genome.fa.s8705.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008705.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111745_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1220187

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187--237	22	2.3	20	78	18	57	45	29	1	23	1.64
3462--3558	46	2.1	46	94	0	167	23	20	18	37	1.94
5826--5887	11	5.7	11	80	3	81	16	4	19	59	1.54
5826--5891	32	2.1	32	91	0	105	15	4	21	59	1.54
5883--5925	21	2.0	22	91	8	72	13	6	27	51	1.67
7232--7696	36	12.9	36	85	4	573	33	23	24	18	1.97
7800--7881	11	7.7	11	78	8	89	15	4	20	58	1.56
7800--7881	31	2.6	32	90	1	130	15	4	20	58	1.56
7800--7881	21	3.9	22	84	7	107	15	4	20	58	1.56
7845--7889	21	2.2	20	92	4	72	13	2	26	57	1.48
8223--8345	57	2.1	57	81	10	135	44	2	13	39	1.56
18231--18256	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
20730--20812	31	2.6	31	83	9	98	62	8	10	18	1.52
21457--21488	13	2.6	12	90	9	55	75	3	0	21	0.95
23691--23720	13	2.2	14	94	5	53	40	13	26	20	1.89
23730--23756	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
24647--24690	17	2.6	17	77	0	52	59	0	0	40	0.98
40244--40311	35	1.9	35	93	0	118	29	0	23	47	1.52
41393--41580	51	3.7	51	87	2	272	25	12	15	46	1.81
41393--41580	101	1.9	102	89	1	297	25	12	15	46	1.81
47122--47175	20	2.7	20	97	0	99	31	20	18	29	1.96
52525--52577	20	2.5	23	80	20	62	52	3	0	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53066--53528	211	2.2	211	94	1	802	22	19	25	32	1.97
53066--53528	105	4.4	105	95	1	800	22	19	25	32	1.97
63750--63783	10	3.4	10	87	0	50	73	0	5	20	1.04
65160--65219	2	30.5	2	93	3	104	48	0	1	50	1.11
66834--66880	24	1.9	25	83	12	62	29	6	17	46	1.72
67200--67254	25	2.4	23	73	26	62	54	1	7	36	1.39
67211--67287	25	3.1	25	76	10	86	50	5	6	37	1.51
67209--67266	13	4.7	13	74	18	61	55	1	6	36	1.37
67200--67266	24	2.9	22	73	18	64	55	1	7	35	1.37
67209--67266	11	4.8	12	77	14	57	55	1	6	36	1.37
74446--74697	20	12.6	20	74	8	131	38	21	15	25	1.92
74586--74697	19	5.6	19	83	6	100	37	20	14	27	1.91
74860--74890	16	1.9	16	93	0	53	29	3	0	67	1.06
75486--75519	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
75645--75698	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
75873--75897	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
77961--77996	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
78840--78876	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
78832--78884	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
79829--79864	18	2.0	18	88	0	54	55	22	2	19	1.56
80113--80139	14	1.9	14	100	0	54	22	3	22	51	1.63
80147--80216	20	3.5	20	92	0	113	42	24	17	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80238--80312	20	3.8	20	70	0	69	26	18	18	36	1.94
80312--80440	65	2.0	64	89	4	195	50	16	1	31	1.54
81773--81875	21	4.9	21	75	9	93	22	18	33	25	1.96
81772--81871	42	2.4	42	76	6	112	23	19	33	25	1.97
84053--84092	20	2.0	20	85	0	53	15	12	22	50	1.77
84422--84461	21	1.9	21	100	0	80	17	10	45	27	1.80
84427--84475	22	2.3	21	85	3	62	18	14	42	24	1.87
84584--84650	20	3.3	20	80	0	89	17	11	26	43	1.84
84644--84690	20	2.3	20	88	0	67	21	17	23	38	1.93
84579--84670	40	2.3	41	83	9	118	19	14	25	41	1.89
87968--87993	6	4.3	6	100	0	52	38	0	61	0	0.96
88033--88061	14	2.0	15	93	6	51	34	3	0	62	1.12
92446--92487	12	3.4	12	87	12	59	45	0	0	54	0.99
92445--92489	18	2.5	17	82	13	54	44	0	0	55	0.99
95480--95517	19	2.0	19	94	0	67	60	0	0	39	0.97
97840--97892	20	2.7	20	96	0	97	30	16	26	26	1.97
