genome.fa.s8743.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008743.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111832_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  979257

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855--3619	104	7.4	105	90	3	1151	33	25	17	23	1.96
2855--3619	311	2.5	309	90	4	1175	33	25	17	23	1.96
12384--12509	3	41.7	3	85	7	166	35	0	1	62	1.05
14661--14712	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
23893--24156	54	4.9	54	90	0	404	37	13	22	26	1.91
25205--26142	76	12.4	76	98	0	1794	21	21	21	35	1.96
26274--26410	3	44.7	3	88	4	202	35	0	1	62	1.04
30383--30542	30	5.3	30	81	2	133	63	8	9	18	1.50
31368--31398	16	1.9	16	93	0	53	12	3	16	67	1.35
44620--44690	35	2.0	35	91	0	115	40	22	1	35	1.63
44686--44763	35	2.2	35	80	6	95	41	0	15	43	1.46
46021--46068	24	2.0	24	95	0	87	22	25	22	29	1.99
46552--46581	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
46776--46834	28	2.1	28	100	0	118	47	10	13	28	1.75
51730--51831	48	2.1	49	92	1	170	43	30	6	19	1.77
52374--52813	200	2.2	199	85	2	598	45	15	12	26	1.81
52374--52813	51	8.8	51	83	4	540	45	15	12	26	1.81
69653--69706	20	2.8	19	86	5	81	25	27	5	40	1.78
69835--69893	28	2.1	28	84	6	75	30	8	3	57	1.45
70415--70464	17	2.8	18	79	14	59	24	4	6	66	1.32
71030--71055	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72600--72640	21	2.1	19	86	13	57	65	2	0	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84177--84216	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
92392--92418	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
92952--92992	13	3.1	14	86	10	59	46	29	24	0	1.53
94013--94236	126	1.8	125	91	2	335	36	8	10	44	1.70
94134--94351	115	1.9	115	87	0	319	37	10	9	43	1.71
96034--96068	17	2.1	17	94	0	61	51	20	14	14	1.76
103926--104067	76	1.9	76	92	0	239	26	17	20	35	1.95
103929--104107	76	2.4	76	84	3	236	26	17	20	35	1.95
104132--104550	113	3.7	113	90	3	646	39	13	19	27	1.89
104132--104541	227	1.8	227	91	2	680	39	13	19	27	1.89
104478--104883	123	3.3	124	88	1	593	40	14	19	25	1.90
105046--105105	17	3.4	16	71	24	50	46	10	25	18	1.79
105629--105669	13	3.1	14	86	10	59	46	29	24	0	1.53
106700--106923	126	1.8	125	93	2	353	37	8	10	44	1.68
109850--109960	52	2.1	52	86	3	152	40	8	9	42	1.66
111653--111743	45	2.0	44	97	2	173	21	25	24	28	1.99
114073--114152	34	2.3	35	84	4	108	38	18	13	28	1.89
114620--114658	19	2.1	19	90	4	62	53	5	0	41	1.23
114723--114839	60	2.0	60	91	0	189	32	15	16	35	1.90
115004--115062	29	2.0	29	83	6	73	30	11	22	35	1.90
115761--115842	26	3.1	26	91	1	119	36	9	15	37	1.81
115695--115914	121	1.8	119	85	5	309	37	8	15	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115954--116084	26	4.9	27	72	15	101	37	9	16	37	1.80
115657--116003	195	1.8	187	85	5	487	37	8	14	39	1.77
115937--116109	81	2.2	80	93	1	301	38	8	15	37	1.77
116020--116250	94	2.5	94	90	0	381	34	7	16	41	1.77
115880--116203	175	1.8	180	87	5	489	37	7	14	41	1.73
116540--116596	30	1.9	30	96	0	105	47	8	8	35	1.66
122407--122437	3	10.3	3	100	0	62	35	0	32	32	1.58
123846--123875	14	2.1	14	93	0	51	36	26	13	23	1.92
126498--126557	32	1.9	32	86	3	86	21	30	26	21	1.99
126498--126592	31	3.1	31	78	4	93	21	29	24	25	1.99
129013--129037	13	1.9	13	100	0	50	24	8	32	36	1.84
129619--129688	28	2.7	26	79	18	74	74	1	10	14	1.14
129752--129786	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
129814--129876	28	2.2	30	80	8	76	61	0	9	28	1.27
