genome.fa.s8773.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008773.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111881_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1239499

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 660 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760565--760635	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
760631--760727	19	5.7	18	73	20	84	10	24	22	42	1.85
760653--760741	14	5.7	14	76	21	88	8	25	23	41	1.83
760636--760749	33	3.5	33	92	2	203	9	24	21	44	1.82
762444--762728	91	3.1	93	96	2	540	22	12	18	46	1.83
762772--762900	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
762808--762900	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
762772--762900	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
762896--763029	19	7.6	19	73	18	119	11	19	23	45	1.82
762918--762974	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
762901--763029	33	3.8	33	87	5	168	10	18	24	46	1.81
764932--764967	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
765074--765175	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
765204--765496	19	16.4	19	83	14	392	14	20	18	47	1.83
765182--765496	52	5.9	52	87	9	330	14	20	18	46	1.83
765204--765468	128	2.1	122	84	12	194	14	21	16	47	1.83
767777--767801	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
767976--768022	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
768704--769072	20	18.5	20	86	5	451	20	18	26	34	1.96
769282--769325	17	2.5	18	81	7	54	52	2	2	43	1.26
769434--769461	10	2.8	10	100	0	56	28	0	0	71	0.86
771781--771816	17	2.1	18	89	5	56	19	5	0	75	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775163--775307	73	2.0	70	96	4	263	58	15	4	21	1.55
781218--781276	31	1.9	32	83	13	79	35	20	6	37	1.79
782236--782269	15	2.2	15	89	5	50	20	2	0	76	0.92
782252--782278	11	2.5	11	100	0	54	18	0	0	81	0.69
782233--782275	16	2.6	17	85	10	63	20	2	0	76	0.89
782706--782742	11	3.4	11	100	0	74	64	0	0	35	0.94
786699--786777	39	2.0	39	100	0	158	44	22	12	20	1.85
787911--788202	95	3.1	95	90	0	440	42	17	18	21	1.89
788813--788838	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
793894--793927	17	2.1	16	88	5	50	5	20	0	73	1.04
804106--804157	7	7.9	7	79	10	56	17	19	25	38	1.93
804105--804157	20	2.7	20	94	2	90	16	20	24	37	1.93
832846--832901	28	2.0	28	100	0	112	25	25	17	32	1.97
849146--849194	24	1.9	25	88	12	73	12	10	20	57	1.64
854851--854889	13	2.9	14	85	11	55	79	0	7	12	0.93
863079--863105	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
876333--876377	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
882835--883148	53	5.9	53	87	2	407	21	26	21	30	1.99
883657--883737	42	1.9	42	89	0	126	32	20	19	27	1.97
883554--883871	135	2.5	123	79	12	386	31	21	17	30	1.96
883788--883880	42	2.2	42	92	0	150	32	21	19	26	1.97
883603--883872	135	2.0	135	88	1	407	30	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884003--884097	44	2.2	41	80	9	102	28	22	22	27	1.99
895218--895276	31	1.9	31	96	0	109	27	18	20	33	1.96
895269--895355	31	2.8	31	91	0	129	35	20	21	21	1.96
896570--896601	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
911379--911501	31	4.0	31	94	0	210	29	20	17	32	1.96
911492--911552	31	2.0	31	93	0	104	34	26	19	19	1.96
916527--916594	2	34.5	2	85	8	95	48	2	0	48	1.16
919199--919323	62	2.0	63	92	4	211	36	13	17	32	1.89
922884--922910	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
924138--924184	18	2.6	18	86	6	60	65	0	6	27	1.16
925195--925240	21	2.2	21	84	0	56	58	0	0	41	0.98
927590--927657	32	2.1	32	94	0	118	39	36	5	17	1.74
