genome.fa.s8840.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008840.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112044_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1122218

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  5  of  6  ( 681 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825892--826119	118	1.9	121	80	6	266	39	7	9	43	1.66
827424--827501	24	3.4	23	79	8	79	2	25	3	67	1.20
829338--829372	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
831944--832241	115	2.5	118	83	8	383	40	5	6	47	1.51
832232--832265	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
832114--832383	142	1.9	143	86	7	388	41	4	4	49	1.44
833242--833442	65	3.1	64	80	10	230	27	19	22	30	1.98
833354--833391	19	2.0	19	89	0	58	31	21	23	23	1.98
835995--836079	44	1.9	45	88	7	129	24	21	23	30	1.99
835997--836091	44	2.2	44	83	11	115	25	20	24	30	1.98
839906--839972	15	4.0	17	80	9	66	29	16	29	23	1.96
840820--840859	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
842795--843002	65	3.2	65	82	9	248	27	18	23	31	1.97
843770--843846	31	2.5	31	85	2	102	40	9	5	45	1.58
850118--850163	2	23.0	2	90	0	74	47	2	0	50	1.13
851297--851327	16	1.9	16	93	0	53	19	6	0	74	1.03
855559--855740	95	1.9	95	87	2	267	33	18	18	30	1.94
857028--857209	36	5.1	36	64	15	124	26	18	14	40	1.89
857020--857231	72	2.9	72	95	0	379	27	17	14	40	1.89
857125--857237	36	3.1	36	63	13	88	30	17	12	39	1.87
857337--857411	39	1.9	39	88	0	114	26	21	14	37	1.92
857234--857745	104	5.0	103	94	0	834	31	19	12	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857441--857519	39	2.0	39	85	0	104	32	17	10	39	1.83
857531--857616	36	2.4	36	90	0	127	24	20	13	40	1.89
857632--857717	36	2.4	36	86	3	111	26	19	13	39	1.90
857558--857811	101	2.6	96	84	8	239	31	19	12	35	1.90
857809--857920	35	3.2	34	87	8	161	44	16	10	27	1.81
857811--857952	40	3.8	37	83	11	150	42	17	11	28	1.84
858252--858298	17	2.8	17	81	15	62	46	4	0	48	1.21
859423--859453	16	1.9	16	93	0	53	19	6	0	74	1.03
859614--859709	40	2.4	41	81	6	99	14	6	6	72	1.24
859684--859757	14	5.3	13	73	19	51	14	12	1	71	1.21
863108--863184	31	2.5	31	78	2	82	27	29	27	15	1.96
865232--865992	378	2.0	378	97	0	1432	34	20	9	35	1.85
866395--866425	7	4.4	7	91	0	53	29	29	29	12	1.94
866417--866464	13	3.3	13	75	25	51	16	22	43	16	1.87
866423--866486	18	3.6	18	93	0	101	12	20	48	18	1.80
874025--874052	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
878005--878066	31	2.0	32	83	3	81	54	12	6	25	1.62
880909--880948	19	2.0	21	85	9	57	17	12	0	70	1.18
880942--881292	151	2.3	154	78	8	383	27	17	4	50	1.66
881674--881729	29	1.9	29	85	7	78	42	21	8	26	1.82
885198--885244	25	1.9	24	86	4	67	23	27	19	29	1.98
898065--898225	77	2.1	77	91	3	263	42	6	16	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898829--898917	41	2.1	42	87	2	126	23	8	13	53	1.67
899082--899147	33	2.0	33	85	5	89	48	1	0	50	1.10
899079--899191	38	3.2	34	75	18	108	51	1	0	46	1.11
899095--899191	11	7.9	12	70	18	67	49	2	0	48	1.12
899148--899191	23	2.0	22	90	4	70	52	2	0	45	1.13
899494--899536	14	3.1	14	86	3	61	46	13	4	34	1.65
899537--899589	14	3.7	14	77	5	52	33	11	3	50	1.56
906913--906962	25	2.0	25	100	0	100	24	32	12	32	1.91
914055--914160	45	2.3	46	90	4	162	32	16	20	30	1.95
916889--916966	23	3.5	22	73	8	77	26	24	24	24	2.00
931407--931437	14	2.2	14	100	0	62	29	29	19	22	1.98
931422--931564	65	2.2	63	85	9	191	30	23	18	27	1.97
940581--940647	34	1.9	34	85	8	91	47	13	11	26	1.77
944773--945061	57	5.0	57	93	2	463	38	5	18	37	1.73
945140--945210	23	3.1	23	77	4	72	21	15	28	35	1.94
