genome.fa.s8880.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008880.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112124_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  568240

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
391--437	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
2910--3215	19	17.4	19	79	16	356	47	18	19	14	1.82
2910--3237	33	9.5	34	76	16	198	46	18	20	14	1.83
2910--3163	52	4.8	52	87	6	255	47	18	19	14	1.83
2976--3215	71	3.4	71	83	11	355	47	17	20	15	1.83
2976--3237	52	4.9	53	82	14	287	46	17	20	15	1.83
2910--3247	142	2.4	142	89	6	505	47	18	19	14	1.83
3244--3344	19	5.6	19	84	13	142	14	23	17	43	1.87
3451--3486	13	2.6	14	82	8	56	44	22	0	33	1.53
5440--5496	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
5421--5512	33	2.8	33	94	0	166	46	21	20	10	1.81
5384--5512	19	7.3	19	76	17	125	46	24	18	10	1.81
5513--5605	33	2.8	33	90	3	152	8	19	25	46	1.78
5508--5642	19	7.6	19	72	20	105	9	18	26	45	1.80
5686--6157	93	5.1	93	97	1	912	45	19	12	22	1.83
5686--6157	184	2.5	186	98	0	912	45	19	12	22	1.83
7857--7946	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
7849--7963	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
7856--7968	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
7980--8034	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
8155--8225	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
8404--8458	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8604--8795	20	9.6	20	81	7	212	18	19	26	35	1.95
8608--8753	78	1.9	79	88	4	224	21	19	26	32	1.97
8604--8795	60	3.2	60	82	3	244	18	19	26	35	1.95
8788--8864	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
8850--8901	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
11099--11132	15	2.3	15	90	5	52	52	0	0	47	1.00
21983--22046	21	3.1	21	75	4	76	17	18	26	37	1.93
22782--22871	22	4.2	22	76	11	98	37	24	18	18	1.94
22800--22890	41	2.2	42	86	9	125	40	23	18	17	1.91
22763--22899	63	2.2	63	84	7	172	40	21	18	18	1.91
23028--23078	16	3.0	16	82	8	57	49	1	1	47	1.24
23337--23382	21	2.2	21	84	3	58	17	2	36	43	1.61
23376--23409	13	2.5	14	90	4	52	23	0	29	47	1.52
29706--29732	11	2.5	11	100	0	54	18	0	37	44	1.50
37340--37384	20	2.2	21	88	4	65	57	2	2	37	1.23
38275--38311	19	1.9	19	94	0	65	2	10	8	78	1.06
38279--38327	25	2.0	25	83	0	62	2	18	8	71	1.21
38807--38899	3	31.7	3	86	4	136	65	0	1	33	1.00
39054--40062	119	8.5	118	96	1	1828	28	20	14	36	1.92
39054--40062	356	2.8	356	97	1	1866	28	20	14	36	1.92
40692--41000	52	5.9	52	95	2	559	37	23	15	23	1.93
41864--41900	19	1.9	19	94	0	65	51	13	5	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53635--53679	20	2.2	21	88	4	65	57	2	2	37	1.23
54572--54608	19	1.9	19	94	0	65	2	10	8	78	1.06
54576--54624	25	2.0	25	83	0	62	2	18	8	71	1.21
55106--55211	3	35.7	3	86	1	151	65	0	0	33	1.00
58138--58216	36	2.2	36	84	6	106	36	7	15	40	1.75
70728--70957	5	46.4	5	92	5	288	60	6	0	33	1.22
80167--80191	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80487--80569	39	2.1	40	82	10	100	40	4	10	43	1.61
81671--81743	24	3.0	23	71	13	67	13	8	5	72	1.25
81671--81775	51	2.1	48	86	8	140	15	8	4	71	1.27
81759--81802	19	2.3	19	77	14	54	13	4	2	79	0.98
81856--81934	4	19.0	4	72	21	56	26	1	1	70	1.02
81856--81930	14	5.5	14	80	13	77	26	1	1	70	1.03
83318--83354	17	2.1	19	90	10	60	56	0	0	43	0.99
