genome.fa.s8773.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008773.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111881_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1239499

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1248--1288	21	2.0	21	85	0	55	14	4	24	56	1.58
2344--2396	21	2.6	20	75	3	52	33	18	20	26	1.96
6686--6771	31	2.8	30	77	6	84	41	5	10	41	1.63
9431--9517	46	1.9	46	83	6	115	28	21	19	29	1.98
17710--17852	65	2.2	65	83	6	175	27	18	23	30	1.97
17820--17890	19	3.7	19	92	0	124	23	15	29	30	1.95
17918--17955	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
20629--20712	34	2.5	33	81	12	91	61	14	1	22	1.39
20625--20701	34	2.2	34	84	11	95	61	16	0	22	1.35
22235--22282	16	2.8	18	78	12	57	62	2	0	35	1.07
35313--35356	21	2.1	21	82	0	52	18	40	25	15	1.90
39117--39214	45	2.2	45	85	7	137	31	19	24	24	1.98
42086--42120	10	3.5	10	84	0	52	62	25	2	8	1.38
42314--42358	19	2.4	19	96	0	81	13	13	31	42	1.82
43199--43251	18	2.9	18	91	0	88	16	20	32	30	1.95
47341--47385	20	2.2	20	80	7	56	22	2	6	68	1.24
57240--59195	977	2.0	973	94	4	3473	29	21	20	28	1.98
62930--62966	13	2.8	13	95	0	65	35	21	24	18	1.96
64958--65016	29	2.0	29	96	0	109	32	11	20	35	1.89
66048--66096	22	2.2	22	78	7	55	28	0	20	51	1.48
72637--72681	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
73193--73281	32	2.8	32	81	13	112	48	22	16	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73298--73388	14	5.9	14	73	20	74	12	17	21	48	1.80
73293--73404	33	3.4	33	96	1	199	12	18	21	47	1.81
73389--73441	20	2.7	19	82	8	61	16	26	20	35	1.94
75282--75317	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
75439--75492	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
75516--75591	20	3.8	20	72	6	73	17	19	21	42	1.90
75504--75607	40	2.9	35	77	15	113	16	20	21	42	1.89
75807--75898	20	4.6	20	73	2	76	20	18	21	39	1.93
76129--76162	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
76712--76758	24	2.0	24	91	0	76	29	19	17	34	1.94
79228--79354	33	3.8	33	82	4	175	43	18	21	16	1.88
79232--79361	66	2.0	66	93	0	224	43	18	20	17	1.89
79354--79443	33	2.7	33	92	0	144	13	23	21	42	1.88
79383--79443	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
79369--79425	14	3.7	14	72	20	51	8	26	22	42	1.83
79553--79586	14	2.4	14	90	0	59	44	23	0	32	1.54
80933--81138	42	4.9	41	73	9	164	23	18	36	21	1.95
80963--81138	84	2.1	84	98	0	343	23	17	37	21	1.94
80933--81083	21	7.2	21	62	10	58	21	19	37	22	1.95
81357--81541	91	2.0	91	90	6	293	47	18	12	22	1.82
83201--83365	19	9.1	19	74	15	143	43	19	23	13	1.86
83226--83351	33	3.6	33	82	11	162	42	20	24	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83201--83366	71	2.3	73	87	3	255	43	19	23	13	1.87
83941--83993	20	2.7	20	82	5	63	30	18	24	26	1.98
84002--84055	20	2.7	20	100	0	108	27	16	24	31	1.96
83942--84076	61	2.2	61	78	5	139	25	18	22	33	1.97
88772--88808	18	2.0	19	94	5	67	8	37	0	54	1.30
90442--90656	82	2.6	81	80	2	207	33	15	20	31	1.93
90507--90778	83	3.3	81	77	4	240	33	11	18	36	1.87
91198--91242	22	2.0	22	86	0	63	51	6	13	28	1.66
93362--93559	43	4.6	43	83	0	234	14	38	16	30	1.88
93368--93559	86	2.2	86	96	0	348	14	38	16	31	1.88
94735--94967	5	47.0	5	97	1	443	39	20	0	39	1.53
103636--103757	40	3.0	40	96	0	226	22	16	27	33	1.95
103862--103986	47	2.8	45	83	8	155	37	8	24	30	1.84
109952--110021	26	2.8	25	80	6	70	25	5	4	64	1.34
109995--110039	19	2.5	19	79	13	51	22	0	4	73	1.01
