genome.fa.s8797.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008797.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111942_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1112200

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648823--648867	23	2.0	23	83	8	58	44	2	0	53	1.13
648856--648956	31	3.3	31	78	8	107	53	2	4	38	1.38
662284--662347	27	2.3	27	86	2	92	46	28	9	15	1.77
663882--663907	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
665579--665617	21	1.9	20	84	5	51	46	2	7	43	1.46
676473--676549	24	3.3	24	66	10	70	23	3	6	66	1.32
685549--685573	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
686073--686112	20	2.0	20	95	0	71	35	17	20	27	1.95
686288--686324	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
686280--686332	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
686634--686720	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
686946--687002	20	2.8	20	89	0	87	21	17	21	40	1.92
687061--687200	66	2.2	60	87	7	190	50	17	0	30	1.51
688573--688645	21	3.5	20	74	7	74	23	21	31	23	1.98
688553--688645	42	2.2	42	86	0	123	21	22	34	21	1.97
688569--688671	42	2.4	41	79	9	109	25	17	33	24	1.96
688815--688856	12	3.5	12	83	0	57	66	2	2	28	1.16
690816--690869	20	2.7	19	80	8	63	46	20	16	16	1.84
691114--691168	22	2.6	22	88	5	78	25	12	41	20	1.87
691299--691443	20	7.2	20	75	6	123	21	15	22	40	1.91
691414--691459	21	2.2	20	88	3	65	32	17	23	26	1.97
698228--698263	16	2.2	16	95	0	63	44	5	22	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710334--710403	18	3.6	17	70	27	50	37	21	15	25	1.93
710323--710417	42	2.2	42	94	1	163	36	23	13	26	1.92
728098--728148	10	4.8	10	79	13	57	86	0	7	5	0.71
729223--729434	89	2.4	90	86	3	286	26	29	18	25	1.98
729635--729692	3	20.0	3	76	13	59	27	3	1	67	1.17
732653--732698	18	2.6	18	80	13	58	43	2	19	34	1.63
732900--732978	41	1.9	41	89	0	122	16	7	26	49	1.72
734072--734139	30	2.3	30	100	0	136	41	20	23	14	1.89
735831--735914	38	2.2	38	97	0	159	58	0	0	41	0.98
739484--739536	25	2.0	26	82	7	63	52	3	3	39	1.37
742771--742829	31	1.9	31	86	6	84	42	1	0	55	1.09
742877--742921	18	2.6	18	80	16	58	48	0	2	48	1.13
743047--743099	21	2.6	21	90	3	81	20	20	35	22	1.96
745195--745231	17	2.2	17	100	0	74	32	24	0	43	1.55
762851--762884	9	3.9	9	84	7	52	35	0	2	61	1.11
762844--762888	17	2.8	16	90	6	72	33	0	2	64	1.06
765091--765163	13	5.8	13	73	12	62	17	2	9	69	1.27
773872--774124	94	2.7	93	81	3	296	21	22	25	30	1.99
778586--778663	3	26.0	3	76	14	72	38	0	1	60	1.05
780099--780513	135	3.0	135	90	3	647	37	7	8	46	1.62
780834--780859	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
784289--784336	25	2.0	24	88	8	71	35	2	4	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784708--784788	21	3.8	21	76	13	67	14	23	37	24	1.93
792924--792967	21	2.0	22	82	4	54	13	20	9	56	1.64
795229--795254	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
795562--795596	12	3.0	12	95	4	63	85	8	0	5	0.73
795562--795606	20	2.2	20	88	0	63	84	11	0	4	0.76
797726--797932	114	1.8	114	91	0	342	31	16	21	29	1.96
798122--798184	31	2.0	31	93	0	108	33	19	15	31	1.93
798854--799034	75	2.4	76	77	8	172	34	13	20	30	1.92
800182--800258	22	3.5	22	90	0	127	33	12	12	40	1.82
800932--801416	76	6.4	76	95	0	837	23	19	21	35	1.96
801570--801647	3	26.0	3	75	14	63	39	1	0	58	1.06
803088--803495	131	3.0	134	92	5	657	37	7	9	46	1.63
803808--803833	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
810031--810108	4	18.8	4	72	17	61	70	2	3	23	1.16