85069--85103	4	8.8	4	100	0	70	25	0	0	74	0.82
102124--102180	30	1.9	30	92	7	98	31	10	33	24	1.89
124414--124509	42	2.4	40	92	5	158	45	7	4	42	1.51
125099--125321	39	6.1	38	86	7	295	29	21	16	33	1.95
125115--125321	33	5.7	34	87	7	229	28	22	15	33	1.95
129093--129133	20	2.0	20	86	9	57	53	0	0	46	1.00
135803--135860	27	2.2	26	81	3	62	44	3	1	50	1.29
137092--137151	26	2.3	26	97	0	111	26	33	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140054--140096	17	2.5	17	80	0	59	58	6	0	34	1.25
143755--143878	57	2.2	57	82	2	142	59	15	9	15	1.60
143831--143945	23	5.1	23	70	8	76	60	17	6	15	1.57
144127--144199	37	2.0	37	83	0	92	58	16	12	12	1.62
144167--144214	24	2.0	24	83	0	60	50	20	18	10	1.76
144162--144234	34	2.2	34	92	2	121	52	19	16	12	1.75
153472--153525	20	2.7	20	100	0	108	25	35	9	29	1.87
153575--153686	40	2.8	41	82	8	133	41	24	14	19	1.88
153611--153705	20	4.8	20	80	2	102	43	20	15	21	1.88
153990--154106	20	5.8	20	81	4	137	41	25	14	17	1.88
153979--154105	40	3.2	40	90	6	195	41	26	14	17	1.87
153991--154180	20	9.4	21	77	9	135	43	20	16	19	1.88
154519--154558	21	1.9	21	89	0	62	25	15	17	42	1.88
154529--154637	21	5.2	21	84	4	132	22	16	14	46	1.83
162096--162145	21	2.3	22	86	6	66	52	0	8	40	1.31
162712--162772	25	2.4	25	78	8	61	34	9	1	54	1.44
162718--162768	24	2.1	25	85	3	68	39	7	1	50	1.42
162756--162873	29	4.0	29	82	4	112	38	11	1	49	1.48
163089--163156	24	2.8	23	82	8	82	51	0	5	42	1.26
163597--163629	17	2.0	17	88	5	50	42	0	3	54	1.15
164780--164811	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
172353--172414	30	2.1	30	93	0	106	29	19	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177265--177308	21	2.0	23	83	16	58	47	22	4	25	1.70
177312--177392	37	2.2	37	97	0	153	30	9	12	46	1.74
190114--190534	208	2.0	209	83	5	530	42	19	11	27	1.85
191725--191782	24	2.4	25	86	11	77	51	1	0	46	1.11
191725--191791	24	2.9	23	78	14	75	52	1	0	46	1.09
191858--191965	16	6.1	16	72	18	56	46	0	0	51	1.13
191924--191982	19	3.3	18	74	23	54	44	0	0	55	0.99
192072--192110	21	1.9	20	89	5	60	43	0	2	53	1.14
192897--193090	101	1.9	102	87	3	284	47	14	11	25	1.78
192897--193093	51	3.9	51	83	4	245	47	14	12	25	1.79
198515--198559	22	2.0	22	86	0	63	60	13	6	20	1.55
204364--204393	14	2.1	14	93	0	51	43	10	6	40	1.64
204163--204736	282	2.0	289	94	4	1022	32	12	3	51	1.58
204648--204679	15	2.1	15	100	0	64	43	9	6	40	1.62
207365--207492	2	60.0	2	70	17	62	8	42	3	44	1.53
207418--207490	22	3.2	22	88	7	110	6	46	4	42	1.49
207409--207492	16	5.4	16	78	13	86	7	45	4	42	1.52
207418--207492	24	3.2	24	94	3	127	6	46	4	42	1.48
207681--207720	21	2.0	21	95	5	73	7	45	0	47	1.31
207685--207730	20	2.4	19	82	10	58	6	45	2	45	1.41
209428--209470	2	22.5	2	82	17	56	44	2	0	53	1.13
209425--209472	18	3.0	16	82	17	64	43	2	0	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209523--209694	20	8.4	21	77	19	73	18	1	0	80	0.82
209542--209597	3	19.7	3	79	20	59	25	1	1	71	1.05
209540--209704	13	13.2	12	79	16	135	15	1	0	82	0.77
209545--209703	20	8.4	19	82	11	125	15	1	0	82	0.78
209603--209700	1	98.0	1	79	0	106	10	0	0	89	0.48
209539--209698	6	26.8	6	75	14	111	15	1	0	82	0.77
209545--209704	42	3.4	45	75	17	123	15	1	0	82	0.77
209538--209709	8	21.8	8	78	12	144	15	1	1	82	0.79
220268--220325	30	2.0	29	93	6	100	36	3	12	48	1.57
228921--229003	14	6.1	14	75	18	86	46	1	1	50	1.16

Tables:   1   2   3