130499--130610	37	3.0	37	87	5	156	34	13	13	38	1.84
133473--133500	14	2.0	14	100	0	56	7	14	28	50	1.69
134638--134710	16	4.7	16	84	3	87	10	9	17	61	1.55
134638--134702	32	2.0	32	90	0	103	9	10	20	60	1.57
135681--135719	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
143040--143099	31	1.9	31	86	6	86	53	11	1	33	1.47
148112--148908	397	2.0	397	99	0	1576	29	16	20	34	1.94
167792--167835	12	3.7	12	81	0	52	45	20	13	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168499--168566	24	2.9	24	80	2	75	29	20	26	23	1.99
182374--182434	28	2.3	27	83	13	74	39	3	3	54	1.33
184006--184085	38	2.1	39	84	9	103	50	2	1	46	1.23
185636--185661	12	2.2	12	100	0	52	15	0	0	84	0.62
185894--185919	9	2.9	9	100	0	52	57	23	7	11	1.59
187257--187335	4	18.0	4	71	21	52	25	6	3	64	1.34
187303--187363	23	2.7	23	84	0	77	24	3	8	63	1.37
188189--188228	20	2.0	20	85	4	55	47	7	7	37	1.60
205119--205146	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
210368--210405	20	1.9	20	88	0	58	36	0	2	60	1.11
218415--218484	21	3.4	20	76	11	70	65	2	5	25	1.28
218415--218483	10	6.7	10	73	12	50	66	2	5	24	1.27
219352--219385	13	2.6	14	86	13	54	41	0	8	50	1.34
219615--219745	42	3.2	42	75	9	135	51	0	3	44	1.19
219583--219744	82	2.0	82	80	9	188	50	0	4	45	1.26
219861--219934	14	5.1	15	71	19	59	51	1	0	47	1.09
219870--219969	42	2.2	47	81	13	129	53	2	0	45	1.12
220734--220817	11	7.2	11	71	23	57	8	7	8	76	1.17
220736--220817	23	3.5	23	79	14	78	7	7	8	76	1.15
220776--220836	23	2.5	23	81	7	59	9	13	3	73	1.20
229370--229431	30	2.0	31	84	3	81	35	9	12	41	1.76
237025--237068	20	2.2	20	100	0	88	34	27	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240221--240868	55	11.8	55	92	0	1035	35	11	19	33	1.88
241078--241348	68	4.0	68	89	5	397	32	15	22	29	1.95
241078--241348	135	2.0	135	87	5	395	32	15	22	29	1.95
241369--241507	45	3.1	46	83	10	196	46	8	22	23	1.79
241481--241568	45	2.0	44	86	2	122	35	13	27	23	1.93
242083--242258	88	2.0	88	98	0	343	38	7	22	31	1.83
242614--242658	7	6.6	7	84	5	56	48	31	0	20	1.49
247260--247298	16	2.4	16	100	0	78	38	33	7	20	1.81
254098--254143	24	2.0	23	86	4	65	32	2	4	60	1.28
255044--255098	19	2.9	19	94	5	94	43	0	7	49	1.30
258388--258452	26	2.5	25	78	7	76	64	3	0	32	1.09
260122--260186	30	2.2	30	88	0	94	38	20	12	29	1.89
261065--261126	31	2.0	31	84	6	81	33	19	20	25	1.96
262070--262107	20	1.9	20	94	0	67	23	18	21	36	1.95
262070--262127	20	2.7	20	81	10	62	25	18	20	34	1.96
271570--271614	23	2.0	23	86	8	65	53	2	6	37	1.40
272049--272100	21	2.5	20	78	6	59	7	7	9	75	1.21
273426--273501	36	2.1	36	97	0	143	31	10	14	43	1.79
274120--274178	31	1.9	31	92	0	100	54	8	6	30	1.57
274630--274672	22	2.0	21	86	4	59	46	0	2	51	1.13
280752--280798	14	3.4	14	80	16	53	42	14	0	42	1.46
282929--282986	29	2.0	29	82	3	71	29	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283008--283129	51	2.4	51	83	8	142	19	32	26	21	1.97
283269--283297	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
288378--288502	51	2.5	51	95	0	223	25	24	25	24	2.00
291266--291295	15	2.0	15	100	0	60	33	13	40	13	1.83
291269--291303	15	2.3	15	90	0	52	40	17	31	11	1.85
291677--291726	20	2.5	20	86	0	73	30	34	10	26	1.89
291735--291784	21	2.4	21	83	3	66	24	20	16	40	1.91
291820--292004	20	9.0	20	74	18	125	38	23	16	21	1.93
291800--291929	40	3.3	40	74	6	147	40	23	14	20	1.90
291804--291961	79	2.0	80	91	1	255	40	22	15	22	1.90

Tables:   1   2   3   4   5