genome.fa.s8797.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008797.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111942_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1112200

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100--191	32	2.8	33	81	5	105	43	22	19	14	1.87
79--237	20	8.7	20	76	18	143	41	20	20	17	1.90
295--422	20	6.3	20	88	1	166	21	20	21	37	1.94
917--992	21	3.6	21	75	7	64	25	31	21	22	1.98
2513--2588	33	2.3	34	88	2	118	46	17	22	14	1.84
2603--2674	33	2.1	34	92	2	119	13	23	18	44	1.85
2603--2687	33	2.5	33	88	1	98	15	22	17	44	1.86
2676--2727	20	2.7	20	85	5	72	19	25	23	32	1.97
5163--5215	23	2.2	24	93	3	90	41	20	16	20	1.90
6037--6143	20	5.4	20	83	8	121	25	19	22	32	1.97
6090--6239	40	3.7	40	83	4	151	23	20	18	38	1.93
6110--6243	20	6.7	20	84	1	178	23	20	17	38	1.93
6240--6326	21	4.2	21	91	2	140	41	17	25	16	1.89
6240--6326	41	2.1	42	91	2	140	41	17	25	16	1.89
6240--6339	41	2.4	41	86	5	121	40	18	25	17	1.91
6706--6755	14	3.6	14	73	13	50	60	2	0	38	1.09
9362--9463	43	2.3	44	89	3	170	31	11	15	41	1.83
14474--14527	20	2.7	20	97	0	99	31	24	18	25	1.97
15087--15167	19	4.5	19	73	16	73	46	24	17	11	1.80
15163--15347	19	10.1	19	77	14	174	11	21	21	44	1.84
15163--15347	33	5.1	38	80	12	174	11	21	21	44	1.84
15290--15347	20	2.9	20	75	10	55	13	24	17	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18817--18852	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
18959--19026	20	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
19031--19148	19	6.7	19	68	19	85	12	23	21	42	1.87
19035--19128	33	2.8	33	96	0	170	11	24	20	43	1.85
19054--19110	14	3.7	14	72	20	51	10	26	21	42	1.85
21616--21669	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
24260--24350	32	2.8	33	93	3	157	48	21	17	12	1.80
24276--24333	14	3.9	14	77	16	62	50	24	15	10	1.75
24202--24355	19	8.6	19	73	17	105	43	23	19	13	1.86
24367--24424	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
24362--24440	32	2.4	33	93	2	133	10	17	24	48	1.78
24362--24410	14	3.1	16	72	21	57	8	18	24	48	1.75
24383--24440	14	3.4	18	71	24	54	12	17	22	48	1.80
24427--24471	20	2.2	20	88	0	63	17	22	20	40	1.92
24961--25000	18	2.2	18	90	0	62	15	12	45	27	1.82
26332--26379	19	2.5	20	75	3	53	47	25	12	14	1.79
26612--26655	22	2.0	22	86	8	63	20	13	45	20	1.85
26881--26981	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
26823--26937	20	5.7	20	76	5	79	23	16	23	36	1.94
26926--27018	41	2.3	41	100	0	150	17	24	18	39	1.91
26926--27018	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
31892--31941	21	2.4	21	93	0	82	26	8	24	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34630--34673	23	1.9	23	85	0	61	29	25	27	18	1.98
35297--35353	21	2.7	21	94	0	96	26	29	21	22	1.99
42820--42879	29	2.1	29	93	0	102	26	28	26	18	1.98
42929--43078	64	2.4	63	86	7	209	27	25	34	13	1.93
42964--43077	32	3.6	32	98	0	219	26	27	35	10	1.89
43064--43158	29	3.3	29	95	0	163	13	30	32	23	1.93
43412--43443	16	1.9	17	93	6	57	65	0	34	0	0.93
43468--43506	16	2.3	18	86	8	55	38	0	5	56	1.22
43611--43702	46	2.0	48	85	12	129	41	0	10	47	1.38
43743--43819	34	2.3	33	82	10	95	41	0	11	46	1.40
43865--43911	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
43886--43916	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
46064--46169	33	3.0	36	80	13	98	46	7	2	43	1.46
46081--46136	8	7.5	8	70	22	50	46	7	1	44	1.41
