genome.fa.s8670.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008670.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  969061

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681527--681757	107	2.2	106	85	2	302	38	12	12	35	1.81
686332--686405	25	3.0	25	88	2	87	35	20	20	24	1.96
688837--688865	15	1.9	15	100	0	58	44	0	20	34	1.52
689111--689160	18	2.8	18	90	0	73	16	18	34	32	1.92
694426--694476	15	3.3	15	73	10	57	33	17	5	43	1.73
694429--694490	32	1.9	32	90	6	99	30	17	8	43	1.78
694427--694481	17	3.4	17	71	14	53	34	18	5	41	1.73
705290--705334	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
705330--705539	114	1.8	114	87	0	312	42	8	9	40	1.66
705330--705567	114	2.1	114	82	2	289	43	8	7	39	1.64
705754--705790	16	2.4	16	90	4	58	56	5	5	32	1.45
707018--707069	3	16.7	3	92	7	86	65	0	0	34	0.93
707193--708048	46	18.8	46	94	1	1471	34	19	23	23	1.97
708026--708071	23	2.0	23	95	0	83	32	21	28	17	1.96
708049--708297	46	5.5	46	92	0	412	33	17	24	24	1.96
707802--708297	248	2.0	248	93	2	852	33	18	23	23	1.97
708949--709025	22	3.5	22	71	7	59	36	14	15	33	1.88
716266--716297	15	2.2	14	94	5	55	59	12	12	15	1.61
716266--716297	7	4.4	7	92	7	55	59	12	12	15	1.61
718788--718827	21	2.0	19	85	9	53	72	5	0	22	1.04
718793--718854	15	4.4	14	72	10	54	66	3	1	29	1.17
718809--718862	24	2.2	25	86	6	74	61	1	3	33	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719395--719629	115	2.0	115	78	3	240	45	8	7	38	1.63
719816--719863	16	3.0	17	85	8	57	60	4	6	29	1.40
721098--721163	30	2.4	28	81	18	84	53	0	0	46	1.00
721098--721163	31	2.2	29	84	12	89	53	0	0	46	1.00
721115--721164	18	2.9	17	82	11	57	56	0	0	44	0.99
723311--723429	60	2.0	61	83	1	150	50	5	11	32	1.61
730689--730722	13	2.6	13	90	0	50	41	0	5	52	1.25
732973--733020	22	2.2	21	77	3	51	45	20	6	27	1.75
742742--742778	19	1.9	19	100	0	74	32	0	35	32	1.58
751575--751673	52	1.9	52	83	4	128	26	15	13	45	1.82
755267--755301	4	8.8	4	93	0	52	45	22	5	25	1.74
759191--759252	33	1.9	32	90	3	97	14	27	0	58	1.37
765847--765891	20	2.2	20	85	11	65	35	15	15	33	1.89
767792--768117	175	1.9	174	95	0	589	29	25	11	34	1.91
768635--768675	22	1.9	21	90	5	64	26	2	36	34	1.70
772375--772425	26	1.9	27	84	11	70	7	11	3	76	1.13
772675--772718	21	2.0	21	86	4	61	54	0	22	22	1.45
772758--772807	23	2.1	24	96	3	93	28	0	36	36	1.58
773144--773192	19	2.5	20	86	3	64	46	6	14	32	1.69
776498--776556	11	5.9	10	75	15	50	3	15	1	79	0.94
776500--776554	10	5.2	11	78	4	51	3	16	1	78	0.98
780612--780671	19	3.1	19	72	11	59	6	15	1	76	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780597--780656	32	1.9	30	87	12	86	8	13	3	75	1.16
780596--780668	32	2.3	30	80	13	85	8	15	2	73	1.17
780925--780964	21	1.9	21	90	10	64	65	0	15	20	1.28
780987--781027	22	1.9	21	90	5	64	26	2	36	34	1.70
781377--781427	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
785123--785159	18	2.1	18	100	0	74	16	16	21	45	1.84
786245--786286	22	2.0	21	86	13	59	9	7	23	59	1.53
786622--786655	7	4.7	7	85	7	50	82	0	0	17	0.67
786726--786865	22	6.0	22	78	14	113	46	7	2	43	1.44
786753--786831	28	2.9	27	80	16	101	44	6	2	46	1.42
786778--786878	22	4.5	21	79	17	105	42	7	1	47	1.44
786700--786877	75	2.5	71	81	12	195	44	6	3	45	1.46
786801--786878	22	3.6	22	91	1	113	41	7	2	48	1.45
788717--788759	19	2.3	19	95	0	77	25	27	0	46	1.53
802955--802994	14	2.9	14	96	0	71	57	0	32	10	1.32
811133--811181	22	2.2	22	88	0	71	16	32	12	38	1.86
