genome.fa.s8935.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008935.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112253_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1775090

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700--745	23	2.0	23	91	0	74	34	17	17	30	1.93
1788--1825	20	1.9	20	88	0	58	39	21	21	18	1.93
1863--1910	19	2.6	19	90	3	71	18	20	12	47	1.81
3915--3980	19	3.5	19	79	6	80	37	24	22	15	1.92
3970--4026	14	3.8	14	78	17	69	47	26	17	8	1.77
3962--4031	32	2.2	32	100	0	140	47	24	20	8	1.78
4114--4167	19	2.8	19	88	2	72	16	22	24	37	1.94
4648--4692	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
6007--6049	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
6314--6357	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
6545--6617	20	3.7	20	92	0	119	26	19	28	26	1.98
6525--6662	41	3.4	41	77	2	107	24	17	23	34	1.96
6648--6740	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
6648--6740	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
9240--9651	124	3.3	123	79	7	447	25	18	21	33	1.97
9732--9782	26	1.9	27	84	4	68	35	7	17	39	1.79
16885--16933	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
22477--22525	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
29184--29230	24	2.0	23	84	8	60	4	10	4	80	0.98
29205--29246	19	2.2	19	91	8	68	4	9	7	78	1.08
29204--29246	20	2.2	20	84	15	63	4	9	6	79	1.06
34547--34628	23	3.6	23	81	3	85	31	26	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35308--35512	99	2.1	99	94	0	356	30	20	16	32	1.95
51482--51556	29	2.6	29	84	0	96	18	40	26	14	1.90
51483--51570	29	3.0	29	84	0	95	20	37	30	11	1.88
51777--51863	29	3.0	29	84	0	120	14	29	39	16	1.88
52641--52715	29	2.6	29	84	0	96	18	40	26	14	1.90
52642--52729	29	3.0	29	84	0	95	20	37	30	11	1.88
52946--53003	10	5.6	10	73	15	55	10	20	46	22	1.81
53023--53109	29	3.0	29	84	0	120	14	29	39	16	1.88
54440--54495	16	3.4	16	88	9	85	28	25	7	39	1.82
64634--64704	19	3.5	20	77	9	63	30	12	26	29	1.93
65108--65422	45	7.0	45	90	0	486	39	9	24	26	1.86
83121--83170	20	2.5	19	83	6	55	38	12	32	18	1.87
83195--83265	19	3.6	19	78	17	81	30	15	25	28	1.96
83694--83909	45	4.8	45	91	2	328	38	12	25	23	1.90
101202--101239	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
117018--117057	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
119801--119939	69	2.0	70	98	1	271	31	24	10	33	1.90
123951--124632	342	2.0	342	85	4	928	35	14	13	37	1.85
127215--130136	543	5.3	548	82	7	3285	35	13	13	38	1.83
127215--130136	544	5.3	548	82	6	3184	35	13	13	38	1.83
135449--135608	78	2.0	79	98	1	313	52	7	13	26	1.67
138576--138600	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138590--138637	22	2.2	22	100	0	96	39	0	12	47	1.41
138908--138968	28	2.2	28	79	2	70	29	14	26	29	1.95
138891--138968	27	2.8	28	76	3	86	29	16	24	29	1.97
146119--146220	32	3.1	32	91	2	159	43	9	9	37	1.71
146206--146230	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
146119--146222	34	3.1	33	88	5	156	43	9	9	37	1.70
149732--149820	41	2.2	41	93	0	151	39	4	3	52	1.38
156541--156591	24	2.1	24	81	0	57	27	13	45	13	1.82
156596--156625	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
166991--167040	13	3.7	13	76	10	55	46	12	16	26	1.81
168499--168551	2	26.0	2	96	3	97	49	1	0	49	1.12
169720--169903	104	1.8	101	84	6	257	36	12	11	39	1.80
170940--170970	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
173502--173541	19	2.1	19	100	0	80	40	12	12	35	1.81
181983--182023	10	4.3	9	87	9	55	80	2	17	0	0.82