811841--811918	14	5.4	14	77	17	88	61	2	2	33	1.23
811843--811926	29	2.9	29	100	0	168	61	3	3	30	1.30
812423--813092	98	6.9	98	96	1	1215	22	19	23	34	1.96
812833--813090	43	5.4	43	64	20	129	21	19	24	34	1.96
812315--813092	293	2.6	290	93	2	1297	22	19	24	34	1.96
812423--813092	195	3.4	196	96	1	1224	22	19	23	34	1.96
824289--824370	4	19.8	4	74	9	67	69	2	4	23	1.20
826103--826180	14	5.4	14	77	17	88	61	2	2	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826105--826188	29	2.9	29	100	0	168	61	3	3	30	1.30
826775--826841	12	5.5	12	84	10	91	64	5	0	29	1.17
826775--826841	24	2.7	25	93	2	118	64	5	0	29	1.17
830367--830401	17	2.1	17	100	0	70	34	22	28	14	1.93
831847--831898	9	6.1	9	76	13	56	32	1	1	63	1.16
831841--831896	16	3.4	16	87	4	76	33	1	1	62	1.16
838745--838830	32	2.7	32	87	1	120	17	13	9	59	1.60
841589--841618	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
845122--845207	37	2.3	38	77	18	99	44	1	3	51	1.26
849841--849870	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
857201--857296	20	4.9	19	83	6	120	19	32	29	18	1.96
857197--857295	40	2.5	40	88	3	139	20	32	28	19	1.97
860015--860098	21	4.0	21	92	1	125	15	39	29	15	1.88
860015--860098	41	2.0	42	90	2	134	15	39	29	15	1.88
860446--860515	34	2.1	32	84	5	86	32	11	31	24	1.91
861810--861934	31	3.9	32	74	13	123	36	20	22	20	1.96
863678--863721	18	2.4	19	85	11	65	34	29	22	13	1.93
864959--865166	76	2.8	75	85	2	256	24	31	23	21	1.98
870944--870994	23	2.3	23	80	6	61	21	41	21	15	1.90
872926--872976	9	6.2	8	76	19	52	13	0	27	58	1.36
872928--872971	17	2.6	17	85	7	63	13	0	29	56	1.38
873575--873754	72	2.5	71	86	4	234	25	28	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873575--873773	73	2.7	72	83	6	242	24	29	24	21	1.99
874660--875568	455	2.0	452	99	0	1782	32	12	15	39	1.85
880696--880748	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
880738--880828	20	4.6	20	94	0	155	37	24	20	17	1.94
881016--881051	18	2.0	18	89	10	56	33	33	16	16	1.92
881398--881446	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
883415--883498	20	4.5	20	71	17	81	39	20	19	21	1.93
883415--883519	54	1.9	54	90	0	165	40	20	20	19	1.91
883513--883678	87	1.9	87	86	0	233	21	18	21	38	1.93
883569--883738	40	4.7	34	79	8	108	18	18	21	41	1.90
883632--883758	20	6.3	20	95	0	218	20	18	21	39	1.93
884242--884346	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
884239--884346	42	2.6	43	75	11	116	20	37	19	23	1.95
885851--885934	33	2.5	33	84	5	98	46	16	20	16	1.84
885934--886004	20	3.5	21	81	7	85	18	23	23	33	1.96
888436--888489	24	2.2	24	90	6	83	40	20	16	22	1.91
889349--889409	20	3.0	20	88	4	88	19	21	22	36	1.95
889410--889454	21	2.1	21	87	0	63	37	17	26	17	1.93
895520--895546	14	1.9	14	100	0	54	18	7	0	74	1.05
895534--895666	11	11.5	11	67	15	65	19	8	2	69	1.24
895571--895623	17	2.9	19	86	8	74	18	13	0	67	1.22
895530--895641	36	3.2	36	68	13	88	19	8	1	69	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895581--895658	17	4.5	18	72	19	51	21	7	0	70	1.12
895595--895679	11	7.7	11	73	21	63	18	8	1	71	1.17
895616--895666	18	3.0	17	75	16	52	19	3	1	74	1.07
895616--895684	22	3.1	22	80	12	70	15	7	2	73	1.17
895716--895747	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
896879--896916	16	2.5	15	87	8	58	10	10	2	76	1.12
899765--899962	99	2.0	99	89	0	306	33	16	18	31	1.93
900870--901036	64	2.6	65	86	5	234	35	20	14	29	1.92
901056--901380	120	2.9	111	82	8	368	34	25	15	24	1.94
901287--901752	66	7.4	66	70	16	283	34	23	16	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5