90	5	62	33	17	10	38	1.84
86284--86339	21	2.7	21	97	0	103	28	21	23	26	1.99
88119--88239	59	2.1	59	91	0	197	33	19	19	27	1.96
90009--90053	23	2.0	23	86	0	63	33	26	22	17	1.96
90019--90063	23	2.0	23	86	0	63	33	26	20	20	1.97
90747--90798	22	2.4	22	93	0	95	25	11	15	48	1.78
98070--98102	15	2.3	15	89	5	50	45	15	33	6	1.70
103405--103446	20	2.1	20	100	0	84	52	14	14	19	1.75
113016--113075	18	3.3	18	79	11	68	46	5	1	46	1.34
113023--113081	18	3.2	18	80	9	57	47	5	1	45	1.34
113170--113213	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
113314--113369	19	3.1	19	89	5	71	46	0	26	26	1.53
113326--113387	19	3.2	19	88	2	79	43	1	32	22	1.63
114584--114616	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
114936--114962	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
115609--115654	2	23.0	2	84	8	58	47	4	2	45	1.34
115763--115802	14	2.9	14	80	0	53	52	25	0	22	1.47
115744--115811	21	3.3	19	80	17	66	47	26	0	26	1.53
115979--116027	23	2.1	23	96	0	89	46	4	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117548--117709	32	5.1	32	88	3	231	37	20	16	26	1.93
121462--121509	21	2.2	22	81	7	53	10	10	8	70	1.33
126912--126977	33	2.0	33	96	0	123	24	9	22	43	1.82
137602--137663	24	2.5	24	82	15	74	53	1	3	41	1.27
137793--137866	27	2.6	29	80	4	98	54	1	4	40	1.28
139656--139703	20	2.4	20	85	0	69	31	20	16	31	1.95
139603--139753	77	2.0	77	90	0	239	35	18	13	31	1.90
139686--139967	57	4.9	57	91	2	424	37	20	13	28	1.91
139680--140104	114	3.6	114	84	5	499	37	20	14	27	1.92
142122--142149	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
147862--147916	21	2.6	21	91	0	83	21	27	23	27	1.99
147958--148011	19	2.8	20	81	16	76	25	18	29	25	1.98
150724--150824	44	2.3	44	86	6	134	30	16	26	25	1.97
150724--150829	23	4.8	20	80	12	104	30	16	25	27	1.97
160957--160982	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
168197--168659	135	3.4	132	79	9	440	22	18	30	28	1.97
168196--168731	135	3.9	142	77	10	381	22	19	29	28	1.98
169683--169719	18	1.9	19	89	10	58	5	13	0	81	0.86
169687--169730	23	1.9	23	100	0	88	4	15	0	79	0.89
169692--169741	23	2.2	23	82	7	57	10	18	0	72	1.12
176848--176910	30	2.1	30	85	5	83	34	4	19	41	1.72
179792--179818	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186634--186667	18	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
187000--187030	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
196029--196057	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
196624--196711	6	14.2	6	75	15	54	45	32	19	2	1.63
196633--196726	27	3.4	27	80	8	125	45	32	18	3	1.65
198457--198520	27	2.4	27	78	0	74	48	31	10	9	1.70
201049--201083	8	4.4	8	92	0	52	37	25	11	25	1.90
201930--201986	24	2.4	24	96	0	105	19	14	22	43	1.86
210278--210303	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
210279--210312	13	2.6	13	90	0	50	50	5	5	38	1.51

Tables:   1   2   3   4   5