46108--47460	11	112.9	11	65	26	208	47	9	2	41	1.48
46141--46583	135	3.4	135	86	8	603	47	9	1	41	1.45
46395--46437	20	2.2	19	83	4	50	41	4	2	51	1.35
46411--46502	26	3.5	26	89	5	141	40	8	3	47	1.50
46512--46552	16	2.7	16	81	11	50	46	9	2	41	1.50
46549--47319	33	23.8	33	69	21	290	47	9	2	40	1.50
46565--46629	19	3.7	19	74	19	77	46	10	1	41	1.48
46413--47441	226	4.6	221	96	1	1701	46	9	2	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46095--47396	14	93.2	13	70	23	257	47	9	2	41	1.48
46528--47441	226	4.0	226	98	0	1765	47	9	2	40	1.49
46791--46855	19	3.7	19	70	19	68	46	10	3	40	1.54
47017--47081	19	3.7	19	74	19	77	46	10	1	41	1.48
47243--47307	19	3.7	19	70	19	68	46	10	3	40	1.54
47260--47376	49	2.5	46	83	5	135	49	6	2	41	1.43
50501--50554	28	1.9	28	92	0	90	55	12	0	31	1.38
50497--50561	28	2.3	28	82	10	87	53	10	0	35	1.36
50531--50579	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
51212--51311	30	3.6	30	75	18	124	11	16	49	24	1.77
51236--51297	23	2.8	22	79	11	74	11	17	46	24	1.81
51232--51307	10	7.3	10	73	24	59	10	17	48	23	1.78
51318--51404	29	3.0	29	94	0	147	16	32	36	14	1.89
52132--52278	60	2.5	60	83	4	190	31	14	19	34	1.92
53655--53689	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
54295--54355	13	4.7	13	87	0	95	29	19	18	32	1.95
54334--54498	85	1.9	85	92	0	276	30	21	17	30	1.96
56157--56202	2	23.5	2	93	4	76	52	2	0	45	1.13
62426--62710	83	3.5	80	80	5	302	31	17	18	32	1.94
62657--62745	41	2.2	41	81	4	99	35	20	16	26	1.94
65466--65678	43	5.0	42	81	4	248	26	24	17	31	1.97
65473--65686	85	2.5	85	88	2	295	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78413--78486	22	3.4	22	94	0	121	31	31	22	14	1.94
79344--79378	17	2.0	18	88	5	54	48	11	0	40	1.39
82180--82245	23	2.9	23	83	0	78	19	25	22	31	1.98
85423--86054	317	2.0	317	93	0	1077	29	12	24	33	1.92
88599--88749	65	2.3	66	81	3	171	37	21	19	20	1.94
90293--90340	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
92305--92385	23	3.6	22	71	8	74	25	22	23	28	1.99
96207--96246	21	1.9	21	90	10	64	37	10	0	52	1.35
98113--98154	21	2.0	21	100	0	84	14	33	23	28	1.94
98165--98368	65	3.2	63	78	12	218	28	16	22	32	1.96
99988--100021	15	2.2	15	89	5	50	2	11	2	82	0.89
101813--101852	5	7.6	5	86	8	53	77	2	0	20	0.88
101813--101856	16	2.8	16	86	6	63	77	2	0	20	0.88
109281--109320	19	2.1	19	90	0	62	55	0	0	45	0.99
109288--109329	19	2.3	18	80	12	50	47	2	0	50	1.14
114398--114526	38	3.6	35	74	11	109	37	24	13	24	1.92
114402--114520	37	3.3	37	75	12	131	37	22	15	24	1.92
119181--119317	33	4.0	34	85	6	170	36	23	15	24	1.93
119155--119317	33	4.6	34	83	9	161	38	23	14	23	1.91
121633--121676	20	2.3	19	85	11	63	29	20	6	43	1.78
121638--121675	20	1.9	20	94	0	67	28	21	7	42	1.81
123246--123303	27	2.1	27	81	6	64	53	5	1	39	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123253--123304	27	2.0	26	88	3	77	51	5	0	42	1.25
124073--124766	78	8.9	78	71	8	425	29	26	16	27	1.97
124194--124729	156	3.4	155	83	2	635	29	26	16	28	1.97
124080--124605	234	2.2	233	77	8	516	29	25	16	27	1.97
124279--125034	78	9.7	78	72	6	331	29	25	16	29	1.96
125992--126035	22	2.0	22	82	8	54	40	0	2	56	1.11
127032--127094	23	2.7	23	85	0	81	34	11	22	31	1.89
127171--127213	16	2.7	16	100	0	86	32	18	11	37	1.87
127374--128743	78	17.6	78	76	4	935	32	22	16	28	1.96
127887--128797	389	2.3	390	81	5	1018	31	24	16	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5