genome.fa.s8785.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008785.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111917_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1341157

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7590--7630	16	2.5	17	76	15	50	0	21	4	73	1.02
8065--8106	3	14.3	3	80	5	50	69	2	2	26	1.13
9992--10184	104	1.9	102	86	7	273	21	10	19	47	1.80
13629--13743	56	2.1	56	100	0	230	22	26	29	20	1.99
13828--13890	26	2.4	26	89	0	99	36	25	15	22	1.94
14022--14148	23	5.5	23	88	0	182	27	24	22	25	2.00
14050--14135	12	7.4	12	72	17	74	25	27	20	25	1.99
15292--15380	14	6.4	14	77	10	74	24	1	29	44	1.61
15314--15352	7	5.6	7	84	0	51	23	2	25	48	1.63
15289--15366	21	3.7	21	77	6	77	25	1	29	43	1.63
15347--15387	14	2.9	14	92	7	66	26	0	29	43	1.55
18381--18435	19	2.8	20	78	15	69	34	5	25	34	1.79
18392--18433	19	2.2	19	95	0	75	38	4	26	30	1.77
18750--18806	24	2.4	24	84	0	78	7	22	49	21	1.73
18765--18808	12	3.7	12	75	0	52	4	27	50	18	1.66
24057--24095	20	2.0	20	84	0	51	35	12	5	46	1.65
25830--25935	24	4.4	23	72	7	86	54	15	11	18	1.70
25830--25935	48	2.2	48	81	3	115	54	15	11	18	1.70
25830--25938	36	3.0	35	71	17	89	55	14	11	19	1.69
28389--28423	18	1.9	18	88	0	52	11	20	45	22	1.82
30467--30558	24	3.8	24	78	5	105	53	18	9	18	1.71
30467--30570	24	4.3	24	78	7	77	52	18	9	19	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33005--33057	23	2.4	22	79	17	56	58	0	1	39	1.09
33024--33058	15	2.4	15	95	4	63	60	0	0	40	0.97
33246--33560	128	2.4	133	79	8	326	29	15	25	29	1.96
33499--33602	40	2.6	39	77	10	104	30	15	27	25	1.96
34647--34734	32	2.8	32	85	0	113	30	23	17	28	1.97
35827--35884	22	2.7	21	79	10	64	5	10	3	81	0.97
35832--35876	11	4.2	11	91	2	65	4	8	2	84	0.84
35838--35884	11	4.5	11	94	2	62	4	8	4	82	0.91
35835--35884	10	4.6	11	83	14	59	4	10	4	82	0.94
38474--38500	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
50637--50697	3	20.3	3	83	6	79	40	0	0	59	0.98
51959--51983	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
55243--55281	20	2.0	20	94	0	69	17	5	12	64	1.46
58810--59605	398	2.0	398	95	0	1432	35	19	17	27	1.94
59730--59813	39	2.1	40	88	2	125	34	16	25	23	1.95
60763--60929	54	3.1	54	92	0	262	35	13	25	25	1.93
61285--61343	22	2.7	22	86	5	75	37	11	10	40	1.76
62441--62498	19	2.8	21	72	20	59	36	25	20	17	1.94
62020--62720	116	6.1	116	92	1	1133	30	20	20	27	1.98
62020--62720	231	3.0	230	93	1	1154	30	20	20	27	1.98
62861--62927	12	5.8	12	76	18	70	41	0	0	58	0.98
62872--62930	3	19.3	3	82	3	73	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64123--64149	11	2.5	11	100	0	54	25	7	7	59	1.51
66797--66829	17	1.9	17	100	0	66	27	6	30	36	1.81
66801--66838	17	2.2	17	86	9	51	34	7	26	31	1.85
72083--72125	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
72153--72190	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
72669--72989	103	3.1	103	100	0	642	25	13	24	36	1.92
73006--73068	23	2.7	23	82	4	83	20	25	26	26	1.99
79102--79144	21	2.0	21	86	0	59	32	25	23	18	1.97
79172--79208	19	1.9	19	94	0	65	24	32	29	13	1.93
79690--80010	103	3.1	103	98	0	624	26	13	23	36	1.92
80027--80089	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
80854--80954	33	2.9	33	79	11	96	37	22	16	22	1.94
80897--80971	33	2.3	33	90	0	114	36	21	14	28	1.93
97804--97946	35	4.2	36	64	22	92	31	0	5	62	1.23
97785--97956	53	3.3	53	73	15	196	31	1	5	61	1.27
