genome.fa.s8935.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008935.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112253_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1775090

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1015 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1444801--1444871	2	36.0	2	87	8	101	45	2	1	50	1.25
1444936--1445008	37	2.0	37	86	5	103	24	2	2	69	1.14
1449683--1449744	12	5.0	12	84	11	81	79	3	16	1	0.95
1449685--1449744	26	2.4	25	88	5	95	78	3	16	1	0.97
1449817--1449954	69	2.0	69	91	0	222	38	24	13	23	1.91
1450810--1450928	32	3.7	31	83	4	130	28	13	21	36	1.91
1450817--1450928	31	3.5	32	84	6	129	29	12	19	38	1.89
1451386--1451708	106	3.0	104	86	4	423	33	23	20	22	1.97
1451832--1451997	67	2.5	65	79	15	187	31	19	9	39	1.83
1452706--1453185	107	4.5	106	82	7	571	33	23	18	24	1.97
1454067--1454109	17	2.5	17	96	0	77	25	11	27	34	1.91
1454568--1454605	14	2.7	14	84	8	51	31	2	0	65	1.06
1454536--1454605	23	3.1	22	79	4	68	28	5	0	65	1.15
1454655--1454751	36	2.9	35	82	11	114	27	3	2	67	1.17
1454716--1454814	47	2.1	48	81	9	114	20	3	4	72	1.14
1454961--1455001	9	4.6	9	80	20	50	17	2	2	78	0.98
1455658--1456648	423	2.4	419	85	6	1326	43	14	14	27	1.85
1459260--1459619	108	3.3	107	73	11	341	31	15	14	39	1.87
1459105--1459713	222	2.7	224	87	3	857	31	15	13	39	1.86
1461155--1461193	15	2.6	15	95	0	69	30	12	5	51	1.62
1464005--1464041	13	2.8	13	91	0	65	13	21	48	16	1.80
1468966--1469001	18	2.0	18	94	0	63	22	22	36	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1468958--1469027	31	2.5	26	73	20	68	22	21	37	18	1.94
1468964--1469022	31	1.9	31	89	0	91	22	22	37	18	1.94
1469010--1469035	13	2.0	13	100	0	52	30	15	38	15	1.88
1469148--1469172	11	2.3	11	100	0	50	60	16	0	24	1.36
1469810--1470343	181	2.9	181	88	0	798	41	14	16	27	1.87
1472706--1472749	21	2.1	21	91	0	70	45	9	29	15	1.77
1473002--1473090	18	5.1	18	83	5	119	59	0	38	2	1.10
1474640--1474688	19	2.6	19	93	0	80	34	2	8	55	1.41
1474953--1476470	200	7.7	200	87	4	2028	39	12	14	33	1.84
1476085--1476451	198	1.8	199	84	7	505	40	13	15	31	1.85
1477985--1478030	6	7.7	6	90	0	56	43	2	30	23	1.66
1477985--1478030	18	2.6	18	89	0	65	43	2	30	23	1.66
1477991--1478040	6	8.3	6	88	0	55	40	2	30	28	1.68
1479021--1479073	25	2.1	25	96	0	97	33	3	11	50	1.56
1479331--1479384	15	3.6	15	92	0	81	38	18	7	35	1.79
1479323--1479384	30	2.1	29	82	8	72	38	22	6	32	1.80
1479385--1480549	199	5.8	197	79	4	1262	38	13	16	31	1.88
1479383--1480549	400	2.9	399	91	2	1801	38	13	16	31	1.88
1483884--1484608	199	3.6	197	82	5	825	39	14	15	31	1.87
1484605--1484765	87	1.9	87	97	0	304	34	14	10	40	1.81
1484677--1484728	23	2.3	23	86	0	68	32	19	9	38	1.84
1488764--1489679	216	4.3	216	93	1	1563	50	8	12	29	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1489778--1490133	2	178.0	2	67	20	167	46	3	3	45	1.39
1490286--1490326	14	3.0	14	89	7	66	46	12	4	36	1.63
1490284--1490329	13	3.5	13	91	5	74	47	10	4	36	1.58
1490336--1490416	24	3.2	24	78	13	67	40	7	7	44	1.60
1490393--1490537	7	22.8	6	73	15	53	40	6	2	51	1.42
1490393--1490537	9	17.1	8	65	16	53	40	6	2	51	1.42
1490400--1490520	29	4.2	26	71	20	64	39	6	2	51	1.41
1490534--1490619	18	4.8	18	78	16	90	41	6	8	43	1.61
1490400--1490570	33	5.6	32	72	15	112	40	7	3	48	1.47
1490547--1490646	42	2.6	36	77	18	121	42	7	7	44	1.58
1490571--1490640	24	3.2	24	69	23	71	40	7	8	44	1.62
1490501--1490643	53	2.7	50	77	18	132	41	6	6	44	1.58
1490670--1490896	2	107.0	2	65	22	56	46	7	3	43	1.48
1490704--1490756	20	2.6	20	80	14	63	39	7	1	50	1.41
