genome.fa.s8979.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008979.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112339_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1115631

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681659--681732	16	4.3	15	72	26	58	29	1	4	64	1.20
681635--681727	38	2.4	39	85	5	134	26	1	6	65	1.23
683325--683376	20	2.6	20	96	0	95	17	42	25	15	1.88
684556--684595	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
684621--684659	19	2.1	19	90	0	60	23	38	12	25	1.90
684556--684766	64	3.2	64	81	8	207	32	25	15	26	1.95
687409--687468	30	2.0	30	93	0	102	30	5	18	46	1.70
687550--687607	21	2.8	21	94	0	107	20	34	18	25	1.96
687672--687745	21	3.6	21	92	1	114	20	36	17	25	1.94
687709--687801	8	13.1	8	71	24	84	22	36	16	24	1.94
687672--687801	20	6.6	20	80	14	128	21	35	17	25	1.95
687709--687801	28	3.3	28	96	0	168	22	36	16	24	1.94
697899--697950	24	2.2	24	89	3	79	21	13	21	44	1.86
701691--701729	20	1.9	21	89	5	62	38	23	17	20	1.93
705823--705859	19	1.9	19	88	0	56	43	10	16	29	1.82
712548--712575	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
717447--717482	15	2.4	15	95	0	63	72	0	0	27	0.85
718394--718440	20	2.4	20	89	3	69	27	0	4	68	1.08
719298--719410	44	2.6	44	97	1	210	27	14	18	39	1.89
719767--720105	181	1.8	188	88	7	532	39	11	13	35	1.80
721101--721128	13	2.2	13	100	0	56	28	0	0	71	0.86
723039--723138	43	2.4	43	94	3	177	46	3	8	43	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724982--725169	75	2.5	75	79	0	196	29	5	12	52	1.62
727199--727249	25	2.0	25	84	0	66	21	19	21	37	1.95
739833--739864	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
741454--741531	37	2.1	36	80	2	84	25	7	23	43	1.80
745079--745129	21	2.4	21	100	0	102	35	21	21	21	1.96
758004--758138	64	2.1	64	87	0	198	31	18	22	27	1.97
760774--760834	21	2.8	22	69	14	54	29	21	19	29	1.98
760774--760873	44	2.3	43	86	8	132	28	22	22	28	1.99
764510--764549	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
766637--766788	65	2.4	65	82	5	166	32	17	20	29	1.95
769834--769907	22	3.4	22	73	0	58	40	17	18	22	1.91
772666--772698	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
775852--775924	35	2.1	36	89	2	112	52	12	17	17	1.75
776154--776208	24	2.3	24	96	0	101	34	18	5	41	1.73
782295--782335	18	2.3	18	91	4	66	19	46	19	14	1.84
782343--782448	29	3.7	29	88	2	133	33	4	23	37	1.76
783400--783691	117	2.5	117	91	2	462	18	16	34	31	1.93
789470--789568	29	3.4	29	87	2	128	32	6	22	39	1.78
789470--789580	29	3.9	29	85	3	127	34	5	21	38	1.76
790513--790804	117	2.5	117	89	3	437	17	16	33	32	1.92
791281--791341	22	2.8	22	84	0	77	29	19	24	26	1.99
792193--792241	19	2.6	19	86	0	71	26	18	12	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804770--804830	29	2.1	29	93	3	106	45	6	9	37	1.63
809192--809226	14	2.5	14	90	9	54	37	0	5	57	1.23
809244--809293	26	1.9	27	84	8	68	38	8	0	54	1.30
813642--813678	14	2.6	15	87	12	60	27	21	21	29	1.99
818637--819139	252	2.0	251	92	0	826	37	10	21	30	1.88
821232--821261	15	2.0	15	93	0	51	83	0	16	0	0.65
824949--824996	19	2.5	19	79	3	60	72	0	2	25	0.95
825015--825054	21	1.9	21	89	0	62	75	5	10	10	1.19
829294--829396	35	2.9	34	85	10	118	71	0	4	23	1.04
829303--829391	20	4.3	20	68	16	56	71	0	4	23	1.03
829337--829394	15	4.1	14	73	8	55	74	0	5	20	1.01
829436--829478	18	2.4	18	88	7	61	76	0	2	20	0.89
830063--830252	76	2.6	75	85	5	246	54	14	0	30	1.44
830063--830289	76	3.1	71	80	9	233	55	13	1	30	1.46
836211--836388	96	1.9	96	82	0	230	28	14	17	39	1.89
840547--840592	20	2.3	20	100	0	92	26	21	10	41	1.86