957828--958154	163	2.0	162	95	0	582	25	11	20	43	1.85
961237--961669	83	5.2	83	87	2	600	28	19	18	33	1.96
961682--961853	83	2.1	83	85	0	227	29	19	20	31	1.97
970106--970293	92	2.0	93	96	3	353	30	16	7	45	1.75
970298--970455	76	2.1	76	100	0	316	22	8	12	55	1.64
972390--972450	31	2.0	30	93	3	104	36	18	22	22	1.95
972977--973016	21	1.9	21	85	10	55	42	0	5	52	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
984722--984774	13	4.3	13	71	22	51	37	1	7	52	1.41
985681--985720	21	1.9	21	94	0	71	27	27	20	25	1.99
986158--986213	27	2.1	27	100	0	112	21	23	14	41	1.89
986207--986564	59	6.1	58	71	11	266	30	22	11	35	1.90
986273--986555	117	2.4	117	86	2	372	30	22	10	36	1.88
986296--986563	58	4.6	58	73	10	215	30	22	11	35	1.89
987025--987093	19	3.6	19	100	0	138	26	26	17	30	1.97
992811--992850	21	1.9	21	94	0	71	27	27	20	25	1.99
993398--993657	58	4.4	58	71	14	164	30	21	10	37	1.88
993396--993657	117	2.2	117	87	1	373	30	21	11	37	1.88
993433--993649	58	3.7	57	72	10	179	29	22	10	36	1.88
995622--995660	21	1.9	20	84	5	51	69	15	7	7	1.35
998462--998548	23	3.8	23	80	6	95	34	22	24	18	1.96
1002950--1003015	16	3.7	18	75	18	66	51	12	4	31	1.59
1003305--1003381	23	3.3	23	85	0	109	35	25	23	15	1.94
1005235--1005321	8	12.4	7	78	19	60	55	1	1	42	1.15
1005235--1005321	14	6.1	15	74	16	78	55	1	1	42	1.15
1005284--1005321	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1005457--1005523	3	23.3	3	83	11	79	68	0	4	26	1.08
1005488--1005600	30	3.9	29	71	12	90	62	1	2	32	1.19
1005533--1005601	28	2.4	28	80	7	77	63	0	4	31	1.14
1005533--1005601	13	4.8	13	73	19	50	63	0	4	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1005587--1005668	31	2.6	30	74	24	80	65	3	3	26	1.26
1005664--1005688	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1009857--1009905	20	2.5	20	82	0	53	20	16	24	38	1.92
1011910--1011956	20	2.3	20	85	0	58	36	25	17	21	1.94
1011928--1012052	54	2.3	54	86	5	189	36	22	20	20	1.95
1011963--1012011	20	2.5	20	86	0	62	38	26	20	14	1.91
1012054--1012090	19	1.9	19	100	0	74	5	16	29	48	1.68
1012074--1012154	33	2.4	34	89	2	119	17	20	22	39	1.92
1012126--1012175	20	2.5	20	100	0	100	28	20	22	30	1.98
1012711--1012822	42	2.7	42	80	0	116	22	35	18	23	1.96
1012703--1012807	21	5.1	20	75	3	84	20	35	19	25	1.95
1014183--1014248	30	2.2	30	94	0	114	28	3	13	54	1.54
1014398--1014615	20	11.9	20	73	16	168	22	21	21	34	1.97
1014415--1014512	34	2.9	34	89	1	144	20	22	23	33	1.97
1014451--1014587	54	2.5	54	90	0	220	23	21	21	33	1.97
1014790--1014824	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
1017067--1017120	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
1017941--1018088	20	7.3	20	77	11	140	25	20	24	30	1.99
1017941--1018088	61	2.4	61	89	0	224	25	20	24	30	1.99
1018019--1018109	41	2.2	41	90	0	137	23	21	24	30	1.99
1017974--1018109	20	6.6	21	70	17	97	23	21	23	31	1.98
1018098--1018150	20	2.7	20	96	0	97	20	20	18	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1025530--1025563	10	3.4	10	83	0	50	85	5	5	2	0.83
1027402--1027503	29	3.5	29	72	7	73	39	9	8	42	1.69
1028261--1028337	31	2.4	33	82	8	88	33	2	3	59	1.29
1030655--1030680	10	2.6	10	100	0	52	11	0	34	53	1.37
1031692--1031763	3	24.0	3	97	0	135	65	0	1	33	1.02
1032548--1032622	38	2.0	37	82	10	91	49	2	1	46	1.24
1036848--1037112	132	2.0	132	100	0	530	24	24	9	41	1.83
1039543--1039601	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
1039624--1039669	22	2.1	22	95	0	83	52	13	0	34	1.40
1039630--1039677	22	2.1	22	88	3	69	56	14	0	29	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6