genome.fa.s8960.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112294_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362692

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 251 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4549--4592	21	2.1	21	83	8	54	11	34	15	38	1.84
5623--5659	19	1.9	19	94	0	65	24	35	16	24	1.95
5607--5787	65	2.8	64	83	2	211	30	25	17	27	1.97
12748--12786	19	2.2	17	86	13	53	48	12	0	38	1.42
19071--19151	3	27.0	3	89	0	117	64	1	3	30	1.19
19399--19884	113	4.3	113	87	2	679	29	19	14	36	1.92
19399--19884	226	2.1	227	90	2	760	29	19	14	36	1.92
20621--21026	83	4.9	85	92	3	652	37	20	13	28	1.91
20621--21248	83	7.8	83	77	13	648	37	21	13	27	1.91
20958--21095	68	2.0	69	94	1	242	39	21	13	26	1.89
20626--21248	166	3.8	157	89	6	828	37	21	13	27	1.91
22389--22479	9	10.8	8	81	16	96	0	18	0	81	0.69
22389--22482	23	4.1	22	81	14	111	0	19	0	80	0.70
33608--33648	22	2.0	20	90	9	64	41	0	0	58	0.98
35175--35255	3	27.0	3	89	0	126	65	1	2	30	1.13
39049--39119	34	2.0	36	94	5	128	21	15	11	52	1.74
45554--45605	26	2.0	26	84	0	68	32	17	21	28	1.96
45562--45605	13	3.4	13	93	0	70	31	15	20	31	1.94
50310--50372	32	2.0	32	84	6	85	31	7	7	52	1.59
50342--50474	33	4.1	32	77	7	126	36	4	8	51	1.52
50342--50462	66	1.9	63	83	8	154	35	4	8	52	1.51
50974--51025	22	2.3	23	76	6	61	44	3	5	46	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55819--55890	25	3.0	25	66	13	60	44	2	5	47	1.41
55929--55973	24	1.9	23	86	4	63	64	4	0	31	1.13
56942--56984	22	2.0	22	85	0	59	23	0	4	72	1.04
57621--57664	21	2.1	21	100	0	88	18	18	9	54	1.69
59864--59891	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
61350--62190	418	2.0	412	84	6	1090	44	7	9	38	1.66
62002--62384	180	2.1	181	80	6	420	39	10	8	41	1.71
64460--64517	29	2.0	30	82	3	73	37	6	10	44	1.65
71487--71540	22	2.5	22	81	0	63	37	3	5	53	1.42
72264--72311	14	3.6	13	78	21	55	60	2	0	37	1.09
72808--72853	20	2.3	20	81	11	67	71	0	2	26	0.97
72808--72885	36	2.2	35	80	17	90	73	0	5	21	1.03
74087--74116	12	2.5	12	94	0	51	10	30	26	33	1.89
74125--74173	19	2.6	19	76	0	53	69	0	2	28	1.00
74161--74200	19	2.2	18	86	4	53	60	2	2	35	1.24
74182--74573	38	10.8	36	76	12	281	46	7	4	41	1.53
74253--74560	38	8.5	36	80	11	292	45	7	4	42	1.53
74311--74573	74	3.6	73	90	5	363	45	7	4	42	1.51
75256--76207	165	5.8	165	89	1	1367	25	20	24	29	1.99
75238--76207	84	11.7	84	76	7	885	25	20	24	29	1.99
81004--81081	20	3.9	21	73	20	69	73	0	3	23	1.00
81012--81069	21	2.7	21	84	12	66	72	0	5	22	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81004--81083	12	6.7	11	70	24	56	73	0	3	22	0.99
81008--81078	16	4.4	16	71	16	56	74	0	4	21	0.98
82372--82454	33	2.4	34	82	8	87	50	8	3	37	1.50
82372--82677	38	8.5	38	74	15	174	47	7	3	40	1.51
82498--82677	74	2.4	72	84	7	227	47	7	3	42	1.47
82537--82715	74	2.4	74	86	4	234	45	6	3	44	1.48
82537--82743	74	2.8	73	83	8	213	44	7	3	43	1.51
83058--83131	31	2.3	32	81	4	96	28	12	12	47	1.77
83768--83857	31	2.8	32	86	8	130	36	5	1	56	1.30
83776--83876	31	3.5	28	75	13	82	36	5	0	56	1.30
83924--84036	27	4.2	27	73	18	94	56	0	1	41	1.09
83921--84028	24	4.2	26	79	9	89	56	0	1	41	1.10
83966--84037	24	2.9	24	85	6	81	55	0	2	41	1.14
85753--85843	12	7.3	12	68	18	53	49	2	0	48	1.13
85735--85792	23	2.4	23	82	5	71	50	1	0	48	1.11
85774--85861	24	3.6	24	73	13	72	52	2	1	44	1.21