843268--843355	31	2.9	31	84	5	108	27	20	18	34	1.96
847712--847762	23	2.2	23	86	6	68	19	58	3	17	1.54
847905--847945	20	1.9	23	85	14	61	36	0	2	60	1.10
848045--848098	26	2.0	28	85	10	76	29	0	3	66	1.09
870285--870447	85	1.9	83	92	2	272	31	15	20	31	1.94
872896--872927	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873625--873694	34	2.1	32	86	5	95	22	28	15	32	1.95
873977--874018	21	2.0	21	90	9	68	28	28	19	23	1.98
874131--874187	30	1.9	30	89	7	89	40	17	7	35	1.77
875525--876015	229	2.1	228	97	0	919	44	7	8	39	1.63
876050--876110	20	3.1	19	84	13	79	55	11	14	18	1.68
876245--876291	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
876254--876296	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
878512--878555	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
878589--878654	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
878854--878892	15	2.7	14	78	21	53	48	0	48	2	1.15
885169--885244	31	2.5	31	84	0	98	25	9	14	51	1.71
886719--886753	7	5.0	7	85	0	52	80	0	5	14	0.89
886819--886852	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
892914--892947	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
895607--895677	21	3.4	21	80	7	65	25	16	26	30	1.97
895632--895685	21	2.6	21	87	0	72	22	18	20	38	1.93
896313--896355	20	2.2	20	87	8	61	60	16	2	20	1.46
908920--908952	17	1.9	17	100	0	66	33	24	24	18	1.97
914115--914172	23	2.6	22	86	7	82	36	15	25	22	1.94
919405--919442	16	2.4	16	100	0	76	31	28	10	28	1.90
920798--920844	24	2.0	24	95	4	87	53	4	17	25	1.62
937463--938103	347	1.8	347	86	0	931	23	19	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938292--938330	21	1.9	20	89	5	60	28	10	23	38	1.87
940987--941098	54	2.1	53	80	5	127	44	18	8	28	1.78
947397--947453	29	1.9	30	82	3	71	57	8	15	17	1.63
951224--951251	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
955756--955780	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
961784--961884	19	4.9	21	82	9	102	24	32	24	17	1.97
978793--978834	22	2.0	21	85	4	57	4	42	0	52	1.22
986894--986952	20	3.0	20	90	5	75	25	5	3	66	1.28
986887--986947	26	2.4	26	81	15	74	21	3	4	70	1.21
990459--990507	20	2.5	20	83	9	57	30	2	14	53	1.52
991134--991184	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
1003638--1003665	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1005608--1005645	11	3.4	11	89	10	51	73	0	5	21	1.02
1005892--1005916	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
1006896--1006926	13	2.3	14	94	5	55	0	29	48	22	1.51
1007726--1007791	20	3.2	20	71	10	62	27	22	27	22	1.99
1007732--1007839	42	2.6	42	85	1	137	29	21	22	26	1.99
1007457--1008110	269	2.4	268	90	1	1040	33	18	18	29	1.95
1009527--1009609	39	2.1	39	88	2	121	26	24	15	33	1.95
1009777--1009908	42	3.4	42	61	20	104	27	23	18	31	1.97
1009711--1009916	74	2.8	74	96	0	376	27	22	18	31	1.97
1011127--1011188	20	3.2	20	76	2	63	38	12	8	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1011401--1011442	22	1.9	22	95	0	75	52	7	11	28	1.64
1011401--1011459	18	3.1	18	85	11	73	50	8	11	28	1.68
1022058--1022090	3	11.0	3	87	12	50	66	0	3	30	1.06
1033602--1033860	132	2.0	132	97	0	491	30	20	16	32	1.94
1033734--1034043	169	1.8	169	99	0	611	32	20	15	31	1.94
1034126--1034182	16	3.6	16	90	2	71	36	10	21	31	1.87
1034138--1034182	16	2.8	16	96	0	81	35	11	20	33	1.88
1034139--1034196	16	3.5	17	86	9	66	34	12	22	31	1.91
1035967--1036124	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
1036091--1036360	20	13.5	20	88	1	290	37	24	18	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6