97824--97979	48	3.1	48	72	13	170	31	1	5	62	1.25
97785--97984	102	2.0	102	100	0	400	31	1	5	62	1.24
99215--99254	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
100999--101209	38	5.6	37	80	7	153	42	5	7	45	1.54
100928--101209	75	3.8	75	78	13	210	44	3	6	45	1.47
100928--101234	38	8.3	36	71	15	136	44	3	6	45	1.47
101052--101076	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100962--101353	75	5.5	74	75	14	299	43	4	7	44	1.52
101326--101389	29	2.2	29	83	5	76	37	1	10	50	1.47
101400--101466	4	18.0	4	74	11	54	19	4	2	73	1.14
102723--102778	27	2.1	27	86	0	76	14	7	1	76	1.07
104596--104640	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
108015--109046	84	12.4	83	79	6	1054	29	25	21	23	1.99
108015--109079	248	4.3	248	79	6	1120	29	25	20	23	1.99
108015--109119	165	6.7	165	86	3	1488	29	25	20	23	1.99
109841--109865	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
109742--110142	37	11.2	36	78	13	304	43	4	7	44	1.52
109773--110142	75	5.2	74	75	14	300	42	4	7	44	1.54
110115--110178	29	2.2	29	83	5	76	37	1	10	50	1.47
110189--110263	4	20.0	4	77	10	70	20	4	2	73	1.12
111522--111575	26	2.1	26	86	6	74	14	7	1	75	1.09
116218--116263	21	2.2	20	88	3	65	52	0	34	13	1.40
118831--118880	26	2.0	25	84	11	66	40	4	0	56	1.18
125105--125161	28	2.0	28	100	0	114	31	7	14	47	1.70
127911--128060	65	2.3	65	86	3	187	31	19	21	28	1.97
130748--130842	44	2.2	43	85	9	122	24	22	24	29	1.99
130742--130815	23	3.3	22	69	14	62	24	20	25	29	1.99
134227--134373	65	2.3	63	81	4	170	29	23	19	27	1.98
134441--134492	21	2.5	21	96	0	95	30	32	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140220--140266	23	2.0	23	83	0	58	27	29	21	21	1.98
145449--145597	65	2.3	65	79	8	162	30	24	17	27	1.97
147211--147241	12	2.6	12	100	0	62	22	35	12	29	1.91
149015--149165	65	2.3	66	85	5	193	33	19	19	27	1.96
149865--149915	22	2.3	22	83	6	59	50	27	0	21	1.48
155530--155569	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
155679--155718	21	1.9	21	89	0	62	32	10	2	55	1.47
155681--155725	21	2.2	21	84	4	56	35	6	2	55	1.38
162339--162415	30	2.5	30	93	2	127	38	5	22	33	1.76
163253--163314	20	3.0	20	92	2	97	25	22	29	22	1.99
163594--163638	19	2.4	19	96	0	81	31	22	24	22	1.99
163623--163778	65	2.4	64	86	5	199	30	18	21	28	1.97
166121--166177	21	2.7	21	86	0	78	33	10	14	42	1.79
166230--166415	101	1.8	102	84	3	259	36	11	14	37	1.82
166420--166464	19	2.4	19	100	0	90	37	15	4	42	1.67
166465--166798	99	3.3	99	84	2	420	34	14	10	40	1.80
169128--169214	37	2.3	38	86	4	113	17	28	25	28	1.97
175359--175454	44	2.2	43	88	1	138	28	22	21	27	1.99
175382--175457	23	3.4	22	74	7	82	26	25	22	26	2.00
178153--178285	65	2.1	65	85	4	180	28	22	18	30	1.97
178153--178306	65	2.4	64	83	7	179	28	22	18	30	1.97
182524--182572	21	2.2	22	79	17	57	42	8	18	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188371--188434	28	2.3	28	91	5	103	14	7	35	42	1.74
189102--189137	18	2.0	18	88	0	54	25	30	8	36	1.85
189628--189684	27	2.1	28	96	3	107	36	7	19	36	1.79
191896--191977	23	3.6	23	83	0	110	28	15	21	34	1.95
193692--193771	41	1.9	42	92	2	135	31	15	17	36	1.91
194473--194544	34	2.2	33	79	13	78	55	1	9	33	1.41
194596--194628	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
196387--196417	12	2.6	12	94	0	53	32	12	22	32	1.92
196294--196511	118	1.8	118	94	1	384	21	17	26	33	1.96
196422--197114	98	7.0	98	93	2	1090	22	18	24	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6