genome.fa.s8705.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008705.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111745_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1220187

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
715786--715813	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
715786--716112	167	2.0	167	98	0	627	51	2	7	38	1.44
716311--716482	41	4.2	41	83	0	191	34	23	14	27	1.94
716344--716501	82	1.9	82	88	0	235	32	25	13	27	1.94
731205--731283	36	2.2	36	88	4	115	37	17	17	26	1.92
734291--734387	48	2.0	48	88	4	142	29	18	13	38	1.89
739609--739726	61	1.9	62	89	1	184	44	4	14	37	1.65
740928--740987	27	2.1	30	79	14	74	45	0	8	46	1.33
746362--746477	54	2.1	55	90	4	182	23	12	16	47	1.81
753164--753268	54	1.9	54	94	0	183	30	19	20	30	1.96
755958--755999	20	2.1	20	90	0	66	42	4	19	33	1.72
760530--760569	17	2.6	14	79	20	53	47	32	15	5	1.66
771920--771944	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
773773--773841	30	2.2	30	82	15	86	34	5	18	40	1.75
773782--773841	29	2.0	30	90	6	95	33	6	18	41	1.76
774155--774194	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
775338--775385	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
776651--776719	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
776660--776719	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
776799--776959	21	7.7	21	84	10	197	21	36	19	23	1.95
776830--776959	13	10.9	13	64	29	51	20	35	20	23	1.96
776799--776959	63	2.5	62	87	7	218	21	36	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783787--783838	25	2.1	25	92	0	86	21	15	25	38	1.92
783839--783887	19	2.6	19	90	0	71	24	20	22	32	1.98
784517--784564	6	8.2	6	83	4	53	0	16	43	39	1.48
784657--784769	21	5.5	21	70	12	81	34	23	20	22	1.97
784639--784787	42	3.6	41	81	6	160	36	21	19	22	1.95
795066--795137	36	2.0	36	97	0	135	44	11	18	26	1.83
803806--803844	2	19.5	2	94	0	69	51	2	46	0	1.14
806189--806221	13	2.5	13	90	9	50	36	0	0	63	0.95
821555--821686	67	2.0	67	83	5	169	30	14	17	37	1.89
821969--821995	13	2.1	13	100	0	54	29	18	0	51	1.46
822975--823018	24	1.9	22	86	9	61	52	6	6	34	1.55
826914--826955	21	2.0	21	100	0	84	33	14	28	23	1.94
829323--829391	23	3.0	23	77	8	77	23	24	24	27	2.00
841996--842035	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
844836--844922	41	2.1	41	81	10	97	27	28	12	31	1.93
845389--845457	23	3.0	23	69	12	68	24	4	4	66	1.28
845387--845470	24	3.6	24	70	13	77	22	3	4	69	1.23
845301--845461	86	1.8	84	88	9	241	21	4	7	67	1.34
845301--845466	47	3.8	44	88	7	264	21	4	7	67	1.32
845490--845514	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
845498--845561	23	2.8	24	77	13	71	25	0	9	65	1.22
850916--850990	14	5.2	14	71	15	55	50	1	1	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851065--851108	17	2.4	18	81	14	54	40	2	2	54	1.25
851074--851127	17	3.1	18	78	7	58	48	0	1	50	1.11
851084--851137	17	3.1	17	78	7	54	51	0	0	48	1.00
851159--851197	19	2.1	18	85	4	51	46	2	2	48	1.29
851355--851436	18	4.6	19	74	17	86	53	1	0	45	1.08
851356--851432	11	7.1	11	76	20	58	51	1	0	46	1.09
851349--851436	29	3.2	29	73	22	84	54	1	0	44	1.07
856191--856584	112	3.5	112	92	0	646	48	13	12	25	1.77
856481--856676	92	2.1	92	94	0	338	48	13	13	24	1.78
856369--857001	204	3.0	204	88	5	845	47	13	14	25	1.80
856573--857071	112	4.5	112	91	2	740	45	13	14	26	1.81
856573--857054	223	2.2	221	89	2	734	46	13	14	25	1.81
856185--857007	427	1.9	427	91	2	1357	47	13	13	25	1.79