928156--928190	15	2.2	16	95	5	63	54	0	14	31	1.40
932525--932577	20	2.7	19	82	8	54	41	0	3	54	1.18
933768--933838	32	2.2	32	87	2	99	52	11	9	26	1.68
934584--934728	65	2.2	64	89	6	222	28	17	22	31	1.97
934733--934770	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
937405--937491	23	3.8	23	70	14	63	24	19	26	29	1.98
943310--943361	19	2.7	19	96	0	95	21	13	30	34	1.92
943266--943426	84	1.9	82	86	5	225	26	15	22	34	1.94
944777--944844	20	3.3	21	77	8	68	33	27	10	27	1.89
944855--944908	20	2.8	20	82	2	65	22	27	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944856--944912	19	2.9	19	84	2	69	22	28	12	36	1.90
944902--945070	20	8.4	19	72	11	88	31	23	12	32	1.92
944913--945071	40	3.9	40	78	7	117	32	22	11	33	1.90
945003--945070	20	3.4	20	83	0	91	29	22	13	35	1.92
950130--950226	21	4.7	21	82	7	110	23	17	34	24	1.96
950542--950645	42	2.5	43	80	3	122	30	35	14	19	1.91
952374--952470	20	5.2	20	70	15	73	49	23	14	12	1.77
952981--953018	20	2.0	20	84	5	51	47	13	13	26	1.79
959067--959124	29	2.0	28	96	3	107	31	20	3	44	1.68
959518--959561	23	1.9	23	90	9	72	54	0	0	45	0.99
959939--959974	18	2.0	18	100	0	72	33	11	11	44	1.75
961365--961418	25	2.3	22	81	9	63	40	0	5	53	1.24
961516--961590	2	37.5	2	97	0	141	49	0	1	49	1.09
962061--962105	18	2.7	16	80	12	54	42	6	0	51	1.28
969369--969480	57	2.0	57	96	0	206	15	9	16	58	1.63
987358--987398	15	2.4	18	76	23	61	9	17	4	68	1.35
987363--987408	15	3.1	15	100	0	92	13	13	6	67	1.41
995424--995466	22	2.0	22	90	0	68	27	13	4	53	1.60
1004064--1004130	30	2.2	31	84	7	84	41	1	10	46	1.47
1006858--1006887	14	2.1	14	93	0	51	56	6	23	13	1.60
1006929--1006987	28	2.1	28	87	0	82	23	10	8	57	1.59
1007112--1007236	42	3.0	42	90	0	205	35	19	7	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1013678--1013724	23	2.1	22	81	14	53	27	23	23	25	2.00
1013714--1013754	21	2.0	21	85	0	55	31	24	17	26	1.97
1014471--1014615	55	2.6	55	89	2	220	30	23	17	28	1.97
1016925--1017011	44	2.0	44	88	0	129	29	25	19	25	1.98
1016931--1017000	21	3.2	21	72	21	63	30	27	20	22	1.98
1017733--1017877	55	2.6	55	86	0	200	31	24	18	25	1.97
1022082--1022163	27	2.9	27	85	10	103	37	31	6	24	1.80
1022082--1022194	58	1.9	58	89	3	174	35	32	8	23	1.86
1022057--1022270	89	2.3	90	82	6	236	37	31	8	22	1.85
1022057--1022268	31	7.0	31	79	6	177	37	31	8	22	1.84
1028604--1028656	21	2.5	21	84	0	70	20	22	18	37	1.94
1028646--1028718	20	3.7	20	94	0	128	38	20	19	21	1.94
1028705--1028811	20	5.3	20	93	0	169	29	26	19	24	1.98
1028685--1028819	60	2.2	61	79	12	161	32	24	18	24	1.97
1029900--1029935	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
1032119--1032200	20	4.1	20	90	0	128	37	23	20	18	1.94
1032207--1032302	33	2.9	34	88	3	140	13	23	19	42	1.87
1033855--1033931	21	3.7	22	76	11	56	23	16	37	22	1.94
1034419--1034524	20	5.2	20	89	2	140	33	22	19	24	1.97
1034430--1034524	41	2.3	40	90	1	154	30	22	20	27	1.98
1034569--1034711	20	7.5	21	79	10	89	18	18	20	41	1.91
1034537--1034711	93	1.9	93	91	2	289	17	19	20	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1036591--1036739	20	7.6	20	74	5	97	44	20	16	17	1.86
1036594--1036739	59	2.5	59	90	1	229	43	21	17	17	1.88
1036626--1036740	39	2.9	38	75	5	113	41	20	18	19	1.90
1037076--1037141	22	3.0	22	86	0	96	22	15	37	24	1.92
1037339--1037471	20	6.7	20	93	0	221	21	19	18	39	1.92
1037468--1037513	21	2.2	21	92	0	74	39	17	26	17	1.91
1037742--1037816	31	2.4	31	80	4	80	16	9	21	53	1.70
1043181--1043226	23	2.0	23	82	0	56	19	21	26	32	1.97
1043327--1043358	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1043329--1043392	10	6.0	11	77	14	55	42	0	12	45	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6