genome.fa.s8745.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008745.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111834_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1915556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701--769	31	2.2	32	86	2	95	55	7	4	33	1.47
3840--3879	20	2.0	20	90	0	62	60	15	20	5	1.53
4552--4592	22	1.9	21	90	5	64	24	0	2	73	0.96
7136--7187	16	3.2	17	72	22	58	44	0	19	36	1.51
8350--8376	14	1.9	14	100	0	54	51	22	18	7	1.70
29447--29504	23	2.5	23	82	0	71	55	13	18	12	1.69
29463--29515	23	2.5	21	81	9	63	50	18	15	15	1.77
37907--37956	24	2.1	24	92	0	82	60	0	0	40	0.97
41688--41826	57	2.4	57	89	8	212	46	13	6	33	1.69
46506--46620	39	3.1	36	79	14	117	47	2	2	46	1.30
46668--46723	23	2.4	24	83	16	82	50	0	1	48	1.11
46668--46725	28	2.0	28	83	10	71	50	0	1	48	1.11
50435--50477	21	2.0	21	100	0	86	34	9	18	37	1.83
60789--60827	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
60775--60937	65	2.5	65	85	4	224	30	26	15	27	1.96
66702--66804	44	2.3	44	77	8	111	28	24	18	29	1.98
68331--68369	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
68317--68479	65	2.5	65	85	4	224	30	26	15	27	1.96
71107--71475	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
72149--72195	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
74696--75018	19	18.4	19	79	16	378	46	17	21	14	1.83
74724--75040	51	6.0	52	91	5	523	46	17	21	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75047--75148	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
75255--75291	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
75272--75342	37	1.9	37	97	0	133	52	16	1	29	1.53
75272--75351	37	2.2	37	90	0	124	53	17	1	27	1.51
77159--77293	19	7.6	19	76	16	137	45	24	19	10	1.81
77215--77271	14	3.7	14	77	20	60	45	24	21	8	1.80
77196--77288	33	2.8	33	98	0	177	47	22	20	9	1.79
77159--77293	52	2.5	54	75	18	131	45	24	19	10	1.81
77289--77417	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
77289--77380	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
77461--77840	93	4.1	93	98	0	744	46	18	12	22	1.83
77461--77840	185	2.0	186	98	0	744	46	18	12	22	1.83
79545--79633	14	5.7	14	76	21	88	41	23	25	8	1.83
79539--79650	33	3.4	32	93	3	197	44	21	24	9	1.82
79667--79721	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
79842--79912	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
80093--80147	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
80293--80486	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
80293--80486	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
80479--80555	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
80541--80592	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
83611--83667	27	2.1	27	93	0	96	45	31	21	1	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84895--84991	21	4.6	21	79	2	106	26	28	18	25	1.98
101994--102044	25	2.1	24	86	13	70	41	0	11	47	1.40
102606--102662	21	2.7	21	86	0	78	28	28	14	29	1.95
103049--103268	46	4.9	47	81	14	254	23	4	6	66	1.32
103120--103191	20	3.6	19	68	18	56	25	2	5	66	1.27
103079--103268	87	2.1	92	91	5	309	24	3	5	65	1.31
105614--105843	101	2.3	102	78	4	248	27	19	23	29	1.98
106643--106682	5	7.8	5	88	5	62	65	0	0	35	0.93
106643--106692	16	3.2	16	85	5	66	68	0	0	32	0.90
109458--109494	16	2.2	18	90	9	60	54	5	0	40	1.24
110434--110466	16	2.0	17	94	5	59	30	0	6	63	1.18
111140--111191	19	2.6	21	76	8	56	50	1	1	46	1.23
114058--114470	215	1.9	215	91	0	673	37	14	23	24	1.92
