genome.fa.s8743.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008743.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111832_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  979257

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699779--699854	21	3.6	21	74	0	62	23	30	21	25	1.99
701170--701231	14	4.3	14	73	6	52	38	1	14	45	1.55
701330--701383	20	2.7	20	85	0	72	44	25	18	11	1.83
701377--701419	20	2.2	20	83	4	52	25	20	25	27	1.99
701392--701528	34	3.9	34	76	12	141	22	21	21	34	1.97
701426--701670	20	12.9	20	76	11	219	25	19	21	33	1.97
701446--701548	54	1.9	54	90	4	163	23	21	23	32	1.98
701377--701642	74	3.6	74	86	0	354	24	19	22	33	1.97
701426--701670	94	2.6	95	77	8	259	25	19	21	33	1.97
701830--701864	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
703903--703939	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
703931--703963	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
704977--705023	20	2.3	20	92	0	76	25	21	14	38	1.92
705728--705766	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
706223--706261	17	2.3	17	81	0	51	15	58	7	17	1.59
706312--706367	28	2.0	28	89	0	85	30	8	19	41	1.82
707055--707143	45	2.0	44	95	4	162	51	8	4	34	1.54
707073--707154	45	1.9	43	85	9	114	54	9	6	29	1.57
707334--707422	31	2.9	31	79	1	99	48	4	2	44	1.35
711982--712026	20	2.2	20	96	0	81	31	20	8	40	1.83
721872--721967	48	2.0	48	97	0	183	32	18	18	30	1.95
732116--732174	22	2.7	22	97	0	109	30	32	3	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737223--737299	30	2.5	31	71	12	79	33	3	2	59	1.29
737459--737519	31	2.0	31	90	6	97	45	8	11	34	1.70
737463--737535	31	2.4	31	81	9	87	45	10	9	34	1.72
740324--740357	16	2.1	16	88	0	50	47	2	0	50	1.16
763638--763695	21	2.8	21	89	0	80	27	29	18	24	1.98
763686--764011	42	7.8	41	89	6	362	20	19	24	35	1.96
763694--764011	63	5.1	61	83	9	392	20	19	24	34	1.96
763686--763983	105	2.9	105	87	6	437	19	19	25	35	1.96
765970--766061	39	2.4	39	81	0	103	47	1	15	35	1.52
765990--766091	39	2.6	39	81	1	107	46	1	15	36	1.58
767970--768010	22	1.9	21	90	5	64	70	4	0	24	1.06
770276--770337	24	2.6	24	85	10	74	11	14	22	51	1.74
770300--770330	14	2.2	14	94	0	53	6	12	25	54	1.62
770298--770350	24	2.2	24	89	0	79	13	11	18	56	1.66
770802--770868	16	4.3	16	84	3	84	11	8	17	61	1.56
771720--771774	19	2.9	19	76	7	51	61	1	0	36	1.06
771930--771969	21	1.9	21	84	0	53	45	25	0	30	1.54
789273--789323	27	1.9	27	84	4	68	45	9	13	31	1.76
789853--789892	20	2.0	20	85	0	53	25	27	7	40	1.82
789936--789993	26	2.2	26	100	0	116	53	18	13	13	1.73
794568--794650	29	2.8	29	88	1	121	45	9	13	31	1.75
798018--798047	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800021--800048	14	2.0	14	100	0	56	28	28	0	42	1.56
801860--801904	19	2.3	20	75	21	51	62	13	0	24	1.31
802304--802343	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
808962--809044	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
814381--814484	49	2.2	48	83	13	135	23	23	24	29	1.99
820138--820358	110	2.0	111	91	0	363	46	9	8	36	1.65
820644--820769	50	2.5	50	85	3	164	19	30	33	15	1.94
821642--821682	20	2.0	20	95	0	73	34	17	21	26	1.95
821648--821695	20	2.4	20	89	0	69	31	22	25	20	1.98
826190--826218	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
826969--827017	24	2.0	25	88	4	73	12	16	20	51	1.76
829993--830299	128	2.4	128	87	3	420	33	20	21	23	1.97
829993--830301	43	7.2	43	83	4	376	33	20	22	23	1.97
833149--833221	33	2.2	33	97	0	137	52	28	10	8	1.65
