genome.fa.s8676.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008676.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111693_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  957917

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640859--640940	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
640871--640959	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
641039--641109	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
641291--641345	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
641491--641683	20	9.6	20	80	5	210	19	19	25	35	1.96
641491--641683	60	3.2	60	82	0	242	19	19	25	35	1.96
641739--641790	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
644805--644844	20	2.0	21	90	5	64	67	0	10	22	1.20
649598--649705	31	3.5	31	89	0	162	33	12	27	25	1.93
651495--651558	31	2.2	28	83	10	83	32	14	29	23	1.94
652403--652465	23	2.8	23	78	2	65	26	23	26	22	2.00
652485--652800	103	3.1	103	96	0	589	36	24	13	25	1.92
653279--653316	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
655770--655801	15	2.0	17	88	11	50	28	3	6	62	1.34
666312--666370	20	2.8	20	79	5	64	40	20	10	28	1.85
666356--666411	20	2.8	20	86	8	69	26	25	14	33	1.94
666464--666522	22	2.9	20	80	7	66	33	25	10	30	1.89
666325--666538	110	1.9	110	89	1	331	32	22	10	34	1.89
666802--666878	40	1.9	40	84	5	102	31	9	24	35	1.87
666823--666890	19	3.5	19	74	6	64	29	13	26	30	1.94
671018--671075	29	2.0	29	96	0	107	34	22	6	36	1.81
674280--674314	18	1.9	18	88	0	52	37	40	2	20	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681428--681805	183	2.1	180	87	7	549	42	2	8	46	1.50
683657--683685	14	2.1	14	100	0	58	44	27	0	27	1.54
683242--684139	448	2.0	445	97	0	1699	39	16	15	28	1.88
688035--688090	26	2.2	26	96	0	103	39	7	39	14	1.73
702731--702776	22	2.1	22	88	8	67	54	2	4	39	1.32
703669--703716	22	2.1	23	81	11	55	35	6	4	54	1.45
704478--704511	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
705490--705525	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
712831--713199	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
713878--713924	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
716398--716633	19	13.4	19	77	17	260	47	18	20	13	1.83
716398--716655	33	7.5	33	76	14	245	46	18	20	14	1.84
716426--716614	52	3.6	52	96	0	342	47	17	21	13	1.82
716398--716655	52	4.9	49	85	7	221	46	18	20	14	1.84
716398--716655	71	3.7	70	80	10	289	46	18	20	14	1.84
716662--716763	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
716870--716906	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
718825--718889	18	3.4	19	83	10	80	44	27	16	10	1.81
718825--718958	19	7.6	19	75	18	119	45	23	19	11	1.82
718880--718936	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
718825--718953	33	3.8	33	87	5	168	46	24	18	10	1.81
718954--719081	19	7.3	19	73	19	116	8	17	28	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
718954--719045	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
719125--719778	92	7.1	93	97	1	1257	46	18	12	22	1.83
721485--721574	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
721477--721591	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
721484--721596	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
721608--721662	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
721592--721662	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
721603--721684	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
721615--721703	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
721782--721852	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
722033--722087	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
722233--722425	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
722233--722425	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
722481--722532	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
725372--725560	60	3.1	61	79	11	171	38	5	21	34	1.77
726201--726250	20	2.5	20	80	0	64	48	0	6	46	1.27
732762--732803	20	2.2	20	86	4	59	40	0	0	59	0.97
735796--735992	98	2.0	98	93	0	340	37	12	16	34	1.86
743107--743328	111	2.0	111	92	0	372	44	10	8	36	1.69
743629--743738	50	2.2	50	80	0	121	21	28	36	13	1.92
755779--755804	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
763974--764180	102	2.0	103	87	2	301	29	10	14	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771073--771098	6	4.3	6	100	0	52	34	0	65	0	0.93
776076--776142	30	2.2	30	94	2	116	41	0	14	43	1.46
776472--776514	22	1.9	23	86	13	63	51	2	0	46	1.13
776997--777031	18	1.9	18	100	0	70	17	34	17	31	1.93
783750--783811	26	2.4	26	100	0	124	30	27	6	35	1.82
793539--793571	3	11.7	3	87	12	52	63	0	0	36	0.95
807516--807557	21	2.0	21	85	0	57	47	11	19	21	1.81
807527--807573	20	2.3	21	88	3	69	42	10	21	25	1.85
807937--808005	20	3.4	20	84	4	93	18	17	17	46	1.85
807999--808045	20	2.3	20	92	0	76	14	14	27	42	1.86
809191--809248	2	30.0	2	89	6	93	51	0	0	48	1.00
809476--809567	36	2.6	36	100	0	184	25	18	28	28	1.98
809499--809561	21	3.3	21	62	25	57	22	20	26	30	1.98
820076--820100	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
820118--820142	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
852218--852260	20	2.2	20	86	0	59	34	13	16	34	1.88
853433--855668	746	3.0	754	93	4	3876	31	21	15	31	1.94
857241--857375	74	1.9	70	90	9	218	20	18	40	20	1.91
858972--859054	31	2.7	31	86	0	112	19	16	22	40	1.91
858972--859065	31	3.0	31	81	6	109	18	17	24	40	1.91
859336--859385	24	2.2	22	83	13	66	38	2	16	44	1.59
863518--863570	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
863560--863633	20	3.7	20	81	3	103	37	20	21	20	1.94
863560--863651	41	2.3	40	90	1	139	35	21	21	20	1.96
863823--863884	18	3.0	22	69	26	62	27	38	16	17	1.91
864212--864261	20	2.5	20	86	0	73	34	26	20	20	1.96
864193--864296	54	1.9	53	86	5	147	36	23	22	18	1.95
864303--864351	20	2.5	20	82	0	62	20	18	24	36	1.94
866195--866336	20	7.6	20	80	13	151	37	20	21	21	1.95
866203--866369	70	2.4	70	86	4	221	38	19	22	19	1.93
866376--866424	20	2.5	20	82	0	62	20	18	24	36	1.94
866463--866511	20	2.5	20	93	0	80	16	18	24	40	1.90
868672--868726	20	2.8	19	91	5	92	14	20	18	47	1.83
868731--868819	20	4.4	20	82	2	117	17	20	24	37	1.94
871218--871269	24	2.2	24	89	0	77	42	21	19	17	1.89
872116--872174	20	3.0	20	87	5	66	23	18	18	38	1.93
872124--872212	20	4.4	20	77	5	99	21	19	20	39	1.93
872202--872254	21	2.5	21	90	0	79	33	16	26	22	1.96
872124--872233	41	2.7	41	78	1	105	25	18	20	35	1.95
876711--876817	51	2.1	51	100	0	214	35	7	5	51	1.54
877553--877631	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
890034--890177	35	4.1	35	91	0	225	34	21	18	25	1.96
896661--896697	12	3.0	12	92	4	56	18	54	16	10	1.71
896801--896851	12	4.3	12	90	5	77	27	50	13	7	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896786--896851	23	2.8	24	81	4	80	25	46	15	12	1.80
897302--897332	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
900467--900511	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
900479--900791	147	2.1	148	97	2	585	32	22	18	26	1.97
901670--901704	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
902285--902329	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
902970--903020	12	4.3	12	90	5	77	27	50	13	7	1.69
902955--903020	23	2.8	24	81	4	80	25	46	15	12	1.80
903469--903501	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
906610--906654	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00

Tables:   1   2   3   4