1490697--1490754	27	2.1	27	93	0	98	37	6	3	51	1.46
1490737--1490805	34	2.0	36	85	5	97	46	7	2	43	1.46
1490656--1490892	103	2.3	102	78	7	230	46	7	3	42	1.49
1490822--1490892	35	1.9	38	86	11	103	45	5	4	45	1.46
1490835--1490998	53	3.1	52	81	8	181	44	6	4	44	1.50
1490868--1490998	51	2.5	53	91	2	212	44	6	6	43	1.54
1490939--1491060	33	3.6	33	90	5	174	41	7	7	43	1.60
1490958--1491015	17	3.5	17	67	21	50	39	5	8	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491036--1491089	26	2.1	26	86	6	74	44	5	1	48	1.37
1491106--1491235	61	2.1	61	91	0	206	47	6	11	34	1.65
1491448--1491483	11	3.4	11	92	3	56	16	27	13	41	1.87
1491497--1491782	102	2.8	101	88	4	423	31	30	5	32	1.80
1491977--1492030	23	2.3	23	87	0	72	42	46	5	5	1.50
1494816--1494868	23	2.3	23	83	0	70	28	13	22	35	1.92
1495422--1495451	12	2.5	12	94	0	51	30	10	10	50	1.69
1500337--1500371	1	35.0	1	88	0	52	94	0	5	0	0.32
1500337--1500376	10	4.0	10	93	6	64	90	0	10	0	0.47
1500337--1500373	19	1.9	19	94	0	65	91	0	8	0	0.41
1500336--1500373	9	4.2	9	87	12	60	89	0	10	0	0.49
1500337--1500376	21	1.9	21	89	0	62	90	0	10	0	0.47
1504365--1504411	18	2.6	18	96	0	85	27	27	4	40	1.75
1506121--1506194	37	2.0	36	89	2	112	40	4	16	39	1.67
1526300--1526335	17	2.1	18	89	5	56	52	0	0	47	1.00
1530872--1530918	23	2.0	23	88	8	69	10	14	6	68	1.38
1530872--1530918	12	4.1	12	89	5	71	10	14	6	68	1.38
1533514--1533585	36	2.0	36	100	0	144	44	19	11	25	1.83
1535592--1535626	12	3.0	12	87	4	54	11	14	8	65	1.46
1548223--1548283	28	2.1	31	84	9	83	37	16	11	34	1.85
1548946--1549025	30	2.6	30	79	15	83	41	3	10	45	1.56
1554895--1554948	23	2.3	23	87	0	72	18	24	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1557086--1557146	26	2.3	26	100	0	122	54	0	18	27	1.44
1560066--1560149	23	3.7	23	85	6	125	17	26	26	29	1.98
1560324--1560366	21	2.0	21	83	16	54	39	4	16	39	1.69
1561039--1561164	59	2.1	59	100	0	252	31	12	24	30	1.92
1562890--1562941	23	2.3	21	81	18	61	36	3	11	48	1.58
1563200--1563267	34	2.0	34	100	0	136	50	11	32	5	1.63
1563407--1563453	20	2.4	21	82	10	55	36	2	0	61	1.08
1564714--1564747	15	2.2	16	89	5	52	17	0	2	79	0.86
1564793--1565069	35	7.7	35	82	8	254	45	3	6	44	1.48
1564811--1565071	36	7.2	37	83	9	254	44	3	6	45	1.47
1565090--1565154	4	16.2	4	77	16	64	21	4	0	73	1.00
1566349--1566416	17	3.6	19	69	18	61	19	10	2	67	1.33
1568947--1569023	20	3.8	21	70	10	61	35	20	18	25	1.95
1569230--1569262	12	2.5	14	80	19	52	42	0	0	57	0.98
1569235--1569263	12	2.4	12	100	0	58	44	0	0	55	0.99
1570704--1570790	42	2.1	42	88	0	129	35	17	17	29	1.93
1572456--1572503	14	3.4	14	85	5	60	22	18	35	22	1.96
1572705--1572737	14	2.3	15	89	5	50	24	3	15	57	1.52
1573077--1573367	58	5.0	58	85	5	315	36	6	12	43	1.70
1573368--1573489	48	2.6	47	90	3	192	36	3	11	48	1.56
1573456--1573568	39	3.0	37	83	7	156	38	5	10	45	1.62
1573454--1573566	36	3.1	36	81	12	147	38	6	9	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1573688--1573915	39	5.6	39	77	15	178	39	5	14	40	1.70
1573498--1573760	97	2.8	95	79	5	273	41	7	12	39	1.71
1573694--1573869	87	2.0	88	86	5	250	39	6	13	40	1.70
1582828--1582852	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1588763--1589305	273	2.0	274	89	2	824	36	12	18	31	1.89
1590929--1591008	42	1.9	42	82	7	101	26	12	22	38	1.90
1591577--1592055	38	12.8	38	86	3	641	25	17	16	39	1.91
1592032--1592074	22	2.0	22	90	0	68	30	18	25	25	1.98
1593510--1593539	14	2.1	14	93	0	51	46	0	0	53	1.00
1595556--1595864	154	2.0	154	98	1	593	21	22	30	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9