833460--833591	41	3.2	41	81	10	162	35	15	21	26	1.94
833452--833676	82	2.7	83	76	9	194	35	17	20	27	1.94
842690--842766	35	2.2	36	86	6	104	42	16	0	40	1.49
856996--857153	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
857120--857309	20	9.5	20	81	4	195	36	25	18	20	1.95
860512--860780	19	15.4	19	76	18	291	46	17	21	13	1.82
860512--860802	33	8.5	33	77	17	242	46	17	22	13	1.83
860540--860802	52	5.0	52	98	0	508	46	16	23	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860827--860924	19	5.4	19	79	13	125	16	21	17	44	1.86
860809--860924	53	2.2	53	93	1	198	16	23	17	43	1.88
861031--861067	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
861861--861958	19	5.4	18	80	15	105	44	17	21	16	1.86
861861--861976	53	2.2	53	95	1	207	43	18	23	15	1.88
862005--862225	19	12.4	19	81	13	283	14	22	17	46	1.83
862024--862247	52	4.3	52	98	0	421	13	22	16	46	1.82
861983--862206	71	3.2	71	84	9	302	13	22	16	46	1.83
862224--862299	21	3.7	21	80	3	100	13	25	15	46	1.82
862379--862449	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
862631--862685	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
862832--863025	20	9.6	20	81	5	212	19	19	25	35	1.95
862832--863025	60	3.2	60	81	3	237	19	19	25	35	1.95
863012--863094	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
862992--863090	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
864113--864202	42	2.1	42	100	0	180	48	18	16	15	1.81
865835--865928	35	2.7	34	88	4	134	27	2	28	41	1.67
875249--875304	26	2.2	24	84	6	67	44	3	3	48	1.37
881737--881769	15	2.3	15	89	5	50	66	0	0	33	0.92
881908--881965	10	5.6	10	74	8	53	67	5	5	22	1.31
881908--881965	21	2.8	21	81	5	73	67	5	5	22	1.31
882017--882081	25	2.6	25	73	24	64	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882363--882402	11	3.7	11	90	9	57	65	5	7	22	1.38
882425--882490	26	2.6	26	79	9	66	48	1	0	50	1.10
884941--885042	23	4.3	23	74	21	70	46	0	2	50	1.23
884933--884986	23	2.2	24	78	18	58	50	0	0	50	1.00
885012--885109	28	3.4	28	79	13	92	40	0	3	56	1.15
885102--885163	23	2.6	23	84	5	70	51	4	3	40	1.39
885405--885473	20	3.5	20	93	0	120	36	1	5	56	1.32
885405--885484	20	4.0	20	85	3	83	37	2	5	55	1.35
885459--885523	30	2.2	30	94	2	114	33	4	6	55	1.45
885469--885530	15	4.2	15	81	2	81	35	6	4	53	1.48
885504--885538	15	2.3	15	90	0	52	42	8	2	45	1.49
885473--885538	30	2.2	30	80	0	78	39	7	4	48	1.52
889372--889432	27	2.3	26	75	13	61	39	0	0	60	0.97
889958--890015	21	2.6	23	73	15	59	48	0	0	51	1.00
890016--890073	25	2.3	25	79	5	64	56	1	0	41	1.09
892264--892484	122	1.8	122	84	0	307	29	16	9	44	1.79
892265--892547	122	2.3	121	79	4	291	30	16	9	43	1.80
893538--893588	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
901125--901767	284	2.3	285	95	1	1139	37	17	15	29	1.91
902496--902520	6	4.2	6	100	0	50	0	68	0	32	0.90
907762--907825	30	2.1	30	83	11	78	35	15	31	17	1.91
912533--912573	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912644--913142	128	3.9	128	94	1	874	23	25	19	31	1.98
913545--913640	33	3.0	33	81	10	126	40	2	4	53	1.32
913545--913640	31	3.2	28	80	18	88	40	2	4	53	1.32
914148--914241	21	4.5	21	89	5	120	20	25	35	19	1.96
914245--914292	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
916014--916117	34	3.1	33	81	4	100	62	3	0	33	1.13
920637--920671	13	2.6	14	86	4	54	57	2	0	40	1.14
929685--929729	2	22.5	2	95	0	81	51	0	0	48	1.00
930986--931370	184	2.1	181	90	4	607	42	3	8	44	1.52
931380--931408	9	3.2	9	100	0	58	20	10	20	48	1.79

Tables:   1   2   3   4   5