111660--113247	4	397.5	4	97	0	2851	47	25	1	25	1.62
113426--113566	61	2.3	61	78	8	146	35	22	4	37	1.74
113759--113798	20	2.0	20	95	0	71	47	5	12	35	1.63
122362--122434	23	3.2	23	92	0	119	47	21	20	9	1.78
122362--122461	46	2.2	46	85	0	137	49	22	19	10	1.77
123006--123092	32	2.7	31	83	13	113	22	12	26	37	1.90
124591--124638	18	2.7	18	86	0	78	27	47	0	25	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124943--125014	17	4.4	17	68	8	51	27	1	5	65	1.23
127840--127886	25	2.0	24	87	8	69	31	2	10	55	1.46
127886--127935	24	2.1	23	82	14	57	36	0	2	62	1.07
129121--129185	33	2.0	33	84	6	87	53	3	6	36	1.41
129270--129322	10	5.7	9	80	14	63	64	0	3	32	1.12
129268--129322	14	3.9	14	72	18	51	65	0	3	30	1.10
130324--130373	21	2.6	18	84	9	64	54	4	0	42	1.19
130327--130372	18	2.6	18	86	6	58	52	4	0	43	1.21
130578--130633	3	19.0	3	79	17	64	0	32	0	67	0.91
130580--130632	15	3.6	15	94	2	90	0	32	0	67	0.91
130578--130670	18	5.4	16	75	18	80	1	32	0	66	0.99
130573--130670	24	4.4	23	73	25	70	2	31	0	66	1.03
130573--130645	15	4.9	15	88	6	87	1	31	0	67	1.00
130889--130965	39	2.0	39	94	0	136	19	19	40	20	1.92
130898--130984	39	2.2	39	83	2	111	19	20	36	22	1.95
134437--134508	22	3.4	22	77	11	96	18	18	25	38	1.92
134458--134523	19	3.3	19	74	12	69	18	18	21	42	1.89
134437--134523	41	2.1	41	97	0	165	18	18	22	40	1.91
134620--134648	6	4.8	6	100	0	58	34	48	17	0	1.47
138299--138353	20	2.8	20	94	0	92	25	21	36	16	1.94
141467--141593	31	4.1	31	80	9	141	29	18	21	29	1.97
141581--141652	30	2.4	30	90	0	108	25	20	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145680--145767	29	3.0	29	93	0	140	35	19	13	31	1.91
152544--152652	48	2.3	48	86	0	146	52	17	11	19	1.74
152549--152652	24	4.3	24	80	2	111	51	17	11	19	1.75
156812--156881	12	5.8	12	80	6	79	51	18	15	14	1.77
156812--156918	24	4.5	24	82	2	108	50	17	14	16	1.78
156810--156918	48	2.3	47	87	3	146	50	17	14	17	1.78
166603--166645	22	2.0	21	86	4	59	2	37	0	60	1.10
169491--169583	2	46.5	2	100	0	186	0	0	49	50	1.00
169919--169949	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
170441--170627	32	5.9	32	80	8	170	30	16	19	33	1.94
170441--170627	64	3.0	64	81	8	231	30	16	19	33	1.94
171445--171479	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
173405--173802	74	5.5	74	92	3	652	38	12	16	32	1.86
173405--173802	147	2.7	148	92	3	652	38	12	16	32	1.86
173405--173802	221	1.8	215	93	3	688	38	12	16	32	1.86
179166--179222	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
179998--180072	29	2.6	29	86	0	114	48	18	6	26	1.73
185722--185780	24	2.4	25	77	5	66	37	0	3	59	1.14
187777--187845	25	2.8	24	77	16	70	40	1	1	56	1.17
199302--199349	9	5.6	9	78	7	55	35	2	0	62	1.07
205354--205416	28	2.2	28	100	0	126	39	17	19	23	1.92
205366--205425	28	2.4	25	86	13	79	43	15	15	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205652--205695	20	2.2	20	91	0	70	22	25	18	34	1.96
206917--207091	85	2.1	85	95	0	314	42	14	12	30	1.82
206708--207470	233	3.3	233	91	0	1260	39	14	13	33	1.85
207154--207325	85	2.0	85	90	0	272	40	13	13	31	1.84
207235--207510	147	1.9	148	91	2	457	38	15	13	31	1.87
225754--225830	37	2.1	37	83	9	95	46	1	3	48	1.28
226383--226418	18	2.0	18	94	0	63	30	16	19	33	1.94
229431--229509	39	2.0	39	97	0	149	29	24	10	36	1.88
230275--230356	41	2.0	42	81	9	98	28	17	7	47	1.74
230152--230356	43	4.9	40	74	9	162	26	19	8	46	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6