856947--857397	182	2.5	182	90	2	696	43	13	14	28	1.83
857340--857370	15	2.1	15	93	0	53	70	9	0	19	1.14
862753--862795	21	2.0	21	86	0	59	30	27	23	18	1.98
869542--869584	21	2.0	21	86	0	59	30	27	23	18	1.98
870233--870300	23	3.0	23	84	0	82	23	27	23	25	2.00
874541--874650	35	3.1	35	65	27	86	29	13	20	36	1.91
875228--875264	3	12.3	3	88	11	58	2	32	0	64	1.07
876442--876469	12	2.3	12	100	0	56	67	7	17	7	1.37
881808--881943	64	2.1	65	83	6	170	30	25	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886449--886488	20	2.1	19	85	4	53	72	12	0	15	1.12
888951--889009	29	2.1	28	84	9	77	25	18	16	38	1.92
889760--889814	16	3.5	16	86	13	71	40	0	0	60	0.97
893982--894049	30	2.3	30	97	0	127	22	26	14	36	1.93
897011--897112	40	2.6	40	77	1	107	32	17	25	24	1.97
898299--898350	20	2.6	20	84	0	68	25	13	19	42	1.87
898477--898592	39	3.0	38	91	5	187	32	18	18	30	1.95
898852--898906	16	3.5	16	86	13	71	40	0	0	60	0.97
903227--903352	50	2.5	50	82	5	164	15	34	26	22	1.94
903625--903963	111	3.1	111	95	0	597	36	7	10	45	1.68
905831--905865	3	11.7	3	87	0	52	34	25	34	5	1.80
905831--905875	9	5.0	9	94	0	72	33	22	33	11	1.89
905834--905874	12	3.4	12	86	0	55	34	21	34	9	1.87
906094--906178	35	2.5	33	78	14	91	27	5	10	56	1.56
912215--912273	31	1.9	31	96	0	109	42	6	8	42	1.61
912349--912427	18	4.4	18	64	28	51	53	10	0	36	1.35
912327--912817	54	9.1	54	83	9	352	52	12	0	35	1.38
912288--912718	134	3.2	133	87	7	551	52	12	0	34	1.41
912432--912506	22	3.2	23	75	11	80	54	14	0	30	1.41
912327--912817	188	2.6	188	96	0	894	52	12	0	35	1.38
912564--912606	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
912566--912614	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912623--912695	22	3.3	22	69	16	53	54	16	0	28	1.42
912666--912817	32	5.4	31	71	28	151	53	10	0	36	1.36
912698--912740	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
912344--912772	134	3.2	137	90	5	594	52	12	0	35	1.39
912700--912748	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
912752--912852	22	4.5	22	71	7	94	51	9	0	38	1.35
912797--912832	15	2.5	15	95	4	65	58	0	0	41	0.98
919437--919500	18	3.6	18	95	0	119	31	32	20	15	1.94
920925--920962	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
924228--924288	26	2.3	27	94	5	115	60	6	0	32	1.22
927143--927190	22	2.2	22	85	10	64	58	6	2	33	1.35
931803--931874	30	2.4	30	95	0	126	34	20	19	25	1.96
933487--933518	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
934517--934662	60	2.5	60	75	15	142	34	14	16	34	1.89
934969--935026	24	2.6	22	77	17	66	48	5	1	44	1.35
936417--936473	29	2.0	29	85	0	78	31	10	5	52	1.58
963736--963777	21	2.0	21	100	0	84	28	14	9	47	1.75
963766--963842	33	2.4	32	89	4	127	31	9	15	44	1.78
964822--964863	21	2.0	21	100	0	84	47	9	14	28	1.75
986555--986608	28	1.9	28	88	7	83	68	24	1	5	1.21
986919--986966	24	2.0	24	91	0	78	45	4	20	29	1.70
987632--987685	28	1.9	28	92	0	90	66	24	1	7	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988005--988052	24	2.0	24	91	0	78	45	4	20	29	1.70
989027--989078	23	2.3	23	83	3	61	30	3	17	48	1.65
989003--989080	34	2.2	35	82	8	88	32	3	17	46	1.67
989390--989428	16	2.4	16	86	0	51	33	15	28	23	1.95
998982--999102	47	2.6	47	79	0	143	36	11	9	42	1.75
998982--999122	47	3.0	47	78	1	129	37	12	9	41	1.74
1004778--1004857	2	40.0	2	97	0	151	48	0	0	51	1.00
1006173--1006375	4	46.5	4	68	22	58	17	4	4	73	1.17
1006221--1006376	5	32.8	5	67	13	55	16	4	4	75	1.14
1006218--1006364	27	5.6	25	71	20	79	15	4	4	75	1.12

Tables:   1   2   3   4   5