genome.fa.s8979.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008979.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1115631

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160073--160174	31	3.3	31	76	5	100	45	6	1	46	1.41
160073--160130	30	1.9	30	89	0	89	46	8	1	43	1.44
162868--163177	41	7.6	40	72	13	188	31	19	19	30	1.96
162868--163204	83	4.1	81	73	14	273	31	18	18	31	1.95
163245--163293	25	2.0	25	83	0	62	12	30	0	57	1.36
164484--164631	29	5.0	29	78	6	143	16	12	27	43	1.85
164566--164630	33	2.0	33	84	0	85	15	16	26	41	1.88
166809--166867	21	2.8	21	89	0	82	25	6	18	49	1.72
166973--167297	43	7.6	43	81	1	296	24	20	20	34	1.96
169034--169116	3	26.7	3	83	11	89	36	0	0	63	0.94
169034--169104	26	2.8	23	82	17	88	33	0	0	66	0.92
170429--170516	27	3.2	27	70	13	81	29	1	4	64	1.20
181929--181971	10	4.2	10	94	5	77	88	0	11	0	0.52
181932--181971	21	1.9	21	100	0	80	87	0	12	0	0.54
182324--182372	19	2.8	17	84	9	64	36	8	6	48	1.58
182666--182888	114	2.0	114	93	0	383	34	15	20	30	1.94
183836--184366	116	4.7	116	90	3	771	36	13	19	29	1.91
183818--184366	231	2.4	227	87	4	807	36	14	19	29	1.91
184717--184795	3	26.7	3	82	12	101	34	0	0	65	0.93
184717--184782	13	5.0	13	84	15	91	30	0	0	69	0.88
184978--185018	16	2.6	16	100	0	82	24	21	26	26	2.00
187536--187741	90	2.3	92	83	4	249	34	5	24	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187780--187857	22	3.4	22	70	13	75	46	5	8	39	1.58
187783--187884	48	2.1	49	96	1	188	42	4	10	42	1.61
188611--188649	20	1.9	20	89	5	60	56	10	0	33	1.33
194177--194202	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
199521--199597	40	1.9	40	83	0	100	23	19	35	22	1.96
199399--199742	134	2.6	134	88	0	474	26	16	30	26	1.97
199748--199827	28	2.9	28	86	3	99	45	13	16	25	1.84
200400--200616	66	3.3	66	73	7	165	40	11	16	32	1.83
201069--201180	36	3.1	35	82	6	134	39	10	18	31	1.85
201304--201582	153	1.8	153	81	6	350	40	11	14	32	1.83
201557--201626	33	2.1	33	100	0	140	42	8	11	37	1.72
201627--202404	4	197.8	4	94	3	1278	25	1	25	47	1.62
203964--204003	20	2.0	20	90	5	62	45	15	25	15	1.84
204719--204775	28	2.0	28	83	6	71	61	8	10	19	1.54
207184--207309	48	2.8	45	84	8	166	31	19	7	40	1.81
210015--210070	27	2.0	30	86	10	82	62	8	10	17	1.52
211147--211195	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
214862--214923	30	2.2	28	86	11	83	35	33	16	14	1.89
216601--216638	17	2.2	17	90	0	58	42	0	0	57	0.98
217111--217164	28	2.0	27	85	3	72	29	3	1	64	1.21
217119--217170	18	2.8	18	74	8	52	26	1	1	69	1.10
219190--219284	36	2.6	36	82	9	106	18	17	7	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224010--224284	93	3.0	92	90	4	414	29	13	20	37	1.91
224187--224504	115	2.8	115	92	0	496	30	14	20	33	1.93
227015--227069	22	2.5	22	93	0	92	36	9	12	41	1.75
227516--228084	77	7.4	77	97	0	1061	22	19	21	36	1.95
228214--228265	3	17.0	3	76	11	52	38	1	0	59	1.08
229775--229824	23	2.2	22	79	10	55	40	4	0	56	1.18
229999--230054	29	1.9	29	85	0	76	42	1	0	55	1.10
230013--230063	27	2.0	25	84	7	66	43	0	0	56	0.99
230013--230064	25	2.2	25	83	13	65	44	0	0	55	0.99
235975--236063	21	4.2	21	83	0	115	25	23	16	33	1.96
236779--236892	21	5.4	21	89	0	174	30	21	25	22	1.99
236884--236940	21	2.7	21	83	0	78	28	19	22	29	1.98
237494--237553	13	4.6	13	82	0	75	46	16	15	21	1.83
237494--237555	26	2.4	26	88	0	88	45	16	14	24	1.84
237895--237925	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