97880--97931	20	2.6	20	84	6	61	25	19	25	30	1.98
100478--100522	24	1.9	23	86	13	65	37	6	13	42	1.70
101398--101437	21	1.9	21	100	0	80	25	22	27	25	2.00
101966--102016	18	2.7	19	80	14	61	29	0	3	66	1.09
102572--102618	19	2.5	19	89	0	67	40	10	21	27	1.86
103174--103200	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103556--103744	101	1.9	102	83	3	247	23	20	22	33	1.97
119642--119708	31	2.2	30	84	12	84	49	4	2	43	1.38
126372--126411	21	1.9	21	100	0	80	37	12	0	50	1.41
127779--127818	15	2.7	15	96	3	73	32	10	0	57	1.32
127758--127828	27	2.7	26	76	12	81	36	9	0	53	1.34
127830--127873	18	2.4	19	85	11	56	15	13	0	70	1.17
129659--130144	229	2.1	227	95	0	882	44	7	7	40	1.61
130423--130469	20	2.3	20	92	7	78	55	8	19	17	1.67
130211--130683	181	2.6	182	89	1	673	42	14	17	26	1.87
130604--130650	20	2.4	19	79	10	58	51	10	19	19	1.75
132016--132088	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
133188--133262	29	2.6	28	83	8	89	37	6	10	45	1.65
134653--134740	44	2.2	39	88	12	124	20	21	22	35	1.96
134661--134929	63	4.3	61	77	12	258	20	20	24	34	1.96
134669--134963	84	3.5	82	86	6	371	20	20	24	34	1.96
134709--134954	42	5.9	42	91	0	397	19	19	25	35	1.95
135726--135757	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
137051--137076	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
137664--137701	19	2.0	19	94	0	67	44	0	13	42	1.43
145808--145882	31	2.4	31	100	0	150	12	17	20	50	1.77
155085--155130	24	1.9	24	86	8	67	43	21	0	34	1.53
155567--155606	21	1.9	21	89	0	62	27	0	2	70	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164707--164759	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
164950--164981	13	2.5	13	94	0	55	43	9	3	43	1.52
164995--165085	31	2.9	32	88	9	134	43	16	6	32	1.74
175315--175474	78	2.1	77	83	3	196	24	24	17	33	1.96
179437--179480	21	2.1	21	82	0	52	54	11	9	25	1.65
184449--184491	18	2.4	18	84	0	59	39	9	27	23	1.85
184630--184655	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
188678--188707	15	1.9	15	93	6	51	6	30	20	43	1.77
189271--189304	13	2.5	14	85	4	52	67	0	0	32	0.91
196400--196442	22	2.0	22	95	0	77	18	34	23	23	1.96
196449--196541	31	3.0	31	95	0	168	24	37	13	23	1.92
207222--207264	21	2.0	22	86	9	61	55	25	2	16	1.53
210050--210085	3	12.0	3	93	0	63	63	0	0	36	0.94
210022--210084	12	5.5	12	81	10	62	60	1	0	38	1.07
210165--210216	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
218440--218498	2	29.5	2	100	0	118	50	49	0	0	1.00
218498--218526	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
218700--218786	24	3.7	24	90	3	133	33	21	18	26	1.96
227196--227274	42	1.9	41	82	7	97	24	22	26	26	2.00
227949--228005	22	2.6	22	88	0	87	29	21	26	22	1.99
228945--228988	12	3.9	11	82	11	54	25	11	15	47	1.79
228946--228989	22	2.0	22	95	0	79	25	11	13	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230106--230217	3	36.3	3	74	15	86	30	3	6	59	1.39
230276--230317	16	2.6	16	96	0	75	54	7	0	38	1.28
232786--232815	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
235877--235969	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
235874--235969	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
235877--235969	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
236000--236051	20	2.6	21	85	11	74	28	28	17	25	1.97
235955--236032	41	1.9	41	81	5	95	41	20	15	23	1.90
236604--236648	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
236644--236808	19	9.1	19	76	15	161	12	21	23	43	1.86

Tables:   1   2   3   4   5