181985--182023	20	2.0	20	90	10	62	82	2	15	0	0.79
182984--183479	249	2.0	247	94	4	885	36	12	19	31	1.89
183500--183902	104	3.9	104	89	6	558	33	19	25	21	1.97
183508--183952	51	8.7	51	77	12	355	34	19	24	21	1.96
183835--183992	50	3.1	51	82	10	148	35	13	26	24	1.93
183959--184165	111	1.9	109	87	4	308	30	14	24	30	1.95
183954--184165	55	3.9	55	85	6	288	29	14	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184352--184386	16	2.2	16	89	0	52	40	0	0	60	0.97
192080--192140	15	3.9	16	75	10	54	18	26	31	24	1.97
192189--192266	26	3.0	26	92	0	129	24	8	24	42	1.83
194408--194628	48	4.6	48	87	0	298	36	24	15	23	1.94
195428--195527	21	4.5	22	79	8	78	34	26	23	17	1.96
195450--195535	23	3.8	23	80	6	95	34	25	24	15	1.94
195646--195674	14	2.1	14	100	0	58	27	13	20	37	1.91
195655--195755	44	2.3	44	81	3	114	27	19	9	42	1.83
203983--204007	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
204539--204607	23	3.0	23	76	0	75	20	24	24	30	1.99
205312--205419	42	2.8	38	77	12	110	50	18	9	22	1.75
208425--208449	13	1.9	13	100	0	50	52	0	32	16	1.44
208620--208691	29	2.4	31	81	6	94	55	13	9	20	1.67
208843--208902	31	1.9	31	86	6	86	53	13	11	21	1.71
212692--212729	20	2.0	20	94	5	69	15	15	21	47	1.82
212720--212744	13	1.9	13	100	0	50	20	16	16	48	1.82
214872--214971	46	2.2	46	98	0	191	36	23	20	21	1.96
215063--215104	21	2.0	21	100	0	84	33	14	4	47	1.65
215091--215198	33	3.3	33	90	1	164	31	7	14	46	1.73
218252--218318	31	2.2	30	87	10	100	37	13	16	32	1.88
232048--232076	11	2.5	12	94	5	51	62	0	0	37	0.96
234465--234500	18	1.9	18	88	5	54	72	11	5	11	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235100--235178	28	2.7	29	84	3	97	27	7	11	53	1.64
235185--235227	18	2.4	18	85	11	61	25	6	4	62	1.40
235222--235288	28	2.3	27	82	14	73	28	5	7	58	1.49
236531--236606	33	2.3	33	84	6	93	44	13	9	32	1.75
241189--241215	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
241486--241639	43	3.5	43	71	10	141	23	22	19	34	1.97
241435--241637	89	2.3	89	87	5	288	23	20	18	36	1.95
249233--249271	20	2.0	20	89	0	60	20	15	33	30	1.94
249733--250025	145	2.0	147	96	4	540	44	12	13	29	1.81
252011--252112	44	2.3	44	81	8	127	30	21	24	23	1.99
255898--255937	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
263988--264047	7	8.6	7	81	0	66	21	0	30	48	1.51
263994--264048	28	2.0	28	92	0	92	21	0	30	47	1.51
264091--264153	11	5.9	11	69	14	51	38	1	3	57	1.24
269250--269358	36	3.2	36	69	21	97	42	17	20	20	1.90
269253--269402	67	2.2	67	86	2	212	41	18	18	22	1.90
269335--269412	27	2.7	29	82	13	90	38	20	19	21	1.94
270863--270892	13	2.3	13	100	0	60	46	23	0	30	1.52
271618--271660	21	2.0	21	81	0	50	44	0	9	46	1.35
273737--273770	13	2.6	13	95	0	59	11	14	41	32	1.82
274784--274828	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
275342--275413	35	2.1	35	91	0	117	30	20	9	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290713--290761	24	2.1	23	84	3	62	61	4	0	34	1.15
296801--296829	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
301684--301713	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
301833--301858	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
301688--301983	145	2.0	145	97	0	556	46	9	6	38	1.61
302165--302191	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
302193--302247	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
302952--302988	19	1.9	19	88	0	56	32	8	2	56	1.43
303064--303180	23	5.2	22	74	11	96	29	23	18	27	1.98
303092--303180	46	1.9	46	82	8	110	28	22	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9