86050--86118	29	2.2	33	85	10	92	40	1	7	50	1.39
86137--86179	22	1.9	23	81	13	54	48	2	2	46	1.27
86297--86367	35	2.1	34	81	2	79	36	12	11	39	1.79
86576--86628	16	3.2	16	84	12	63	71	5	0	22	1.06
87259--87297	20	2.0	20	94	0	69	43	7	0	48	1.31
87604--87647	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90377--90738	175	2.1	170	81	7	419	25	21	16	36	1.94
90575--90893	136	2.3	135	80	5	354	26	19	17	36	1.94
91862--91994	42	3.2	42	75	7	119	27	23	21	27	1.99
92010--92213	84	2.4	84	88	3	293	31	16	26	25	1.96
92095--92458	144	2.6	143	84	1	491	32	15	26	25	1.95
92467--92583	20	5.7	20	67	16	69	35	17	21	25	1.95
92466--92579	42	2.7	42	93	0	192	35	17	22	24	1.95
92780--92937	54	2.9	55	80	2	149	43	12	10	33	1.76
94228--94304	28	2.7	27	92	4	109	23	5	32	38	1.77
94923--95046	9	14.1	9	76	16	102	0	25	0	74	0.88
94932--95019	32	2.8	31	85	11	108	0	23	0	76	0.79
94926--95047	31	4.1	29	71	21	67	0	25	0	73	0.88
96413--96475	20	3.1	21	77	4	58	52	11	19	17	1.74
96432--96476	21	2.1	21	84	8	56	57	6	20	15	1.60
101715--101960	44	5.6	44	85	4	286	32	21	25	20	1.97
101715--101960	88	2.8	88	81	6	320	32	21	25	20	1.97
101715--101955	132	1.8	130	86	3	349	32	21	26	20	1.97
103622--103725	50	2.1	50	83	7	131	50	7	12	29	1.68
105871--105941	9	7.6	9	80	13	72	80	1	14	4	0.93
105869--105966	28	3.5	28	79	9	94	77	1	17	4	0.98
105882--105973	38	2.4	38	82	7	98	78	0	19	2	0.86
105927--105973	4	12.2	4	78	17	55	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105915--105970	13	4.2	13	81	6	60	73	0	26	0	0.84
105899--105970	25	2.8	25	78	15	85	76	0	23	0	0.79
107110--107251	57	2.6	53	79	11	155	31	12	16	39	1.86
107563--107656	42	2.3	42	83	5	111	30	18	20	30	1.96
107138--107692	275	2.0	275	86	3	776	29	16	19	33	1.94
111257--111314	21	2.7	23	77	20	63	27	3	3	65	1.25
113054--113124	32	2.2	32	80	9	83	35	1	1	61	1.13
114122--114160	18	2.2	18	85	0	51	35	10	25	28	1.89
127167--127207	13	3.0	13	86	13	64	51	0	24	24	1.49
130592--130626	17	2.1	17	89	10	54	54	17	0	28	1.43
130578--130626	17	2.9	16	82	11	53	51	16	0	32	1.45
131900--132384	44	10.7	43	71	15	248	48	7	18	26	1.73
132118--132308	53	3.9	52	71	19	174	48	6	19	25	1.74
132071--132350	94	2.9	96	84	6	358	49	6	18	25	1.72
132329--132443	43	2.7	43	77	5	117	53	6	13	26	1.65
135131--135565	20	21.3	21	77	7	319	28	20	18	32	1.96
135174--135564	61	6.4	62	75	8	284	29	19	18	31	1.96
135115--135584	224	2.1	224	97	0	888	28	20	18	31	1.97
135131--135554	41	10.4	40	75	11	251	28	20	18	32	1.96
136426--136479	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
138989--139043	19	2.8	20	83	2	67	38	21	21	18	1.94
139016--139109	33	2.8	33	90	0	152	46	17	21	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139109--139154	19	2.4	19	77	0	56	17	13	21	47	1.81
139150--139217	19	3.8	19	72	20	65	11	19	20	48	1.80
139130--139217	33	2.7	33	85	3	124	12	18	21	47	1.81
139324--139360	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
140581--140654	3	24.7	3	97	0	139	33	1	0	64	1.02
141134--141201	19	3.5	19	77	2	73	69	10	19	1	1.25
141160--141201	20	2.2	19	91	4	66	73	9	16	0	1.08
142089--142129	20	2.0	21	85	4	57	36	2	2	58	1.24
142874--142940	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
142874--142996	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95

Tables:   1   2   3