125745--126055	99	3.1	98	89	3	469	12	27	18	42	1.86
128654--128695	15	2.8	15	100	0	84	14	45	14	26	1.83
131938--131997	29	2.0	30	93	3	104	46	21	3	28	1.67
131942--132005	29	2.2	29	85	2	83	51	17	3	28	1.60
142208--142232	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
144379--144443	24	2.7	24	85	4	78	36	6	10	46	1.64
145206--145581	185	2.0	184	91	0	608	42	3	7	45	1.51
152835--152883	3	16.3	3	100	0	98	0	67	0	32	0.91
154730--154848	60	2.0	60	93	0	202	37	21	10	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156999--157034	10	3.4	10	92	7	54	72	0	0	27	0.85
158527--158560	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
159748--159796	21	2.2	23	85	7	66	59	0	8	32	1.27
160118--160168	21	2.4	21	93	3	84	33	11	0	54	1.37
160674--160918	21	11.7	21	74	15	172	22	19	22	35	1.96
160706--160918	42	5.1	41	91	1	320	23	20	21	35	1.96
160674--160911	63	3.8	63	77	14	283	21	19	22	36	1.95
161649--161703	21	2.6	21	94	0	92	30	27	21	20	1.98
161670--161812	41	3.3	41	69	17	126	32	18	23	24	1.97
161748--161812	21	3.2	20	80	10	69	35	18	23	23	1.96
161670--161841	90	1.9	90	98	0	335	31	18	25	25	1.98
161808--161854	21	2.2	21	100	0	94	19	19	34	27	1.96
161635--161854	111	2.0	113	84	7	297	30	19	25	25	1.98
163347--163405	20	2.9	20	82	9	75	22	18	20	38	1.93
165885--165930	20	2.2	22	92	7	78	54	13	17	15	1.71
166062--166108	20	2.4	19	79	10	58	55	10	14	19	1.68
166071--166113	20	2.3	20	88	11	65	53	11	13	20	1.71
168200--168229	14	2.1	14	93	0	51	20	10	60	10	1.57
170211--170256	18	2.6	18	89	3	67	30	2	10	56	1.46
170365--171516	199	5.8	199	96	1	2079	36	15	16	31	1.90
172975--173033	12	4.9	12	85	0	82	35	10	35	18	1.85
172972--173033	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172972--173033	6	10.3	6	75	0	52	37	9	35	17	1.83
172987--173063	3	26.0	3	74	2	66	35	6	35	23	1.81
172975--173051	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
172983--173059	12	6.2	12	78	10	75	35	7	35	22	1.83
174176--174214	20	2.0	20	89	0	60	28	12	7	51	1.67
174517--175189	183	3.7	182	96	1	1186	34	14	17	33	1.90
177649--177711	25	2.5	25	78	0	81	34	9	14	41	1.78
177766--177897	61	2.2	61	98	0	255	43	4	4	47	1.44
178117--178189	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
178613--178649	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
178605--178651	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
178906--178985	33	2.2	37	76	19	105	47	20	15	17	1.83
178920--178983	33	1.9	33	96	0	119	46	18	17	17	1.84
179401--179471	21	3.3	21	80	7	79	33	4	22	39	1.74
179396--179457	21	2.8	22	82	7	81	35	4	22	37	1.76
179396--179466	23	3.2	23	76	13	76	33	4	22	39	1.74
188966--189097	42	3.2	42	91	1	203	25	3	18	53	1.61
194011--194142	35	3.7	35	87	1	183	31	0	24	43	1.60
198359--198405	16	2.9	16	96	0	85	61	2	0	36	1.08
198363--198394	9	3.8	9	84	16	50	62	0	0	37	0.95
199843--199910	31	2.2	32	86	2	93	27	7	41	23	1.81
205057--205081	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215687--215776	45	2.0	45	89	2	137	25	17	28	27	1.98
221231--221279	23	2.1	23	100	0	98	22	22	24	30	1.99
221907--222154	101	2.5	101	84	2	338	29	28	18	23	1.98
224102--224126	11	2.3	11	100	0	50	60	0	0	40	0.97
228396--228926	264	2.0	265	97	1	994	35	18	14	31	1.90
230173--230211	20	2.0	20	89	0	60	51	2	0	46	1.14
232740--232774	18	1.9	18	94	0	61	48	0	2	48	1.16
234264--234370	34	3.1	34	86	0	142	37	1	4	56	1.31
234894--235005	21	5.3	20	88	7	152	19	25	35	18	1.95
234891--234999	42	2.6	42	97	0	200	22	25	33	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8