811133--811189	22	2.6	22	83	5	62	19	29	14	36	1.91
813366--813508	27	5.6	25	69	21	93	44	6	2	46	1.40
813366--813504	23	5.5	24	73	21	92	44	6	2	46	1.41
813346--813480	53	2.5	54	81	13	163	45	6	1	45	1.38
813450--813490	21	2.0	21	95	0	73	41	7	4	46	1.53
815807--815902	37	2.6	37	86	0	129	41	15	10	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816571--816682	48	2.2	48	77	12	109	28	4	1	65	1.22
816625--816684	30	2.1	30	85	11	83	25	1	0	73	0.93
816633--816681	13	3.7	14	81	10	50	26	2	0	71	0.97
817824--817864	19	2.2	20	82	8	50	24	12	2	60	1.43
821292--821332	16	2.6	16	81	11	57	80	2	14	2	0.92
821368--821712	172	2.0	172	96	0	636	37	20	17	25	1.93
822112--822156	22	2.0	22	95	0	81	37	28	11	22	1.88
822557--822593	18	2.0	19	89	5	58	18	2	32	45	1.64
823105--823848	106	7.0	106	90	0	1152	35	23	18	22	1.95
824026--824309	83	3.4	83	86	2	383	30	24	21	23	1.99
824041--824383	167	2.0	167	81	3	395	33	23	19	23	1.97
824848--824952	37	2.8	37	83	0	129	40	17	13	29	1.87
825340--825370	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
825371--825413	18	2.4	18	84	7	52	25	0	0	74	0.82
825371--825413	22	2.0	22	90	9	70	25	0	0	74	0.82
825448--825478	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
825333--825550	108	2.0	109	82	8	262	30	5	2	61	1.33
825613--825724	9	11.9	10	69	23	50	29	2	0	66	1.11
825676--825729	17	3.2	17	84	12	67	25	0	0	74	0.83
825610--825730	22	5.5	22	67	18	65	28	2	0	67	1.09
825673--825725	25	2.2	25	86	10	74	26	0	0	73	0.83
825692--825736	17	2.6	17	83	16	58	24	2	0	73	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825676--825727	11	4.4	13	82	7	51	26	0	0	73	0.84
825818--825888	25	2.8	25	78	14	76	22	8	1	67	1.25
833519--833910	46	8.5	46	81	3	385	40	10	16	32	1.83
833508--833916	138	3.0	138	84	5	513	40	10	16	32	1.82
836806--836848	21	2.0	21	82	8	52	13	25	0	60	1.34
838037--838173	48	2.9	48	97	0	256	34	3	13	48	1.59
838152--838191	11	3.7	11	83	6	55	37	2	7	52	1.43
838042--838192	21	6.5	22	66	19	83	35	3	12	48	1.58
846782--846835	23	2.4	23	90	3	83	25	14	24	35	1.94
848055--848405	46	7.6	46	82	4	386	41	10	17	30	1.83
848055--848405	92	3.8	92	82	3	438	41	10	17	30	1.83
848044--848410	138	2.7	138	80	6	465	41	10	17	30	1.83
850012--850057	19	2.4	19	96	0	83	17	43	17	21	1.88
850071--850108	14	2.7	14	91	0	58	26	28	23	21	1.99
852082--852190	58	1.9	56	83	10	141	21	22	27	28	1.99
855786--855876	45	2.0	46	91	2	148	26	18	26	28	1.98
864549--864636	45	1.9	46	93	2	151	28	19	25	27	1.99
866851--866875	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
869529--869575	19	2.4	19	82	3	58	23	36	23	17	1.95
869578--869749	29	6.0	29	80	5	161	33	4	15	46	1.67
869578--869743	59	2.9	58	83	5	203	33	4	15	47	1.64
869730--869768	19	2.1	19	85	0	51	51	2	10	35	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870811--870863	25	2.1	25	89	0	79	28	7	16	47	1.74
877031--877163	29	4.7	29	76	12	107	39	3	12	45	1.58
879070--879163	43	2.2	42	88	1	143	35	9	11	43	1.74
880477--880982	267	1.9	264	93	2	879	40	11	15	33	1.83
881783--881807	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
882481--882574	43	2.2	43	86	1	136	34	10	9	45	1.71
883719--883984	68	4.0	68	84	6	391	29	12	10	46	1.75
883782--883892	37	3.2	37	67	19	101	30	11	10	46	1.74
883737--883855	31	3.6	31	67	16	87	29	11	10	48	1.72
883719--883984	131	2.0	135	88	5	407	29	12	10	46	1.75

Tables:   1   2   3   4   5