238757--238807	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
238968--239038	24	3.0	24	83	6	90	50	16	9	22	1.74
238974--239035	12	5.3	11	72	14	52	51	16	9	22	1.73
238969--239067	24	4.1	24	81	6	85	46	17	12	24	1.81
242372--242440	13	5.3	13	87	0	93	43	15	15	24	1.87
242372--242437	26	2.5	26	95	0	114	42	15	16	25	1.87
243955--244028	28	2.6	29	80	4	78	35	5	2	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244098--244136	18	2.1	19	86	13	55	41	0	0	58	0.98
244127--244259	31	4.5	31	76	6	100	38	6	1	53	1.37
244184--244269	31	2.8	31	73	7	84	34	9	2	53	1.46
245510--245564	21	2.6	21	94	0	92	21	21	25	30	1.98
245621--245694	21	3.6	21	74	7	80	18	20	25	35	1.96
245627--245722	40	2.3	42	91	3	160	21	18	22	36	1.95
246434--246545	19	5.4	21	70	17	92	36	20	20	22	1.95
246430--246566	42	3.3	42	93	2	233	35	22	20	21	1.96
246427--246654	21	11.0	21	74	11	184	34	23	19	21	1.96
246497--246644	63	2.4	61	93	2	242	33	27	18	20	1.96
247543--247581	21	1.9	20	94	5	69	38	0	0	61	0.96
247504--247631	28	4.6	28	73	13	88	41	3	0	54	1.19
247555--247631	31	2.5	29	79	14	84	42	2	0	54	1.14
247669--247733	30	2.1	30	83	11	78	55	0	9	35	1.32
247701--247752	18	2.7	19	88	5	70	50	0	9	40	1.35
247726--247806	30	2.8	29	78	10	85	54	1	8	35	1.39
256927--257006	39	2.2	38	86	8	112	35	16	12	36	1.86
258424--258464	21	1.9	22	85	14	59	39	4	2	53	1.35
259642--259714	30	2.4	29	86	13	94	54	8	4	32	1.49
269885--269934	24	2.1	24	85	7	66	56	2	0	42	1.11
269987--270061	30	2.6	29	81	12	82	53	0	0	46	1.00
269983--270054	14	4.8	16	70	17	57	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270248--270297	25	2.0	25	84	4	64	58	2	2	38	1.21
270494--270527	18	1.9	17	94	5	59	58	0	0	41	0.98
271731--271764	2	18.0	2	88	11	54	47	0	0	52	1.00
271731--271767	12	3.0	13	92	7	60	45	0	0	54	1.00
273010--273037	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
273155--273232	16	4.5	16	74	16	75	15	3	6	74	1.17
273173--273214	17	2.6	16	82	14	50	16	7	4	71	1.26
277069--277099	15	2.1	15	100	0	62	38	6	35	19	1.77
278058--278165	54	2.0	54	98	0	207	29	32	14	23	1.94
285661--285702	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
286864--286920	6	9.5	6	90	0	78	47	5	1	45	1.35
286864--286920	10	5.7	10	89	0	78	47	5	1	45	1.35
286864--286920	4	14.2	4	88	0	78	47	5	1	45	1.35
286904--287018	50	2.4	48	82	8	126	33	7	3	55	1.45
287002--287094	2	46.5	2	97	0	177	49	1	0	49	1.07
287097--287132	17	2.1	17	100	0	72	11	11	5	72	1.28
287122--287204	27	3.0	26	77	22	89	13	0	7	79	0.92
287147--287277	5	25.8	5	68	21	51	17	3	4	74	1.15
287105--287215	45	2.5	45	82	11	122	14	2	6	76	1.09
287136--287227	45	2.1	43	80	8	96	14	4	6	75	1.16
292937--292961	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
293003--293233	117	2.0	117	100	0	462	27	24	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295800--295850	19	2.6	20	84	3	68	43	21	17	17	1.88
295837--295890	20	2.7	20	94	0	90	51	18	18	11	1.74
296806--296847	16	2.5	17	81	14	52	2	30	0	66	1.04
296799--296853	26	2.1	27	86	10	78	3	29	0	67	1.08
298905--298947	20	2.2	20	83	8	52	39	0	0	60	0.97
300202--300242	3	13.3	3	94	5	73	34	0	0	65	0.93
301452--301511	22	2.7	22	100	0	120	41	13	23	21	1.88
311273--311307	17	2.0	18	88	5	54	37	5	0	57	1.23
312531--312574	6	7.3	6	80	10	54	13	2	4	79	0.98
312674--312710	11	3.5	11	85	7	58	21	0	0	78	0.75

Tables:   1   2   3   4   5   6